토지의 취득과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없음.

사 건 2014구합20132 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 OO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2014. 7. 18. 판 결 선 고

2014. 9. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2013. 8. 12. 원고에게 한 2010년 제1기 부가가치세 부과처분을 취소한다.

원고는 2010. 6. 8. 주식회사 AAA(이하 회사명에서 ‘주식회사’ 부분을 생략한다)과 사이에 OO시 OO읍 OO리 561-4 등 21필지 면적 합계 41,611㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 등을 다음과 같이 매수하는 내용의 계약을 체결했다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). (전략) (중략) (후략) 그 후 원고는 2010. 7. 22. 피고에게 2010년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서, 그 매출세액에서 위 매매계약에 따라 AAA로부터 받은 ‘건설 중인 자산’에 대한 세금계산서상의 부가가치세 OOO원을 매입세액으로 공제한 금액을 납부세액으로 기재했다. 그런데 OO지방국세청장은 2013년에 이르러 이 사건 거래 중 ‘건설 중인 자산’에 대한 부분은 토지의 취득과 관련된 것이어서 사실상 이 사건 거래의 대상은 토지에 한정된다는 이유로 원고의 납부세액을 계산함에 있어서 ‘건설 중인 자산’에 대한 매입세액을 공제할 수 없다고 피고에게 통보했다. 이에 따라 피고는 원고의 매입세액에서 위 ‘건설 중인 자산’에 대한 OOO원을 제외하여 원고의 2010년 제1기 부가가치세의 납부세액을 OOO원으로 경정했고, 2013. 8. 12. 위 납부세액에서 원고가 기존에 납부한 부가가치세 및 공제세액을 뺀 나머지 부가가치세 OOO원 및 이에 대한 가산세 OOO원 합계 OOO원을 원고에게 부과했다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 이에 대해 원고는 2013. 10. 11. 조세심판원에 심판청구를 했으나 2013. 12. 31. 기각되었다. [인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고

1. 이 사건 거래는 토지의 매매에 한정된 것이 아니라, 매매계약서상 ‘건설 중인 자산’으로 구분된 ‘토지상의 건축허가와 공장설립승인에 관한 법적 지위’의 양도도 포함된 것이고, ‘건설 중인 자산’에 대한 매입세액은 납부세액의 계산에 있어 매출세액에서 공제하지 않는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’과 ‘대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’에 해당하지 않는다. 따라서 ‘건설 중인 자산’에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 산출한 부가가치세 및 이에 대한 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고가 이 사건 토지와 공장신축에 관한 권리를 구분하여 계약을 하고, 이에 따라 공장신축에 관한 권리의 이전에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제한 것은, 공장신축에 대한 권리가 이 사건 토지와 분리되는 무형의 재산에 해당한다고 보았기 때문이므로, 원고가 부가가치세를 제대로 신고․납부하지 못한 데는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 원고에게 가산세를 부과한 부분은 위법하다.

• 나. 피고

1. 이 사건 거래의 대상은 공장용지로 조성된 이 사건 토지뿐이고, 원고가 ‘건설 중인 자산’으로 분리한 것은 이 사건 토지를 공장용지로 조성하는 비용과 관련된 것으로, 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

2. 이 사건 거래 당시 구 부가가치세법에 토지 취득과 관련된 비용의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정되어 있었으므로, 원고가 공장신축에 대한 권리를 이 사건 토지와 분리되는 무형의 재산으로 보고 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부한 데는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

• 가. 이 사건의 쟁점 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항, 제2항에 의하면, 사업자가 납부해야 할 부가가치세액(납부세액)은 사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 사업자의 사업을 위해 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 공급에 대한 세액 또는 재화의 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되, 제17조 제2항 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 하고 있고, 여기에는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’이 포함되어 있다(제6호). 그리고 구 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 에서는 토지의 공급에 대해 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다. 원고는 이 사건 거래 대상에 토지와 분리된 ‘건축 중인 자산’이 포함되어 있고, 이는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 에서 정한 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액에 해당하지 않는다고 주장하는 반면, 피고는 이 사건 거래 대상은 토지뿐이므로 이에 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 에 따라 매출세액에서 공제되어서는 안 된다고 주장한다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 거래의 대상에 이 사건 토지 외에 별도의 ‘건축중인 자산’이 포함되어 있는지, 그렇다면 이에 대한 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 에 해당하는지 여부에 있다.
• 나. 판단

1. 부가가치세 부분

• 가) 갑 제3 내지 5, 7, 8호증, 을 제1, 4, 5호증의 각 기재와 을 제3호증의 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

① 이 사건 토지는 매도인인 AAA이 그 지상에 공장을 신설하기 위해 2007. 7. 2. 매수하여 2007. 11. 21. 그 소유권이전등기를 마친 곳이다. AAA은 2007. 11.경 OO시에서 공장신축 허가, 공장신설 승인을 받았고, 이와 관련하여 2007. 6. 20. 건축사 BBB에게 공장신설 승인업무를 OOO원에 위탁했다.

