이 사건 급여는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 급여의 형식을 취한 것에 불과

사 건 2024누20666 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고

○○세무서장 제 1 심 판 결 부산지방법원 2024. 2. 15. 선고 2022구합21321 판결 변 론 종 결

2024. 10. 16. 판 결 선 고

2024. 12. 11.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 1. 6. 원고에 대하여 한 제1심판결 별지 1. [표1] ‘고지세액’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분과 제1심판결 별지 1. [표2] ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 않고, 제출된 증거를 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다. 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 제1심판결문의 해당 부분을 아래와 같이 고쳐 쓰거나, 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 아래 제2항과 같이 추가로 판단하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제12면 제10행부터 제14행까지 (나)항 부분을 아래 “【 】” 기재와 같이 고쳐 쓴다. 【 (나) 원고는 2015 사업연도에 103,783,352,278원, 2016 사업연도에 275,086,239,483원, 2017 사업연도에 389,318,616,131원, 2018 사업연도에 471,158,163,925원의 미처분 이익잉여금이 각각 발생하였음에도 2018. 3.경 4,650,000,000원, 2019. 3.경 3,250,000,000원의 배당금을 주주에게 각 배당한 것을 제외하면 나머지 잉여금을 차기 이월하였고, 그 중 상당 부분이 쟁점 보수의 명목으로 처분되었다. 】

• 가. 원고의 주장 요지

1. 법인세 부과처분에 관한 주장

• 가) 과세당국이 서면조사의 형식으로 납세자에게 질문조사권을 행사하는 것은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다. 2018. 6.경 이루어진 이 사건 1차 조사는 원고의 2015 내지 2017 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 결정 내지 경정하기 위한 목적으로 법인세법에 따른 질문조사권에 근거하여 원고에게 해명을 요구하고 자료 제출을 명하는 방식으로 이루어졌고, 그로 인하여 원고의 영업의 자유 등이 영향을 받았으므로, 이는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다.
• 나) 법인이 임직원에게 어느 정도의 보수를 지급할 것인지는 원칙적으로 해당 법인이 스스로 결정할 사항이고, 정기적으로 지급된 보수를 실질적인 이익처분에 의한 상여로 인정하여 손금산입의 대상에서 제외하기 위해서는 뚜렷한 조세회피목적이 인정되고 형식과 실질 간에 괴리가 존재하는 등 매우 예외적인 요건이 갖추어져야 한다. 원고가 2015 내지 2018 사업연도에 대표이사 AAA에게 지급한 보수는 직무집행에 대한 정상적인 대가에 해당하고, 이를 이익처분에 의한 상여로 인정할 근거가 없으며, 명목상 사내이사인 BBB의 보수를 기준으로 AAA에게 지급한 보수의 적정성을 판단할 수 없음에도, AAA에게 지급한 보수의 실질이 이익처분에 의한 상여라는 전제에서 손금불산입의 대상에 해당한다고 본 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

2. 부가가치세 부과처분에 관한 주장 원고와 수분양자들이 발코니 확장공사를 무상으로 제공하기로 한 사실을 부인하고 그와 달리 판단하기 위해서는 조세회피의 목적이 인정되고 형식과 실질 간에 괴리가 존재하는 등 매우 예외적인 요건이 갖추어져야 한다. 원고는 분양이익을 극대화하기 위하여 발코니 확장공사를 무상으로 제공하는 조건으로 수분양자들과 계약을 체결하고 그에 대한 대가를 받지 않고 무상으로 발코니 확장공사를 시행한 것임에도, 위 공사가 무상으로 시행된 것이 아니라는 전제에서 부가가치세의 과세대상에 해당한다고 본 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다. 1)

