심판 재조사 결정에 반하는 처분이라고 볼 수 없음

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

• 가. 주위적으로, 1) ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 583,219,988원(가산세 포함) 부과처분, 2014 사업연도 법인세 754,167,635원(가산세 포함) 부과처분, 2017 사업연도 법인세 628,763,127원(가산세 포함) 부과처분, 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 1,311,630,212원(가산세 포함) 부과처분을 취소하고, 2) 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.
• 나. 예비적으로, 1) ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 부과처분 중 226,417,348원(가산세 포함), 2014 사업연도 법인세 부과처분 중 528,832,105원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 628,763,125원(가산세 포함), 2021.2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 656,486,101원(가산세 포함)을 취소하고, 2) 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.

제1심 판결을 취소하고 청구취지 기재와 같은 판결을 구한다.

• 가. 원고는 1986. 1. 11. 선박용품제조업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. ○○세무서장은 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. 11. 1. 처분사유로 ① 주식회사 B 관련 가공거래를 통해 지출된 업무무관경비, ② 원고 대표이사의 아내의 감사업무 관련 허위 급여 및 접대비 지출, ③ 원고 대표이사 A에게 직무발명보상금 부당 지급, ④ 매출누락을 들어 원고에 대하여 2013사업연도 법인세 636,791,243원(가산세 포함, 이하 같음), 2014 사업연도 법인세 1,090,377,197원, 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원, 2016 사업연도 법인세 1,697,027,203원, 2017 사업연도 법인세 1,047,061,327원을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 함)을 하였고, 2021. 2. 9. 주식평가액 증가를 반영하여 2015 사업연도 부분에 대한 증액 결정을 하였다.
• 다. 원고는 조세심판원에 이 사건 당초 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 3. ④ 처분사유(매출누락) 관련 부분은 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정을 하고, 나머지 심판청구에 대해서는 기각 결정을 하였다(이하 ‘1차 조세심판원 결정’이라 한다).
• 라. ○○세무서장은 1차 조세심판 결정에 따라 2021. 6. 14.부터 2021. 7. 23.까지 매출누락금액에 대한 재조사를 실시한 후 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액경정을 하여 2021. 7. 29. 원고에게 그 결과를 고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 2021. 8. 31. ○○세무서장을 상대로 이 사건 당초 처분 중 처분사유 ①부터 ③까지 부분에 따라 추가로 부과된 세액에 대하여 부산지방법원에 취소소송을 제기하였다(이하 ‘선행 소송’이라 한다).
• 바. ○○세무서장은 2021. 9. 2. 주식평가액 감소를 반영한 2015 사업연도 법인세 감액 경정을, 2021. 10. 14. 가산세를 증액하는 2016 사업연도 법인세 증액 결정을 하였다.
• 사. 원고는 2021. 10. 26. 조세심판원에 이 사건 처분에 따른 세액의 취소를 구하는 심판을 다시 청구하였다.
