조사권의 남용이나 절차상, 내용상 하자가 있다고 볼 수 없음 ​

사 건 2020누21128 법인세등부과처분취소 원고, 항소인 주식회사 ○○○○ 피고, 피항소인

□□□세무서장 제1심 판 결 부산지방법원 2020. 5. 8. 선고 2019구합21031 판결 변 론 종 결 2021. 1. 15. 판 결 선 고 2021. 2. 5.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가, ① 2018. 6. 1. 원고에 대하여 한 2013년도 법인세 11,128,410원 및 2014년도 법인세 73,658,410원, 2015년도 법인세 231,877,170원의 부과처분(합하여 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), ② 2018. 9. 28. 원고에 대하여 한 2009년도 법인세 11,934,300원, 2010년도 법인세 14,968,980원, 2011년도 법인세 17,218,590원, 2012년도 법인세 13,653,660원, 2016년도 법인세 24,787,850원에 대한 경정거부처분, ③ 2018. 11. 20. 원고에 대하여 한 2009년 근로소득세 74,686,950원, 2011년 근로소득세 148,421,440원, 2012년 근로소득세 10,258,590원, 2016년 근로소득세 88,360원에 대한 경정거부처분(위 ②, ③ 기재 각 경정거부처분을 합하여 이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 원고의 항소이유 주장은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거들 및 이 법원에 추가로 제출된 증거들을 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 이 사건 경정거부처분 중 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세에 관한 부분이 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다는 이유로 이 사건 소 중 위 경정거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하하고, 피고의 나머지 경정거부처분 및 이 사건 법인세 부과처분이 적법하다는 이유로 원고의 나머지 청구를 기각한 제1심 법원의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 원고가 이 법원에서 특히 강조하는 주장에 대하여 판단하면서 제1심판결문 일부를 아래 제2항과 같이 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 본안 전 항변에 대한 주장 제1심판결문 제10쪽 제8행 다음에 아래와 같은 부분을 추가한다. 【 이에 대하여 원고는, 이 사건 1차 제출요청 과정에서 황AA의 근로소득세를 수정신고하고, 이 사건 세무조사 과정에서 원고의 2009사업연도부터 2012사업연도 및 2016 사업연도 법인세, 대표이사 김BB에 대한 근로소득세를 수정신고한 것은 담당공무원의 위법한 수정신고 안내에 따른 것으로 실질적으로 별도의 과세처분을 한 것이나 다름없고, 이에 대한 경정청구기한은 법인세 및 근로소득세의 법정신고기한이 아닌 수정신고시부터 기산하여야 하므로, 원고의 이 부분 경정청구는 적법하고, 피고가 이를 거부한 것은 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당한다는 취지로 주장한다. 살피건대, ① 과세표준 수정신고는 납세자가 가산세 등의 불이익을 줄이기 위해 자발적으로 신고하는 것인 점, ② 그 과정에서 담당공무원의 수정신고 안내가 있었다하더라도 이를 행정처분이라 볼 수 없는 점, ③ 후술하는 바와 같이 이 사건 1, 2차 제출요청, 이 사건 세무조사 과정 및 이에 근거한 부과처분에 어떠한 절차적, 실체적 위법성이 존재하지 않아 담당공무원의 수정신고 안내가 위법하다고 볼 수 없는 점, ④ 가사 원고의 주장과 같이 담당공무원의 수정신고 안내가 위법하다 하더라도 납세자인 원고가 이를 다투지 않고 경정청구기한 이후 독립된 판단 하에 자발적으로 수정신고를 한 이상 법정신고기한이 아닌 수정신고시부터 경정청구기한을 기산할 이유가 없는 점 등을 종합하면 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.】
• 나. 중복세무조사 주장에 대한 판단 제1심판결문 제13쪽 제15행부터 제14쪽 제14행까지 부분을 아래와 같이 고친다. 【 나) 이 사건 1차 제출요청이 세무조사인지에 대한 판단 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 1차 제출요청은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당된다고 할 수 없다.

