사실과 다른 세금계산서에 해당하나 증빙미수취가산세 적용 대상은 아님

사 건 2014누11185 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2015. 3. 6. 판 결 선 고

2015. 3. 27.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2012. 12. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 법인세 155,270,630원의 부과 처분 중 154,906,630원을 초과하는 부분，2010년 귀속 법인세 28,138,340원의 부과 처분 중 27,188,340원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2012. 12. 1. 원고에 대하여 한 ① 2009년 2기분 부가가 치세 2,934,380원, 2010년 1기분 부가가치세 1,090,390원, 2010년 2기분 부가가치세 136,018,100원의 각 부과처분(각 가산세 포함) 및 ② 2009년 귀속 법인세 155,270,630 원의 부과처분 중 154,906,630원을 초과하는 부분, 2010년 귀속 법인세 28,138,340원 의 부과처분 중 9,929,920원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 각 취소한다(원고는 당심에서 피고의 감액경정처분에 따라 청구취지를 일부 감축하였다).

• 가. 원고는 2006. 7. 1.부터 2010. 10. 26.까지는 00시 00면 00리 1072에서， 그 이후부터 현재까지는 현재 소재지인 00 00군 00면 00리에서 동파이프, 비철 금속 제조 및 판매업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 MMMM이라는 상호로 비철 •고철 등 도소매업을 영위하는 KKK로부터 2009년 제2기부터 2010년 제2기까지 과세기간 중 아래 표1 기재와 같이 공급가액 합 계 928,621,270원(이하 ’이 사건 매입액’이라고 한다)의 매입세금계산서 14매(이하 합하 여 ’이 사건 각 세금계산서’라고 한다)를 교부받아 피고에게 매입액 관련 세액을 공제하고 그 매입액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 다. 금정세무서장은 KKK(MMMM)에 대한 세무조사 결과 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 보아 이를 피고에게 과세자료로 통보하였고, 피 고는 이와 같은 이유로 2012. 12. 1. 원고에 대하여 이 사건 각 세금계산서에 기한 부 가가치세 매입세액 공제를 부인하고, 그에 따라 2009년 2기분 부가가치세 3,480,380원 (가산세 포함), 2010년 1기분 부가가치세 1,300,390원(가산세 포함), 2010년 2기분 부가가치세 162,868,730원(가산세 포함)을 부과하는 한편, 이 사건 각 세금계산서 상당 금액에 대하여 적법한 증빙서류를 수취하지 아니하였다는 이유로 법인세법상 증빙미수취 가산세로 2009년분 364,000원, 2010년분 18,208,420원을 각 부과하였다(이하 ’이 사 건 법인세 부과처분|이라고 한다)을 하였다.
• 라. 이에 원고는 이의신청을 거쳐 2013. 5. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2013. 8. 14. 기각결정을 받았고, 2013. 11. 11. 이 사건 소를 제기하였다.
• 마. 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2015. 10. 16. 위 각 부가가치세 부과처분에 대하여 부당과소신고 가산세를 부과하였던 부분을 일반과소신고 가산세를 적용하는 것으로 직권경정하였는바, 이와 같이 직권경정되고 남은 각 부과가치세 부과내역(이하 직권경정되고 남은 각 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분을 합하여 1이 사 건 각 처분'이라고 한다)은 아래 표2 기재와 같다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 MMMM을 운영하는 KKK로부터 실제 비철 등을 공급받고 매입대금을 송금하여 정상적으로 거래하고 이 사건 각 세금계산서를 교부받았으므로，이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없음에도 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하고，설령 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 원고가 재화를 공급받고 세금계산서를 수취하였으므로 법인세법상의 증빙자료를 수취하지 않았다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 '관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1. 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 같 다) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득. 수익 •계산 •행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기 재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식 적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 할 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

2. 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제1, 2호증, 을 제3, 6, 7호증의 각 기재，제1심 증인 KKK의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정하거나 추인할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 각 세금계산서 상의 공급가액 상당의 비철 등은 MMMM이 아닌 SS비철금속, JJ금속 주식회사, 주식회사 TTTTTT 등이 원고에게 공급한 것임에도 원고가 마치 MMMM으로부터 위 비철 등을 공급받은 것처럼 이 사건 각 세금계산서를 교부받았다고 보이므로, 이 사건 각 세금계산서는 비철 등을 공급하는 주체가 사실과 다르게 작성된 허위의 세금계산서로 봄이 상당하다.