• 아. 부산지방법원은 2022. 4. 29. 마.항 기재 원고의 청구에 대하여 처분사유 ① 부분 및 ② 부분 중 일부 접대비 부분에 관한 원고의 주장을 받아들이고 다만 제출된 증거와 자료만으로는 그에 해당하는 정당세액을 산출하기 곤란하다는 이유로 이 사건 당초처분 중 처분사유 ①부터 ③까지 부분에 따라 추가로 부과된 아래와 같은 세액 부분을 전부 취소하는 판결을 선고하였다(2021구합●●●). ○○세무서장은 그 무렵 위 판결에 항소하였다.
• 자. 조세심판원은 2022. 7. 18. 사.항 기재 원고의 청구에 대하여 ① 원고가 수출알선수수료로 지출한 합계 13,645,091,659원은 익금에서 제외되거나 손금에 산입하여야 한다는 부분은 1차 조세심판원 결정에서 기각 결정을 받은 부분으로 재청구에 해당한다는 이유로 각하 결정, ② 나머지 부분은 1차 조세심판원 결정의 기속력에 반한다거나 과세근거 없이 처분한 것으로 볼 수 없다는 이유로 기각 결정을 하였다(이하 ‘2차 조세심판원 결정’이라 한다).
• 차. 피고는 2022. 10. 25. 선행 소송 1심 판결에 따라 2013 내지 2017 사업연도 법인세감액 경정(이하 ‘5차 경정’이라 한다)을 하였다.
• 카. 부산고등법원은 처분과 관계되는 권한의 승계에 따라 피고를 ○○세무서장에서이 사건의 피고인 부산강서세무서장으로 하는 피고경정을 허가한 다음 2023. 1. 18. 처분사유 ② 부분의 감사 급여와 일부 접대비 부분에 관한 원고의 주장을 추가로 받아들이고 다만 제출된 증거와 자료만으로는 그에 해당하는 정당세액을 산출하기 곤란하다는 이유로 1심에서 취소된 세액에서 5차 경정에 따라 감액된 금액을 공제한 아래와 같은 세액을 전부 취소하는 판결을 선고하였다(2022누●●●).
• 타. 피고는 2023. 2. 17. 선행 소송 2심 판결에 따라 2013 내지 2017 사업연도 법인세감액 경정을 하였고, 2023. 9. 18. 직무보상발명보상금 부분에 관한 재결정 후 2016 사업연도 법인세 증액 결정을 하였다.
• 파. 원고에 대한 2013 내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 경과를 요약한 내용은 [별지1] 기재와 같고, 수입금액, 과세표준, 정당세액 등 세부 내역은 [별지2] 기재와 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 5, 13 내지 18호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 1차 조세심판원 결정 중 재조사 결정의 취지는 원고의 N전산자료에 다양한 오류가 존재하여 그 신뢰성을 담보하기 어려우므로 별도의 과세근거를 보강하여 원고의 매출누락액을 확인하라는 것이다. 그럼에도 실질적인 재조사 없이 이루어진 이 사건 처분은 1차 조세심판원 결정의 기속력에 반한다(제1 주장).
• 나. 원고의 N매출대장은 업무편의를 위해 작성된 업무보조용 전산자료에 불과하고 다수의 오류가 존재한다. 그럼에도 이에 기초하여 원고의 매출누락액을 산정한 이 사건 처분은 ‘근거과세의 원칙’에 위배된다(제2 주장).
• 다. 설령 원고가 일부 매출을 누락하였다 하더라도 원고가 아래와 같이 선주 등에게 수출알선수수료로 지급한 합계 13,645,091,659원은 손금에 산입되어야 한다(제3 주장).
• 라. 위와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하므로, 주위적으로는 그 전체의 취소를 구하고(다만 이 사건 당초 처분 이후 ○○세무서장 및 피고가 감액 경정만을 한 2013, 2014, 2017 사업연도 법인세 부과 처분에 대하여는 이 사건 당초 처분을 취소의 대상으로, 감액 경정과 증액 결정이 함께 이루어진 2015, 2016 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 그 증액 결정이 된 처분을 취소의 대상으로 하고), 예비적으로는 원고의 주장 중 수출알선수수료 금액이 손금에 산입되어야 한다는 주장만 인정될 경우 계산되는 [별지2] ‘2013 내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 세부내역 표’의 ‘정당세액’란 중 각 ‘차감고지세액’란 기재 세액의 취소를 구한다.