① 이 사건 1차 제출요청에 명시된 요청 근거인 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 “납세지 관할 세무서장 및 관할지방 국세청장은 같은 조 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제122조는 “법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자, 원천징수의무자 등에 대하여 질문하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다”라고 규정하고 있으나, 위 각 조항을 근거로 하는 조사행위가 모두 곧바로 ‘세무조사’에 해당한다고 할 수는 없다. 특히나 이 사건 1차 제출요청의 주목적은 과세표준과 세액의 증액 등이 아니라 원고가 신고한 내용의 정확성을 사후검증하기 위한 것으로 보인다.

② 피고가 원고에게 통지한 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출안내’에는 ‘귀사가 제출한 2013. 1. ~ 2015. 12. 사업연도 법인세 신고 서류를 검토한 결과 확인할 사항이 있어 자료를 요청한다’는 내용만이 기재되어 있을 뿐 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 구체적인 산출자료(과세자료 금액 등)가 기재되어 있지 않다.

③ 위 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출안내’ 후 원고의 자발적인 자료제출 외 피고의 원고에 대한 추가조치가 이루어진바 없고, 피고가 원고의 사업장을 방문하여 장부나 물건 등을 직접 조사한 바도 없으며, 위 해명자료 제출안내 시 세무조사 개시를 위한 사전통지 등의 절차가 진행되지도 않았다. 원고는 원고 세무대리인이 담당공무원을 1~2회 방문하여 질문에 답변하기도 하였으므로 피고가 질문조사권을 행사한 것과 동일하다는 취지로 주장하나 원고 세무대리인이 자료제출을 위해 피고를 방문한 것은 자료 제출과정의 일부로 보일 뿐 담당공무원이 실질적으로 세무조사에 상응하는 정도의 질문조사권을 행사하였다고 보기 어렵다.

④ 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 아래 사정들에 비추어 보면 피고가 이 사건 1차 해명자료 제출요청에서 요구한 자료는 제출에 상당한 시간과 인력이 투입되는 사업 전반 일체에 관한 자료라고 볼 수 없다. ㉠ 이 사건 1차 해명자료 제출요청 중 ‘정규증빙수취금액’과 관련된 부분은, 세금계산서 매입내역과 원고가 신고한 법인세 결산항목의 ‘정규증빙수취금액’ 사이에 차이가 발생하므로 해당 금액을 구성하는 계정에 한하여 계정과목별 검토서를 작성하고 계정별 원장을 제출하여 달라는 것이다. 따라서 이를 원고의 사업 또는 회계자료 전반에 관한 자료요청이라 볼 수 없다. 실제로 원고는 ‘정규증빙수취’와 관련된 부분에 한정하여 계정과목별 검토서를 작성하고, 작성된 검토서에 한정한 계정별 원장(각 사업연도 별 1장 분량)을 제출하였다. ㉡ 이 사건 1차 해명자료 제출요청 중 나머지 부분은 원고의 사업소득에 한정하여 지출경위를 밝히고, 특정인(대표자, 조CC, 김DD, 황AA)에 한정하여 사업소득 또는 급여지급 적정여부를 밝히라는 것이다. 따라서 이를 원고의 지출내역 또는 고용행위 전반에 관한 자료요청이라 볼 수 없다. 실제로 원고는 원고가 지출한 사업소득에 한정하여 지출내역서를 작성하고 그 내역에 한정한 산출근거(근로계약서, 각 사업연도 별 근로소득원천징수 영수증)를 제출하였으며, 특정인(대표자, 조CC, 김DD, 황AA)에 한정하여 근무이력, 근로계약서 등의 자료를 제출하였다. ㉢ 원고는 이 사건 1차 해명자료 제출요청 당시 준비에 상당시일이 걸리는 방대한 양의 자료를 제출하였고 이는 원고의 재무자료 일체에 상응한다고 주장한다. 그러나 실제 원고는 2016. 7. 14.자 이 사건 1차 제출요청의 기한인 2016. 8. 10.까지 1달이 채 되지 않는 기간 내에 자료를 모두 준비하여 제출하였으며, 제출한 자료는 특정 항목에 관한 계정별 원장, 사업소득지급명세서, 원천징수이행신고서, 퇴직금지급규정 등 15여 종으로 약 90여 장 분량에 불과한 것(갑 제4호증의3 내지 44)이었다. 나아가 해당 자료는 대부분 원고 또는 원고의 세무대리인이 보관하고 있던 자료로서 제출에 큰 어려움이 있다거나 제출요구가 중대한 영업의 지장을 초래하였다고 보기 어렵다.