• 가) MMMM의 사업주로 사업자등록이 되어 있는 KKK는 MMMM 이전에는 사업체를 운영한 이력이 전혀 없는데다가, KKK는 MMMM의 임대차보증금을 비롯하여 사업자금 및 운영자금을 모두 원고 대표이사나 그 처에게 빌려 마련하였다고 주장하는 점에 비추어 KKK는 MMMM 명의로 발행된 매출세금계산서 상 공급가액에 해당하는 규모의 거래를 할 만한 경제적 능력이 없는 것으로 보인다.
• 나) MMMM의 사업자등록증에 등재된 사업장에 야적장이나 고철계근대，집게차 등 고철업을 영위하기 위해 필수적인 시설이나 장비 등을 갖추고 있었다고 볼 만한 자료가 전혀 없고, KKK는 제1심 법정에서 직원 없이 혼자 MMMM을 운영하였다고 진술하였는바, 이러한 사정을 보더라도 MMMM은 그 명의로 발행한 매출세금계산서 상 총공급가액 규모의 거래를 할 수 있을 정도의 인적 자원이나 물적 시설을 전혀 갖추고 있지 못하였던 것으로 보인다.
• 다) KKK는 과세관청의 실지조사 당시 MMMM이 실제로 비철 등을 매입하였다고 진술하면서도 그 매입처나 매입자금의 출처 등 실제로 정상적으로 비철을 매입하였더라면 쉽게 밝힐 수 있는 사항들에 대하여 전혀 밝히지 않았고, 그에 대한 증빙 자료도 제시하지 않고 있는데다가, MMMM의 매입처로 알려진 거래처들이 TTTTTT(KKK는 TTTTTT에서 2006. 8.까지 근무하였다)의 대표 QQQ의 제안으로 MMMM을 거쳐 거래를 한 것일 뿐 KKK와 직접 거래하거나 통화한 사실이 없다고 진술하고 있는 점 등에 비추어 MMMM이 운영기간동안 자신의 매입처로부터 비철 등을 매입한 사실을 인정하기 어렵고, 그와 같이 MMMM이 비철 등을 매입한 사실을 인정하기 어려운 이상 MMMM이 이 사건 각 세금계산서 기재 내용과 같은 대량의 비철 등을 원고에게 실제로 공급하였다고 보기도 어렵다[KKK는 위와 같이 재화의 공급 없이 세금계산서를 발급하였거나 세금계산서를 발급받은 사실로 과세관청으로 부터 조세범처벌법 위반 혐의로 고발되어 00지방법원으로부터 벌금형을 선고(00지방법원 20노39)받았고, 현재 KKK의 상고(대법원 20도58)로 재판 계속 중 이다].
• 라) 오히려, ① MMMM은 2009. 8. 7. 개업하였는데, MMMM은 원고가 2009.3. 10.부터 2009. 8. 7.까지 공장 및.창고로 임차하여 사용하던 장소를 그대로 임차하여 사업장으로 사용하였 고, KKK는 MMMM 사업장의 임대차보증금을 원고 대표이사의 처로부터 차용하여 지급하였다고 주장하면서도 변제기 및 이자에 관한 약정도 없었고, 차용증조차 작성하지 않았다고 주장하는 점, ② 과세관청의 실시조사에서 원고의 2010 년도 거래명세서류 중 일부 매입관련 서류에서 물품입고 및 배송확인란에 KKK가 서명한 것이 발견되었고, MMMM의 사업용 계좌에서 매월 15일을 전후하여 KKK 명의의 다른 예금계좌로 매월 2,000,000원의 돈이 이체되었던 점, ③ KKK는 2010. 10. 25. MMMM을 폐업하였는데, 그 다음날인 2010. 10. 26. 원고의 본점이 현재 소재지인 00 00군 00면으로 이전된 점, ④ KKK는 MMMM의 폐업과 동시에 원고의 생산차장으로 취업하여 현재까지 근무하고 있으며, 원고로부터 월 급여로 2,000,000원을 지급받고 있는데, 이는 KKK가 MMMM을 운영할 당시 MMMM의 사업용 계좌에서 KKK 명의의 다른 예금계좌로 매월 이체되던 돈과 일치하는 점 등의 사정을 보태어 보면, KKK가 MMMM이라는 상호로 사업자등록을 하였으나, 독립적인 사업을 영위함이 없이 원고의 직원으로 근무한 것으로 보인다.

