폐기물해양배출업자가 폐기물위탁업체로부터 징수한 해양환경개선부담금의 과세여부

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부답한다. 청구취지 피고가 2006. 7. 3. 원고에 대하여 한 2002년 2기분 14,668,994원, 2003년 l기분 10,382,899원, 2003년 2기분 8,444,742원, 2004년 1기분 8,663,538원, 2004년 2기분 7,544,945원, 2005년 1기분 6,415,059원, 2005년 2기분 5,575,700원의 각 부가가치세 부과처분 빛 2002년 3,661,324원, 2003년 11,529,638원, 2004년 12,950,334원의 각 법인세 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 폐기물 수집운반업, 폐기물 해양배출엽 등을 목적으로 하는 주식회사로서 구 해양오염방지법(2007. 1. 19. 법률 제8260호로 폐지되기 전의 것) 제18조에서 규정 하는 폐기물해양배출업자이다.
• 나. 원고는 폐기물의 처리를 의뢰받은 거래상대방으로부터 해양환경개선부담금요로 2002년 2기 과세기간 중에 76,064,270원, 2003년 1기 과세기간 중에 63,399,430원, 2003년 271 과세기간 중에 53,351,460원, 2004년 1기 과세기간 중에 60,688,700원, 2004년 2기 과세기간 중에 55,019,300원, 2005년 1기 과세기간 중에 48,721,150원, 2005년 2기 과세기간 중에 43,577,545원을 각 교부받았다.
• 다. 원고는 2002년 2기분, 2003년 1기분, 2003년 2기 분, 2004년 l기 분, 2004년 2기 분, 2005년 1기분, 2005년 2기분의 각 부가가치세 신고를 하면서 위 해양환경개선부담금을 매출액에 포함시키지 아니하였다.
• 라. 피고는 2006. 7. 3. 원고가 거래처로부터 수령한 해양환경개선부담금이 계산서 (면세분) 교부대상임에도 불구하고 계산서를 교부하지 않았다는 사유로 부가가치세가 면제된 용역에 관하여 지급받은 2002년 해양환경개선부담금 366,132,486원, 2003년 해양환경개선부담금 1,152,963,840-원, 2004년 해양환경개선부담금 1,295,033,400원에 대 하여 원고에 게 2002년 사업 연도 법인세 3.661.324원 2003년 사업 연도 법인세 11,529,638원, 2004년 사업연도 법인세 12,950,334원을 각 부과 고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).
• 마. 피고는 2006. 7. 3. 원고가 2002년 2기부터 2005년 2기까지 부가가치세가 부과 된 용역과 관련하여 거래처로부터 수령한 해양환경개선부담금을 용역대가로 보고 과세 표준에 포함시켜 부가가치세률 다시 계산한 다음 각종 공제세액(법정공제, 기납부세액) 을 공제하여 2002년 2기분 부가가치세 36,612,320원, 2003년 1기분 부가가치세 27,620,340원, 2003년 2기분 부가가치세 19,162,850(14, 104,040원 + 5,058,810원), 2004년 1기분 부가가치세 22,706,380원(17,858,220원 + 4,848,160원), 2004년 2기분 부가가치세 21,052,830원(13,775,020원 + 7,277,810원), 2005년 1기분 부가가치세 23,671,520원(14,848,750원 + 8,822,770원), 2005년 2기분 부가가치세 635,647,450원을 부과 고지하였다. 이후 피고는 2008. 3. 10. 국세심판원 결정에 의하여 2005년 2기분 부가가치세를 458,270,297원으로 경정하였다(이하 2006. 7. 3. 부과 고지된 2002년 2기분, 2003년 1기분, 2003년 2기분, 2004년 1기분, 2005년 1기분 각 부가가치세 부과처분 및 2008. 3. 10. 경정 고지된 2005년 2기분 부가가치세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 부가 가치세 부과처분’이라 한다, 원고의 2009. 