• 나. 판단

1. 법인세 부과처분에 관한 판단

• 가) 이 사건 조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부에 관한 판단 제1심판결이 인정한 사정들에다가 갑 제1, 2, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, CC지방국세청이 2018. 6.경 이루어진 이 사건 1차 조사가 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서 이와 다른 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① CC지방국세청은 2018. 6. 25. 이 사건 1차 조사 당시 원고에게 ‘해명자료제출 안내문’을 보내면서 ‘2015 내지 2017 사업연도의 AAA 인건비’에 대한 자료를 제출하도록 요구하였는데, 위 안내문에서 확인되는 ‘해명할 사항 및 증빙서류’의 내용만으로는 이러한 행위가 2015 내지 2017 사업연도에 AAA에 지급한 보수의 손금 산입 여부와 적정성을 판단하기 위한 조사행위의 일환으로 이루어진 것인지 여부를 알기 어렵다. 나아가 CC지방국세청의 담당공무원이 실질적으로 세무조사에 해당할 정도의 질문조사권을 행사했다고 인정할 증거가 없는 이상, 이 사건 1차 조사가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 단정할 수 없다.

② 원고는 CC지방국세청이 이 사건 1차 조사 당시 제출을 요구한 해명자료는 급여 지급규정, 급여 지급 증빙, 이사회 회의록, 급여 상승 사유, 퇴직금 중간정산 여부에 관한 서류로서 구체적이고 포괄적이며, 원고가 자료와 의견서를 제출하고 여러 차례 이루어진 보완 요구에 응하는 과정에서 영업의 자유에 영향을 받았다고 주장한다. 그러나 원고가 제출한 해명자료는 이미 작성되어 있거나 기존 자료를 설명하는 내용에 불과하고 원고가 새롭게 자료를 수집하여 제출하였다고 볼 증거가 없으며, 단지 몇 차례의 보완 절차가 이루어졌다는 사정만으로 원고의 영업의 자유나 법적 안정성이 침해될 정도의 조사가 이루어졌다고 보기는 어렵다.

③ 원고가 서면조사의 형식을 취한 경우에도 세무조사에 해당한다고 주장하면서 들고 있는 사례는 담당 세무공무원이 매출누락 금액을 확인하기 위하여 직접 사업장에 방문하여 상당한 기간에 걸쳐 직원들에게 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득한 사안이거나(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결), 약 2개월에 걸쳐 방대한 양의 자료를 요청하고 그 내용 역시 영업 비밀과 밀접하게 관련된 자료를 포함하는 경우로서(대법원 2022. 2. 24. 자 2021두56152 심리불속행기각 판결로 확정된 수원고등법원 2021. 10. 1. 선고 2020누13093 판결) 이 사건과는 조사의 구체적인 방식이나 범위, 내용 등에 차이가 있으므로, 이를 근거로 이 사건 1차 조사가 세무조사에 해당한다고 볼 수도 없다.

• 나) 쟁점 보수가 손금불산입의 대상에 해당하는지 여부에 관한 판단 제1심판결이 인정한 사정들에다가 갑 제4, 7 내지 9, 33, 34, 40, 41호증, 을 제1 내지 5, 10, 19, 20, 27, 28호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, 원고가 AAA에게 2015 내지 2018 사업연도에 지급한 합계 186억 원 상당의 쟁점 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 취지의 원고의 이 부분주장도 이유 없다.

① 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 원칙적으로 손금산입의 대상이 되지만, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 손금에 산입할 수 없다고 보아야 하고(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조), 피고는 AAA이 수행한 업무의 내용, 다른 임원들이 지급받은 보수와의 격차, 보수의 증감 추이 및 영업이익 변동과의 연관성 등 제반 사정을 종합하여 쟁점 보수가 실질적 이익처분에 해당한다고 보아 이 사건 법인세 부과처분을 한 것이다.

② AAA은 2015 내지 2018 사업연도에 쟁점 보수를 지급 받을 당시 대표이사로서 원고의 경영을 총괄하였는데, 그 무렵 원고의 영업이익이 증가하였고, 그 과정에서 원고의 금융기관 대출에 대해 AAA이 직접 연대보증을 한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 사실상 1인 주주 겸 대표이사가 회사의 금융기관 대출에 대해 연대보증을 하는 것이 매우 이례적인 일이라고 보기 어렵고, AAA이 대부분의 주식을 보유하고 있는 특수관계법인에 자금을 대여하는 과정에서 원고의 금융기관 대출에 대한 대표 이사의 연대보증이 필요했던 것으로 보이는 사정 등을 고려하면, AAA이 연대보증을 통해 통상적인 대표이사의 역할을 넘는 특별한 기여를 하였다거나 동종 업계에서 대표 이사에게 지급되는 보수의 수준을 현저하게 상회할 정도의 역할을 수행한 것이라고 보기 어렵다.

