퇴직금 중간정산액이 연구인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함하는지 여부

사 건 2014누342 법인세부과처분취소 원고, 항소인 주식회사 AAA 피고, 피항소인 수영세무서장 제1심 판 결 부산지방법원 2013. 5. 10. 선고 2012구합2307 판결 환송 전 판결 부산고등법원 2013. 9. 25. 선고 2013누1379 판결 환 송 판 결 대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 변 론 종 결

2014. 5. 23. 판 결 선 고

2014. 6. 27.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

• 가. 이 사건의 쟁점 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것 및 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 '연구·인력개발비'라 한다)이 있는 경우에는 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 별표6 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제l항 별표6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 '기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 '전담부서'라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비'를 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있다. 원고가 기업부설 연구소의 연구원들에게 지급한 중간정산퇴직급여가 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.
• 나. 판단 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다. 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간 손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다. 따라서 퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 제1심 판단은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.