3. 따라서 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 것이므로，이 와 다른 전제하에 선 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

• 라. 이 사건 법인세 부과처분의 적법성

1. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제5항은 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액(이하 '증 빙미수취 가산세'라고 한다)을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제116조 제2항 은 대통령령으로 정한 경우 외에는 1. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표, 1의2. 현금영수증, 2. 부가가치세법 제16조 에 따른 세금계산서, 3. 제121조 및 소득세법 제163조 에 따른 계산서1를 증빙서류로 받아 보관해야 한다고 규정하고 있으며, 한편 구 법인세법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항，제158조 제1항에 의하면, 구 법인세법 제76조 제5항 전단에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 ’1. 법인, 2. 부가가치세법 제2조 의 규정에 의한 사업자(다만, 읍•면지역에 소재하는 부가가치세법 제25조 의 규정에 의한 간이과세자로서 여신전문금융업법에 의한 신용카드가맹점 또는 조세특례제한법 제126조 의3에 따른 현금영수증가맹점이 아닌 사업자를 제외), 3. 소득세법 제28조 의 규정에 의 한 사업자 및 동법 제119조 제3호•제5호 또는 제10호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자(다만, 동법 제120조의 규정에 의한 국내사업장이 없는 비거주자를 제외)’라고 규정하고 있다. 위와 같은 관계법령의 문언과 취지에 비추어 보면, 재화 또는 용역을 공급하는 업체가 ’법인, 부가가치세법상의 사업자, 소득세법상의 사업자 등 대통령령이 정하는 사업자’가 아니라면, 재화 또는 용역을 공급받은 법인에게 구 법인세법 제76조 제5항 소정의 증빙미수취가산세를 부과할 수 없다고 할 것이고，재화 또는 용역을 공급하는 업체가 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 대통령령이 정하는 사업자인지 여부는 과세관청인 피고가 이를 입증해야 한다.

2. 표1 순번 1，2, 3번을 제외한 나머지 기재 각 세금계산서(이하 ’이 사건 나머지 세금계산서’라고 한다)와 관련한 증빙미수취 가산세에 대한 판단 앞서 본 인정사실 및 증거들에 의하면 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 SS비 철금속, JJ금속 주식회사 및 주식회사 TTTTTT가 이 사건 나머지 세금계산서 기재 일시에 그 기재 중량의 품목을 QQQ의 제안으로 MMMM을 거쳐 원고에게 공급한 점, KKK는 이 사건 나머지 세금계산서 기재 일시에 SS비철금속, JJ금속 주식회사 및 주식회사 TTTTTT로부터 그 기재 중량의 품목을 공급받은 사실이 없음에도 허위내용의 매입세금계산서를 발급받았다는 범죄사실로 과세관청으로부터 조세범처벌법 위반 혐의로 고발되어 부산지방법원으로부터 벌금형을 선고(부산지방법원 2013노3289)받고, 현재 상고심(대법원 2014도5408) 계속 중인 점, 이 사건 나머지 세금계산서는 공급하는 자가 사실과 달리 기재된 것인 점 등을 종합하면, 원고는 부가가치세법상 사업자로서 부가가치세법 제16조 에 따른 세금계산서를 발급할 의무가 있는 SS비 철금속, JJ금속 주식회사 및 주식회사 TTTTTT로부터 재화를 공급받았음 에도 공급하는 자가 사실과 달리 기재된 이 사건 나머지 세금계산서를 교부받았다고 할 것이다

