국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항에서 정한 손금 인정의 요건을 모두 갖춘 용역비에 해당함

사 건 2013구합21114 법인세등부과처분취소 원 고

○○○○ 주식회사 피 고 ◇◇◇세무서장 외1 변 론 종 결 2014.04.25. 판 결 선 고 2014.07.11.

1. 피고 ◇◇◇세무서장이 2012. 11. 1. 원고에게 한 별지 1 기재 법인세 및 가산세 부과처분과, 피고 □□지방국세청장이 2012. 11. 10. 원고에게 한 별지 2 기재 소득금액변동통지 처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

원고는 핀란드에 본사를 둔 기업집단인 △△△△ 그룹의 계열회사로, △△△△ 그룹이 생산, 판매하는 선박용 엔진의 국내 판매 중개, 부품 판매, 수리 영업 등 사업을 추진하기 위해 1993년 국내에서 설립되었다. △△△△ 그룹은, △△△△ 코퍼레이션이 주식의 보유를 통해 △△△△ 테크놀러지 오위(이하 “△△△△ 테크놀러지”라고 한다)를 지배하고, △△△△ 테크놀러지가 원고 주식의 100%를 보유하는 등으로 원고와 같이 △△△△ 그룹이 판매한 선박용 엔진의 판매 중개, 부품 판매, 수리 영업 등을 하는 전 세계 70여 개의 자회사를 지배하는 방식으로 조직되어 있다. 원고는 1995. 11. 15. △△△△ 테크놀러지와 지원 및 서비스 계약("Assistance and Service Agreement", 이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하고, 2007 사업연도부터 2011년 사업연도까지 합계 1,598,304,898원을 용역비로 △△△△ 테크놀러지에 지급한 후, 이를 손금에 산입하여 법인세를 신고.납부했다. 그런데 피고 □□지방국세청장은 원고에 대해 세무조사를 실시한 후, 원고가 △△△△ 테크놀러지에 지급한 용역비는 실제로는 원고가 △△△△ 테크놀러지로부터 제공받은 용역이 없음에도 수익을 △△△△ 코퍼레이션에 배분한 것이라고 판단하고, 이를 손금불산입 및 배당으로 처리하여 2012. 11. 10. 원고에게 △△△△ 코퍼레이션의 귀속연도 2008년부터 2012년까지의 소득금액이 별지 2 기재와 같다는 내용의 소득금액변동통지를 했다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지 처분’이라 한다). 그리고 피고 ◇◇◇세무서장은 2012. 11. 1. 원고에게 사업년도 2007년부터 2011년까지의 법인세 및 가산세를 별지 1 기재와 같이 경정, 고지했다(이하 ‘이 사건 법인세 등 부과처분’이라 한다). 이에 대해 원고는 2013. 2. 1. 국세청장에게 △△지방국세청의 2012년도 세무조사 추징세액(법인세, 원천징수세 및 각 가산세) 부과처분에 대해 심사청구를 했으나, 국세청장은 2013. 6. 12. 원고의 심사청구를 기각했다. [인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제5 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 원고는 △△△△ 그룹이 생산, 판매하는 선박용 엔진의 국내 판매 중개, 부품 판매, 수리 영업 등 사업을 목적으로 설립된 회사로서, 원고의 직원 대부분은 선박용 엔진 판매와 수리 등을 위한 사업지원 부서에 근무하고, 원고의 경영관리를 위한 조직은 재무부서, 인사부서만 최소한의 인력으로 구성하여 나머지 재무관리, 법무, 연구개발, 인사관리 등의 경영관리 업무 등은 이 사건 용역계약에 따라 △△△△ 본사로부터 기초 조사 용역, 기술 지원, 교육 지원 등을 받아 처리해 왔다. 그리고 이에 대한 대가로, △△△△ 본사에서는 매년 본사의 경영관리부서, 사업관리부서의 운영비용 중 전 세계 자회사에 대한 용역 지원에 사용된 비용의 비율을 산정한 후, 그 총 분담 비용을 전 세계 자회사에 각 자회사의 사무직 직원수에 비례하여 나눈 값을 기초로 개별 자회사와 용역계약을 체결하면서 사무직 직원수당 용역비를 적시했고, 원고의 경우 이 사건 용역계약에서 용역비를 사무직 직원 1인당 7,000마르카(이하 ‘FIM’이라 한다)로 정한 것에 근거하여 귀속연도 2007년, 2008년의 경우 FIM을 유로로 환산한 사무직 직원 1인당 1,200유로를, 귀속연도 2009년부터 2011년까지의 경우 2009. 3. 13.자 변경된 용역계약에서 정한 사무직 직원 1인당 1,800유로를 곱한 금액을 용역비로 지급했으며, 이는 원고의 매출액 대비 1%에 미치지 못하는 금액이다. 따라서 원고가 △△△△ 본사에 지급한 용역비는 △△△△ 본사로부터 제공받은 원고의 국내 영업에 필요한 경영관리 업무, 사업지원 업무에 관한 용역에 대한 합리적인 대가로서 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제5조, 시행령 제6조의2에 따라 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서 손금으로 인정되어야 할 것이므로, 이를 손금으로 인정하지 않음을 전제로 한 이 사건 법인세 등 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 피고들

