부외 유류매입액이라 주장하는 출금액을 회사의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 11. 3. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 법인세 130,022,420원 및 2004년도 귀속 법인세 92,243,640원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 선박용 유류 판매업을 하는 법인으로, 2003년도 소득금액을 296,874,548원, 2004년도 소득금액을 59,120,233원으로 계산하여 이를 과세표준으로 2003년도 법인세 62,455,457원, 2004년도 법인세 8,593,097원을 신고․납부하였는데, 그후 피고의 세무조사 결과 원고가 2003년도에 745,262,000원, 2004년도에 883,618,000원의 석유류를 공급하고도 세금계산서를 발행, 교부하지 않아 동액 상당의 수입금액을 누락한 것으로 확인되어, 피고는 2005. 11. 3. 원고에게 위 금액을 각 과세연도별로 익금산입하고 그에 대응하는 손금은 추계결정하여 2003년도 법인세 260,145,050원, 2004년도 법인세 257,632,900원을 추가로 부과하는 경정처분을 하였다.
• 나. 원고는 2005. 12. 19. 위 2005. 11. 3.자 경정처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 하였고, 그 심사절차에서 유류판매업의 경우 매입 없는 매출이 있을 수 없으며 원고의 법인 계좌 및 직원들의 계좌에 의하면 위 매출누락액에 대응하는 매입누락액이 2003년도 724,040,000원, 2004년도 1,043,145,000원으로 확인된다고 주장하였으나, 국세청장은 원고가 주장하는 매입누락액 중 원고 회사 대표이사 김○○, 직원인 김○○, 강○○, 강○○, 김○○의 개인명의 계좌에서 출금된 부분인 2003년도 414,740,000원, 2004년도 551,811,000원만을 매입누락액으로 인정하여 2006. 12. 13. ‘위 2005. 11. 3.자 부과처분은 장부 기타 증빙서류를 근거로 법인세의 과세표준과 세액을 경정하되, 매입비용 996,551,000원(2003년도 414,740,000원, 2004년도 551,811,000원)을 손금에 산입하는 것으로 하여 이를 경정한다’는 내용의 결정을 하였으며, 그 후 위 결정 내용에 따라 피고는 원고에게 위 2005. 11. 3.자 각 부과처분을 2003년도 귀속 법인세 130,022,420원 및 2004년도 귀속 법인세 92,243,640원으로 감액하여 부과하는 것으로 경정하였다(이하 위 2005. 11. 3.자 각 부과처분 중 위와 같이 감액 경정되어 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3호증(각 가지번호 포함), 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 유류판매업을 영위하는 사업자로서 일부 비정상적인 영업 형태로 러시아 등 외국 선박으로부터 해상에서 선박용 유류를 구입하여 이를 국내 해운회사에 판매하였는데 위와 같은 유류를 구입할 때는 세금계산서를 수취할 수 없는 반면 이를 판매할 때는 세금계산서를 발행하여야 했으므로 그에 대응하는 매입자료가 필요하였다. 이에 원고는 위와 같이 비공식적으로 구입한 유류 대금에 상당하는 육상용 유류를 ○○로부터 구입한 다음, 이를 주유소 등에 세금계산서를 발행하지 않은 채 부가가치세를 받지 않고 판매하였으며, 위와 같이 비공식적으로 구입한 유류 대금과 부가가치세를 받지 않고 주유소 등에 판매한 유류대금은 그 액수가 비슷하므로 이를 무시하고 법인의 장부 기재 및 회계처리를 하고 그에 기초하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다. 따라서, 원고회사의 부외 매출은 부외 매입분에 대한 매입근거로 매입세금계산서를 확보하기 위한 것이었기 때문에 부외 매출액은 부외 매입액과 큰 차이가 날 수 없고 부외 매입액을 초과할 수도 없는바, 원고의 부외 매입액은 별지 1 기재 유종별 지급내역 중에서 법인 계좌상의 출금액(2003년도 309,300,000원, 2004년도 491,334,000원, 이하 ‘이 사건 법인 계좌 출금액’이라고 한다)까지 합하여 2003년도 724,040,000원, 2004년도 1,043,145,000원으로 보아야 누락된 부외 매출액과 상응하게 되어 비로소 합리적이 되며, 법인 계좌 상 출금액을 직원 계좌에서 출금된 금액과 달리 취급하여 손금에 불산입할 합리적인 이유가 없는데도, 이와 다른 전제에 서서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령

