특허권의 귀속자가 누구인지

사 건 부산고등법원2023누20829 법인세등부과처분취소 원고, 항소인 000 주식회사 피고, 피항소인 aa세무서장 제1심 판 결 부산지방법원 2023. 2. 9. 선고 2022구합20762 변 론 종 결

2023. 6. 9. 판 결 선 고

2023. 7. 7.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 법인세 5,958,850원, 2019년 귀속 법인세 11,640,500원, 2020년 귀속 법인세 9,610,830원의 각 부과처분을, 2021. 11. 6. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 2억 원의 소득금액변동통지처분, 2019년 귀속 2억 원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1996. 9. 20. 설립되어 토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사, 토목 측량과 설계, 토목공사업 등을 영위하는 법인이다. 원고의 임원으로는 대표이사 aaa, 사내이사 bbb, 감사 ccc이 있고, 감사 ccc은 대표이사 aaa의 배우자이다. aaa는 원고의 발행주식 24,000주 중 13,050주를 보유하고 있고, ccc은 3,750주를 보유하고 있다.
• 나. aaa는 2017. 2. 3. ○○○○○ 블록(이하 ‘이 사건 제1발명’이라고 한다)에 관한 특허(이하 ‘이 사건 제1특허권’이라고 한다)를 출원하여 위 특허가 2017. 8. 29. 등록되었고(등록번호 xx-xxxxxxx), 2017. 4. 26. ○○○ ○○○○○ 콘크리트패널 및 이를 이용한 옹벽 시공방법(이하 ‘이 사건 제2발명’이라고 하고, 이 사건 제1발명과 이 사건 제2발명을 통틀어 ‘이 사건 각 발명’이라고 한다)에 관한 특허(이하 ‘이 사건 제2특허권’이라고 하고, 이 사건 제1특허권과 이 사건 제2특허권을 통틀어 ‘이 사건 각 특허권’이라고 한다)를 출원하여 위 특허가 2017. 11. 21. 등록되었다(등록번호 xx-xxxxxxx).
• 다. 1) 원고는 2017. 9. 27. aaa로부터 이 사건 제1특허권을 대금 2억 원에 양수하였고, 이에 따라 2017. 10. 19. aaa에게 기타소득에 대한 원천징수세액을 제외한 나머지 금액 191,200,000원을 지급하였다. 2017. 9. 29. 이 사건 제1특허권에 관하여 원고 앞으로 이전등록이 마쳐졌다.

2. 원고는 2019. 1. 17. aaa로부터 이 사건 제2특허권을 대금 2억 원에 양수하였고(이하 이 사건 제1특허권에 관한 2017. 9. 27. 자 양도와 이 사건 제2특허권에 관한 2019. 1. 17. 자 양도를 통틀어 ‘이 사건 각 양도’라고 한다), 이에 따라 2019. 2. 13. aaa에게 기타소득에 대한 원천징수액을 제외한 나머지 금액 182,400,000원을 지급하였다(이하 이 사건 각 양도의 각 대금을 통틀어 ‘이 사건 각 양도대금’이라고 한다). 2019. 1. 25. 이 사건 제2특허권에 관하여 원고 앞으로 이전등록이 마쳐졌다.

• 라. 원고는 이 사건 제1특허권을 2017 사업연도의 자산(특허권)으로 계상하였고, 이 사건 제2특허권을 2019 사업연도의 자산(특허권)으로 계상하였다. 원고는 이 사건 제1특허권에 대한 감가상각비를 2018, 2019, 2020 각 사업연도의 손금에, 이 사건 제2특허권에 대한 감가상각비를 2019, 2020 각 사업연도의 손금에 각 산입하여 해당 사업연도 법인세를 신고하였다.
• 마. 피고는 원고의 위 라.항의 해당 법인세 신고에 대하여 해명자료 제출 요구 및 그 검토를 거쳐, 이 사건 각 특허권이 원고 소유임에도 aaa가 이를 aaa 명의로 등록한 후 원고에게 양도하는 방식을 취하여 원고의 이 사건 각 양도대금이 사외로 유출된 것이고, 이 사건 각 특허권이 무수익자산에 해당하는 것으로 판단하였다.
• 바. 1) 이에 따라 피고는 2021. 11. 1., 원고가 2018, 2019, 2020 각 사업연도의 손금에 계상한 감가상각비(2018년: 31,716,400원, 2019년: 54,433,333원, 2020년:56,800,000원)를 각 손금불산입하여, 원고에게 ① 2018 사업연도 5,958,850원, ② 2019년 사업연도 11,640,500원, ③ 2020 사업연도 9,610,830원의 각 법인세를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다).

