1. 처분의 경위
다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제4호증, 을 제1호증 내지 제3호증의 2, 제7호증의 1,2, 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
- 가. 원고는 부동산 분양․임대업, 건축업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 지상에 지하 1층, 지상 11층, 연면적 1,792.89㎡, 총53세대의 ‘○○○○○○’ 오피스텔(이하 이 사건 오피스텔이라고 한다)을 건축하고 2005. 4. 30. 사용승인을 받았는데, 그 과정에서 이 사건 오피스텔의 건축공사수급인인 소외 ○○○○건설 주식회사 등으로부터 매입세금계산서 34매(공급가액 합계 1,103,079,415원)를 교부받았다.
- 나. 그 후 원고는 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 오피스텔 53세대 중 15세대(203호, 303호, 501호, 504호, 604호 703호, 704호, 705호, 706호, 806호, 901호, 905호, 1002호, 1003호, 1103호)를 타에 임대하고 피고에게 2005년 제1기 부가가치세 신고를 함에 있어 501호에 대한 임대료 등 수입 400,000원을 과세임대수입금액(과세표준)으로, 501호를 제외한 나머지 14세대(이하 이 사건 임대부분이라고 한다)에 대한 임대료 등 수입 5,450,000원을 면세임대수입금액으로, 소외 회사 등으로부터 수령한 위 세금계산서상의 세액 합계 110,307,933원(이하 이 사건 매입세액이라고 한다)을 공제매입세액으로 신고하였다.
- 다. 이에 피고는 2006. 1. 2, 원고에게, 원고가 이 사건 임대부분을 상시주거용으 로 임대하여 면세사업인 주택의 임대용역을 제공하는 사업(이하 주택임대업이라고 한다)을 하였다는 이유로 이 사건 매입세액 중 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 의하여 산정한 102,762,870원{110,307,933 × 5,450,000/(400,000 + 5,450,000)}을 면세사업인 주택임대업에 관련된 매입세액으로 보아 이를 과세임대 매출세액에서 공제하지 아니하고 2005년 제1기분 부가가치세 49,599,780원(가산 세 포함)을 부과(이하 이 사건 처분이라고 한다)하였다.