실지거래로 보아 손비로 인정할 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 8. 25. 원고에 대하여 한 2003년 귀속법인세 154,633,040원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ ○○프라자 205호에서 전기소방설비업ㆍ기계설비공사업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 원고는 2003년 제2기에 주식회사 ○○○○산업 등 3개 업체 명의의 공급가액 합계 420,650,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하여 이를 매입세액에서 공제하고 공사원가로 손금에 산입하여 2003년 제2기 부가가치세 및 2003사업년도 귀속 법인세를 각 신고하였다.
• 다. 피고는 2005. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 세금계산서를 위장거래에 따른 것으로 파악하고, 그 매입세액을 불공제하여 2005. 8. 10. 원고에게 2003년 제2기 부가가치세 73,465,240원을 경정‧고지하였으나, 이 사건 세금계산서에 기재된 금액은 여전히 원고의 손금으로 인정하여 법인세를 별도로 경정ㆍ부과하지는 않았다.
• 라. 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래가 없는 가공세금계산서이므로 이를 손금에 산입할 수 없다는 감사원의 지적에 따라, 이 사건 세금계산서의 매입액을 손금불산입하여 2006. 8. 25. 원고에게 2003사업년도 귀속 법인세 154,633,040원을 대표자에 대한 상여로 소득처분한 후 소득금액변동통지를 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 을 1 내지 5호증, 을 7 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 ○○○○해상보험 주식회사로부터 ○○○○ 금융연구소 신축공사 중 기계‧설비공사와 ○○○○ 수원사옥 설비공사를 각 수급받고, 이○○, 윤○○(이하 ‘이○○ 등’이라 한다)과 사이에 위 각 공사에 필요한 자재 중 배관자재(백광관, 동관 등)의 납품계약을 체결한 다음, 이○○ 등으로부터 배관자재를 공급받아 이를 이용하여 위 각 공사를 수행하였다. 원고는 이○○ 등에게 위 배관자재 대금을 모두 지급하면서 이 사건 세금계산서를 받았는데, 이 사건 세금계산서는 이후에 사실과 다른 세금계산서인 것으로 밝혀지기는 하였으나, 원고는 이 사건 세금계산서에 상응하는 물품대금을 이○○ 등에게 실제로 전부 지급하였으므로, 위와 같이 물품대금을 지급한 부분은 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 손금으로 산입되어야 함에도, 이를 손금으로 산입하지 않고서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 법인세법 제19조 (손금의 범위) 법인세법 제112조 (장부의 비치 기장) 법인세법 시행령 제19조 (손비의 범위)
• 다. 인정사실 ⑴ 원고가 이○○ 등으로부터 수취한 이 사건 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서인 사실이 밝혀졌는데, 그 구체적인 내역은 아래와 같다. ⑵ 원고는 피고의 위 세무조사시, ○○○○ 금융연구소 신축공사 중 기계‧설비공사를 수행하기 위하여 2003. 1. 6. 이○○과 사이에 계약금액 325,250,000원(부가가치세 별도), 납품계약기간 2003. 1. 6. ~ 2003. 12. 30.로 정하여 자재구매계약을 체결하였고, ○○○○ 수원사옥 설비공사를 수행하기 위하여 2003. 7. 1. 윤○○과 사이에 계약금액 95,400,000원(부가가치ㅔ 별도), 납품계약기간 2003. 7. 1. ~ 2004. 2. 28.로 정하여 자재구매계약을 체결하였으며, 이○○ 등으로부터 위 각 자재구매계약에 따라 동관, 백광관 등 배관자재를 실제로 납품받았다고 주장하며, 각 자재구매계약서(갑 5호증, 을 6호증의 1, 2)를 제출하였다. ⑶ 위 각 구매계약 체결일 당시, 이○○은 원고 회사에서 주로 견적을 담당하는 공무담당 직원으로 근무하고 있었고(현재까지도 원고 회사의 직원이다), 윤○○은 건강보조식품 판매업을 영위하는 주식회사 ○○○○ ○○○, 주식회사 ○○○○ 등을 위하여 건강보조식품을 판매하고 판매수수료를 받는 일을 하고 있었으며, 윤○○이 건설회사에 근무하거나 배관자재를 제조ㆍ판매한 경력은 없다. ⑷ 원고가 2003년 1월부터 2004년 3월까지 사이에 이○○에게 아래 내역과 같이 합계 344,727,827원을 송금해 주었다. ⑸ 원고와 이○○은 2003년 5월부터 2003년 10월까지 사이에 윤○○에게 아래 내역과 같이 합계 101,975,628원(형식상 송금액은 이보다 1,800원 많은 101,977,428원이나 위 1,800원은 송금수수료에 해당하는 것으로 보이므로 제외한다)을 송금해 주었는데, 그 중 송금일자에 * 표시가 된 덧은 이○○이 직접 송금한 것이고, 그 액수는 합계 21,440,000원이다. [인정 사실] 갑 1호증의 1, 2, 갑2, 3호증, 갑 8, 9호증, 을 6호증의 1, 2, 을 7, 8호증, 을 13호증의 1 내지 3, 을 14호증의 1, 2, 을 15, 16호증, 을 18호증의 1, 2, 을 19호증, 을 20호증의 1, 2, 을 21호증의 각 기재, 증인 이○○의 일부 증언(아래에서 믿지 아니하는 부분 제외), 변론 전체의 취지
