대법원 판례 양도소득세

확인된 실지거래가액 양도차익이 기준시가 양도차익보다 큰 경우라도 실지거래가액으로 결정함

사건번호 부산지방법원-2008-구합-5491 선고일 2010.02.11

확정신고 기한까지 실지거래가액으로 양도소득세 신고를 한 후 과세관청이 이를 확인하여 확인된 실지거래가액이 기준시가 양도차익보다 큰 경우라도 확인된 실지거래가액으로 결정함

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 11. 30. 원고에 대하여 한 양도소득세 52,422,320원의 경정부과처분을 취소한다(소장 청구취지 기재 처분일 ’2007. 12. 3. 및 2008. 1. 18.’은 오기로 보인다).

1. 처분의 경위
  • 가. 원고는 2004. 7. 16. 주식회사 ☆☆트(이하 ‘☆☆트’라고 한다)로부터 ○○시 ○○읍 ○○리 120-1 대 1,112㎡, 같은 리 119-3 답 2,063㎡, 같은 리 119-7 답 492 ㎡, 같은 리 119-13 답 241㎡, 같은 리 119-12 답 22㎡(이하 ’이 사건 각 토지 ’라고 한다) 및 그 지상 건물(이하 ’이 사건 건물’이라고 한다)을 합계 1,189,000,000원에 매수 (이하 ’이 사건 매매계약’이라고 한다)하여 취득하였다.
  • 나. 그 후 원고는 2006. 7. 5. 서AA, 구BB에게 이 사건 각 토지 중 ○○시 ○○읍 ○○리 119-3 답 2,063㎡ 중 1,757㎡ 및 같은 리 119-13 답 241㎡(이하 ‘이 사건 양도 토지’라고 한다)룰 724,800,000원에 매도하고, 같은 달 31. 서AA, 구BB에게 소유권 이전등기를 마쳐주었다.
  • 다. 원고는 양도소득과세표준 확정신고기한 전인 2006. 9. 30. 피고에게 원고가 ☆☆트로부터 매수한 1,189,000,000원을 이 사건 각 토지 중 이 사건 양도토지가 차지하는 비율로 안분계산한 604,392,279원을 이 사건 양도토지의 취득가액으로, 724,800,000 원을 이 사건 양도토지의 양도가액으로 하여 이에 대한 증빙서류와 함께 양도소득과세 표준 신고를 하면서 이를 기준으로 계산한 양도소득세 14,238,131원을 예정신고 ․ 납부 하였다. 라.1) 그런데 피고는 2007. 11. 30. 원고가 당초 이 사건 각 토지와 이 사건 건물을 1,189,000,000원에 일괄 취득하면서 이 사건 각 토지에 대한 매매가격으로 위와 같이 금액을 정하였는데, 이 사건 각 토지의 가액이 불분명하므로 각 토지의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 이 사건 양도토지의 실지취득가액을 산정하여야 한다고 판단하여 이 사건 양도토지의 실지취득가액을 411,423,665원으로 산정한 뒤 위 실지양도 가액 724,800,000원에서 취득가액과 필요경비를 제한 양도차익을 기준으로 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 77,235,828원을 증액경정처분을 하였다.

2. 그 후 피고는 2008. 1. 8. 이 사건 양도토지의 실지취득가액의 계산과정에 오류가 있음을 발견하여 새로이 산정한 실지취득가액 474,491,473원을 적용하여 이 사건 양도토지에 대한 양도소득세를 52,422,320원으로 감액경정하는 처분을 하였다(이하 위 2007. 11. 30.자 과세처분 중 위와 같이 감액되고 남은 양도소득세 52,422,320원에 대한 과세처분을 ’이 사건 처분’이라고 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 8, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부
  • 가. 원고의 주장