⑤ 나아가 원고에 대한 이 사건 1차 제출요청은 원고로 하여금 사실관계 확인을 요청하고 성실납세를 위한 자발적인 협력을 구하는 차원에서 이루어 진 것으로 보이고 세무조사권이 남용될 염려가 엿보이지도 않는다. 실제로 원고는 이 사건 1차 제출요청 이후 자발적으로 종전에 사업소득으로 신고하였던 황AA의 해외영업수당을 근로소득으로 수정신고하고 해당 근로소득세분을 납부하기도 하였다.

• 다) 이 사건 2차 제출요청이 세무조사인지에 대한 판단 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 2차 제출요청 또한 재조사가 금지되는 세무조사에 해당된다고 할 수 없다.

① 이 사건 2차 제출요청에 명시된 요청 근거인 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제122조는 “법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자, 원천징수의무자 등에 대하여 질문하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다”라고 규정하고 있으나, 위 각 조항을 근거로 하는 조사행위가 모두 곧바로 ‘세무조사’에 해당한다고 할 수는 없다. 특히나 이 사건 2차 제출요청은 피고 업무처리의 적법성․타당성을 검증하기 위한 상위관청(◇◇지방국세청)의 정기감사 업무 과정에서 감사자료 확인을 위해 이루어진 것으로 보인다.

② 피고가 원고에게 통지한 ‘해명자료 제출 안내문’에는 ◇◇지방국세청의 정기종합감사와 관련하여 자료를 요청한다는 내용이 명시되어있을 뿐 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 구체적인 산출자료(과세자료 금액 등)가 기재되어 있지 않다. 나아가 ◇◇지방국세청은 위 종합감사와 관련하여 ‘감사대상기관인 □□□세무서의 업무 전반의 적법성․타당성을 점검하기 위하여 이루어진 것이고, 원고를 상대로 한 근거서류의 진위여부 확인은 실질적인 세무조사로 비추어질 수 있어 추가 확인 없이 감사를 종결하였다’는 취지로 설명하였다. 결국 이 사건 2차 제출요청의 표면적 대상은 원고이나 이를 통해 궁극적으로 조사 또는 감사하고자 하는 대상은 납세자 개인(원고)이 아닌 하위 과세관청(□□□세무서)으로 보인다.

③ 이 사건 2차 해명자료 제출 안내 후 원고의 자료제출, 피고 또는 ◇◇지방국세청의 원고에 대한 추가 증빙서류 요청(퇴직금을 2012. 1. 1. 이전 평균임금의 10배수로 규정한 임원퇴직금지급규정과 달리 5배수로 정한 사유에 관한 해명)외에는 피고가 원고의 사업장을 방문하여 장부나 물건 등을 직접 조사한 바도 없으며 위 해명자료 제출안내 시 세무조사 개시를 위한 사전통지 등의 절차가 진행되지도 않았다. 나아가 피고 또는 ◇◇지방국세청 직원의 위 추가 증빙서류 요청은 감사 목적(대표자에 대한 퇴직금 지급의 적정성)에 따른 것일 뿐 이를 넘어 원고에게 실질적으로 세무조사에 상응하는 정도의 폭넓은 질문을 한 것으로 보이지 않는다. 나아가 ◇◇지방국세청은 결과적으로 원고가 제출한 자료만으로는 원고의 대표자 퇴직금 과다지급을 위한 2015년 급여 변칙인상, 대표자에 대한 고율의 지급배율 차별적용 혐의 입증은 불충분하다는 취지로 정기감사를 마무리한 것으로 보인다.

