이 사건 종전주택의 양도를 일시적 1세대 2주택으로 볼 수 없음

사 건 2025누2317 양도소득세부과처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 29. 판 결 선 고

2025. 9. 19.

1. 원고(선정당사자)의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고(선정당사자)가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2024. 1. 22. 원고(선정당사자, 이하 ‘원고’라 한다) 및 선정자 BBB에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 각 110,919,050원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 당사자 관계 원고와 선정자 BBB(이하 ‘BBB’이라 하고, 원고와 BBB을 통틀어 ‘원고 등’이라 한다)은 부부이고, CCC은 BBB의 어머니이다.
• 나. 원고 등의 부동산 양수 및 양도 경위

1. BBB은 2016. 12. 22. 00 00구 DD동 99-23 외 6필지 지상의 집합건물인 DDQQ빌 층 제에이203호(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)에 관하여 같은 일자 강제경매로 인한 매각을 원인으로 한 소유권이전등기를 하고, EE은행 주식회사(이하 ‘EE은행’이라 한다) 명의로 같은 일자 설정계약을 원인으로 하여 채권최고액110,400,000원, 채무자를 BBB으로 하는 근저당권설정등기(이에 따른 근저당권을 ‘이사건 근저당권’이라 한다)를 하였다.

2. 원고 등은 2019. 11. 12. DDD으로부터 부산 DD구 DD동 1039 지상 DD역00001차 제000동 제2층 제000호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 535,000,000원에 매수하였다. 매매대금 중 계약금 53,000,000원은 계약 당일, 잔금 62,000,000원은 2020. 1. 7. 지급하기로 하고, 나머지는 당시 임차인에 대하여 부담하는 임대차보증금 420,000,000원을 원고 등이 인수하는 것으로 갈음하기로 하였다.

3. CCC은 2019. 11. 20. 자기 소유 00 00구 FF동 1680 외 1필지 지상 GG아파트 제0동 제00층 제0000호(이하 ‘GG아파트’라 한다)에 관하여 주식회사 RR은행(이하 ‘RR은행’이라 한다)과 근저당권설정계약을 체결하고 2019. 11. 25. 위 근저당권설정계약을 원인으로 채권최고액 103,950,000원, 근저당권자 RR은행인 근저당권설정등기를 한 다음 2019. 11. 26. RR은행으로부터 대출금 94,500,000원(이하 ‘GG아파트 대출금’이라 한다)을 지급받았다.

4. CCC과 BBB은, BBB이 CCC에게 이 사건 오피스텔을 매도한다는 아래와 같은 내용의 2019. 12. 5. 자 매매계약서(이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)를 작성하였다(밑줄 부분은 수기로 기재되었는데 이하 ‘이 사건 기재 부분’이라 한다).

5. CCC은 다음과 같이 원고 등에게 금원을 지급하였다.

6. 원고 등은 2020. 1. 7. 이 사건 아파트의 각 1/2 지분에 관하여 2019. 11. 12. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였다.

7. 원고 등 가족은 2020. 4. 14. 이 사건 아파트로, CCC은 2020. 4. 16. GG아파트에서 이 사건 오피스텔로 전입하였다.

8. 원고는 2020. 10. 13. MMM으로부터 00 00구 0동 000-00 대 50㎡ 및 위 토지 지상 3층 단독주택 건물(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 매수하고 2021. 1. 11. 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였다.

9. 원고 등은 2021. 10. 18. NNN에게 이 사건 아파트를 855,00,000원에 매도하고 2022. 2. 21. 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였다(이하 위 거래를 ‘이 사건 아파트 양도’라 한다).

• 다. 양도소득세 부과 경위 등

1. 피고는 이 사건 아파트 양도 당시 원고 등이 조정지역 내 3주택(이 사건 아파트, 오피스텔 및 주택) 보유자에 해당한다고 보고 2023. 9. 4. 원고 등에게 이 사건 아파트 양도와 관련하여 양도소득세 기한 후 신고 안내를 발송하였다.

2. 원고 등은 2023. 9. 14. 양도소득세 기한 후 신고서를 접수하였다가 다음 날 신고서 삭제 요청서를 제출하였고, BBB은 2023. 10. 5. 이 사건 오피스텔에 관하여 CCC에게 2019. 12. 5. 자 매매[나. 4)항 기재 계약서 참조]를 원인으로 소유권이전등기를 하였다.

