검인계약서의 추정력

사 건 2013구합3420 양도소득세등부과처분취소 원 고 윤mm 피 고 ss세무서장 변 론 종 결

2014. 3. 20 판 결 선 고

2014. 4. 3.

1. 피고가 2013. 1. 11. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 82,466,350원의 부과처분 중 15,320,499원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2013. 1. 11. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 82,466,350원의 부과 처분을 취소한다.

• 가. 원고는, 2003. 7. 9. 윤ss으로부터 부산 사하구 하단동 대 384.9㎡ 중10분의2 지분(이하 위 토지를 ‘이 사건 토지’라 하고, 위 지분을 ‘이 사건 지분’이라한다)을 취득하였고, 2012. 4. 9. 이 사건 지분을 포함하여 이 사건 토지에 관한 원고지분 중 22,550,000분의3,963,547를 박tt에게, 22,550,000분의3,963,547를 문jj에게 각 양도하였다.
• 나. 원고는 2012. 7. 2. 피고에게 이 사건 지분의 양도와 관련하여 양도가액은 실지거래가액 중 이 사건 지분에 해당하는 416,838,127원으로, 취득가액은 취득 당시 작성한 매매계약서를 분실하여 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 기준시가에 의한 환산가액인 319,951,427원을 적용하여 이 사건 토지 및 그 지상 건물(이하 토지 및 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 원고 지분에 관한 양도소득세를 71,191,146원으로 계산하여 신고․납부하였다.
• 다. 그런데 피고는, 원고가 2003. 7. 9.경 이 사건 지분을 윤ss으로부터 양수할 당시제출한 검인계약서에 의하면 이 사건 지분의 실지거래가액이 확인된다는 이유로 위 검인 계약서상의 매매금액인 85,500,000원을 이 사건 지분의 취득 당시 실지거래가액으로,416,992,017원을 양도 당시 실지거래가액으로 하여 이 사건 부동산 중 원고 지분에 관한 양도차익을 산정한 다음, 2013. 1. 11. 과세표준을 440,133,132원으로, 총결정세액을 153,657,496원(가산세 포함)으로 증액하는 경정결정을 한 다음 위 세액에서 기납부세액을 공제한 나머지 금액 82,466,350원(= 153,657,496원 - 71,191,146원)을 부과, 고지하였다 (이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 6. 26. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 6호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고와 윤ss 사이에 작성된 이 사건 지분에 관한 1999. 8. 21.자 검인계약서(을 제5호증의 2, 이하 ‘이 사건 검인계약서’라 한다)에 기재된 매매가격은 실지거래가액이 아니라 취득세, 등록세 납부의 편의를 위하여 이 사건 토지의 공시지가를 기준으로 하여 임의로 산정한 금액이어서 위 검인계약서는 실제 계약서로 볼 수 없고, 달리 이 사건 지분을 취득할 당시 작성한 매매계약서나 영수증 등이 남아 있지 않아 실지 거래가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로, 취득 당시의 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여 취득가액을 계산하여야 한다. 그런데 이 사건의 경우 취득 당시의 매매사례가액이나 감정가액이 존재하지 아니하므로 환산가액을 기준으로 추계조사하여 취득가액을 결정하여야 하는바, 이에 따라 원고가 자진하여 납부한 정당한 양도소득세액인 71,191,146을 초과하여 경정․부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고의 주장 이 사건 지분의 전소유자인 윤ss이 이 사건 지분을 양도한 후 그에 관한 양도소득세를 신고하면서 이 사건 검인계약서에 기재된 85,500,000원을 양도가액으로 신고한 점 등에 비추어 이 사건 지분의 취득 당시 실지거래가액을 85,500,000원으로 계산하여 과세표준 및 결정세액을 경정한 이 사건 처분은 정당하다.
• 다. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단

• 가. 이 사건 검인계약서의 추정력

1. 이 사건 처분이 적법한지 여부를 판단하기 위한 1차적인 기준은 이 사건 검인계약서상 금액인 85,500,000원을 이 사건 지분의 실지취득가액으로 인정할 수 있을지 여부라 할 것인바, 양도차익을 계산함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우 취득가액 역시 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제100조 제1항에 따라 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인하는 데 있어 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되며, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 할 것이다 (대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 참조).

