손익의 귀속시기를 대금청산일이 속하는 사업연도로 보고 과세한 처분은 적법함

사 건 2010구합4392 법인세등부과처분취소 원 고 XX베스트자동차매매 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2011.5.12. 판 결 선 고 2011.6.16.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 8. 12. 원고 XX베스트자동차매매 주식회사에 대하여 한 2002년도 법인세 1,436,074,630원의 부과처분 및 2009. 8. 14. 원고 최AA에 대하여 한 2002년도 양도소득세 477,873,700원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고 XX베스트자동차매매 주식회사(이하 ’원고 회사’라 한다)는 1986.경 중고자동차매매업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2007. 12. 2. 상법 제520조의2 제1항 에 의해 해산 간주된 회사이고, 원고 최AA는 원고 회사의 대표이사 및 ○○베스트산업 주식회사(이하 ’○○베스트‘라 한다)의 대표이사로 근무하던 자이다.
• 나. 원고 확AA는 2001. 12. 20. 소외 양BB과 사이에, 원고들이 소유하고 있는 ○○베스트와 양BB이 소유하고 있는 △△석유가스 주식회사(이하 ’△△석유’라 한다) 등 4개 회사를 교환하는 내용의 계약(이하 ’이 사건 교환계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 피고는 2009. 8. 12. 이 사건 교환계약에 따른 주식 처분 등에 대해 원고 회사에 게 2002년 귀속분 법인세 1,436,074,630원을 부과(이하 ’이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였고, 같은 달 14. 위 교환계약에 따른 주식양도 등에 대해 원고 최AA에게 2002년 귀속분 양도소득세 477,873,700원을 부과(이하 ’이 사건 양도소득세 부과처분’ 이라 한다)하였다.
• 라. 원고들은 이에 불복하여 이 사건 각 부과처분에 대한 이의 신청을 거쳐 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2010. 6. 30.과 2010. 7. 22. 원고들의 조세심판을 기 각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5호층, 을 제1, 2호층(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 법인세 부과 처분의 적법 여부

• 가. 원고 회사의 주장 법인세법 제40조 제1, 2항, 동법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따르면, 상품 등 외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 위 자산을 양도하고 그 대금을 청산한 날이 촉하는 사업연도이나, 다만 대금을 청산하기 전에 당해 자산을 인도한 경우에는 그 인도일이 속하는 사업연도가 귀속사업연도가 되는데, 원고 회사는 이 사건 교환계약의 내용에 따라 2001. 12. 31. 원고들이 소유하고 있던 ○○베스트의 주식 (이하 ’이 사건 주식’이라 한다) 모두를 양BB 측에 인도하였으므로, 위 2001. 12. 31. 이 속하는 2001년이 익금과 손금의 귀속사업연도가 된다. 그런데, 원고 회사는 2001. 12. 31. 폐업하였는바, 원고 회사의 법인세 신고누락은 폐업으로 언한 불가항력에 기인한 것이므로 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로, 피고는 2001년도 귀속분 법인세의 신고기한인 2002. 3. 31. 다음날로부터 5년 이내에 원고 회사에게 2001년 귀속분 법인세를 부과하였어야 함에도, 2009. 8. 12. 이 사건 법인세 부과처분을 하였으므로, 위 부과처분은 국세 부과제척기간을 도과하여 이루어진 위법한 처분이고, 가사 그렇지 않더 라도 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에 따라 위 2002. 3. 31. 다음날로부터 7년 이 내에 원고 회사에게 2001년 귀속분 법인세를 부과하였어야 하나, 이를 도과하여 이 사건 법인세 부과처분이 이루어졌으므로 위 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정사실