③ 특히 AAA은 2015 내지 2018 사업연도에 다른 임원들이 지급받은 보수에 비해서 최대 약 00배에 달하는 보수를 지급받았는데, 설령 AAA이 과거 금융기관에서 근무한 경력을 바탕으로 자금조달 업무를 주도하여 원고의 사업 추진에 상당한 기여를 하였다고 하더라도, 이러한 업무가 다른 임원들보다 수십 배의 보수를 지급받을 정도로 특별한 내용에 해당한다고 볼 만한 사정을 찾을 수 없는 이상, 쟁점 보수는 AAA의 대표이사로서의 직무상 공로와 별다른 관계없이 책정 및 지급된 것으로 볼 수밖에 없다.

④ 한편 AAA에게 지급된 쟁점 보수를 포함하여 2015년경부터 2019년경까지 원고의 임원들에 대한 보수를 의결하는 내용의 주주총회 및 이사회 의사록이 작성되기는 하였다. 그러나 일부 일자에 대해서는 상이한 내용의 서로 다른 주주총회 의사록이 중복하여 작성되어 있을 뿐만 아니라, AAA이 원고의 지배주주이고 AAA의 가족들로 사내이사가 구성되어 있으며 각 의사록에는 대표이사의 보수에 대한 구체적인 지급기준이나 성과평가에 관한 자료 없이 변경 전후의 보수 금액만이 정해져 있을 뿐이어서 어떠한 내용을 근거로 쟁점 보수가 정해진 것인지를 알 수 없는 이상, 원고가 대표이사의 보수 지급에 필요한 절차를 거치거나 관련 서류가 작성되었다는 사정만으로 쟁점 보수가 실질적 이익처분이 아닌 정당한 직무집행의 대가라고 인정하기는 어려워 보인다.

⑤ 원고는 2015 내지 2018 사업연도에 수천억 원에 이르는 미처분 이익잉여금이 발생하였음에도 2015, 2016 사업연도에는 배당을 실시하지 않은 것으로 보이는데, 그에 따라 해당 사업연도의 이익잉여금 중 상당 부분이 AAA에 대한 쟁점 보수로 지급되었고, 동일한 금액이 배당금으로 지급되었을 경우 발생하는 법인세 상당액이 절감된 것으로 보인다. 또한, 원고는 2017 사업연도 결산 후 00억 0,000만 원, 2018 사업여도 결산 후 00억 0,000만 원의 배당을 실시하였으나, 합계 00억 000만 원의 배당금 중 00억 원가량이 사실상 지배주주 겸 대표이사인 AAA에게 지급되었으며, 원고의 미처분 이익잉여금의 규모에 비추어 다른 주주들에게 지급된 배당금은 미미한 수준에 불과하다고 보이므로, 원고가 일부 사업연도에 배당을 실시하였다는 사정만으로 AAA에게 지급된 쟁점 보수가 실질적 이익처분이 아니라고 단정할 수도 없다.

⑥ 나아가 피고는 원고의 전 대표이사인 BBB에게 같은 기간 동안 지급한 보수 상당액을 기준으로 AAA에 대한 정당한 직무집행의 대가를 산정하였는데, BBB은 원고의 설립에 핵심적인 역할을 하였을 뿐더러 AAA에게 쟁점 보수가 지급된 2015 내지 2018 사업연도에도 원고에게 약 000억 원 이상의 개인자금을 대여하는 등 상당한 기여를 하였던 것으로 보이므로, 이를 기준으로 AAA의 정당한 직무집행의 대가를 산정한 것이 부당하다고 보이지 않는다.