2. 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 윤ss이 원고에게 이 사건 지분을 양도하면서 제출한 이 사건 검인계약서에, 계약일자 1999. 8. 21., 매매대금 85,500,000원, 그 중 계약금 10,000,000원은 계약시에, 잔금 75,500,000원은 2003. 6. 21.에 각 지급하기로 기재되어 있는 사실은 인정된다. 그러나, 갑 제1, 2, 5 내지 8호증, 을 제1, 2, 4 내지 7호증의 각 기재 및 변론전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 윤ss으로부터 이 사건 지분을 취득할 당시 이 사건 지분의 기준시가가 218,623,200원으로, 이는 이 사건 검인계약서상의 매매대금과는 2배가량 차이가 나고, 2004. 5. 15. 기준 감정평가액에 따른 이 사건 지분의 시가 역시 292,524,000원(감정인 윤bb의 감정결과)에 달하는 점,② 이 사건 검인계약서상 계약일자는 ‘1999. 8. 21.’로 기재되어 있는바, 계약일자로부터 잔금 지급일까지의 기간이 약 4년으로 이례적으로 장기간인 점 등으로 보아 당사자의 필요에 따라 검인계약서에 일부 사실과 달리 기재한 부분이 있는 것으로 보이는 점, ③ 구 소득세법 제96조 제1항 (2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)은 양도소득의 산정에 있어 자산의 양도가액을 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시 기준시가에 의하도록 하고 있었으므로 원고가 이 사건 지분을 취득할 당시인 2003년에는 실지거래가액이 그다지 중요한 의미가 있지 않았던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 검인계약서상의 매매가액은 윤ss이 양도소득세를 신고하면서 자신의 과세표준에 맞추어 기재한 것으로 보일 뿐, 이 사건 지분의 실지거래가액에 해당한다고 보기 어려워 위 검인계약서의 추정력은 번복되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 검인계약서만으로 원고가 이 사건지분을 취득할 당시의 실지취득가액을 확인할 수 있다고 보기 어렵다.

• 나. 이 사건 지분의 취득가액 결정

1. 이 사건 지분의 취득가액에 대하여는 취득 당시 실지거래가액을 확인하기 위하여필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당된다고 할 것이어서, 법 제114조 제7항, 법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24365호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제176조의2 제3항에 의하여 매매사례가액 감정가액 환산가액,,, 기준시가 순으로 추계조사하여 취득가액을 결정또는 경정하여야 한다.

2. 그런데 이 사건 지분에 관하여는 시행령 제176조의2 제3항 제1호, 제2호에서 정한 매매사례가액이나 감정가액이 존재하지 아니하므로, 결국 시행령 제176조의2 제3항 제3호, 제2항 제2호에 의하여 양도 당시의 실지거래가액에 취득 당시의 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 나눈 값을 곱하여 환산한 가액을 취득가액으로 보아야 한다.

3. 이에 따라 원고에 대한 이 사건 지분의 정당한 양도소득액을 산정하건대, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 지분의 양도 당시 실지거래가액이 416,992,017원(= 2,084,960,085원 × 76.98㎡/384.9㎡, 원 미만은 버림,이하 같다)인 사실, 이 사건 지분의 취득 당시 기준시가는 218,623,200원, 양도 당시 기준시가는 284,826,000원(= 1,424,130,000원 × 76.98㎡/384.9㎡)인 사실을 각 인정할수 있으므로, 원고의 이 사건 지분의 환산한 취득가액은 320,069,548원{= 416,992,017원× (218,623,200원 ÷ 284,826,000원), 원 미만 버림}이 된다.

• 다. 정당한 양도소득세의 계산 위 인정사실을 기초로 하여 원고가 이 사건 지분을 포함한 이 사건 부동산 중 원고 지분의 양도와 관련하여 납부해야 할 양도소득세를 계산하면, [별지] ‘정당한 세액계산’란 기재와 같이 원고 지분의 과세표준은 284,689,602원이고, 위 과세표준에 따라 원고가 납부해야 할 양도소득세는 양도소득세 84,741,360원 및 그에 따른 가산세 1,770,285원의 합계 86,511,645원이 되므로, 결국 이 사건 처분 중 15,320,499원(= 총결정세액 86,511,645원 - 원고가 기납부한 세액 71,191,146원)을 초과하는 부분은 위법하다. 따라서, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.