1. 부과처분의 경위
다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 갑제2호증의 1내지3, 갑제17호증의 2. 을제1,2호증의 각 1내지9, 을제3호증의 1내지5의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
- 가. 원고(종전의 상호는 ㅇㅇ투자금융 주식회사였다)는 단기금융업, 부동산임대업등을 영위하는 법인으로서 1989. 7. 6. 소외 ㅇㅇ산업 주식회사(이하 소외 ㅇㅇ산업이라고 한다)와 사이에 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 5가 50 대 1322.6㎡ 지상에 지상 13층, 지하 5층 연면적 13,766.05㎡ 규모의 일반업무시설(이하 이 사건 건물이라고 한다)의 신축공사를 도급하여 주는 내용의 공사계약을 체결하고 같은 달 11. 원고 명의로 건축허가를 받아 신축공사를 하여 오던 중 1992. 12. 4. 소외 ㅇㅇ통상 주식회사(이하 소외 ㅇㅇ통상이라고 한다)에 신축중인 이 사건 건물의 10분의 6지분에 관한 모든 권리와 의무를 승계시키기로 한 후 같은 달 12. 그 건축주 명의를 원고와 소외 ㅇㅇ통상의 공동명의로 변경하였고, 한편 원고는 1986. 9. 15.부터 그 소유의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 4가 49 대 304.5㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 원고 및 그 직원과 고객의 주차장으로 사용하여 왔다.
- 나. 이에 피고는, 원고의 위와 같은 거래가 실질적으로 신축중인 이 사건 건물 중 10분의 6지분을 양도한 것으로서 부가가치세법상 재화의 공급에 해당된다고 보고 그때까지의 건물 완성도에 따라 그 공급가액을 11,744,327,889원으로 계산한 후 1994. 4. 16.자로 1992년 제2기분 부가세 1,319,928,400원을 부과하는 한편, 이 사건 토지를 법인세법상 비업무용부동산으로 보아 원고의 차입금에 대한 지급이자 중 위 토지등 관련 지급이자인 1990. 7. 1.부터 1991. 6. 30.까지 사업연도분 151,855,111원과 1991. 7. 1.부터 1992. 6. 30.까지 사업연도분 179,887,192원을 각 손금에 불산입하여 같은 날짜로 1991년 귀속 법인세 83,250,060원 및 1992년 귀속 법인세 87,098,760원을 부과하는 처분을 하였다.