출자자에 대한 제2차 납세의무자 지정의 적정 여부

사 건 2025누2250 부가가치세 등 부과처분취소 원 고 김AA 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2025. 9. 19. 판 결 선 고 2025. 10. 24.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2023. 4. 14. 원고에게 한 [별지1] ‘과세처분 목록’ 기재 각 부가가치세 및 사업소득세 부과처분을 모두 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

• 가. 주식회사 △△(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)는 2021. 2. 5. 경영컨설팅업, 금융상품 중개업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이다.
• 나. 이 사건 회사는 2021년 및 2022년 부가가치세 및 사업소득세 원천징수금 등을체납하였다. 이에 피고는 2023. 4. 14. 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것) 제39조에 따라 원고에게 제2차 납세의무자인 과점주주로서 [별지1] ‘과세처분 목록’ 기재와 같이 부가가치세 및 사업소득세 본세 및 가산세를 각 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 각 과세처분’이라고 한다). 원고는 이 사건 각 과세처분 중 [별지1] ‘과세처분 목록’ 순번 3 내지 9 기재 각 과세처분은 2023. 4. 19.에, 위 표 순번 1, 2 기재 각 과세처분은 2023. 4. 24.에 각 송달받았다.
• 다. 원고는 이 사건 각 과세처분에 불복하여 2023. 6. 28. 조세심판원에 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 20. 이를 기각하는 내용의 결정을 하였다. 이 사건 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증, 갑 제19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 회사를 실질적으로 설립하여 운영한 사람은 원고의 매제인 이○○이고, 원고는 이 사건 회사에서 직원으로 근무하며 고객들에게 금융상품 내용을 설명하는 등의 업무만을 담당하며 매월 230만 원 상당의 급여를 지급받았을 뿐이다. 이 사건 회사의 발행주식 역시 실질적으로 이○○의 소유로서 원고는 이○○에게 명의만을 빌려주었을 뿐 위 주식에 관한 권리도 행사한 바 없다. 그럼에도 불구하고 원고가 구 국세기본법 제39조 에 따른 과점주주에 해당함을 전제로 내려진 이 사건 각 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위에 관한 국세기본법의 개정 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 비상장법인의 제2차 납세의무를 지는 과점주주를 “소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자”로 규정하고 있었다. 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 일부개정되고 2024. 12. 31. 법률제20611호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 비상장법인의 제2차 납세의무를 지는 과점주주에 관하여 위 종전 조항을 개정하여 “소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자”로 규정하고 있다. 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 개정이유에 의하면, 주주의 유한책임 원칙을 고려하여 출자자에 대한 제2차 납세의무 적용대상을 조정하기위해 제2차 납세의무 대상이 되는 과점주주의 범위를 법인 경영에 지배적인 영향을 행사하는 경우로 축소한 것이라고 개정이유를 밝히고 있다.