3. 표1 순번 1, 2, 3번 기재 세금계산서와 관련한 증빙미수취 가산세에 대한 판단 피고는 표1 순번 1, 2, 3번 기재 세금계산서와 관련하여 원고가 MMMM으로부터 그 기재 일시에 그 기재 재화 및 용역을 공급받은 사실이 없다는 점에 관한 입증자료만을 제출하였을 뿐, 원고에게 비철 등을 공급한 실거래업체를 특정하지 아니한 채, 비철거래의 일반적인 특성, 원고가 비철을 매입한 규모 등에 비추어 보면，실거래업체 는 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 대통령령이 정하는 사업자로 추정된다는 취지의 주장만 하고 있는바, 아래에서 보는 바와 같이 피고가 주장하는 사유만으로는 원고에게 비철 등을 공급하였다는 실거래업체가 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 대통령령이 정하는 사업자라는 점이 입증되었다고 보기 어렵고，달리 이를 인정할 증거가 없다.

• 가) 피고는, 고물수집상은 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호 에 따라 영리를 목적으로 사업상 독립적으로 재화를 공급하는 자에 해당하고, 한편 국세청이 발간한 "2011 년 귀속 기준경비율•단순경비율" 책자에 의하면 고물수집상은 도매업에 해당하는데, 구 부가가치세법 제25조 제1항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조 제2항에 의하면 도매업자는 간이과세자에서 제외되므로, 원고에게 고철을 공급한 실거래업체는 구 법인세법 시행령 제120조, 제158조 제1항 제2호에서 정한 사업자로 추정된다고 주장한다. 그러나 ① 국세청이 발간한 ”2011년 귀속 기준경비율•단순경비율" 책자에 규정된 내용에 대해 대외적 구속력과 규범력을 인정하기 어려운 점, ② 구 부가가치세법 시행령 제74조 제2항은 도매업을 간이과세자에서 제외하고 있지만 재생용 재료수집 및 판매업을 하는 도매업자는 간이과세자에서 제외하지 않고 있는바, 원고에게 비철 등을 공급한 실거래업체가 재생용 재료수집 및 판매업자가 아니라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보 면, 피고가 주장하는 사유만으로는 원고에게 비철 등을 공급한 실거래업체가 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 대통령령이 정하는 사업자로 추정하기 어렵다.
• 나) 피고는 또한 거래규모에 비추어 보아도, 원고에게 고철을 공급한 실거래업체 는 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 대통령령이 정하는 사업자로 추정된다고 주장한다. 살피건대, 원고가 표1 순번 1, 2, 3번 기재와 같이 700만 원에서 4,050만 원 상당의 비철 등을 매입하였음은 앞서 본 바와 같으나, ① 피고의 주장에 의하면 원고가 이를 매입한 MMMM은 ’자료상’에 불과하고, 표1 순번 1, 2, 3번 기재 세금계산서 는 허위라는 것이므로, 이를 통해 실제 거래 내역이나 그 규모를 추단할 수 없는 점, ② 표1 순번 1, 2, 3번 기재 세금계산서를 통해 실제 거래 내역이나 그 규모를 추단할 수 없으므로, 결국 원고에게 비철 등을 공급한 실거래업체가 몇 개의 업체인지도 알 수 없을 뿐만 아니라, 만일 실거래업체가 복수라면 각 실거래업체로부터 각 얼마씩의 고철을 매입하였는지도 알 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 말하는 거래규모를 고려하여 보아도，원고에게 고철을 공급한 실거래업체가 구 법인세법 제76조 제5항 에 서 말하는 대통령령이 정하는 사업자라고 추정할 수 없다.
• 다) 한편，고철거래의 특성에 비추어 보면 원고에게 고철을 공급한 실거래업체가 부가가치세법 또는 소득세법상 등록을 하지 아니한 업체일 가능성을 배제할 수 없는 데, 이와 같은 미등록업체일 경우 다음과 같은 사정들을 고려하여 보면, 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 ’대통령령으로 정하는 사업자’에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