1. 주위적 주장 원고가 ☆☆트로부터 이 사건 각 토지 및 건물을 매수할 당시 이 사건 각 토지 전체가 ☆☆트의 사업장 부지로 사용되고 있었고, 그 용도지역이 모두 일반주거 지역이었기 때문에 원고와 ☆☆트는 위 매매계약을 체결하면서 이 사건 각 토지의 필지별 가치의 우열을 구분, 특정함이 없이 평당 가격을 1,000,000원으로 정하고, 이 사건 건물은 ○○시의 도로개설로 인하여 곧 철거될 운명에 있어 매매대금을 정할 때 고려하지 않기로 하여 위 매매대금을 평당 가격인 1,000,000원에 이 사건 각 토지의 면접 합계인 1,189평(= 3,930㎡ ÷ 3.305)을 곱하여 매매대금을 1,189,000,000원으로 정하였으므로, 이 사건 양도토지의 실지취득가액은 604,392,279원(≒ 1,998㎡ ÷ 3.305 x 1,000,000원)이라 할 것임에도 피고는 이와 달리 이 사건 양도토지의 실지취득가액을 기준시가에 따라 안분하여 산정한 474,491,473원으로 보고 이 사건 처분을 하였는바, 이는 위법하다.

2. 예비적 주장 원고는 이 사건 양도토지에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 할 당시 기준시가에 의한 취득가액을 신고할 수 있었음에도 실지거래가액에 가한 예정신고가 원고에게 경제적으로 더 유리할 것이라 판단하여 실지거래가액에 기하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 것인데, 이에 대하여 피고가 다른 부동산과 함께 일괄 취득한 이 사건 양도토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 기준시가에 따른 안분계산을 한 결과 실지 거래가액에 기한 양도소득세가 기준시가에 가한 양도소득세보다 원고에게 경제적으로 불리하게 되었는바, 결국 원고의 당초 양도소득세과세표준 예정신고는 착오에 의한 것이 되므로, 피고는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제114조 제4항, 제5항에 의하여 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 다시 산정하는 경정을 하여야 하는바, 결국 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 감다. 다, 판단