• 나. 원고가 이 사건 회사 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하는 자인지 여부 먼저 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하기 위한 첫 번째 요건인 원고가 이 사건 회사 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하는 자인지 여부에 관하여 본다. 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 등 참조). 앞서 든 증거들 및 을 제1호증, 제11호증의 기재에 의하면, 이 사건 회사의 주식등변동상황명세서상 원고가 이 사건 회사 설립 시부터 2022. 12. 1.까지 발행주식 전부에 대한 주주로 등재되어 있고, 이 사건 회사에서 2021. 2.경 작성한 주주명부에도 원고가 이 사건 회사의 발생주식 전부에 대한 주주로 등재된 사실, 원고가 이 사건 회사 설립시부터 2023. 3. 31. 사임하고 같은 날 이○○이 사내이사로 취임하기 전까지 이 사건 회사의 유일한 사내이사로 재직한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 비추어 일견 원고가 이 사건 회사의 1인 주주라고 봄이 타당하다. 한편, 앞서 든 증거와 갑 제15호증의 기재에 의하면, 이 사건 회사는 자본금30,000,000원으로 2021. 2. 5. 설립된 법인으로, 원고 명의의 ○○은행 계좌(*---)에 2021. 2. 2. 이○○으로부터 30,000,000원이 입금되어 잔액이 30,003,299원이 되었는바, 그 당시 위 계좌의 잔고증명서로 이 사건 회사 설립 시 자본금 납입을 증명한 사실, 원고 명의의 위 계좌에 30,000,000원이 입금된 다음날인 2021. 2. 3. 김◇◇에게 위 돈이 곧바로 이체된 사실이 인정된다. 위 인정 사실에 의하면, 주금 납입 증명에 사용된 원고 명의의 위 은행 계좌에 2021. 2. 2. 이○○으로부터 30,000,000원이 입금되었기는 하나, 위 돈은 이 사건 회사 자본금 상당의 잔액이 있다는 잔고증명에 일시 사용되었을 뿐 실제로 위 돈이 이 사건 회사 자본금 납입에 사용된 것은 아닌 것으로 보인다. 따라서 위 인정 사실만으로는 이 사건 회사의 자본금 납입에 원고의 자금이 아닌 이○○ 등 제3자의 자금이 납입되었다고 인정하기 어렵다. 달리 원고가 제출한 증거만으로는 주주명부와 주식등변동상황명세서의 기재를 뒤집고 원고가 이 사건 회사의 1인 주주가 아니라고 보기 어렵다.
• 다. 원고가 이 사건 회사 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자인지 여부 다음으로 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하기 위한 두 번째 요건인 원고가 이 사건 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자인지 여부에 관하여 본다. 앞서 살펴본 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 개정취지, 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 하는 점(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 등 참조), 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장·입증하여야 하는 점(대법원 1995. 1. 20. 선고 94누7997 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 회사 발행주식 전부를 소유한다는 사실로부터 곧바로 원고가 이 사건 회사 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자라는 사실이 추정된다고 볼 수는 없다. 과세요건사실의 존재를 비롯한 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 피고는 원고가 이 사건 회사 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자라는 사실, 즉 원고가 이 사건 회사의 임직원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 법인 경영에 지배적 영향력을 행사하였음을 구체적으로 주장 및 입증하여 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 두 번째 요건을 증명하여야 한다. 앞에서 본 것과 같이 원고가 이 사건 회사의 유일한 사내이사로 등재되었던 사실은인정된다. 그러나 원고는 이 사건 회사에 고용되어 월 230만 원 상당의 임금을 지급받고 그 대가로 금융상품 중개 등의 업무를 수행하고, 대표자로 등재된 것에 상응하여 과세관청에 제출하는 각종 신고서에 대표자로 자신을 표시하였을 뿐, 나아가 원고가 이 사건 회사의 임직원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 경영에 지배적 영향력을 행사하였다고 볼만한 사정이 확인되지 않는다. 오히려 원고와 이○○이 2022. 2.경부터2023. 4.경까지 주고받은 것으로 보이는 카카오톡 대화 내역(갑 제7호증, 제18호증)에 따르면, 원고는 이 사건 회사에 부과되는 사회보험료와 각종 세금 등 운영 전반에 관하여 이○○에게 보고하고 이○○으로 하여금 필요한 조치를 취해 달라고 요구하고, 이○○은 이에 대하여 자신의 책임을 부인하지 않고 곧 자신이 해결할 것이니 시간을 두고 기다려달라고 답하는 내용이 확인될 뿐이다. 이 사건 회사 명의의 은행 계좌에서 원고 명의의 은행 계좌로 이체된 것으로 보이는 금원들도 실제로는 대부분 이○○의 의사에 따라 김◇◇나 이○○ 또는 이 사건 회사의 사업과 관련한 수수료 지급처 등에 지급되었던 것으로 보인다. 이○○은 이 사건 회사 설립 시부터 자신이 이 사건 회사를 운영하여 왔다는 취지의 사실확인서(갑 제8호, 제22호증)를 작성하기도 하였다. 위와 같은 사실 및 사정에 비추어 피고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거만으로는 원고가 이 사건 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 자라고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 라. 소결 그러므로 이 사건 각 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다.