1. 원고의 피고 □□지방국세청장에 대한 청구 부분은 국세기본법 제56조 에서 정한 전심절차를 거치지 않은 것으로서 부적법하다.

2. 원고가 △△△△ 본사로부터 제공받았다고 주장하는 용역들은 원고 자신의 영업을 위한 것이 아니라, 전 세계에 선박 엔진을 판매하는 △△△△ 본사의 이익을 위해 △△△△ 본사가 전 세계 자회사를 관리, 통제하는 것에 불과하고, 달리 △△△△ 본사가 원고의 영업을 위해 용역을 제공했음을 인정할 만한 객관적인 자료가 없다. 또한 원고가 지급한 용역비는 △△△△ 본사의 경영관리부서, 사업관리부서의 운영비용에서 전 세계 자회사에 대한 용역 지원에 사용된 비용의 비율이 본사의 입장에 서 자의적으로 산정되었고, 일부 항목의 경우 별도의 수수료를 지급하고 있어 이중으로 지급되고 있으며, 사무직 직원 1인당 비용도 원고와의 합의 없이 본사가 일방적으로 정해 적용하는 등 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호, 시행령 제4조 제3항에서 정한 합리적인 방법에 따라 계산된 정상가격이라고 볼 수 없다. 따라서 원고가 지급한 용역비 전부를 손금불산입 처리하여 세액을 산정한 이 사건 법인세 등 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 정당하다.

3. 피고 □□지방국세청장의 본안전 항변에 대한 판단 법인세법 제66조, 제67조에 의하면, 법인이 신고한 법인세의 과세표준과 세액에 오류가 있는 경우 납세지 관할 세무서장은 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고, 이에 따라 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 대통령령이 정하는 바에 따라 상여, 배당 등으로 처분하며, 소득세법 제127조 제1항, 제128조 제1항, 제130조, 제131조 제2항, 시행령 제192조 제1항에 의하면, 국내에서 배당소득을 지급하는 자는 이에 대한 소득세의 원천징수의무자로서 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수한 소득세를 납부할 의무를 부담하는데, 그 징수일은 배당소득을 지급할 때로 법인세법 제67조 에 따라 처분되는 배당의 경우에는 배당소득의 지급일로 의제되는 소득금액변동통지서를 받은 날이 된다. 이처럼 법인세의 경정 처분과 소득금액변동통지 처분은 법령상 근거와 그 효과를 달리하는 별개의 처분이지만, 법인세의 경정으로 익금에 산입된 금액이 소득처분의 대상이 되고, 그 소득처분 금액에 대한 소득세의 원천징수 및 납부의무 성립과 관련하여 소득금액변동통지가 이루어진다는 점에서 법인세의 경정 처분은 소득금액변동통지 처분과 논리적으로 밀접한 관련을 가진다. 그리고 갑 제3, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 국세청장에 심사청구를 하면서 그 처분청을 소득금액변동통지 처분을 한 피고 □□지방국세청장이 소속된 “△△지방국세청”이라고 기재했고, 그 처분의 내용에는 이 사건 법인세 등 경정처분에 따른 법인세, 가산세뿐만 아니라 소득처분에 의한 ‘원천징수세, 가산세 부과처분’도 기재했으며, 불복이유서에서도 원천징수세 및 그 가산세의 취소를 구한다고 기재한 점, 이 사건 소득금액변동통지 처분은 피고 □□지방국세청장이 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 이 사건 용역계약에 따라 △△△△ 본사 측에 지급한 용역비에 대해 손금 산입을 인정하지 않음으로써 피고 ◇◇◇세무서장이 원고에 대해 법인세 과세표준 및 세액 경정 처분을 하고, 이에 따라 위 용역비 상당액이 익금에 산입되어 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 가목에 의해 그 귀속자인 △△△△ 코퍼레이션이 주주등에 해당함을 이유로 배당으로 소득처분한 것을 통지한 것으로서, 이 사건 소득금액변동통지 처분과 이 사건 법인세 등 부과처분의 쟁점 및 그 기초가 되는 사실관계는 국제조세조정법에 따라 원고가 지급한 위 용역비를 손금으로 인정할 수 있는 요건이 갖추어 졌다고 볼 수 있는지 여부로 동일한 점 등의 사정을 알 수 있다. 이와 같은 사정을 종합하면, 원고가 국세청장에게 이 사건 법인세 등 부과처분에 관한 법인세 및 그 가산세뿐만 아니라, 이 사건 소득금액변동통지 처분에 관한 원천징수세 및 그 가산세에 대해 심사청구를 하면서 원고가 지급한 용역비가 손금에 산입되어야 한다고 주장한 것에는 이 사건 법인세 등 부과처분뿐만 아니라 이 사건 소득금액변동통지 처분에 대해서도 심사청구를 하는 취지가 포함되어 있다고 판단되고, 이에 대해 국세청장이 위 각 처분의 공통된 쟁점인 용역비의 손금 산입을 인정하지 않음으로써 결과적으로는 국세기본법 제56조 제2항 에서 행정소송에 앞서 심사청구 또는 심판청구를 거치도록 한 취지에 따라 국세청장에게 이 사건 소득금액변동통지 처분의 기본적인 사실관계와 법률문제에 대해 다시 판단할 수 있는 기회가 제공되었다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 법인세 등 부과처분뿐만 아니라 이 사건 소득금액변동통지 처분에 대해서도 국세청장에게 심사청구를 하여 그에 따른 결정을 받음으로써 국세기본법에서 요구하는 전심절차를 거쳤다고 보는 것이 타당하다. 피고 □□지방국세청장의 본안전 항변은 이유 없다.

