취득한 건물을 철거하고 그 부지에 새로운 건물을 신축한 경우 건물 매입세액은 불공제함

사 건 2011구합6357 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 XX 피 고 북부산세무서장 변 론 종 결

2012. 9. 20. 판 결 선 고

2012. 10. 25.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한, 2010. 8. 5.자 2007년 2기분 부가가치세 000원, 2008년 1기분 부가가치세 000원의 각 부과처분, 2010. 8. 6.자 2007년 귀속 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2010. 8. 8.자 2007년 귀속 000원의 소득금액변동통지처분 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 9. 10.부터 2007. 12. 3.까지 XX토건으로부터 부산 사상구 XX동 279-3, 같은 동 279-21, 부산 사상구 XX동 269-14, 같은 동 269-15 각 지상 건물의 철거 및 공장건물의 신축공사(이하 ’이 사건 공사’라 한다)와 관련하여 공급가액 합계 000원의 매입세금계산서를 받았다. 원고는 위 매입세액 000원을 공제하여 2007년 제2기 예정 및 같은 기 확정 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 원고는 2008. 5. 28. 장AA으로부터 부산 사상구 XX동 389-3 지상 공장건물 2,241.65㎡(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)를 대금 000원에 매입하고, 위 매입 세액 000원을 공제하여 2008년 제1기 확정 부가가치세 신고를 하였다.
• 다. 원고는 XX토건으로부터 교부받은 세금계산서 중 2007년 제2기 예정분 000원, 2007년 제2기 확정분 000원, 합계 000원에 해당하는 것은 가공매입에 따른 것이라면서 2010. 1. 28. 피고에게 과세표준수정진고서를 제출하고 수정된 부가가치세를 자진납부하였다.
• 라. 피고는 원고에 대한 법인세통합조사를 실시하였는데, 조사결과 이 사건 공사와 관련하여 원고가 위와 같이 수정신고 한 금액 이외에도 2007년 제2기 예정 000원, 2007년 제2기 확정 000원, 합계 000원의 세금계산서가 가공된 매입 세금계산서이고, 원고가 이 사건 건물을 취득한 것은 그 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 해당한다는 이유로 위 각 매입세액을 공제하지 아니하여, 원고에게 2010. 8. 5. 2007년 제2기 부가가치세 000원, 2008년 제1기 부가가치세 000원, 2010. 8. 6. 2007 사업연도 법인세 000원을 각 부과처분 하였다. 또한 피고는 2010. 8. 8. 원고에게 대표자 상여로 2007년 귀속 소득금액이 000원으로 변동되었다는 내용의 소득금액변동통지를 하였다.
• 마. 원고는 위 각 부과처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 2010. 11. 8. 심판청구를 하였는데 조세심판원은 2011. 9. 15. ’북부산세무서장이 원고에게 한 2007년 제2기 부가가치세 000원, 2008년 제1기 부가가치세 000원, 2007 사업연도 법인세 000원의 각 부과처분, 2007년 귀속 000원의 소득금액변동통지처분을 이 사건 공사의 건물면적을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정 하고, 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다.
• 바. 피고는 위 결정에 따라 이 사건 공사의 건물면적을 재조사 한 뒤 공사단가를 XX동 공사부분은 평당 000원으로, XX동 공사부분은 평당 000원으로 계산하여 공사비를 인정하였다. 이에 따라 피고가 가공된 것으로 보았던 2007년 제2기 예정 및 확정분 합계 000원 중 000원을 추가로 정상적인 매입으로 인정하여 이를 공제한 000원을 가공매입으로 보아, 피고가 원고에게 부과한 2007년 제2기 부가가치세 000원을 000원으로, 2007 사업 연도 법인세 000원을 000원으로 각 경정(이하 위 일련의 부가가치세 및 법인세 부과처분을 ’이 사건 각 부과처분’이라 한다) 하였고, 피고가 원고에게 통지한 2007년 귀속 000원의 소득금액변동통지처분을 000원으로 경정, 통지(이하 위 일련의 소득금액변동통지처분을 ’이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 4, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증, 을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 1, 2, 을 제14호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 적법여부

• 가. 원고의 주장

1. 원고가 XX토건으로부터 받은 세금계산서 가운데 원고가 자진하여 신고한 금액을 제외하고는 모두 실질적으로 거래가 이루어 진 것이다. 따라서 원고가 000원을 가공매입한 것으로 보아 피고가 위 부분에 관한 매입세액을 공제하지 아니하고 원고에게 부과한 2007년 제2기 부가가치세 부과처분, 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