• 가) 원고 최AA는 2001. 12. 20. 양BB과 이 사건 교환계약(원고 최AA와 양BB이 각자 소유하고 있는 회사를 상대방에게 양도한다는 내용으로 2개의 계약서를 작성하였다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다. (아래 내용 생략)
• 나) 이 사건 교환계약 당시 ○○베스트의 지분은 원고 최AA가 10%, 원고 회사가 40%, ○○베스트가 50%를 보유하고 있었는데, 원고 최AA는 자신 소유 지분을 지인들 명의로 소유하여, 소외 곽CC 명의로 5,000주(5%), 소외 서DD, 최EE 명의로 각 2,500주(2.5%)를 보유하고 있었고, ○○베스트는 비상장법인으로서, 주권 및 주주영부 등이 존재하지 않았다.
• 다) 원고 최AA의 위임을 받은 이FF는 2002. 1. 11. △△석유를 소외 최GG에게 양도하는 내용의 계약(이하 ’이 사건 △△석유 양도계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.
• 라) 원고 최AA는 이 사건 교환계약에 의한 정산대금으로 양BB에게 2002. 1. 11. 당좌수표 15억 원, 같은 달 26. 자기앞수표 7억 원, 2002. 3. 11. 약속어음 4억 2,700만 원을 지급하였는데, 원고 최AA가 양BB에게 지급한 위 금원은 모두 이 사건 △△석유 양도계약에 따라 최GG으로부터 지급받은 수표와 어음이었다.
• 마) 한편, 원고들은 이 사건 주식의 처분에 대한 법인세 및 양도소득세 신고를 하지 않았고, 단지 원고 최AA는 △△석유 주식을 최GG에게 양도한 후 양도소득세 신고를 하였는데, 원고 최AA는 위 △△석유 주식의 취득일을 2002. 1. 26., 양도일을 2002. 3. 11.로 신고하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2,4, 5, 8호증, 을 제4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 13, 14 호증의 각 기재, 증인 이FF, 최HH의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

2. 판단

• 가) 이 사건 주식 양도에 따른 익금 및 손금의 귀속사업연도가 언제인지에 관하여 이 사건에서의 쟁점은 원고 회사 소유의 이 사건 주식 양도에 따른 익금 및 손금의 귀속사업연도가 언제인지, 즉 2001년으로 볼 것인지 아니면 2002년으로 볼 것 인지가 쟁점이고, 2002년으로 보게 되면 피고가 국세 부과제척기간 7년 내에 이 사건 법인세 부과처분을 한 것이 되어 적법하지만, 2001년도 보면 국세 부과제척기간 7년을 도과하여 이 사건 법인세 부파처분을 한 것이 위법하고 다만 이 경우에는 사기 기타 부정한 방법으로 조세를 포탈한 경우에 해당되어 국세 부과제척기간을 10년으로 볼 것 인지가 문제되므로, 우선 이 사건 주식 양도에 따른 익금 및 손금의 귀속사업연도가 언제인지 여부에 관하여 본다. (1) 법인세법 제40조 제1, 2항 및 동법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따르면, 상품 등 외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 위 자산을 양도하고 그 대금을 청산한 날의 귀속연도이나, 다만 대금 청산 전에 자산을 인도한 경우에는 자산 인도일이 속한 귀속연도이다.

(2) 그러므로, 우선 원고 회사가 이 사건 주식을 양도하고 그 대금을 청산한 날이 언제인지에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면 알 수 있는 다음과 같은 점, 즉 이 사건 교환계약의 목적물인 ○○베스트와 △△석유 등 4개 회사의 매도대금에 차이가 있어 위 회사들을 상호 교환 후 그 차액에 대해서는 추후 정산이 필요한 점, 위 교환계약서에도 잔금은 2002. 1. 31. 정산에 의해 지급키로 기재한 접, 원고 최AA는 위 교환계약에 따라 양BB으로부터 양수받은 △△석유를 2002. 1. 11. 최GG에게 다시 양도하면서 그로부터 받은 매매대금을 양BB에게 지급한 점 등을 종합하면, 이 사건 교환계약은 원고 최AA가 실질적으로 소유하고 있는 ○○베스트와 양BB이 소유 하고 있는 △△석유 등 4개 회사를 상호 교환하면서 그 자산의 차액은 추후 정산하기로 하는 내용의 약정이라 할 것이고, 원고 최AA는 이어l 따라 2002. 3. 11. 최종적으로 이 사건 주식에 대한 정산대금을 지급하였으므로, 이 사건 주식을 양도하고 그 대금을 청산한 달은 2002. 3. 11.로 봄이 상당하다.