3. 피고는 2024. 1. 22. 원고 등에게 다음과 같이 2022년 귀속 양도소득세 각 110,919,050원(합계 221,838,100원)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).

4. 원고 등은 이 사건 과세처분에 불복하여 2024. 1. 29. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였으나 조세심판원은 2024. 7. 23. 이를 기각하는 재결을 하였다.

5. 이 사건 근저당권에 관하여 2024. 8. 12. 같은 일자 변경계약을 원인으로 채권최고액을 110,400,000원에서 43,200,000원으로 변경하는 내용의 변경등기가 이루어졌고, 이 사건 오피스텔에 관하여 2024. 8. 19. EE은행 명의로 2024. 8. 12. 자 근저당권설정계약을 원인으로 채권최고액 51,600,000원, 채무자 CCC인 근저당권설정등기가 이루어졌다.

6. 이 사건 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고 등은 이 사건 오피스텔을 CCC에게 매도하고 이 사건 아파트 양도 전인 2020. 12. 11. 대금을 청산받았으므로, 이 사건 아파트 양도 당시 1가구 일시적 2주택으로서 비과세 대상에 해당하였다. 그럼에도 피고는 원고 등이 조정지역 내 3주택 보유자에 해당함을 전제로 이 사건 과세처분을 하였으므로 이는 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 이 법원의 주된 판단 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 고율의 양도소득세를 부과하도록 규정하고, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.”라고 하여 1세대의 주택 “소유”를 기준으로 3주택인지를 판단하도록 규정한다. 소득세법 제88조 제1호 및 제98조, 소득세법 시행령 제162조 에서 자산의 양도 및 취득의 개념과 그 시기에 관한 특별한 규정을 두고 있고, 그것이 소득세 법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도 시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위한 것이기는 하지만(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결, 대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두 2037 판결 등 참조), 이는 과세부과 대상이 되는 해당 자산(이 사건에서는 “이 사건 아파트”)의 양도 및 취득 시기에 적용되는 규정으로 보인다. 따라서 과세부과 대상이 아닌 이 사건 오피스텔이 이 사건 아파트 양도 전에 소득세법상 양도된 것인지, 구체적으로는 원고가 주장하는 바와 같이 그 대금이 청산되었는지를 따질 필요가 없고, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에 따라 1세대가 3주택을 “소유”하였는지, 다시 말해 소유권이전등기가 누구에게 있는지를 보면 충분한 것으로 판단된다. 결국 이 사건 오피스텔에 관하여 이 사건 아파트 양도 이후에서야 CCC에게 소유권이전등기가 이루어진 이상, 원고 등은 이 사건 아파트 양도 당시 3주택(이 사건 아파트, 오피스텔 및 주택)을 소유한 1세대임 분명하므로 이 사건 과세처분은 적법하다.
• 나. 가정적 판단 한편 이 사건 오피스텔이 원고의 주장과 같이 2020. 12. 11. 그 대금이 청산되어 소득세법상 CCC에게 양도된 것으로 볼 수 있는지에 관하여 가정적인 판단을 하더라도 원고의 주장을 받아들이지 않은 제1심의 사실인정 및 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있다. 따라서 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결 이유는 다음과 같이 일부 변경하고 해당 목차를 이 판결에 맞게 수정하는 것 외에는 제1심 판결 제7쪽 2행부터 제9쪽 15행까지와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 제7쪽 2행부터 6행까지를 다음과 같이 변경한다. 『앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제14, 16, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정에 비추어 보면, 이 사건 오피스텔이 2020. 12. 11. 그 대금이 청산되어 소득세법상 CCC에게 양도된 것으로 볼 수 없다.』

○ 제1심 판결 제9쪽 15행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다. 『원고 등은 이 사건 아파트를 매수한 후 2020. 4. 14. 전입하였는데, 그 과정에서 기존 임차인에게 임대차보증금 420,000,000원을 반환하여야 했으므로 상당한 현금이 필요한 상황이었을 것이다. 원고 등과 CCC의 관계, 앞서 본 금원의 지급 및 소유권이전등기의 시기 등 전후 사정을 종합하여 볼 때, CCC이 매매계약의 형식을 빌려 원고 등에게 금전적 지원을 하였을 가능성도 배제하기 어렵다.』

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.