1. 주위적 주장에 관한 판단 갑 제5호증의 1, 2, 을 제5호증, 을 제7호증, 을 제10 내지 13호증, 을 제16, 17 호증, 을 제26 내지 36호증, 을 제38 내지 40호증의 각 기재, 증인 최CC의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 각 토지는 ☆☆트의 사업장 부지인바, ☆☆트는 사업장을 정리하기 위하여 위 각 토지를 일괄하여 매도하고자 공인중개사에게 매도 중개를 의뢰한 사실, 원고와 ☆☆트는 이 사건 각 토지의 평당 가격을 1,000,000원으로 정하고 도로 개설로 인하여 철거 예정인 이 사건 건물에 대하여는 매매대급을 책정 하지 아니하기로 하여 위 토지의 평당 가격에 위 각 토지의 면적 합계인 1,189평을 곱하여 매매대금을 1,189,000,000원으로 정하였으나, 당시 이 사건 각 토지 중 일부에 대해 도로 개설이 예정되어 있어 이러한 점도 매매대금 결정에 영향을 미친 사실, 실제로 2004. 7. 30. 이 사건 각 토지 중 ○○시 ○○읍 ○○리 119-3 답 2,063㎡ 중 20㎡ 는 같은 라 119-25로, 같은 리 119-7 답 492㎡ 중 350㎡는 같은 리 119-26로, 같은 리 120-1 대 1,112㎡ 중 714㎡는 같은 리 120-7보 각 분할되어 ○○시장이 2005. 1 12. ○○시 ○○읍 ○○리 119-25, 26 토지는 ㎡당 370,000원을, 같은 리 120-7 토지는 ㎡당 425,000원을 각 적용하여 원고로부터 공공용지 협의취득한 후 도로를 개설한 사실, 이 사건 각 토지 중 ○○시 ○○읍 ○○리 120-1 토지는 그 지목이 대지이고, 이 사건 양도토지를 비롯한 나머지 매매대상토지는 그 지목이 답인 사실, 2004. 2. 18. 을 기준으로 한 ○○시 ○○읍 ○○리 120-1 토지의 개별공시지가는 189,000원, 같은 라 119-3 토지의 개별공시지가는 93,800원, 같은 리 119-7 토지의 개별공시지가는 83,900원이며, 2004. 6. 30.을 기준으로 한 같은 리 119-12, 13 각 토지의 개별공시지 가는 각 93,800원인 사실을 인정할 수 있다. 살피건대, 원고가 ☆☆트로부터 이 사건 각 토지 및 건물을 매수함에 있어 필지별 가치의 우열을 구분, 특정함이 없이 평당 가격을 1,000,000원으로 정하고 이에 위 각 토지의 면적 합계를 곱하여 매매대금을 1,189,000,000원으로 정한 사실은 위에서 인정한 바와 같다. 그러나 한편으로 워 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 각 토지 중 ○○시 ○○읍 ○○리 120-1 토지는 그 지목이 대지이고, 이 사건 양도토지를 비롯한 나머지 토지는 그 지목이 탑으로서, 이 사건 매매계약 당시의 공시지가도 2배 정도 차이가 나는 점, 이 사건 매매계약 당시 이 사건 각 토지 중 도로 개설이 예정되어 있던 토지는 ○○시장에 의한 공공용지 협의취득 등이 예정되어 있어 사가 상승 등을 크게 기대할 수 없었던 반면 도로 개설 예정지 주위의 토지는 도로 개설로 인한 시가 상승을 기대할 수 있었고, 이러한 점이 이 사건 매매계약의 매매대금 결정에도 영향을 미친 점 퉁에 비추어 보면, 실제로는 이 사건 각 토지들 사이에는 그 가치에 있어 우열이 있다고 보이는바, 원고와 ☆☆트가 이 사건 매매계약의 대금결정을 토지의 평당 가격을 기준으로 하였다고 하더라도 이는 위와 같은 토지의 가치 차이를 모두 고려하여 이 사건 각 토지의 전체 매매대금을 정한 것으로 봄이 상당하므로 결국 이 사건 취득가액은 이 사건 각 토지의 가액의 구분이 불명한 경우에 해당한다. 따라서 피고가 구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항의 규정에 의하여 이 사건 양도토지의 취득가액을 취득 당시의 기준시가로 안분하여 계산한 것은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 예비적 주장에 관한 판단 이 사건 양도토지의 양도 당시 적용되던 구 소득세법 제96조 제2항 은 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우, 그 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하는 것을 원칙으로 하되, 그 실지거래가액에 의하여 양도가액을 정할 수 있는 예외를 규정하면서 그 중 하나로 ‘양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’(제6호)를 규정 하고, 같은 법 제114조 제4항 단서는 ‘양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인원 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.’라고 규정하였으며, 같은 조 제5항은 ’제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 ․ 매매 사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한 다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.’고 규정하고 있었고, 구 소득세법 제114조 제4항 단서의 입법취지는 종래의 대법원 판례에 따르면 납세자가 부동산을 양도하고 사실파 다른 실지거래가액으로 양도소득과세표준을 예정 신고 또는 확정신고를 한 후 과세관청의 조사에 의하여 실지거래가액이 확인된 경우에 도 기준시가에 의하여 과세표준과 세액을 정할 수 밖에 없어 그에 따른 도덕적 해이와 불공평을 바로잡기 위하여 과세관청으로 하여금 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득 가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하게 하려는 데 있다. 위와 같은 법령 및 입법취지에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 구 소득세법 제96조 제2항 제6호 에 따라 확정신고기한까지 양도 당시 및 취득 당시의 실지 거래가액을 증빙서류와 함께 납세지 관할세무서장에게 신고한 사실, 관할세무서장은 원고가 신고한 실지거래가액이 사실과 다름을 확인하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한 사실은 위에서 인정한 바와 같은바, 이와 같은 경우 관할세무서장은 구 소득세법 제114조 제4항 단서에 따라 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하여야 하고, 실지거래가액이 확인되는 이상 같은 조 제5항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 여지는 없다고 할 것이며, 원고가 실지거래가액에 의한 양도차익 산정이 기준시가에 의한 양도차익 산정보다 유리함 것으로 잘못 판단하여 구 소득세법 제96조 제2항 제6호 에 따라 실지거래가액을 신고하였다고 하여 원고의 선택에 따라 다시 기준시가에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)