대법원 판례 법인세

일괄양도가액 기준시가 안분계산 적법여부

사건번호 부산고등법원-2025-누-2251 선고일 2025.07.25

이 사건과 같은 일괄 매매에 있어 각 목적물의 양도가액을 정하기 위해서는, 이 사건 토지 및 주택의 매매 당시의 시가를 평가하여 그 비율을 알아낸 다음 그 비율에 의하여 이 사건 매매대금 중에서 이 사건 토지의 양도가액을 추출하는 등 적정한 비율로 안분하는 것이 가장 합리적이라고 할 것임

사 건 2025누2251 법인세등부과처분취소 원 고 HHH 피 고 BBB세무서장 제 1 심 판 결 부산지방법원 2024구합22625 변 론 종 결

2025. 6. 27. 판 결 선 고

2025. 7. 25.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 4. 25. 원고에 대하여 한 321,307,160원의 납부고지처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 원고의 주장, 항소이유와 증거를 다시 살펴보아도 아래와 같이 제1심판결을 일부 고치고, 제2항과 같이 원고가 이 법원에서 추가하는 주장에 대한 판단을 보충하는 것 외에는 이 법원의 판결 이유는 제1심판결 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 4쪽 10행부터 11행의 “삼성 원고를”을 “원고를”로 고친다.

○ 제1심판결문 7쪽 9행부터 13행까지를 다음과 같이 고친다. DD는, 원고와 DD가 이 사건 매매대금 952,650,000원에 관하여 이 사건 토지에 137,200,000원, 이 사건 주택에 815,450,000원으로 나누었음을 전제로 DD의 2017 사업연도 법인세 기한후신고를 하였다. 위와 같이 매매대금을 나눈 행위는 이 사건 매매대금을 이 사건 토지와 이 사건 주택 매매대금으로 분배 또는 귀속시키는 행위이므로, 이 행위가 부당행위계산부인에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 이 사건 토지와 이 사건 주택 시가의 상대적 비교가 필요하다. 그런데 이 사건 매매계약의 목적물 중 이 사건 토지의 감정평가액만이 존재하고 이 사건 주택의 감정평가액이 존재하지 않으므로, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 를 적용한다면, 같은 기준으로 이 사건 토지와 이 사건 주택의 시가를 계산하여 비교할수 없다(원고가 주장하는 것과 같이 이 사건 토지 시가는 감정평가액으로, 이 사건 주택 시가는 이 사건 매매대금에서 이 사건 토지 감정평가액을 공제한 나머지 금액으로 볼 수 있는 근거가 없다). 따라서 위와 같이 매매대금을 나눈 행위가 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 를 적용할 수 없다.

○ 제1심판결문 13쪽 9행 내지 10행의 “믿기 어렵다.” 다음에 아래 내용을 추가한다. 위 ‘부사회’는 ‘대표자 원고, 고유번호 605-80-01428, 주소 부산 OO구 OO동O가 OO-O OOO호’로만 기재되어 있을 뿐 법인격을 갖고 있다거나 달리 권리의무의 주체가 될 수 있는 단체라고 볼만한 자료를 찾을 수 없고, 원고가 제출한 인감증명서는 위 주식양도계약서와 영수증에 기재된 거래일로부터 상당 기간이 지난 후에 발급된 것인 점도 주식양도계약서와 영수증의 기재 내용을 믿기 어렵게 한다.

2. 추가하는 주장에 대한 판단
  • 가. 이중과세 여부 원고는, 이 사건 매매계약에 따른 양도소득세와 법인세 과세표준이 각각 815,450,000원과 137,200,000원으로 확정된 상태에서 피고가 다시 DD에 이 사건 법인세부과처분을 하였으므로 이는 이중과세에 해당한다는 취지로 주장한다. 이 사건 법인세부과처분은 구 법인세법 제52조 등에 따라 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 137,200,000원, 이 사건 주택 부분 815,450,000원으로 나눈 행위가 부당행위계산에 해당한다고 인정하여 위 행위에 관계없이 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 안분한 다음 이를 기초로 DD에 이 사건 법인세부과처분을 한 것이므로, 구 법인세법 제52조 에 근거한 것으로서 이중과세에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
  • 나. 부당행위계산 부인 적용 여부 원고는, 이 사건 매매계약은 DD와 S건설 및 원고와 S건설 사이의 거래이고 원고와 DD 사이의 거래가 아니어서 ‘특수관계인 간의 거래’에 해당하지 않으므로, 부당행위계산 부인이 적용될 여지가 없다고 주장한다. 이 사건에서 부당행위계산 부인이 적용되는 행위 또는 소득금액의 계산은 원고와 DD가 이 사건 매매대금 952,650,000원에 관하여 이 사건 토지에 137,200,000원을, 이 사건 주택에 815,450,000원을 분배 내지 귀속시키는 행위이고, 원고는 위 행위 당시 DD의 유일한 이사이자 DD가 발행한 주식을 모두 보유하고 있는 사람이므로, 구 법인세법 제2조 12호 에서 정한 DD의 특수관계인에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)