3. 피고의 본안전항변에 대한 판단

• 가. 본안전항변의 요지 기판력은 소송의 변론종결 전 주장할 수 있었던 모든 공격·방어 방법에 미친다. 원고는 선행 소송에서 법인세 부과처분의 취소를 구하여 승소판결을 받았는데 이 사건에서 주장하는 처분의 위법사유 모두 선행 소송에서 주장할 수 있었던 것들이다. 따라서 이 사건 소 중 2013 내지 2015, 2017 사업연도(선행 소송 이후 증액 결정이 이루어진 2016 사업연도 제외) 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 선행 소송 판결의 기판력에 반하여 부적법하므로 각하되어야 한다.
• 나. 판단 기초 사실에서 본 바와 같이, 1차 조세심판원 결정의 일부 재조사 결정에 따라 처분사유 ①부터 ③까지 부분과 ④ 부분이 별개의 절차로 진행되었다. 원고는 선행 소송을 제기하면서 그것이 이 사건 당초처분에 따른 세액 중 일부로서 처분사유 ①부터 ③까지 부분만을 다투는 소임을 분명히 하였고, 이는 처분사유 ④ 부분에 관하여 조세심판 절차를 거치지 않고 곧바로 행정소송을 제기할 수 있었음에도(국세기본법 제56조 제2항 단서) 별도로 조세심판을 청구하여 2차 조세심판원 결정을 받은 다음에야 이 사건 소를 제기한 사실관계에 비추어도 명확하다. 선행 소송의 1, 2심 판결 모두 제출된 증거와 자료만으로 정당세액을 구체적으로 산출하기 곤란하여 과세처분의 전체를 취소하여야 한다고 판단하면서도 이 사건 당초처분 중 처분사유 ①부터 ③까지 부분에 따라 추가로 부과된 세액만을 특정하여 취소하였다. 한편 원고는 1차 조세심판원 결정 중 기각 부분의 제소기간 도과 등을 우려하여 위와 같이 별개의 불복 절차를 취하였다고 주장하고 있다. 피고는 선행 소송에서 별개의 불복 절차에 관한 문제 제기를 하지 않은 것으로 보이고, 이 사건 소송에서도 선행 소송과 이 사건 소송이 별도로 진행될 수 있음을 전제로 주장하다가(2023. 1. 11.자 준비서면 15면) 선행 소송이 확정된 후에 비로소 위와 같은 주장을 하고 있다. 위와 같은 사건의 진행 경위와 조세심판원의 일부 재조사 결정이 있는 경우 기각 부분의 제소기간 등에 관한 법리가 확립되어 있지 않은 사정 등을 종합하여 보면 처분사유 ④ 부분을 다투는 이 사건 소가 선행 소송 판결의 기판력에 반하여 부적법하다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 본안전항변은 받아들이지 않는다.

• 가. 관련 법령 [별지3] 기재와 같다.
• 나. 판단

1. 제1, 2 주장에 대하여 원고의 이 부분 항소이유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 원고의 주장과 제출된 증거를 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원의 판결 이유는 다음과 같이 변경하는 것 외에는 제1심 판결 이유 제6쪽 3행부터 제11쪽 10행 기재[2. 다. (1) 및 (2)항]와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 제6쪽 7행의 “이 사건 재조사 결정”을 “1차 조세심판 결정 중 재조사 결정”으로 한다.

○ 제1심 판결 제7쪽 5행, 제8쪽 3, 11, 12, 15행, 제10쪽 14행의 “이 사건 재조사 결정”을 “1차 조세심판 결정”으로 한다.

○ 제1심 판결 제8쪽 5행의 “이 사건 재조사 결정문”을 “1차 조세심판 결정문”으로 한다.

2. 제3 주장에 대하여 원고는 이 법원에서 이 부분을 강조하여 주장하고 있으나 그 항소이유 역시 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않다. 제1심 판결 이유에 아래 가)항 기재와 같은 사정을 더하여 보면, 원고의 주장과 제출된 증거를 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원의 판결 이유는 아래 나)항과 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결 이유 제11쪽 3행부터 제16쪽 21행 기재[2. 다. (3)항]와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

• 가) 제1심 판결의 판단을 뒷받침하는 사정

(1) 과세표준을 정할 때 추가로 손금에 산입될 비용이 있다는 사실은 이를 주장하는 원고가 증명하여야 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 등 참조). 이는 법원의 사실인정에 관한 증명책임의 문제임과 동시에, 애초에 과세관청에 세무신고를 할 때부터 그 비용을 지출하였다는 사실을 뒷받침할 만한 신빙성 있는 증빙자료를제출하지 못하면 손금으로 인정받을 수 없는 것이라는 점에서도 지극히 당연하다. 그리고 그와 같은 이유로 손금 산입을 인정하지 않는 것이 곧바로 원고의 주장처럼 대표이사의 횡령이나 자료의 위조 등을 의미하는 것은 아니다.