• 가. 이사건의 쟁점 법인세법 제19조 제1항, 제2항에 의하면, 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말하고, 여기서 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 법인세법 시행령 제19조 에서는 법인세법상의 손비에 해당하는 비용에 대해 제1호에서 제20호까지 구체적으로 규정하고, 제21호에서 “그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액”으로 일반적으로 규정하고 있다. 용역제공에 대한 대가는 시행령 제19조 제1호에서 제20호까지의 비용에 해당하지 않으므로, 결국 용역제공에 대한 대가가 손금으로 인정될 수 있는지 여부는 원칙적으로 시행령 제19조 제21호의 “그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액” 에 해당하는지 여부에 달려 있다. 그런데 국제조세조정법 제4조 제1항 에 의하면, 과세당국은 거래 당사자의 어느 한쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 특히 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 에서는 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래의 가격이 ① 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것, ② 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적인 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것, ③ 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 령 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것, ④ 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관.비치하고 있을 것의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다고 정하고 있고, 그 정상가격의 산정방법에는 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호, 시행령 제4조 제3항에 따라 국제조세조정법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법이 포함되어 있다. 따라서 이 사건의 주된 쟁점은 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 의 각 요건 중 원고와 피고들의 주장이 대립되는 ① 원고가 △△△△ 테크놀러지로부터 이 사건 용역계약에 따라 원고의 영업을 위한 용역을 제공받았는지 여부, ② 원고가 지급한 대가가 국제조세조정법에 따른 정상가격에 해당하는지 여부라고 할 것이다.
• 나. 원고가 △△△△ 테크놀러지로부터 이 사건 용역계약에 따라 원고의 영업을 위한 용역을 제공받았는지 여부

1. 위 각 증거와 갑 제4, 9 내지 51호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다.

① 원고의 조직은 경영관리 부서와 사업지원 부서로 나뉘는데, 원고의 주된 영업인 선박용 엔진의 판매 중개, 부품 판매, 수리 영업을 직접 수행하는 사업지원 부서에는 2011년 원고의 총 직원 276명 중 250여 명이 소속되어 있는 반면, 경영관리 부서로는 재정.경영 관리부(Finance&Business Control), 인사관리부(HR&Administration), 품질관리부(Company Quality Management)만 조직되어 있고, 그 직원수도 모두 합쳐 17명에 불과하다.

② 원고의 경영관리에 필요한 법률, 금융, 재무회계, 마케팅, 기술, 계약, 기획, 직원 교육 등의 분야에 대한 기획, 조사.연구, 결정 등 업무는 원고가 1995. 11. 15. △△△△ 테크놀러지와 체결한 이 사건 용역계약에 따라 △△△△ 테크놀러지로부터 지원을 받기로 되어 있고, 원고의 경영관리 부서에서 근무하는 인력들은 △△△△ 테크놀러지의 기획, 조사.연구, 결정에 따라 원고의 국내 영업을 관리하기 위한 최소한의 인원으로 구성된 것이다.