① 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받는 원고로서는 '실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자’로부터 구 법인세법 제116조 제2항 각 호의 규 정에 따른 증빙서류를 받아야 한다.

② 그런데 구 법인세법 제116조 제2항 제3호 는 수취해야 할 증빙서류로 ’ 부가 가치세법 제16조 에 따른 세금계산서’를 규정하고 있는바, 구 부가가치세법 제16조 제1 항은 남세의무자로 등록한 사업자를 세금계산서를 발행할 주체로 규정하고 있고, 발행 하는 세금계산서에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등을 필수적으로 기재하도록 규정 하고 있으므로, 부가가치세법상 세금계산서를 작성 하여 교부하여야 할 자는 부가가치세법상 사업자로 등록된 사람으로 한정된다고 볼 것이다(대법원 1995. 4. 25. 선고 95도100 판결 참조). 따라서 구 부가가치세법에 따라 사업자등록을 하지 아니한 자는 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 '대통령령이 정하는 사업자’에 해당한 다고 보기 어렵다.

③ 또한, 구 법인세법 제116조 제2항 제3호 는 수취해야 할 증빙서류로 ’ 법인세법 제121조 및 소득세법 제163조 에 따른 계산서’를 규정하고 있는바, 구 법인세법 제121조 는 기본적으로 '법인’이 재화나 용역을 공급한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서나 영수증을 발급해야 한다는 규정이고, 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제1항은 '구 소득세법 168조 에 따라 사업자등록을 한 사업자’가 재화 또는 용역을 공급한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서나 영수증을 작성하여 발급해야 한다는 규정이므로, 결국 원고에게 비철을 공급한 실거래업체가 개인사업자로서 구 소득세법에 따라 사업자등록을 하지 아니한 자라면 구 법인세법 제76조 제5항 에서 말하는 ’대통령령이 정하는 사업자’에 해당한다고 보기 어렵다.

④ 구 법인세법 제116조 제2항 제1호 및 제1의2호는 수취해야 할 증빙서류로 여신전문금융업법에 따른 신용카드 매출전표, 현금영수증을 들고 있으나, 이 사건의 경우 원고에게 비철 등을 공급한 실거래업체가 여신전문금융업법에 따른 신용카드가맹점 이라는 점, 구 소득세법 제162조의3 및 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호 개정되기 전의 것) 제210조의3에 따른 현금영수증가맹점이라는 점을 인정할 증거가 없다.

4. 소결론 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 이 사건 나머지 세금계산서와 관련한 부분은 적법하고, 표1 순번 1, 2, 3번 기재 세금계산서와 관련한 부분은 위법하다고 할 것 이므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

그렇다면 이 사건 법인세 부과처분 중, ① 2009년 귀속 법인세 155,270,630원의 부과 처분 중 154,906,630원{=155,270,630원-(18,200,000-ax2/100)}： 초과하는 부분，② 2010 년 귀속 법인세 28,138,340원의 부과처분 중 27,188,340원{=28,138,340원-(7,000,000원 x2/100)-(40,500,000원X2/100)}을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 각 취소하여야 할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결 중 위 취소 부분에 해당하는 원고 패소 부분은 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.