공업지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면대상이 아님

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 2. 3. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 60,812,547원에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다(소장 청구취지 기재 처분일 ‘2009. 6. 10.’은 오기로 보인다).

• 가. 원고는 1978. 12. 8. 농지인 ○○시 ○○동 113 답 7,967㎡ 및 같은 동 140 답 1,289㎡에 관한 소유권을 취득하여 이를 소유하고 오다가 2008. 5. 14. ○○○○산업단지 주식회사에게 ○○시 ○○동 113 답 7,967㎡ 중 6,424㎡ 및 같은 동 140 답 1,289 ㎡ 중 1,017㎡를 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 기하여 협의 매도(이하 ‘이 사건 매매’라고 한다)하였는데, 위 113 답 6,424㎡ 중 4,340㎡와 위 140 답 1,017㎡ 중 436㎡는 ☐☐지사가 1999. 10. 25. 공업지역으로 지정한 곳(이하 ’이 사건 토지’라고 한다)이었고, 나머지 매매 목적 토지는 자연녹지였다.
• 나. 원고는 2008. 7. l8. 이 사건 매매와 관련한 양도소득과세표준 신고를 하면서, 이 사건 매매 목적 토지 중 자연녹지 부분에 대하여는 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세 감면 한도액을 1억 원으로 하고, 이 사건 토지에 대하여는 원고가 20년 이상 소유한 농지로서 사업용으로 분류한 후 일반세율을 적용하여 계산한 양도소득세 231,556,492원을 예정신고 ․ 납부하였다.
• 다. 그런데 조세특례제한법이 2008. 12. 26.법률 제9272호로 개정되면서 2008년도 양도분에 대한 양도소득세 감면한도액이 1억 원에서 2억 원으로 확대되자, 원고는 이 사건 토지에 대하여도 원고가 8년 이상 자경한 농지로서 1999. 10. 25. 공업지역으로 지정된 후 3년이 지나도록 처분하지 못한 데 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있다고 주장하면서 2009. 1. 19. 피고에게 예정신고 ․ 납부한 231,556,492원 중에서 9,000만 원을 환급하여 달라는 취지의 감액경정청구를 하였다.
• 라. 이에 대하여 피고는 공업지역으로 편입된 날부터 3년 이내에 이 사건 토지를 매 도하지 못한 것이 사업시행자의 귀책사유로 인한 것이라는 점이 확인되지 않는다는 이 유로 이 사건 토지와 관련하여 양도소득세 감면 규정을 적용하지 않고, 다만 공업용 토지 동에 대한 양도소득세의 감면규정을 추가로 적용하여 감면세액을 결정하고, 자연 녹지에 대하여는 개정된 조세특례제한법에 따라 감면한도를 확대하여 이 사건 매도와 관련한 양도소득세 감면세액을 132,430,504원으로 계산하여 2009. 2. 5. 원고에게 29,187,453원을 환급하기로 결정하고, 60,812,547원에 대한 환급신청은 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 3, 4, 갑 제3 내지 5호증(각 가지번호 포 함), 갑 8호증, 갑 제9호증의 1 내지 4, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 을 제3호증 의 1, 2의 각 기재, 이 법원의 ○○시장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지가 공업지역으로 지정된 후 3년 이내에 이룰 처분하지 못한 근본적인 이유는, 행정관청이 이 토지를 공업지역으로 지정함과 동시에 그 한가운데로 넓은 도시계획도로와 완충녹지지역의 설치를 계획하여 도시계획도로선을 그으면서 개발제한지 역으로 지정하여 공업용지로 활용할 수 없었기 때문인바, 이는 조세특례제한법 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제5항에 의한 부득이한 사유로 인하여 공업지역으로 편입된 날부터 3년이 지나 이를 양도한 경우에 해당하므로, 이 사건 토지의 매매에 관하여도 양도소득세의 감면규정이 적용되어야한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 갈다.
• 다. 판단 1) 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령 령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 제1호 단서 나목, 같은 법 시행규칙 제27조에 의하면, 농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 경우에는 양도소득세를 감면하나, 8년 이상 경작한 자경농지인 경우에도 ‘양도일 현재 특별시, 광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 공업지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’는 양도소득세 감면대상에서 제외하고, 다만 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기간, 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업, 지방공사, 지방공단인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 공업지역 등에 편입된 농지로서, 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 있는 경우에는 양도소득세의 감면대상이 되는 것으로 규정하고 있다.

2. 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지는 양도일 당시 시에 있으면서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 공업지역{최초 공업지역 지정은 구 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지된 것으로서 2000. 1. 28. 법률 제6243호로 전문개정되기 전의 것)에 의하여 이루어졌으나, 국토의 계획 및 이용에 판한 법률 부칙 〈제6655호, 2002. 2. 4.> 제10조에 의하여 위 법률에 의한 것으로 본다} 안에 있는 농지로서 공업지역에 편입된 날로부터 이미 3년이 지난 사실을 인정할 수 있는바, 특별한 사정이 없는 한 양도소득세 감면대상이 되지 않는다 할 것이다.

3. 이에 대하여 원고는 원고가 이 사건 토지가 공업지역에 편입된 날로부터 3년이 되기 전에 이 사건 토지를 매도하지 못한 것은 사업 또는 보상을 지연시킨 사업시행자 의 책임 있는 사유로 인한 것이므로 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목의 ‘부득이한 사유’를 인정할 수 있으므로, 양도소득세 감면대상이 된다고 주장한다. 살피건대, 앞서 든 증거에 의하면, ○○시장은 2000. 1. 27. 이 사건 매매 목적 토지 중 일부를 도시계획도로 예정지로 결정하여 고사하였고, 2006. 6. 15. 이 사건 매매 목적 토지를 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조 에 의하여 개발행위허가 제한지 역으로 지정하여 고시한 사실, ☐☐지사는 2007. 7. 5. 이 사건 매매 목적 토지를 포함하여 그 일대를 일반산업단지로 지정하여 고시하였고, 산업단지개발사업의 사업시행자는 ○○시장이었으나, 2008. 3. 20. ○○○○산업단지 주식회사로 변경되어 ○○○○산업단지 주식회사가 원고로부터 이 사건 토지를 협의취득한 사실을 각 인정할 수 있으나, 공업지역으로 지정된 이 사건 토지 중 일부가 도시계획도로 예정지로 결정되어 있었다는 사정만으로 원고가 공업지역으로 편입된 날로부터 3년이 경과하여 이 사 건 토지를 매도하게 된 데에 사업 또는 보상을 지연시킨 사업시행자의 책임 있는 사유가 있다고 보기 어렵고, 갑 제1호증의 1, 을 제2호증의 2, 을 제4호증의 1 내지 3의 각 기재, 갑 제6호증, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재 및 형상, 갑 제7호증의 형상만으로는 위와 같은 사유를 인정하기 부족하고, 달라 이를 인정할 증거가 없다.

4. 따라서 이 사건 토지는 양도소득세 감면대상이 되지 않는다 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.