(3) 그런데, 원고 회사는 이 사건 주식의 양도대금을 청산하기 전인 2001. 12. 31. 위 주식을 양BB 측에 인도하였다고 주장하므로 이에 관하여 보건대, 갑 제7호증의 기재에 의하면, 원고 회사, ○○베스트, 곽CC, 최EE가 2001. 12. 31. ○○베스트의 주식에 대한 권리 일체를 포기함과 동시에 양수인에게 위 주식 권리 일체를 양도하는 내용의 주식 양도·양수계약서가 작성된 사실은 인정되나, 한편, 앞서 든 증거에 의하면 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 갑 제7호증인 주식양도·양수계약서는 양도인의 기재만 있을 뿐 양수인의 기재는 전혀 없는 점, 위 계약서의 일자란은 ”서기 200 년 월 일”이라는 부동문자가 기재되어 있는데, 위 부동문자 사이에 일자를 기재하지 않고 일괄적으로 "2001 12 31"이라는 스탬프가 날인되어 있어 누군가가 소급하여 위 일자를 날인하였을 가능성이 있는 점, 곽CC 명의 주식 양도·양수계약서의 경우 곽CC 명의로 보유하고 있는 주식인 5,000주와 달리 7,500주가 기재되어 있는 점, 위 주식 양도·양수계약서에 첨부된 원고 회사와 최EE의 인감증명서 발급일자가 2001. 7. 10.과 2001. 9. 7.로서 위 계약서 작성시점으로 주장된 2001. 12. 31.파는 상당한 차이가 있는 점, 원고 회사는 자신에게 결정적으로 유리한 위 주식 양도·양수계약서를 행정청에 대한 이의신청 및 조세심판의 과정에서는 전혀 제출하지 못하다가 이 사건 변론 기일 직전 에 와서야 양BB 측으로부터 건네받았다며 제출한 점 등에 비추어 보면, 갑 제7호증 의 기재는 믿을 수 없어, 원고 회사 주장과 같이 이 사건 주식이 2001. 12. 31. 양BB 에게 인도되었다고 인정하기 어렵고, 또한, 원고 회사의 위 주장에 부합하는 갑 제6, 14호종의 각 기재 및 층인 이FF, 허KK, 최HH의 각 증언은 을 제4, 13호증의 각 기재에 비추어 믿기 어려우며, 달려 위 주장을 인정할 증거가 없으므로, 2001. 12. 31. 이 사건 주식을 양BB에게 인도하였다는 원고 회사의 위 주장은 이유 없다,

(4) 따라서, 이 사건 주식 양도에 따른 익금 및 손금의 귀속사업연도는 원고 회사가 이 사건 교환계약에 따라 그 대금을 청산한 2002. 3. 11.이 속한 2002년이라 할 것이다.

• 나) 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간에 관하여 (1)5년의 제척기간이 적용되어야 한다는 원고 회사 주장에 관하여 살피건대, 갑 제13호증의 기재에 의하면 원고 회사가 2001. 12. 31. 폐업신고한 사실은 인정되나, 회사인 법인이 폐업신고를 하였다는 사실만으로 국세기본법 제26조의2 제1항 1호 및 1의2호(제척기간 10년의 경우)에 따른 부과나 같은 항 제2호(제척기간 7년의 경우)에 따른 부과를 당연히 할 수 없는 것이라고 할 수 없으므로, 원고 회사가 2001. 12. 31. 폐업신고를 하였다는 위 사실만으로 국세기본법 제26조의2 제1 항 제3호에 따라 5년의 국세 부과제척기간이 적용되어야 한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고 회사가 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건의 국세 부과제척기간 원고 회사가 이 사건 주식의 처분 등에 대해 법인세 관련 신고를 하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제2호에 따라 7년의 제척기간이 적용되어야 한다(이에 대해 피고는, 이 사건은 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세를 포탈한 경우’에 해당하므로, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1 호에 의한 10년의 제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 이는 받아들이기 어렵다)

• 다) 소결론 따라서, 이 사건 주식 양도에 따른 익금 및 손금의 귀속사업연도는 2002년이라 할 것이고. 법인세 부과의 제척기간은 법인세법 제60조 제1항 에 따른 2002년 귀속분 법인세 신고기한인 2003. 3. 31.의 다음날로부터 7년이므로, 2009. 8. 12. 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다 할 것이다.

3. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고 최AA의 주장 구 소득세법 (2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법’이라 한다) 제98조, 동법 시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 시행령’이라 한다) 제162조 제1항은, 자산의 대금 청산일이 불분명하거나, 대금 청산 전에 등록 및 명의 개서된 경우에는 명의개서일 내지 명부에 기재된 등기접수일 등을 해당 자산의 양도시기로 본다고 규정하고 있고, 구 시행령 제162조 제4항은 특정주식의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식을 양도함으로써 당해 법인의 주식 합계액이 100분의 50 이상이 양도되는 날을 양도시기로 규정하고 있다. 그런데, 원고 최AA는 2001. 12. 31. 이 사건 주식을 모두 양BB에게 인도하였으므로, 위 주식의 양도시기는 2001. 12. 31.이고, 결국 원고 최AA의 위 주식 양도에 따른 양도소득은 2001년에 귀속하여. 2001년 귀속분 양도소득세 신고기한인 2002. 5. 31. 다음날로부터 7년이 지나 이루어진 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다.
• 나. 판단

1. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목에서 ’주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등’의 양도소득을 과세대상으로 삼고 있고, 같은 법 제98조, 구 시행령 제162조 제1항에서 양도 또는 취득의 시기에 판하여 ’자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우와 대금을 청산하기 전에 명의 개서 등을 한 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있으므로, 대금 청산일이 불분명하거나, 대금 청산 전에 명의개서 등이 이루어진 경우를 제외하고는 양도시기 등은 ’대금을 청산한 날’로 하여야 함이 명백하다. 그리고 이 사건 양도소득세 부과처분은 원고 최AA가 비상장법인인 ○○베스트 주식의 양도로 발생한 소득에 관한 것으로 이는 구 소득세법 제94조 제l항 제3호 다목에 해당하는 것인데, 구 소득세법 제98조 의 위임에 따라 구 시행령 제162조 제1항이 양도 또는 취득의 시기에 관하여 규정하고 있는데, 그 시행령 제162조 제1항 각 호에서 정하고 있는 경우에 해당되지 않는 한 ”대금을 청산한 날”에 양도된 것으로 보아야 한다. 원고 최AA가 양도한 이 사건 ○○베스트의 주식 양도는 위 시행령 162조 제1항의 각 호에 해당하지 아니하므로, 원고 최AA의 이 사건 주식 양도로 인한 양도소득의 귀속시기는 ”대금을 청산한 날”로 보아야 한다. 또한 원고 최AA가 위에서 주장하는 바와 같은 사유는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 의 규정 즉 ’주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 자산’인 기타자산에 관한 것이고, 이에 따른 구 시행령 제158조가 정하는 기타자산에 해당하는 자산의 양도에 관하여는 그 양도 및 취득의 시기에 관하여 같은 시행령 제162조 제4항에서 원고 주장과 같은 취지와 같이 정하고 있으나, 이는 원고 최AA가 양도한 ’주권 미발행법인’인 ○○베스트의 주식의 양도의 경우에 해당하는 것은 아니다. 따라서 원고 최AA가 이 사건 주식의 양도한 양도소득의 귀속시기는 소득세법 제98조 에 의하여 ’해당 자산의 대금을 청산한 날’로 보아야 한다.

2. 이 사건에 관하여 보건대, 우선, 이 사건 주식이 2001. 12. 31. 양BB에게 인도되었는지에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 갑 제6, 7, 14호증의 각 기재 및 증인 이FF, 허KK, 최HH의 각 증언은 믿기 어렵거나, 그것만으로 이를 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한, 이 사건 교환계약에 따른 이 사건 주식 관련 대금 청산일이 2002. 3. 11.로 명확한 사실, ○○베스트는 주권을 발행하지 않았으며, 주주명부도 존재하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고 최AA가 이 사건 주식을 양도한 양도소득의 귀속시기는 2002. 3. 11.로 보아야 한다.

3. 따라서 원고 최AA에 대하여 이 사건 주식의 양도에 따른 양도소득의 귀속시기를 2002. 3. 11.로 보고 그로부터 7년 이내에 이 사건 양도소득세 부과처분을 한 피고의 처분은 적법하다 할 것이고, 이와 다른 견지에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.