② AAA은 2007. 12. 5. 공장신축에 관한 토목공사를 CCC에 OOO원에 도급을 주었다. 그 총 공사비내역서(갑 제7-2호증)에 기재된 공사내역은 토공, 배수공, 옹벽공, 포장공, 조경식재공 등 주로 이 사건 토지를 공장용지로 형질을 변경하는 내용이고, 그 지상에 공장을 신축하는 내용은 포함되어 있지 않다. AAA은 위 토목공사 계약에 따라 CCC에 2008년 제1기 부가가치세 과세기간부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간까지 합계 OOO원을 지급했다.

③ 이 사건 토지에서는 2008년부터 2010년까지 위 토목공사 계약에 따라 이를 공장용지로 조성하는 공사가 진행되었으나, 그 지상에 공장 등 건축물은 신축되지 않았고, 원고가 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마친 2010. 8. 13. 이후 현재까지도 이 사건 토지는 나대지로 남아있다.

④ 한편 원고는 2010. 8.경 OO시에서 AAA이 받은 공장신설 승인의 업체명을 원고로 변경하는 공장신설변경 승인을 받았고, 2010. 10. 18.경 이 사건 토지 상의 공장신축에 대한 건축관계자를 AAA에서 원고로 변경한다고 신고했다.

⑤ AAA은 2010. 4.경 이 사건 거래의 대금을 정하기 위해 이 사건 토지에 대해 2개 감정평가법인의 감정평가를 받았다. 그 감정평가 내용은 다음과 같다. [가람동국감정평가법인] [대한감정평가법인]

• 나) 이 사건 거래의 대금은 AAA이 이 사건 거래를 위해 의뢰한 2개 감정평가법인 평가액의 평균가액인 약 OOO원으로 정해졌으므로(을 제5호증), 감정평가의 대상과 이 사건 거래의 대상은 동일하다고 보는 것이 타당하다. 그런데 감정평가의 대상에는 공장용지로 조성된 상태를 반영한 이 사건 토지만 포함되어 있을 뿐, 그 지상 건축물이나 공장신축에 관한 권리가 포함되어 있지 않다. 그리고 이 사건 거래가 체결될 당시 이 사건 토지는 AAA과 CCC 사이의 토목공사 계약에 따라 공장용지로 조성되었을 뿐, 그 지상에 건축물이 신축되지 않은 상태였다. 한편 이 사건 거래계약서에서 ‘건설 중인 자산’의 대금으로 정해진 약 OOO원은 AAA이 공장신축에 대한 권리를 획득하는 데 들어간 비용이라고 보기엔 과도하다. 제출된 증거 중 이와 관련된 것은 AAA이 건축사 BBB에게 공장신설 승인업무를 위탁한 것에 대한 OOO원에 불과하고, 달리 공장신축에 대한 권리를 ‘건설 중인 자산’ 약 OOO원으로 평가한 것에 대한 합리적인 근거가 없다. 감정평가상 약 OOO원인 이 사건 토지에 대한 대금을 이 사건 거래에서 약 OOO원으로 평가했다는 점을 감안하면, 오히려 ‘건설 중인 자산’ 약 OOO원은 AAA이 이 사건 토지를 공장용지로 조성하는 데 들어간 토목공사 비용 약 OOO원과 관련된 것이라고 보는 편이 타당하다. 이와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 거래에서 ‘건설 중인 자산’에 대한 대금 약 OOO원은 이 사건 토지를 공장용지로 조성하는 데 투입되어 이미 이 사건 토지의 가치를 증가시키는 데 들어간 비용에 관한 것이라고 봄이 상당하므로, 결국 이 사건 거래는 이 사건 거래계약서의 내용과는 달리 공장용지로 조성된 이 사건 토지만을 대상으로 삼은 것이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 거래에서 ‘건설 중인 자산’ 약 OOO원의 부가가치세로 정해진 OOO원은 부가가치세가 면제되는 이 사건 토지의 공급과 관련된 매입세액으로 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 전단에 의해 매출세액에서 공제될 수 없다(위 매입세액은 토목공사비용을 지출한 AAA의 입장에서는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 후단의 ‘대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’에 해당한다). 이와 같은 취지에서 ‘건설 중인 자산’의 거래에 대한 매입세액 OOO원을 매출세액에서 제외하고 이에 의해 증가된 2010년 제1기 부가가치세를 원고에게 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

2. 가산세 부분 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조). 앞에서 본 바와 같이 AAA이 비용을 투입하여 이 사건 토지를 공장용지로 조성했고, 원고는 위와 같이 가치가 증가한 이 사건 토지를 AAA로부터 매입한 것이다. 이에 대해 이 사건 거래에서 원고가 이 사건 토지의 가치에서 이를 공장용지로 조성하는 데 들어간 제반비용에 해당하는 부분을 ‘건설 중인 자산’으로 분리하여 그 매입세액을 정한 것은 사실관계에 대한 평가 및 법률의 적용을 잘못한 것으로서 법률의 부지나 오인에서 비롯된 것이라고 판단되므로, 부가가치세의 신고․납부의무를 해태한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고에게 가산세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.