4. 9.자 청구취지 정정신청서 기재 각 부가가 치세 세액은 피고가 2006. 7. 3. 원고에게 부과한 2002년 2기분부터 2005년 2기분까지의 부가가치세의 세액 중 위 과세기간 동안 원고가 지급받은 해양환경개선부담금에 대한 세액만을 따로 계산한 것으로 보인다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1 내지 3, 갑 3호증의 3 내지 13, 을 1호증의 1 내지 3, 을 2호증의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 해양환경개선부담금은 해양부장관이 부과하는 공과금 성격의 금원으로 원고가 용역대가와는 별도로 거래처로부터 수령하여 거래처를 대행하여 납부하는 것에 불과하므로, 법인세법 제121조 제1항 에서 정한 계산서 교부대상이 되지 아니하고 부가가치세법 제13조 제1항 의 용역의 대가가 아님에도 불구하고 이와 다른 전제에서 한 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 부가가치세 부과처분은 각 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 법인세법 제121조 제1항, 제76조 제9항 제l호는 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에 계산서를 교부하지 아니한 경우 관할세무서장은 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 하고, 부가가치세법 제13조 제1항, 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가이고, 거래상대자로부터 받은 대금 요금 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있는바, 이 사건에서는 원고가 거래상대방으로부터 받은 해양환경개선부담금이 원고가 공급한 용역의 대가에 해당하는지 여부가 문제가 된다. 살피건대, 구 해양오염방지법(2007. 1. 19. 법률 제8260호로 폐지되기 전의 것) 제46조의3 제1항은 폐기물해양배출업자의 폐기물 해양배출행위에 대하여 해양환경개선부담 굽을 부과 정수한다고 규정하고 있는바, 폐기물해양배출업자들은 원칙적으로 금지되어 있는 폐기물 해양배출을 예외적으로 허용 받아 이를 영업으로 하면서 그 이득을 취하고 있고, 폐기물해양배출업자와 해양폐기물처리 위탁자를 해양오염의 원인을 제공한 자라는 측면에서 보더라도 해양오염의 원인 폐기물의 발생부터 분뇨 및 폐수처리장 등 을 통한 중간처리단계, 이러한 단계를 거친 폐기물의 폐기물해양배출업자를 통한 해양 투기에 이르기까지 폐기물의 형태 및 양응 지속적으로 변화하며 해양 투기가 이루어지기까지의 일련의 과정 속에서 어느 한 특정 집단을 해양오염의 원인 제공자로 그 책임 을 묻는 것은 현실적으로 쉽지 않은 상황에서 입법자가 해양 투기의 직접적 행위자인 폐기물해양배출업자를 해양오염 발생에 더욱 밀접한 관련이 있는 것으로 보아 위 법에서 해양환경개선부담금을 부과시키고 있으므로(헌법재판소 2007. 12. 27. 선고 2006헌 바25결정 참조) 해양환경개선부담금은 그 부담주체가 원고와 같은 폐기물해양배출업자 들이지 폐기물해양배출업자에게 폐기물 배출을 위탁하는 거래의 상대방이 아니다. 따라서 원고가 폐기물 배출을 위탁한 거래처로부터 해양환경개선부담금을 지급받은 것은 해양환경개선부담금의 정수의 대행이 아니라 자신이 경제적 부담을 거래의 상대방에게 전가시킨 것으로서 위 해양환경개선부담금 상당액은 용역의 공급에 대한 대가라고 봄이 상당하다. 따라서 원고는 위 해양환경개선부담금 상당액에 대하여 법인세법 제121조 제1항 에 의하여 거래의 상대방에게 계산서를 교부하여야 할 의무가 있음에도 계산서를 교부하지 아니하였으므로 이 사건 법인세부과처분은 적법하고, 위 해양환경개선 부담금 상당액은 원고가 납부해야 할 부가가치세의 과세표준에 포함된다고 할 것이므로 이 사건 부가가치세 부과처분 역시 적법하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.