③ 이 사건 용역계약에 따라 원고는 △△△△ 테크놀러지에 계약체결에 관한 시장조사 등의 자문, 직원 교육 지원, 예산 관리에 관한 방침, 임금 체계.인사 관리에 관한 방침, 원고의 소송에 관한 자문, 행사에 관한 지원, 자금대여 등 재정지원, 각종 회계처리에 관한 자문, 선박용 엔진의 설치, 수리, 개선을 위한 기술적인 지원 등 경영을 위해 필요한 분야에 대한 자문 등의 지원을 수시로 요청할 수 있고, 이에 따라 실제로 △△△△ 테크놀러지로부터 원고의 경영관리를 위해 위 각 분야에 대한 여러 가지 자문을 받아 왔다.

2. 원고는 △△△△ 테크놀러지 등 △△△△ 본사와는 별개의 법인격을 가지고 독립된 경제주체로서 거래를 하는 회사이므로, 원고가 하는 거래에 대한 법인세법상의 평가 역시 원고가 독립된 법인격을 가진 경제주체임을 전제로 이루어져야 한다. 위와 같은 사정을 종합해 보면, 원고가 △△△△ 테크놀러지로부터 제공받은 계약체결에 관한 시장조사 등의 자문(계약대금의 적정성 평가 등), 직원 교육 지원(교육자료 제공 및 교육인력 파견), 예산 관리에 관한 방침, 임금 체계.인사 관리에 관한 방침, 원고의 소송에 관한 자문, 행사에 관한 지원, 자금대여 등 재정지원, 각종 회계처리에 관한 자문, 선박용 엔진의 설치, 수리, 개선을 위한 기술적인 지원 등은 원고가 국내에서 더 높은 영업성과를 내기 위한 작업에 관한 것이고, 원고로서는 이를 수행할 만한 인적 조직을 갖추지 못하여 △△△△ 테크놀러지가 아니더라도 다른 경제주체로부터 이와 관련된 용역을 제공받을 필요가 있으며, 그로 인한 이익은 1차적으로는 독립된 경제주체인 원고에게 귀속되는 것이라고 할 것이다. 피고들은 △△△△ 테크놀러지가 원고의 주식 100%를 보유하여 원고의 영업으로 얻는 이익이 종국적으로는 △△△△ 본사 측에 귀속되는 관계에 있음을 주된 이유로 △△△△ 테크놀러지가 원고에게 제공한 여러 가지 작업결과를 원고의 이익이 아닌 △△△△ 본사의 이익을 위해 원고를 관리.통제하는 것에 불과하다고 평가하여 원고가 △△△△ 본사 측으로부터 용역을 제공받았다고 볼 수 없다고 주장하지만, 이는 원고가 별개의 법인격을 가진 독립된 경제주체임을 감안하지 않은 것으로서 법인세법상 평가의 원칙에 반하는 것이다. 따라서 원고는 △△△△ 테크놀러지로부터 이 사건 용역계약에 따라 원고의 영업을 위해 필요한 용역을 제공받았고(국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1, 2호), 그 사실을 증명하는 문서를 보관.비치(제4호)하고 있다고 보는 것이 타당하다.

• 다. 원고가 지급한 대가가 국제조세조정법에 따른 정상가격에 해당하는지 여부 1) 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 은 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래의 가격이 손금으로 인정되기 위한 요건 중의 하나로 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 령 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것을 요구하고 있다(제3호). 국세조세조정법 제5조 및 시행령 제4조 내지 제6조는 국제조세조정법상의 ‘정상가격’ 산출방법에 관한 것으로, 국세조세조정법 제5조 제1항에서는 비교가능 제3자 가격방법 (제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호), 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)을 규정하면서, 다만 제6호의 방법은 제1 내지 5호까지의 방법으로 산출할 수 없는 경우에만 적용한다고 정하고 있다. 시행령 제4조 제3항에 의하면, 위 제6호의 방법은 “법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법”을 말한다. 그런데 국제조세조정법 제4조 제1항, 제5조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제5조 제1항 제1호, 제6조 제2항 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 국제조세조정법 제4조 제1항 을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두 3423 판결, 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조). 이러한 법리는 국제조세조정법 시행령 제6조의2 에서 정한 용역거래의 경우에도 마찬가지로 적용되는 것으로 보아야 한다.

2. 갑 제52호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 △△△△ 테크놀러지에 지급한 용역비의 산정은 다음과 같은 사정에 의해 정해진 것임을 알 수 있다.