• 라. 판단 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서, 원고가 주장하는 비용의 지급 상대방이 허위인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 이 경우 신고내역대로의 비용지출은 아님은 시인하면서 같은 금액만큼의 비용지출이 있었다고 주장하는 원고에게 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여 입증할 필요가 있다 할 것인데, 위 인정 사실 및 갑 4호증의 1, 2, 3, 갑 6, 7호증, 갑 10호증의 1, 2, 3, 갑 11호증의 각 기재와 증인 이○○의 일부 증언(아래에서 믿지 아니하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 이○○ 등과 배관자재 납품계약을 체결하였다고 주장하고 있으나, 이○○은 원고 회사의 직원이고, 윤○○은 건강보조식품을 판매하던 자로서, 동관, 백강관 등 배관자재의 제조자 또는 판매자가 아니므로 이○○ 등과 위와 같은 납품계약을 체결하였다는 사실이 선뜻 납득되지 않는 점, ② 원고는 이○○ 등에게 배관자재를 공급한 공급처를 전혀 밝히지 못하고 있는 점(증인 이○○ 역시 무자료거래를 했기 때문에 공급처를 밝힐 수 없을 뿐만 아니라 자재대금을 지급한 금융자료도 가지고 있지 않다고 진술하였다), ③ 원고가 제출한 단위공사별 내역서(갑 4호증의 3, 갑 19호증의 3, 원고가공사를 수급한 후 ○○○○○○○○ 주식회사에 제출한 서류임)의 비고란에 ‘이-’ ‘윤-’ 등으로 기재되어 있으나, 이와 같은 기재는 ○○○○○○○○ 주식회사에 제출될 당시부터 있었던 것이 아니고, 피고로부터 세무조사를 받을 당시에 원고 측이 기재한 것이어서 선뜻 믿기 어려운 점, ④ 원고와 이○○ 사이의 자재동급 계약금액은 357,775,000원(부가가치세 포함)이나, 원고가 이○○의 계좌로 송금한 금액은 344,727,827원이고, 원고와 윤○○ 사이의 자재공급 계약금액은 104,940,000원(부가가치세 포함)이나 원고가 윤○○의 계좌로 송금한 금액은 80,535,628원(이○○이 직접 윤○○에게 송금한 21,440,000원을 합하더라도 101,975,628원이다)으로서 그 액수가 서로 맞지 않는 점(원고는 일부 현금으로 지급한 부분도 있다고 주장하나 이 법원이 믿지 아니하는 증인 이○○의 일부 증언 외에는 이를 인정할만한 증거가 없다), ⑤ 원고와 이○○ 등 사이의 자재구매계약서상 대금지불은 자재납품일의 익월말에 하기로 기재되어 있으나, 원고는 자재가 공급되기도 전인 2003. 10. 28 이전에 이미 이○○에게 그 계약금액의 절반을 훨씬 초과하는 224,081,839원을 송금하였고, 윤○○에게는 자재구매계약이 체결된 2003. 7. 1. 이전에 이미 두차례에 걸쳐 합계 34,000,000원(이○○이 직접 송금한 금액 포함)을 송금하였을 뿐만 아니라, 같은 달에도 수회에 걸쳐 금액을 송금한 바 있고, 이○○의 경우 자재납품이 완료된 때로부터 4개월여가 경과한 이후인 2004. 3. 26.에도 송금이 이루어진 사실 및 이○○이 원고의 직원인 사실 등에 비추어 보면, 원고가 이○○ 등에게 송금한 위 금원이 위 각 자재구매계약에 따른 물품대금이라고 보기는 어렵고, 오히려 그 외의 다른 명목으로 지급된 것이라고 볼 여지가 있는 점, ⑥ 원고가 제출한 배관자재의 입고현황서(갑 6호증) 또는 입고확인서(갑 7, 11호증)에 의하더라도 배관자재가 입고되었다는 사실이 기재되어 있을 뿐, 배관자재의 구체적인 입고경위 등에 대하여는 전혀 기재되어 있지 않은 점 등을 종합하면, 원고가 이○○ 등으로부터 실제로 배관자재를 구입하고 그 물품대금을 지급하였다고 보기 어려우므로, 이 사건 세금계산서상의 공급가액(물품대금)을 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 손금에 산입해야 한다고 볼 수 없다(이와는 달리 원고가 이○○등으로부터 배관자재를 구입하고 그 물품대금을 지급하였다는 원고의 주장에 부합하는 듯한 증인 이○○의 일부 증언은 위와 같은 사정에 비추어 믿기 어렵고, 갑 4호증의 1, 2, 3, 갑 5, 6, 7호증, 갑 10호증의 1, 2, 3, 갑 11호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다). 따라서, 이와는 다른 사실관계에 터잡은 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.