조세특례제한법 106조의7에 따른 경감세액이 부가가치세 환급대상인지 여부

사 건 2024누20017 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAAAAAA(변경 전 상호: AA택시 주식회사) 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 11. 판 결 선 고

2024. 10. 16.

1. 원고의 항소를 기각한다.

청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 7. 8. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거들과 이 법원에서 원고가 추가로 제출한 증거(갑 제11호증) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 피고가 이 법원에서 추가하는 주장에 관하여 제2항에서 추가로 판단하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 이 사건 특례규정으로 인하여 원고와 국가, 소속 운수종사자 사이에 제3자를 위한 계약관계와 유사한 관계가 형성되었는데, 이 사건 거래가 해제되었으므로 요약자인 국가는 낙약자인 원고에게 부가가치세 상당액을 직접 반환할 의무가 있다.

2. 피고는 원고의 이 사건 경감세액에 관하여 이 사건 거래 및 해제에 따른 기여분과 그 외 거래의 기여분을 계산하여 원고에게 환급세액이 발생하는지 여부를 판단하였어야 함에도, 그러한 판단 없이 원고의 경정청구 전부를 거부한 잘못이 있다.

3. 이 사건 거래의 해제에 따른 원고의 수정세금계산서 발급에 따라 BB택시BB협동조합의 매입세액이 감소되었고, BB택시BB협동조합은 이에 따라 부담하게 된 추가납부세액을 납부하지 못하여 피고로부터 체납처분을 받았는데, 이는 위 각 수정세금계산서과 관련하여 매입세액을 경정하는 것이 전제된다. 그렇다면 피고는 이 사건 거래의 상대방인 원고에 대하여도 그에 상응하는 매출세액 변동에 따른 부가가치세 경정결의서를 작성하였어야 함에도, 원고의 경정청구에 대한 경정결의서를 작성하지 않은 잘못이 있다.

• 나. 판단 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여보면, 원고가 주장하는 사정을 모두 고려하더라도 이 사건 처분이 위법하다고 인정하기 부족하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1. 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것임은 앞서 본 것과 같다. 나아가 부가가치세는 일반택시 운송사업자인 원고가 납부의무를 부담하는 것으로 이 사건 특례 규정에 따른 부가가치세 경감세액은 납부의무자인 원고에게 귀속되고, 다만 원고는 구 조세특례제한법 제106조의8 제2항 에 따라 위와 같이 자신에게 귀속된 부가가치세 납부세액 중 100분의 90에 해당하는 금액을 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 일반택시 운수종사자에게 현금으로 지급할 의무를 부담하게 될 뿐이다. 따라서 원고가 이 사건 경감세액 중 소속 운수종사자 등에게 직접 지급한 금액이 ‘거래징수된 부가가치세’에 해당한다고 볼 수 없음은 물론, 이 사건 특례 규정으로 인하여 국가와 일반택시 운송사업자 및 일반택시 운수종사자 사이에 제3자를 위한 계약과 유사한 관계가 형성된다고 볼 만한 아무런 근거를 찾아볼 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 독자적인 견해에 불과하여 받아들일 수 없다.

2. 이 사건 특례규정은 일반택시 운송사업자의 여객자동차 운수사업과 관련한 총매출·매입세액에 국한되는 것이 아니라 해당 과세기간의 총 매출·매입세액에 대하여 그 부가가치세 납부세액을 경감하도록 정하고 있으며, 경감세액의 발생 원인인 총 매출·매입세액은 다양한 원인에 의하여 발생한다. 이 사건 특례 규정에 따라 원고의 경감세액을 산출함에 있어 이 사건 거래와 관련된 매출·매입세액과 그 외의 매출·매입세액을 구분할 필요가 없는 이상, 이 사건 거래가 해제되었다고 하여 원고의 주장처럼 피고에게 이 사건 거래 및 해제의 기여분과 그 외 거래의 기여분을 계산하여 원고의 환급금이 존재하는지를 판단하여야 할 의무가 있다고 볼 수는 없다. 3) 국세기본법 제45조의2 제3항 에 의하면, 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구한 자에게 통지할 의무만 있을 뿐이고, 반드시 그에 대한 결의서를 작성하여야 한다고 정하고 있지 않다. 따라서 이 사건 처분이 원고의 경정청구가 이유 없다고 판단하여 그 전부를 거부하는 취지인 이상, 원고의 경정청구에 대한 결의서가 작성되지 않았다는 이유로 위 처분에 절차위반의 하자가 존재한다고 볼 수도 없다. 한편 원고는 2019년 2기 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 특례 규정에 따른 경감세액을 제외한 나머지 금액(5,065,754원)을 납부하였으므로, 피고는 적어도 위와 같이 원고가 납부한 부가가치세액에 관하여는 경정결의서를 작성하였어야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 이 사건 각 수정신고 중 2019년 2기분에 관한 수정신고는 ② 쟁점세금계산서 부분을 제외한 것 외에는 당초 신고내역과 동일하고, 따라서 이미 원고가 신고·납부한 위 5,065,754원 부분 역시 반영되어 있으므로, 원고가 해당 부분에 관하여 다시 다툴 수 있다거나 피고가 이 부분에 관하여 별도로 경정결의서를 작성할 의무를 부담한다고 볼 수도 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다