토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말함

사 건 2014구합20125 부가가치세부과처분취소 원 고 000건설 피 고 AA세무서장 변 론 종 결

2014. 07. 17. 판 결 선 고

2014. 08. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 7. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 000원 및 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제2기 부가가치세 000원, 2009년 제1기 부가가치세 000원, 2009년 제2기 부가가치세 000원, 2010년 제1기 부가가치세 000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 당사자의 지위 원고는 2001. 10. 6.부터 부산 000구 00동 000-00에서 건설업을 영위하는 사업자이고, 피고는 세금 부과 업무를 담당하는 관할관청이다.
• 나. 이 사건 제1토지와 관련한 비용 지출

1. 원고는 2007.경 00시 00면 000리 산 000 외 0필지 임야 000㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)를 매입한 후 2007. 12. 5. 주식회사 00건설(이하 ‘00건설’이라 한다)과 사이에 아래와 같은 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

2. 원고는 이후 2008년 제1기 부가가치세 과세기간부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 사이에 00건설에 이 사건 도급계약에 따른 공사비 000원을 지급하고 00건설로부터 합계 000원의 세금계산서를 교부받았다.

3. 또한 원고는 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 이 사건 제1토지의 측량을 대한지적공사에 의뢰한 후 대한지적공사에 측량비 000원을 지급하고 대한지적공사로부터 000원의 세금계산서를 교부받았다.

• 다. 이 사건 제2토지와 관련한 비용 지출

1. 원고는 2008.경 00시 00면 00리 산 00-00 일원 000㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 매입한 후 2009. 7. 16. 주식회사 000엔(이하 ‘000엔’라 한다)와 사이에 아래와 같은 김해 00산업단지 개발계획수립 용역계약(이하 ‘이 사건 기술용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

2. 원고는 이후 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 000엔에 이 사건 기술용역계약에 따른 용역비 0억 원을 지급하고, 000엔으로부터 0억 원의 세금계산서를 교부받았다.

• 라. 부가가치세 매입세액 공제 신고 원고는 위와 같이 교부받은 세금계산서에 대하여 아래 표와 같이 각 과세기간별 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 마. 이 사건 처분 및 원고의 조세심판청구

1. 피고는 ‘원고가 위와 같이 공제받은 매입세액은 토지 조성을 위한 자본적 지출에 해당하는 것이어서 매입세액 공제 대상이 아님에도, 원고가 부당하게 공제받았다’는 판단 하에 2013. 7. 1. 2008년 제1기 부가가치세를 000원으로, 2013. 8. 1. 2008년 제2기 부가가치세를 000원으로, 2009년 제1기 부가가치세를 000원으로, 2009년 제2기 부가가치세를 000원으로, 2010년 제1기 부가가치세를 000원으로 각 경정․고지하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 9. 30. 조세심판원장에게 조세심판을 청구하였으나, 2013. 12. 23. 조세심판원장은 원고의 청구를 기각하였다.【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제4호증, 갑 제5호증, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제7호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고가 이 사건 제1토지와 관련하여 00건설에 지급한 000원, 대한지적공사에 지급한 00원과 이 사건 제2토지와 관련하여 000엔에 지급한 0억 원의 각 비용들은 ‘토지를 매입하거나 개량하기 위하여 지출한 비용’이 아니고, ‘공장건축을 위한 준비비용이나 부대비용’이다. 따라서 위 지출 비용들에 대한 매입세액은 부가가치세법 상 매입세액 공제 처리가 되어야 하는바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고는 2008. 초경 2007년 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하는 과정에서, 00건설과의 도급계약서 및 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 00건설로부터 교부받은 세금계산서 1매(000원 상당)를 조사하였는데, 이 중 토공사비000원을 제외한 나머지 비용은 건축 관련 비용으로 보아 매입세액 공제를 하였다.그럼에도 2008년 이후 원고가 이 사건 도급계약과 관련하여 00건설에 지출한 비용에 관하여 새로이 세무조사를 실시한 후 매입세액 공제를 부인하는 것은 국세기본법 제81조의4 중복조사 금지를 위반한 것이고, 또한 동일한 사안에 관하여 종전의 처분을 번복하고 새로이 과세하는 것으로 금반언의 원칙 및 신뢰보호의 원칙(신의성실의 원칙)에 반한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 대한 판단 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제17조 제2항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제6호에서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자와 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있는데, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 은 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ‘1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만으로 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 설시하고 있는바, 결국 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 등 참조).따라서, 이 사건의 쟁점은 원고가 매입세액 공제를 주장하고 있는 각 항목이 토지 의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’에 해당하는지 여부이므로, 항목별로 이에 관하여 살펴본다.