⑦ 한편 원고는 실질적 이익처분에 의하여 지급한 보수를 손금에 산입할 수 없다고 판단한 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결의 취지에 비추어, 해당 법인의 영업이익 중 상당 부분이 대표이사에게 보수로 지급되었고, 주주에게 배당이 단 한 차례도 실시되지 않았으며, 조세 회피목적을 명확하게 추단할 수 있는 경우에 한하여 매우 예외적으로 손금부인이 가능한데, 이 사건은 그와 차이가 있어 위 대법원 판결의 법리를 적용할 수 없다고 주장한다. 그러나 위 대법원 판결은 대부업체가 대표이사에게 영업이익의 대부분을 보수 명목으로 지급한 사안으로 문제 된 법인이 영위하는 사업의 성질과 내용 등이 다르므로 단순하게 대표이사에게 지급된 보수가 영업이익에서 차지하는 비율을 기준으로 이 사건 쟁점 보수의 손금부인 여부를 판단하기는 어렵고, 앞서 본 것과 같이 쟁점 보수 전액이 AAA의 직무집행에 대한 정상적인 대가라고 보기 어려운 이상 주주에게 일부 배당이 이루어졌다거나 법인세 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적인 의도가 명백하게 드러나는 내부 자료 등이 남아 있지 않다는 사정만으로는 실질적인 이익처분에 의하여 지급한 보수를 손금에 산입할 수 없다는 법리가 이 사건에 적용되지 않는다고 볼 수도 없다고 판단된다.

2. 부가가치세 부과처분에 관한 판단 제1심판결이 인정한 사정들에다가 갑 제5, 12, 44 내지 49호증, 을 제2, 11 내지 16호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, 이 사건 아파트의 발코니 확장공사는 부가가치세의 과세 대상에 해당한다고 봄이 상당하고, 그에 따른 공급가액 산정이 잘못되었다고 보이지도 않는다. 따라서 이와 다른 취지의 원고의 이 부분 주장도 이유없다.