④ 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 아래 사정들을 종합할 때 피고가 이 사건 2차 제출요청에서 요구한 자료는 제출에 상당한 시간과 인력이 투입되는 사업전반 일체에 관한 자료라고 볼 수 없다. ㉠ 이 사건 2차 제출요청은 소득자 김BB의 2015년 귀속 퇴직금 지급 적정 여부를 특정하여 해명을 요구한 것으로, 원고 또한 위 쟁점 및 귀속연도에 한정한 자료를 제출하였다. ㉡ 원고는 피고가 이 사건 1차 제출요청과 동일한 사안에 대해 이 사건 2차 제출요청을 하였고, 원고 영업의 지장을 초래할 정도로 상당한 기간과 인력을 투입하여 방대한 양의 자료를 요청하였다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 1차 제출요청은 대표자 김BB을 포함한 특정인(조CC, 김DD, 황AA)의 사업소득 또는 급여지급 전반의 적정여부에 관한 것인 반면 이 사건 2차 제출요청은 김BB의 2015년도 귀속 중간정산 퇴직금의 적정여부에 관한 것인 점, 실제로 원고는 1차 제출요청에서는 일반적인 급여지급에 관한 자료를 제출한 반면 2차 제출요청에서는 중간정산 퇴직금 규정, 퇴직금 중간정산 관련 주주총회 의사록 등을 특정하여 제출한 점을 종합할 때 이 사건 1, 2차 제출요청이 동일한 사안에 관한 것이라고 보기 어렵다. 나아가 원고는 2016. 10. 18.자 2차 제출요청에 대하여 2016. 10. 이내에 요청 자료를 준비하여 제출하였고(피고가 제시한 제출기한은 2016. 10. 19. 이다), 제출한 자료는 퇴직금 중간정산 신청서, 근로계약서, 정관 등 8종에 불과한 것으로 그 양 또한 방대하다고 보이지 않는다. 또한 위 자료들은 모두 원고 또는 원고의 세무대리인이 기존에 보관하고 있던 자료로서 이를 제출하는 데 큰 어려움이 있다거나 그 제출요구가 중대한 영업의 지장을 초래하였다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 피고에 대한 ◇◇지방국세청의 정기감사는 과세관청의 내부적인 업무이므로 감사대상이 아니라 자료제출 요청대상에 불과한 원고에게 검토결과를 별도로 안내할 이유가 없다. 실제로 피고는 납세신고 사후검증을 위한 이 사건 1차 제출요청 이후 원고에게 수정신고를 안내한 것과 상반되게 이 사건 2차 제출요청 이후 그 결과를 별도로 원고에게 안내하지 아니하였다(피고 주장에 따르면 검토종결보고서 또한 작성되지 않은 것으로 보인다).

⑥ 나아가 원고에 대한 이 사건 2차 제출요청은 과세관청의 내부 감사과정에서 이루어진 것으로 세무조사권이 남용될 염려가 엿보이지도 않는다.