• 가) 이 사건 제1토지와 관련하여

(1) 이 사건 도급계약과 관련하여 00건설에 지출한 비용 000원 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 2007. 6. 20. 건축사무소 00과 이 사건 제1토지에 관하여 계약금액 00만 원, 용역범위를 ‘공장설립에 필요한 토목 및 건축, 구조, 설비, 전기, 통신 등의 설계업무와 공장설립 승인에 필요한 모든 행정업무의 총괄 및 허가’로 하여 공장설립 승인계약(설계계약)을 체결한 사실, 원고가 2007. 11. 9. 00시장으로부터 이 사건 제1토지 상에 공장신축 허가를 받았고, 2007. 11. 15. 00시장으로부터 공장신설 승인을 받은 사실을 인정할 수는 있다. 그러나 앞서 든 각 증거에다가 을 제1호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 임야인 이 사건 제1토지를 매입한 후, 00건설과 이 사건 도급계약을 체결하였는데, 00건설은 주로 경사도가 있는 임야 상태인 부지를 절토하여 성토작업 및 평탄화 작업을 거치는 등 공장 용지로 그 형질을 변경하는 작업을 수행한 것으로 보이는 점, ② 원고와 00건설 사이에 체결된 도급계약서의 구체적 명칭은 ‘토목공사’라고 되어 있고, 구체적 과업 내용 역시 공장부지 조성 등과 밀접한 관련이 있을 뿐, 공장 신축과 관련된 구체적인 약정 내용이 나타나 있지 않은 점(원고 측 증인 000는 토목공사뿐만 아니라 건물신축과 관련하여서도 00건설이 시공자라로 선정되었다고 하면서 이에 대한 부대 계약서가 있을 것이라고 하였으나, 원고는 변론기일 종결 당시까지도 그러한 자료를 제출하지 못하고 있다), ③ 원고가 이 사건 제1토지를 2007.경 취득한 이후, 3~4년이라는 장기간의 시간이 경과하였음에도 불구하고 이 사건 제1토지 상에 현실적인 건물신축 행위를 한 바가 없는 것으로 보이고, 2010. 6. 8.경 나대지 상태인 이 사건 제1토지를 그대로 금영에게 매도한 점, ④ 원고가 이 사건 제1토지를 주식회사 00에게 매도할 당시, 이 사건 제1토지에 대하여 감정평가가 이루어졌는데, 위 감정평가서에도 당시 계단식의 공장부지 등으로 조성된 이 사건 제1토지 자체에 대한 평가내용만 있을 뿐, 이 사건 제1토지에 설치된 구축물이나 기타 시설물에 대한 내용은 전혀 없었던 점, ⑤ 이 사건 도급계약과 관련한 원고의 장부상에 구축물이나 건물에 대한 회계처리 내용이 별도로 나타나 있지 않은 점, ⑥ 이 사건 제1토지 상에 옹벽이 설치되어 있기는 하나, 이 옹벽 설치비용 역시 건물신축과 직접적인 관계가 있다기보다는 기존의 임야 상태를 옹벽을 이용하여 계단식 부지로 평탄하게 조성함으로써 이사건 제1토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데(계단식 부지로 평탄하게 조성된 용지의 경우 공장용지로서의 가치는 증대된다고 할 것이다) 소요된 비용으로 보이고, 위 비용은 토지의 취득원가에 계상할 수 있다고 할 것인 점 등을 종합하면, 이 사건 제1토지와 관련하여 이 사건 도급계약에 따라 00건설에 지출한 비용 000원은 건물신축과 관련된 부대비용이라기보다는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용으로 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’과 관련된 것으로 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 대한지적공사에 지급한 측량비 000원 살피건대, 사업자가 자기 소유 토지의 형질변경을 위한 공사를 실시하고 이후 토지의 측량 및 분할을 위하여 지적측량을 실시한 경우 그 지적측량에 관련된 매입세액은 토지의 조성과 관련되어 필수적으로 수반되는 비용이라는 점에서 건물의 신축과 관련된 부대비용이 아니라, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’로 봄이 상당한바, 앞서 본 바와 같이 원고가 대한지적공사에 이 사건 제1토지의 측량 등을 위하여 000원을 지출한 비용은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이라 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

