심판원의 재조사결정에 따라 일부 감액경정이 있는 경우 제소기간

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다, 청구취지 피고가 2009. 6. 9. 원고에 대하여 한 종합소득세, 농어촌특별세, 주민세 345,121,373원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 피고는 2007. 7. 2. 부산지방국세청장으로부터 원고가 원고 소유의 건물 임대료 수입금액 1,061,980,702원을 신고누락하였다는 세무조사결과 통지를 받고, 2007. 10. 5. 원고에게 2003 ~ 2006년도 종합소득세 합계 379,964,751원(가산세 포함)을 부과하는 처분을 하였다.
• 나. 원고는 이에 불복하여 2007. 11. 14. 감사원에 ① 임대차계약체결 사설이 없거나 임대료를 받지 못했고, ② 원고 소유의 건물 취득을 위해 부산은행으로부터 대출받은 톤에 대한 이자를 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하면서 심사청구를 하였다.
• 다. 감사원은 2009. 4. 27.경 원고의 ① 주장을 배척하고, ② 주장을 받아들여 “필요 경비인 부산은행 대출금 20억 원에 대한 이자지급액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다”는 결정(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다)을 하였고, 위 결정은 2009. 4. 30.경 원고에게 송달되었다,
• 라. 피고는 감사원의 심사결정에 따라 부산은행 대출금 20억 원에 대한 이자 전부를 필요경비로 인정한 다음, 2009. 6. 9. 원고에게 2003 ~ 2006년도 종합소득세를 34,843,378원을 감액한 345,121,373원(가산세 포함)으로 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 감액 경정처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 춰 지

• 가. 피고의 본 안전 항변의 요지 이 사건 감액경정처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 소에 대하여, 펴고는 이 사건 결정을 통지받은 날로부터 90일을 경과하여 제기된 이 사건 소는 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하다고 주장한다.
• 나. 판단

(1) 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유려한 효과를 가져 오는 처분이므로 그 감액경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부, 제소기간의 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다, 이러한 법리는 국세심판원이 심판청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청요로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정처분의 경우에도 당해 행정청이 심판결정의 취지에 어긋나게 결정하거나 혹윤 그 결정 자체에 위법사유가 존재하여 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 함 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두3585 판결 등 참조)

(2) 위 법리에 비추어 보면, 감사원은 원고의 주장 중 ② 주장은 받아들이고 ① 주장은 받아들이지 아니한 채 원고의 심판청구를 일부 인용하되, 정당한 세액을 구체적으로 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 피고로 하여금 구체적인 과세 표준과 세액을 재조사하여 결정하도록 하는 내용의 이 사건 결정을 한 사실, 이 사건 결정이 2009. 4. 30.경 원고에게 도달된 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 그때부터 90일이 경과한 2009. 8. 19.에서야 비로소 이 사건 소를 제기한 사설은 기록상 명백하므로, 피고가 이 사건 결정의 취지에 어긋나게 이 사건 감액경정처분을 하였다거나 혹은 이 사건 감액경정처분 자체에 위법사유가 존재하여 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 이 사건에서, 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하다.

그렇다면, 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.