① 원고가 △△△△ 테크놀러지에 지급한 용역비는 이 사건 용역계약 및 그에 대한 변경계약을 통해 정해진 원고의 사무직 직원 1인당 비용에 원고의 사무직 직원수를 곱한 금액이다. 원고의 사무직 직원 1인당 비용은 이 사건 용역계약에서 정한 사무직 직원 1인당 7,000FIM이 적용된 귀속연도 2007년, 2008년은 위 금액을 유로화로 환산한 사무직 직원 1인당 1,200유로, 2009. 3. 13.자 변경계약이 적용되는 귀속연도 2009년부터 2011년까지는 사무직 직원 1인당 1,800유로이다.

② 원고의 사무직 직원 1인당 비용은 다음과 같은 과정을 거쳐 산정된다. △△△△ 테크놀러지 등 본사 측은 매년 자신의 경영관리부서, 사업관리부서의 운영비용 중 전 세계 자회사에 대한 지원에 사용된 비용의 비율을 산정한 후, 그에 따른 전 세계 자회사의 총 분담 비용을 각 자회사의 사무직 직원수에 비례하여 나눈 값을 산출하여 이를 기초로 각 자회사와 용역계약을 체결하면서 사무직 직원 1인당 비용을 정하는 것이다.

③ △△△△ 본사 측은 매년 본사 업무부서의 운영비용 중 전 세계 자회사에 대한 지원에 사용된 비율 산정에 관한 보고서를 작성하고 있다.

3. 앞서 본 바와 같이 원고가 △△△△ 테크놀러지로부터 이 사건 용역계약에 따라 원고의 영업을 위한 용역을 제공받은 것이 사실인 이상, 위에서 본 증명책임에 관한 법리에 비추어 피고들로서는 과세처분의 기준이 되는 정상가격을 구체적으로 적시하면서 그 가격이 적법하게 산출되었다는 점까지 증명하여야 할 것인데도, 이 사건에서 피고들은 막연히 그 주장의 사정들에 비추어 원고가 지급한 용역비를 정상가격으로 볼 수 없다는 입장만을 취하고 있다. 따라서 이러한 사정만으로도 이 사건 법인세 등 부과처분 및 소득금액변경통지 처분은 위법하다. 원고가 지급한 용역비가 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호, 시행령 제4조 제3항의 “법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법”에 의해 산출된 정상가격에 해당하는지 여부에 관하여 보더라도, 원고가 △△△△ 본사 측으로부터 원고의 영업에 관한 대부분의 경영판단과 △△△△ 그룹 전체에 통일적으로 적용되는 사항에 대해 수시로 자문을 받아 왔고, 이와 같이 오랜 기간에 일상적으로 이루어지는 용역 제공에 대해서는 개별적으로 비용을 산정하여 청구하는 번잡한 방식보다 총 운영비용에 대한 분담비율을 정하는 방식이 더 간이한 점, 그리고 이러한 방식을 취한다고 하더라도 개별적으로 비용을 산정하여 청구하는 방식보다 더 많은 용역비를 부담하게 된다고 단정할 수 없는 점, △△△△ 그룹의 전 세계 자회사는 선박용 엔진의 판매 중개, 부품 판매, 수리 영업을 주된 영업으로 하기 때문에 사무직 직원의 대부분은 위 영업의 수행을 위해 고용된 것이어서 결국 각 자회사의 사무직 직원수는 그 자회사의 매출액과 어느 정도 관련이 있다고 볼 수 있고, 사무직 직원수나 그 자회사의 매출액에 따라 자문의 횟수, 내용, 난이도 등 그 비용이 증가할 것이라고 볼 개연성이 있으므로, 각 자회사의 사무직 직원수에 비례하여 전 세계 자회사가 부담해야 될 총 비용을 나눈 것에는 합리적인 근거가 있다고 할 것인 점, 원고가 위와 같이 산출된 방법에 따라 △△△△ 본사 측에 지급한 용역비가 원고의 매출액 대비 1%에 미치지 못하는 점 등의 사정을 종합해 보면, 원고가 △△△△ 본사 측에 지급한 용역비는 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호, 시행령 제4조 제3항의 “법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법”에 의해 산출된 정상가격에 해당한다고 보여진다.

• 라. 소결론 원고가 △△△△ 본사 측에 지급한 용역비는 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 에서 정한 손금 인정의 요건을 모두 갖추었다고 할 것이다. 따라서 이를 손금으로 인정하지 않음을 전제로 한 이 사건 법인세 등 부과처분 및 소득금액변경통지 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

원고의 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용한다.