• 나) 이 사건 제2토지와 관련하여(이 사건 기술용역계약에 따라 000엔에 지출한 비용 2억 원) 살피건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고와 000엔이 체결한 이 사건 기술용역계약서 상 ‘용역기간’은 계약체결일로부터 산업단지계획 및 실시계획 인가 승인시까지이고, ‘과업범위’는 산업단지 계획 및 실시계획 인가를 득하기 위한 현황조사 측량, 산업단지 계획, 문화재지표 조사, 사전 환경성․재해영향성 검토, 교통성 검토, 지질조사, 제1종지 구단위계획 수립 등인바, 이와 관련되어 지출된 비용 2억 원은 건물의 신축과 관련된 부대비용이 아니라 토지(택지)의 조성과 관련된 비용이라고 할 것인 점, ② 원고가 이 사건 제2토지 상에 건물을 신축하기 위하여 체결한 공사계약서가 없는 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 제2토지가 산업단지로 지정될 경우, 그에 따라 이 사건 제2토지 자체의 현실적 가치가 증가된다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 위 비용 역시 ‘토지의 조성을 위한 자본적 지출’과 관련된 것으로 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

2. 두 번째 주장에 대한 판단

• 가) 중복조사 해당 여부 국세기본법 제81조의4 는 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 되고, 특별한 예외 사유에 해당하지 않는 한 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 살피건대, 갑 제6호증, 갑 제7호증, 을 제8호증의 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 2008. 2 25.부터 2008. 2. 29.까지 원고에 대한 1차 세무조사를 실시한 후, 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 00건설에 공사대금을 지급하고 받은 세금계산서 000원 중 000원은 공장부지 조성을 위한 지출로 매입세액 불공제에 해당하고, 나머지 비용은 매입세액 공제분에 해당한다는 취지의 결과보고를 한 사실, 이후 피고가 2차 세무조사를 진행하여 2008년 제1기부터 2010년 1기 까지의 부가가치세에 대하여 경정처분을 한 사실은 인정된다.그런데, 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 1차 세무조사를 진행할 당시 조사대상기간을 “2007. 7. 1.부터 2007. 12. 31.”, 조사대상세목을 부가가치세로 특정한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 1차 세무조사와 2차 세무조사는 그 대상이 되는 부가가치세의 과세기간을 전혀 달리한다고 할 것이므로, 같은 세목 및 같은 과세기간을 재조사할 수 없다는 중복조사금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나) 금반언의 원칙 또는 신뢰보호원칙 등 위배 여부 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호 또는 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 2000. 8. 18. 선고 98두2713 판결 등 참조). 살피건대, 피고가 2008. 2 25.부터 2008. 2. 29.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 00건설에 공사대금을 지급하고 받은 세금계산서 407,000,000원 중 365,352,000원은 공장부지 조성을 위한 지출로 매입세액 불공제에 해당하고, 나머지 비용은 매입세액 공제분에 해당한다는 취지의 결과 보고를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.그러나 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 피고는 2008. 2. 20. 원고에게 위 세무조사에 대한 사전통지를 할 당시, 조사대상세목 및 조사대상 기간을 명시하였는데, 당시 조사대상세목은 부가가체세, 조사대상기간은 2007. 7. 1.부터 2007. 12. 31.까지, 즉 2007년 제2기 부가가치세 과세기간으로 한정한 점, ② 피고가 세무조사를 할 무렵인 2008. 2. 말경에는 이사건 제1토지에 대한 부지 조성 공사가 한창 진행되고 있었던 터라, 이 사건 제1토지에 대한 이후의 추가적인 자본지출을 예견할 수 없었던 피고로서는 향후 발생한 매입세액에 대한 공제 여부에 대한 견해 표명을 하기도 어려운 상황으로 보이는 점, ③ 부가가치세법 제21조 제3항 은 결정․경정한 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있는것이 발견된 경우에는 이를 다시 경정할 수 있도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 인정사실만으로는 피고가 당시 2008년 제1기 이후 새로이 지출되는 이 사건 제1토지와 관련된 비용이 매입세액 공제의 대상이 된다는 내용의 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없을 뿐만 아니라, 이를 신뢰하는데 대한 원고의 귀책사유가 없었다고 보기도 어려우므로, 이 사건 처분은 금반언의 원칙 또는 신뢰보호원칙에도 위반된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 소결론 그렇다면, 원고가 이 사건 제1토지와 관련하여 00건설에 지출한 000 대한지적공사에 지출한 000원, 이 사건 제2토지와 관련하여 000엔에 지출한 000원을 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’과 관련된 비용으로 보아 이를 매입세액으로 불공제한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.