• 라) 소결론 따라서 이와 달리 이 사건 1, 2차 제출요청이 세무조사에 해당한다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.】
• 다. 세무조사 대상자 선정 위법 주장에 대한 판단 제1심판결문 제15쪽 제17행부터 같은 쪽 제20행까지 부분을 아래와 같이 고친다. 【 위 인정사실로부터 추인되는 사정들, 즉 ① △△△세무서장은 피고가 이미 확보하고 있던 세무신고 자료, 전산자료 및 이 사건 1, 2차 제출요청으로 확보한 자료들을 종합하여 2017. 12. 경 원고를 세무조사 대상자로 선정한다는 취지의 ‘조사대상자 선정검토표’, ‘조사참고자료’ 등을 작성한 점, ② 원고는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료라고 하더라도 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는데(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결) 이 사건 1, 2차 제출요청은 모두 세무조사에 해당하므로 그 과정에서 취득한 자료는 세무조사 대상자로 선정할 수 있는 ‘명백한 자료’에 포함될 수 없다는 취지로 주장하나 위에서 본 바와 같이 이 사건 1, 2차 제출요청은 세무조사로 볼 수 없어 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없는 점, ③ 또한 원고는 이미 이 사건 1, 2차 제출요청에 따른 자료제출을 통해 원고의 퇴직급여 과다계상에 따른 탈루혐의를 해소하였으므로 원고를 세무조사대상자로 선정할 사유가 없다는 취지로 주장하나 피고가 이 사건 1, 2차 제출요청 이후 아무런 조치를 취하지 않았다 하더라도 피고가 원고에 대한 혐의를 최종적으로 해소하였다고 단언할 수 없고(오히려 피고는 이 사건 1차 제출요청 이후 원고에게 수정신고를 안내하였고, 이 사건 2차 제출요청 이후 원고를 세무조사 대상자로 선정하는 적극적인 후속행위를 하였다), 세무조사 당시 의심된 탈루 혐의를 밝히지 못하여 결과적으로 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하였다 하더라도 이러한 사정을 이유로 그 전제가 된 세무조사가 위법하다고 단정할 수도 없는 점을 종합할 때 피고의 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.】
• 라. 사전통지절차 하자 주장에 대한 판단 제1심판결문 제16쪽 제6행부터 같은 쪽 제14행까지 부분을 아래와 같이 고친다. 【 갑 제10호증의 기재에 의하면 △△△세무서장이 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니한 사실은 인정된다. 그러나 위 인정사실로부터 추인될 수 있는 사정들, 즉 ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사는 원고의 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료에 의하여 개시되었고, 원고의 신고누락 혐의금액이 적지 않은 점(원고의 2015 사업연도 대표이사 김BB에 대한 퇴직급여 중도정산 지급액은 해당 사업연도 수입금액의 약 8.7%에 육박하며 2013~2015 사업연도의 증빙 없는 가공원가 계상 혐의 금액은 합계 약 3억 6,600만 원에 달한다), ② 이 사건 세무조사 이전 원고의 신고내용 탈루 또는 오류 혐의에 대한 이 사건 1, 2차 제출요청이 있었으나 위에서 본 바와 같이 각 제출요청은 매우 제한적인 내용에 관한 것에 불과했고 원고를 상대로 힌 별도의 질문 또는 조사에 나아가지 않은 점, ③ 결국 이 사건 1, 2차 제출요청에 따른 자료제출 과정에서 원고는 피고의 소명요구에 형식적․소극적으로 응한 것에 불과했고 제출된 자료들만으로는 위 혐의를 입증하기 어려웠던 점, ④ 원고는 이 사건 1, 2차 제출요청은 실질적으로 세무조사이므로 그 중 확인된 일부 신고내용 오류를 이유로 사전통지절차를 생략하는 것은 위법하다는 취지로 주장하나 위에서 본 바와 같이 이 사건 1, 2차 제출요청은 세무조사에 해당하지 않는 점, ⑤ 또한 원고는 피고의 이 사건 1, 2차 제출요청에 따라 방대한 양의 자료를 이미 제출하였고 실제 세무조사 결과 원고의 신고내용 탈루․오류 혐의 없음이 확인되었다는 취지로 주장하나 피고의 위 각 요청에 따라 제출된 자료는 그 범위, 규모, 기간 등에 비추어 특정 내용에 관련된 것일 뿐 포괄적인 자료라 볼 수 없고 세무조사 결과 혐의가 입증되지 않았다는 사정만으로 그 전제가 되는 세무조사 개시절차의 위법성을 판단할 수는 없는 점을 종합할 때 이 사건은 원고에게 세무조사를 사전에 통지하는 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다 할 것이다. 따라서 피고가 원고에 대한 세무조사에 착수하면서 사전통지를 하지 않은 것이 위법하다는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.】

그렇다면 이 사건 소 중 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세 경정거부처분 취소청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.