○ 법인세법 제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

• 다. 인정사실

(1) 원고 회사는 2003년도부터 2005년도 사이에 석유정제업자나 석유수출입업자가 아닌 러시아 선박 등으로부터 선박용 경유, 중유, 벙커씨유 등의 해상유류를 구입하여(이하 ‘이 사건 부정 유류 구입’이라고 한다) 국내 선박회사에 고가에 판매하는 부정한 방식으로 일부 영업을 하였는데, 그 구체적인 과정은 러시아 선박 등으로부터 구입한 해상유류가 바지선에 입고되면 원고 회사의 선박 부사무장인 김○○ 이사나 직원인 김○○이 이를 계측하여 유종 및 수량을 확인하여 원고 회사에 보고한 후 대표이사 김○○ 명의의 ○○계좌(계좌번호: ○○○-○○-○○○○○○, ○○○-○○-○○○○○○)에서 출금한 현금을 유류 대금으로 바로 지급하거나 위 김○○ 명의의 ○○계좌에서 직원인 김○○, 강○○, 강○○, 김○○의 개인명의 예금 계좌로 계좌이체를 하면 위 직원들이 이를 출금하여 지급하는 방법으로 이루어졌고, 그 대금은 1회에 적게는 수백만 원에서 많게는 30,000,000원에서 40,000,000원 사이 정도였고, 보통은 20,000,000원 전후가 가장 많았으나 각각의 구매 시 마다의 정확한 구매 금액은 확인할 수 없다.

(2) 이 사건 법인 계좌 출금액이 원고 회사 명의의 ○○은행 계좌(계좌번호: ○○○-○○-○○○○-○○○)에서 인출된 사실은 대체로 인정되고(금액이 일치하지 않는 부분이 일부 있다), 위 계좌에서 출금된 부분이 원고 회사의 법인 장부 및 재무제표 작성에 반영되었으나, 그 출금 목적은 법인 장부에 기재되어 있지 않아 이를 확인할 수 없다.

(3) 원고 회사의 실질적인 대표이사인 노○○는 2005. 10.경 이 사건 부정 유류 구입과 관련하여 세금계산서를 교부하지 않는 등 세금을 포탈한 혐의로 ○○지방국세청에서 조사를 받을 당시 ‘부정 유통 유류 구입에 사용된 금액은 현재로서는 정확히 알 수 없고, 언제, 얼마의 금액이 지급되었는지도 알 수 없다. 다만, 해운회사에 매출된 유종 및 수량을 감안하여 별지 2 기재 무자료 구입 지급내역(강○○, 강○○, 김○○ 명의의 통장에서 2003년도 873,513,000원, 2004년도 522,940,000원이 이 사건 부정 유류를 구입하는데 지급되었다는 내용이다)이 부정 유류의 구입에 사용된 금액으로 판단된다.’고 하면서 이를 제출하였다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 4 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김○○, 김○○, 노○○의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판 단

(1) 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 위와 같이 익금에 산입할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 손금에 산입할 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같은 비용을 신고 누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 입증을 하여야 할 것인바, 이는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소 신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소 신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고로 하여금 입증케 함이 입증의 난이와 형평면에서도 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다.(대법원 1992. 3. 27. 선고 91누12912 판결 등 참조)

(2) 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 위 각 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 회사 직원들이 이 사건 부정 유류 구입시 작성하였다고 주장하는 메모들{갑 5, 6호증(각 가지번호 포함)}만으로는 그 단가와 구입금액 등을 정확히 확인할 수 없어 그 메모 기재 일자에 대응하는 이 사건 법인 계좌 각 출금액이 부정 유류의 구입 대금으로 지급된 것이라고 단정할 수 없는 점, ② 위 메모의 내용과 이 사건 법인 계좌 출금액의 일자, 유종, 수량 등이 정확히 일치하지 않는 점, ③ 원고의 실질적인 대표이사인 노○○는 국세청의 조사과정에서 원고 회사 직원 명의의 통장에서 이 사건 부정 유류 구입 대금이 지출되었다고 주장하였을 뿐, 원고 회사 명의의 계좌는 언급한 바가 없고, 그 구체적인 내역으로 별지 2 기재와 같은 무자료 구입 지급 내역을 제출하였으나, 위 내역서에도 지출계좌란에 원고 회사 명의의 계좌는 기재되어 있지 않은 점, ④ 위 내역서를 기초로 매입액으로 주장한 금액은 2003년도 873,513,000원, 2004년도 522,940,000원이나 이 사건 소송에서 주장하는 매입액은 원고 회사의 직원들 명의 계좌에서 출금된 부분과 이 사건 법인 계좌 출금액을 합하여 2003년도 724,040,000원, 2004년도 1,043,145,000원으로 그 액수가 일관되지 못한 점, ⑤ 원고 회사가 직원 명의로 차명 계좌를 개설하고 그 통장에서 인출된 금액을 원고 회사의 유류 구입비용으로 사용한 후 이를 법인세 신고시 누락하였다면 이는 원고 회사의 비용에 해당하여 추가로 원고 회사의 손금으로 인정할 수 있으나, 이와 달리 원고 회사 명의의 계좌에서 인출된 현금은 앞서 본 바와 같이 그 내역이 이미 원고 회사의 장부에 대표이사의 일시가지급금 또는 다른 비용항목 등으로 반영되어 법인세 신고가 되었으므로 이를 추가로 손금으로 인정할 경우 비용을 이중으로 인정하는 셈이 되어 부당한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인 계좌 출금액이 이 사건 부정 유류의 구입대금으로 지급되었다고 단정하여 이를 원고 회사의 손금으로 인정할 수 없고, 갑 5, 6, 15호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김○○, 김○○, 노○○의 각 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 법인 계좌 출금액을 원고 회사의 손금으로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.