2. 피고는 2021. 11. 6., ① 이 사건 제1특허권 양도에 대한 대금 2억 원을 2017사업연도의 익금에 산입함과 동시에 aaa에 대한 상여로 소득처분하고 아울러 손금산입 유보처분을 하여, 2017 사업연도에 관한 위 상여처분에 대한 소득금액변동통지를 하였고, ② 이 사건 제2특허권 양도에 대한 대금 2억 원을 2019 사업연도의 익금에 산입함과 동시에 aaa에 대한 상여로 소득처분하고 아울러 손금산입 유보처분을 하여, 2019 사업연도에 관한 위 상여처분에 대한 소득금액변동통지 하였다(이하 위 각 소득금액변동통지를 ‘이 사건 제2처분’이라고 하고, 이 사건 제1, 2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

• 사. 원고는 이 사건 각 처분에 관하여 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2022. 10. 31. 원고의 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2호증, 을1, 6 내지 8호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

• 가) 이 사건 제2처분과 관련하여

(1) 이 사건 각 발명은 aaa의 개인 발명에 해당하고 aaa의 직무발명에 해당하지 않는다. 설령 이 사건 각 발명이 aaa의 직무발명에 해당하더라도, 이 사건각 양도대금 중 일부는 aaa의 직무발명에 대한 정당한 보상금으로 볼 수 있으므로, 이 사건 각 양도대금 중 정당한 보상금을 초과하는 부분만이 부당행위계산의 부인대상에 해당한다.

(2) 이 사건 각 특허권은 무수익 자산이 아니다. 설령 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이라 하더라도, 원고가 이 사건 각 양도대금을 회수할 때까지의 기간 동안 그 대금 상당액을 aaa에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금에 산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 해야 한다.

• 나) 이 사건 제1처분과 관련하여 이 사건 각 특허권은 무수익 자산이 아니므로, 피고가 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이라고 보아 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 손금에 불산입한 것은 위법하다.

2. 피고의 주장

• 가) 이 사건 제2처분과 관련하여 이 사건 각 특허권의 실질적 귀속자는 원고이다. 이 사건 각 발명이 aaa의 직무발명에 해당하더라도, 원고가 aaa에게 발명진흥법이 정한 절차에 따른 정당한 보상을 한 것이 아니므로, 이 사건 각 양도대금 전체가 부당행위계산의 부인대상에 해당한다.
• 나) 이 사건 제1처분과 관련하여 이 사건 각 특허권은 무수익 자산이므로, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 손금에 산입될 수 없다. 설령 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이 아니라 하더라도, 이 사건 각 특허권은 현재까지도 사업화되지 못하여 원고의 수익에 전혀 기여하고 있는 바가 없으므로 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 법인세법 제19조 에서 정한 손금산입의 요건을 갖추지 못하였다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 처분사유의 추가의 허용 여부

• 가) 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 보건대, 피고가 당초 이 사건 제1처분의 사유로 삼은 것은 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이므로, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 손금에 산입될 수 없다는 것이고, 피고가 이 법원에서 이 사건 제1처분의 사유로 추가한 것은 이 사건 각 특허권이 원고의 수익에 전혀 기여하고 있는 바가 없어 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 법인세법 제19조 에서 정한 손금산입의 요건을 갖추지 못하였다는 것이다. 그런데 위 각 처분사유는 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비의 손금산입행위를 법률적으로만 달리 평가한 것에 불과할 뿐 그 기본적 사실관계는 동일하다고 봄이 타당하므로, 피고가 이 법원에서 한 위 처분사유의 추가는 허용된다.

2. 부당행위계산부인 등에 관한 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조). 법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 또한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서 개별적․구체적인 행위 유형을 정하고, 제9호에서는 '그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위 유형을 정하고 있다(대법원 2020. 3. 26. 선고2018두56459 판결 등 참조).

3. 이 사건 각 발명이 개인발명에 해당하는지 여부 가) 발명진흥법 제2조 제2호 에서는 직무발명에 관하여 “종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자등’이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3호에서는 개인발명가에 대하여 ‘직무발명 외의 발명을 한자를 말한다’고 규정하고 있다.

• 나) 위 법리에 비추어 보건대, 갑4 내지 6호증, 을2 내지 5호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 각 발명은 발명진흥법 제2조 제2호 가 정하는 직무발명이 아닌 aaa의 개인발명에 해당한다고 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

(1) 이 사건 제1발명인 ○○○○○ 블록과 이 사건 제2발명인 ○○○ ○○○○○ 콘크리트패널 및 이를 이용한 옹벽 시공방법은 토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사, 토목 측량과 설계 등을 영위하는 원고의 업무 범위에 속한다고 보인다.