(2) 원고는 세무조사 결과 업무 매뉴얼에 따라 세금계산서 발행 의무가 있는 국내 매출 등을 “매출신고하는 거래”로, 세금계산서 발행 의무가 면제되는 국외 유상 A/S 용역 등을 “매출신고하지 않는 거래”로 분류하여 160억 원이 넘는 매출을 누락하였음이 드러나자 그제야 수출알선수수료 약 136억 원을 손금에 산입하여야 한다고 주장하였다. 수출알선수수료를 손금에 산입하는 것은 과세표준액을 낮추는 것인데도 원고는 이를 세무신고 대상으로 삼지 않았고, 그 주장하는 내용도 회사에서 거액의 외화를 대표이사에게 입금하고 대표이사가 이를 원화로 인출하거나 기존에 보유하던 출처를 알 수 없는 거액의 원화를 이용하여 외국 회사의 관련자들에게 수출알선수수료를 굳이 원화로 지급하였다는 등 제1심 판결 이유에서 보는 바와 같이 이례적이다. 위와 같은 수출알선수수료의 손금 산입 주장 경위와 비용의 성격을 고려하여 보면, 비용의 지출이 엄격하고 빈틈없이 확실한 증빙자료를 통해 증명되지 않는 한 과세관청이 이를 받아들이기 어려운 상황이었다고 보는 것이 타당하고 법원에서 원고가 그 주장과 같이 수출알선수수료를 지출하였다는 사실을 인정할 때에도 마찬가지이다.

(3) 원고가 수출알선수수료 지출의 증빙자료로 제출한 전자메일과 영수증(갑 제7 내지 45호증) 모두 사본이고 그 자체로 신뢰하기 어려운 형상을 하고 있으며, 특히 수기로 작성된 영수증 사본은 누구라도 쉽게 만들어낼 수 있는 문서로 보인다. 원고에 대한 세무조사 종결 후 작성된 조사종결보고서(을 제5호증)의 기재에 따르면, 원고의 대표이사가 세무조사 과정에서 ‘담당 경리가 원본을 보관하고 본인이 사본을 보관하였으나 사업장 이전 시 원본을 분실하였다.’거나 ‘회사에서 전자메일을 1주일 단위로 삭제하여 전자메일을 제출할 수 없다.’는 취지로 진술하였는데 사업장 이전 시기가 2015년 4월경이었음에도 그 이후 지급되었다는 영수증 사본도 있고, 전자메일을 매주 삭제하면서도 이 사건 관련 전자메일 내역을 굳이 사본하여 보관하였다는 것 자체도 선뜻 받아들이기 어렵다. 원고는 세무조사 2개월 이후 조사팀에 영수증과 전자메일 출력물을 제출하였는데 모두 ‘이면지’에 사본된 문서라고 하고(그 문서가 원고가 서증으로 제출한 갑 제7 내지 45호증으로 보인다), 조사팀에서 회사를 방문하였을 때 회사 복사기에서 다량의 이면지가 발견되었다고 한다. 위와 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거는 믿기 어려울 뿐만 아니라 다소 이례적인 수출알선수수료의 지급 사실을 뒷받침할 증빙자료라고 보기에 현저히 부족하다.