2. 원고는 이 사건 건물을 타인에게 매도할 목적으로 매수하였는데, 매수자가 나타나지 않아 부득이 이 사건 건물을 철거하고 새로운 공장건물을 신축한 것이고, 위 건물을 철거 후 건물을 신축할 목적으로 매수한 것이 아니다. 따라서 피고가 이 사건 건물의 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 의 토지관련 매입세액으로 보아 공제하지 아니하고 원고에게 부과한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3. 위와 같이 이 사건 각 부과처분이 위법하므로 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 소득금액변동통지처분도 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 관한 판단 을 제11, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① XX토건을 실제로 운영한 홍BB은 국세청 조사과정에서 이 사건 공사 중 XX동 공사는 평당 000원, XX동 공사는 평당 000원의 각 공사 금액이 소요되었다고 진술한 점, ② 원고와 위 홍BB 사이의 통화를 녹취한 녹취록에도 홍BB이 XX동 공사는 000원에서 000원 사이의 공사비가 틀었고, XX동 공사는 000원에서 000원 사이의 공사비가 들었다고 진술한 것으로 기재되어 있는 점, ③ 원고는 스스로 이 사건 공사와 관련하여 XX토건으로부터 받은 매입계산 서 중 일부가 사실과 다르게 기재되었다고 신고한 바 있고, 여기에는 원고와 XX토건 이 금융기관을 통하여 대금을 결제한 부분도 포함되어 있는 점, ④ 원고는 이 사건 공사와 관련된 계약서 등을 전혀 제출하고 있지 않은 점 등을 고려하여 보면, 피고가 위 홍BB의 진술에 따라 인정한 공사비를 초과하는 부분에 관한 매입세금계산서는 사실과 다르게 기재된 것이라 봄이 상당하고, 을 제12호증, 을 제15호증의 1, 2의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 따라서 피고가 이 사건 공사대금 중 000원이 사실과 다르게 기재되었다고 보아 이 부분 매입세액을t공제하지 않고 원고에게 부과한 2007년 제2기 부가가치세 부과처분, 2007 사업연도 법인세 부과처분은 적법하고, 원고의 첫 번째 주장은 받아들일 수 없다.

2. 두 번째 주장에 관한 판단 을 제16, 17호증, 을 제18, 19호증의 각 1, 2, 을 제20호증의 각 기재, 이 법원의 부산광역시 사상구청장에 대한 2012. 6. 27.자 사실조회결과, 이 법원의 부산은행 BPR 지원부장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있고, 을 제12호증의 기재, 증인 하영철의 증언만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

① 원고는 이 사건 건물을 2008. 5. 28. 매수하였는데, 그로부터 채 4개월이 지나지 않은 2008. 9. 9. 부산광역시 사상구청에 공장건물 신축을 위한 건축신고를 하였고, 2008. 10. 9. 이 사건 건물을 철거하였으며, 다음날인 2008. 10. 10. 이 사건 건물 부지에 새로운 공장건물 신축을 위한 공사를 시작하였다. 원고는 2009. 3. 19. 이 사건 공장부지에 새로운 공장들을 완공한 뒤, 2009. 7. 10. 박CC에게 위 공장들을 매도하였다.

② 비록 원고가 이 사건 건물에 관하여 화재보험을 가입하기는 하였으나, 이는 통상적으로 건물을 담보로 은행으로부터 대출을 받기 위해서는 화재보험의 가입이 필수적으로 요구되기 때문인 것으로 보이고, 보험가입기간이 2008. 8. 29.부터 2008. 10. 29.까지로 단기간이어서 위 보험가입사실만으로 이 사건 건물을 계속 사용하거나 매도 할 용도로 취득하였다고 보기는 어렵다.

③ 원고는 이 사건 건물을 매수하면서 이 사건 건물을 공동담보로 부산은행으로부터 대출을 받았는데 위 대출의 대출기간이 4개월에 불과하고, 원i화재보험의 가입기간도 2개월에 불과하여 원고가 이 사건 건물을 계속 사용하거나 매도하려고 이 사건 건물을 매수한 것으로 보기는 어렵다. 위 인정사실에 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 에 규정된 매입세액 불공제대상으로서 ’건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에는 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우도 포함되는 점(대법원 2008. 2. 1. 선고 2007두2524 판결 등 참조)을 보태어 보면, 원고가 이 사건 건물을 철거하고 그 부지에 새로운 공장을 신축한 것은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 피고가 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 (2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것), 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항 제2호에 따라 원고의 이 사건 건물의 취득에 관련된 매입세액 000원을 매출세액에서 공제하지 않고 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분은 적법하고, 원고의 두 번째 주장은 받아들일 수 없다.

3. 세 번째 주장에 관한 판단 이 사건 각 부과처분은 앞에서 본 바와 같이 적법하므로 피고가 이에 따라 사실과 다르게 기재된 매입세금계산서 부분, 이 사건 건물관련 부가가치세 부분 등을 반영 하여 관련 규정에 따라 소득금액을 변경한 이 사건 소득금액변경처분은 적법하고, 원고의 세 번째 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 각 이유 없으므로 이를 모두 기각한다.