(2) 이 사건 각 특허권 출원 전에는 aaa 단독 또는 aaa와 다른 사람들이 공동 발명자로서 한 발명들에 관하여 원고의 명의로 특허권을 출원 및 등록하기도 하였다(2003. 9. 24. 출원하여 2006. 4. 26. 등록한 ○○○ ○○ ○○○ 및 시공방법, 2003. 9. 24. 출원하여 2004. 1. 15. 등록한 ○○○ ○○ ○○○, 2004. 8. 20. 출원하여 2006. 3. 27. 등록한 ○○○용 스패너, 2008. 5. 22. 출원하여 2008. 12. 2. 등록한 ○○○○○ 블록 및 이의 시공방법, 2017. 5. 12. 출원하여 2018. 1. 8. 등록한 옹벽 축조용 ○○○○. 특히 마지막 2개 특허권들은 이 사건 각 특허권과 관련이 있다).

(3) 피고가 이 사건 각 특허권과 관련한 세무조사를 하는 과정에서, aaa는 이 사건 각 특허의 개발동기를 ‘현재의 지반설계 및 지반조사 업무로는 회사 성장의 한계가 분명하여 토질 및 기초분야 특허개발 및 사업화를 통한 제2의 도약을 모색하고자’ 개발한 것으로 기재하였다. 이에 대하여 피고가 이 사건 각 특허권의 착안 동기에도 불구하고 aaa의 개인 특허로 등록한 사유를 제출할 것을 요청하자, aaa는 ‘원고 명의로 등록한 기존특허 및 시제품을 제작하여 사업화를 시도하였으나, 현실적으로 사업화가 곤란하고, 참여 발명자들에게 성과를 보여줄 수 없어 어려움이 많았다. 개인특허를 등록한 가장 큰 이유는 특허 관련 사업의 진행을 2003년부터 하였으나, 그 성과가 없어 구성원들에게 면목이 없는 점도 큰 이유로 생각함.’이라고 기재하였다.

(4) aaa는 이 사건 각 발명이 개인발명이라고 주장하며 연구노트 등을 제출하였으나, aaa가 이를 발명하기 위한 물적 자원 또는 설비들은 모두 원고의 소유물품인 것으로 보인다.

4. 이 사건 각 양도가 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항). 그런데 이 사건 각 양도대금은 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하지 않은 채 지급된 것이므로, 이 사건 각 양도대금이 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수 없으므로, aaa가 이 사건 각 양도와 관련하여 원고로부터 이 사건 각 양도대금을 지급받을 만한 경제적이고 합리적인 이유가 있다고 볼 수 없다. 결국 원고가 특수관계인인 aaa에게 이 사건 각 양도를 통하여 이 사건 양도대금을 지급한 행위는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 가 정한 부당행위계산의 부인대상에 해당한다고 보아야 한다. 한편 이와 관련하여 이 사건 소송에서 직무발명에 대한 정당한 보상금의 액수를 산정할 수 있는지가 문제될 수 있는데, 정당한 보상금 산정은 발명진흥법상의 절차 규정을 준수하는 것이 전제되어야만 가능하므로 이 사건 소송에서 이를 산정할 수는 없고, 향후 발명진흥법상의 정당한 보상금 지급절차를 거쳐 원고의 aaa에 대한 보상금 지급의무가 확정될 경우, 해당 보상금은 그 확정일이 속하는 사업연도의 손금에 산입될 수 있다. 따라서 원고가 이 사건 각 양도대금을 2017, 2019 해당 사업연도의 손금에 산입한 부분은 부인되어야 하고, 이 사건 양도대금이 원고의 대표이사인 aaa에게 사외 유출된 것이라고 봄이 타당하다. 그러므로 피고가 이 사건 제2처분을 한 것은 적법하다.

5. 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는지 여부

• 가) 이 사건 각 특허권이 무수익 자산인지 여부 ‘무수익 자산’이란 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말하는데(대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결, 대법원 2006. 1. 13. 선고 2003두13267 판결 등 참조), 이 사건 각 특허권이 원고의 현재 수익 파생에 공헌하지 못하고 있는 것으로 보이기는 하나, 피고가 제출한 자료만으로는 장래에도 이 사건 각 특허권의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박하다고 보기는 부족하므로, 이 사건 각 특허권을 무수익 자산으로 볼 수는 없다.
• 나) 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 법인세법 제19조 의 손금산입대상인지 여부 법인세법 제19조 제1항 은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다”고 규정하면서, 다시 제2항에서는 “제1항에 따른 손비는 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”고 규정하고 있다. 따라서 지출된 비용이나 발생된 손실이 손비로 인정받기 위해서는 사업관련성 및 통상성을 가지거나 수익관련성을 가지고 있어야 한다. 위 법리에 비추어 보건대, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비와 관련하여 해당 사업연도에 원고 사업의 수익 창출에 이 사건 각 특허권이 활용되지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이에 의하면, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 해당 사업연도의 손금에 산입될 수 없으므로, 피고가 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 해당 사업연도의 손금에 불산입하여 이 사건 제1처분을 한 것은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.