(4) 원고로부터 수출알선수수료를 지급받아 선주들에게 지급하였다는 싱가포르 회사 M의 대표자 L은 제1심 법원에 출석하여 원고의 주장에부합하는 취지로 증언하였다. 그러나 위 증인은 원고와 사업상 협력관계에 있는 사람으로 그 자체로 그의 증언을 있는 그대로 받아들이기 어렵고 이는 그가 작성한 진술서나 탄원서, 원고가 이 법원에 새로 제출한 다른 선주의 전자메일(갑 제86호증) 내용 역시 마찬가지이다. 또한 다음과 같이 해소되지 않은 의문점이 있어 원고가 제출한 전자메일과 영수증 사본의 신빙성 또는 수출알선수수료의 지급 사실을 뒷받침하기에 부족하다. (가) 을 제5, 19, 20호증의 각 기재에 따르면, M는 싱가포르의 회사 형태인 Private Limited Company로서 2011. 9. 20.에 설립된 법인이다. 그런데 원고가 제출한 M와의 수출알선수수료 지급 합의서(갑 제55호증)에는 회사 설립 이전인 2011.2. 22. 합의가 이루어졌다고 기재되어 있음에도 합의 당사자가 M이 기재되어 있다. 원고는 M 설립 이전 위 증인이 개인사업체를 운영하여 그렇게 기재되었다고 주장하고 위 증인도 그러한 취지로 증언하였지만 그것만으로 충분히 의문이 해소된다고 보기 어렵다. 오히려 위와 같은 사정은 위 합의서가 기재된 시점보다 뒤에 작성되었다는 사실에 더 부합한다. 또한 M 홈페이지 내용상 위 증인이 M의실제 대표인지도 의문이다. (나) 위 증인은 본인 명의의 2015. 10. 22. 자 영수증(갑 제25호증)에도 불구하고 M 소속 직원 D이라는 사람이 한국에 와서 2015. 10. 20. 174,000달러 상당의 원화를 수령하였다고 한다. 이는 선주 관계자들과 약속이 2015. 10. 22.로 잡혀있었고 원래 본인이 한국에 가기로 되어 있어서 그 날짜로 미리 영수증을 작성해 두었는데, 갑자기 본인이 가지 못하게 되어 D이 한국으로 가게 되었고 그의 개인 사정으로 2015. 10. 21. 귀국할 수밖에 없었으므로 선주 관계자들에게 연락하여 돈을 수령하는 날짜를 2015. 10. 20.로 바꾸었기 때문이라는 것이다. 그러나 직원의 개인 사정으로 여러 선주 관계자들과 한 약속을 갑자기 바꾸었다는 점, 자필로 간단한 내용을 기재한 것에 불과한 영수증을 굳이 미리 작성하여 놓았다는 점, 약 2억 원 상당의 적지않은 돈을 수령하면서도 위와 같은 사정 변경을 반영하여 영수증을 다시 작성하지 않은 채 직원이 영수인과 수령일이 다른 기존 영수증을 그대로 들고 한국으로 왔다는 점 등 증언 내용에 석연치 않은 면이 있다.

(5) 원고 주장에 따르더라도 수출알선수수료는 실제 선박기자재를 납품하게 된 다음 지급하는 소위 ‘리베이트’ 성격의 비용이다. 그러나 원고가 ‘T’사에 지급하였다는 약 30억 원(300만 달러 상당)에 이르는 수출알선수수료와 관련하여 아직 매출이 발생하지 않았고 원고도 큰 수익을 기대하고 지급하였다고만 주장할 뿐 이를 부인하지 않는다. 이 부분은 원고가 주장하는 수출알선수수료의 성격에 부합하지 않음에도 원고가 제출한 증거는 이미 ‘T’사 돈을 지급한 것처럼 기재되어 있어 그 신빙성을 의심스럽게 한다.

• 나) 고치는 부분

○ 제1심 판결 제15쪽 1, 2행의 “원고는 수출알선수수료의 신고 누락 사실이 적발된 이후 비로소 이를”을 “원고는 매출신고 누락 사실이 적발된 이후 비로소 수출알선수수료를”로 고친다.

○ 제1심 판결 제16쪽 2행의 “원곤느”를 “원고는”으로 고친다.

○ 제1심 판결 제16쪽 10행의 “2015. 1. 15.”을 “2016. 1. 15.”로 고친다.

원고의 주위적 및 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.