• 가) 원고 측에서 작성한 ‘사업수지분석표(을 제11호증)’에는 발코니 확장공사비를 포함한 직접 공사비가 00,000,000,000원으로 산정되어 있고, 이러한 직접공사비가 그대로 반영되어 있는 ‘사업타당성 분석 보고서(을 제12호증)’에는 이 사건 아파트의 세대별 분양가가 발코니 확장공사비를 포함하여 000,000,000원 내지 000,000,000원으로 기재되어 있으며 ‘수입’란에 ‘발코니 확장 포함’ 분양가가 평당 0,000,000원이라고 명시되어 있다. 이러한 문구와 내용에 비추어 볼 때, 원고가 단지 ‘발코니 확장을 제공한다’는 취지에서 사업타당성 분석 보고서의 ‘수입’란에 ‘발코니 확장 포함’이라는 기재를 추가한 것이라고 보기는 어렵고, 오히려 분양수입을 계산하면서 발코니 확장에 따른 수입을 고려한 것이라고 해석하는 것이 자연스럽다.
• 나) 원고가 사업 초기에 사업타당성 분석을 진행한 것과 달리 이 사건 아파트를 분양하면서 분양가에 발코니 확장공사비를 포함시키지 않고 이를 무상 제공하기로 계획을 변경하였다면, 변경 전후의 분양수입 등에 어떠한 차이가 있는지를 비교하거나 분석하는 과정을 거쳤을 것으로 보임에도, 그와 관련된 자료를 찾기 어렵다. 원고가 DD시청 건축과에 제출한 ‘분양가격 산정보고서(갑 제48호증)’에는 발코니 확장공사비가 분양가 산정의 기초가 되는 건축비와 별도의 항목으로 분류되어 있으나, 그 작성 및 증거제출 경위에 의문이 있을 뿐 아니라, 위와 같은 기재만을 근거로 발코니 확장공사가 무상으로 공급된 것이라고 인정하는 경우 실제로는 발코니 확장공사비를 고려하여 분양가를 책정하고서도 관련 서류에는 이를 포함하지 않은 적정 분양가라고 기재하기만 하면, 그에 대한 부가가치세를 내지 않을 수 있다는 결과가 초래되어 부당하다.
• 다) 원고는 원고 및 계열사들이 다른 지역에서 시공한 아파트를 분양할 당시에는 발코니 확장을 유상으로 공급한 경우도 있고, 이 사건 아파트의 경우 분양수입을 극대화하기 위한 전략으로 발코니 확장공사를 무상으로 공급한 것이라고 주장한다. 그러나 발코니 확장공사를 유상으로 공급한 다른 아파트의 경우 해당 지역의 분양 상황에 따라 이를 무상으로 제공하는 것과 같은 외관을 형성할 필요가 없었을 수도 있으므로, 이를 근거로 이 사건 아파트의 발코니 확장공사가 무상으로 제공된 것이라고 단정할 수는 없다. 나아가 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 아파트의 발코니 확장공사비용은 약 0,000,000,000원(갑 제48호증)으로 원고가 위 아파트의 분양으로 얻은 수익인 00,000,000,000원(= 분양수입 –분양원가)의 10%를 넘는 큰 금액인데, 원고가 발코니 확장공사를 위해 상당한 비용을 지출하고도 수분양자들로부터 지급받을 발코니 확장의 대가를 전부 포기할 만한 특별한 사정이 있었다고 보이지도 않는다.
• 라) 원고가 발코니 확장공사를 무상으로 제공한 것이라고 인정하기 위해서는, 수분양자들이 발코니 확장 여부를 자유롭게 선택하되 이를 확장하지 않는 쪽을 택하였더라도 분양가에는 전혀 영향이 없다는 사정이 인정되어야 한다. 즉 발코니 확장을 선택하지 않은 경우에도 동일한 분양가로 공급이 이루어졌어야 하는데, 이 사건 아파트의 경우 수분양자들이 발코니 확장을 선택하지 않았더라도 그 분양가가 동일하였을 것이라고 인정할 사정이 없다(실제로 원고가 모든 세대를 발코니 확장형으로 시공하여 수분양자들이 이를 선택할 수 없었고, 발코니 확장이 기본 사양으로 인식되는 상황에서 수분양자들이 그에 따른 경제적 이익을 포기하면서 발코니 확장을 선택하지 않는 것은 일반적인 거래관행이나 경험칙에도 반하여 상정하기 어려운 경우로 보인다).
• 마) 한편 피고는 이 사건 모집공고 중 발코니 확장공사비란에 기재된 금액을 부가가치세가 포함된 세대별 발코니 확장공사비로 보아 위 금액에 각 세대수를 곱한 금액의 합계액에서 부가가치세를 제외한 금액을 공급가액이라고 인정하여 부가가치세 과세표준을 산정하였다. 그런데 원고는 이 사건 아파트를 분양하면서 분양대금과 발코니 확장비용을 구분하지 않고 수분양자들로부터 대금을 일괄하여 지급받았으므로 단순히 분양계약서의 금액을 기준으로 공급가액을 산정할 수는 없고, 과세관청인 피고로서는 원고가 제출한 자료를 바탕으로 발코니 확장공사의 공급가액을 파악할 수밖에 없는 점, 위와 같이 계산된 공급가액(부가가치세 포함 금액, 세대수가 가장 많은 전용면적 84㎡ A형 및 C형 기준 00,000,000원 내지 00,000,000원)은 이 사건 아파트와 같은 지역에서 분양된 다른 아파트의 발코니 확장비용[원고와 세대수(000세대)가 유사한 아파트의 전용면적 84㎡ 기준 금액, SSSS지구 EEE(445세대)의 경우 7,700,000원, SSSS지구 FFFFFF(000세대)의 경우 0,000,000원, 갑 제44호증]과도 크게 차이가 없는 점(발코니 확장 시 설치하는 가구 및 인테리어 비용에 따라 일부 편차가 발생하는 것은 자연스러워 보인다) 등에 비추어 보면, 피고가 산정한 발코니 확장공사의 공급가액이 위법하다고 보기도 어렵다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 한편 원고는 2024. 10. 14. 자 준비서면 29면 이하에서 매입세액 공제 주장을 하였으나, 이 법원 제2회 변론기일에서 위 주장을 철회하였다.