건물철거에 따른 수용보상금이 부가가치세 과세대상에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법함

사 건 2013누1232 부가가치세부과처분취소 원고, 피항소인 AAA 피고, 항소인 북부산세무서장 제1심 판 결 부산지방법원 2013. 4. 18. 선고 2012구합4952 판결 변 론 종 결

2013. 8. 28. 판 결 선 고

2013. 9. 25.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2012. 9. 6. 원고에 대하여 한 2009년 제1기분 부가가치세 OOOO원， 2012. 11. 15. 원고에 대하여 한 2009년 제1기분 부가가치세 가산세 OOOO원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

• 가. 원고와 BBB(이하 ‘원고 등’이라고 한다)는 2005. 4. 13. CCC로부터 OO시 OO구 OO동 2746-6 대 941m2 및 그 지상의 지하 1층， 지상 6층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고， 위 토지 및 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)의 각 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마치고，그 무렵부터 이 사건 부동산에서 모텔을 운영하여 오다가 2009. 7. 13. 폐업하였다.
• 나. 부산광역시는 2008년경 이 사건 부동산을 포함한 OO시 OO구 OO동 일원에 OO대교를 건설하기 위한 도시계획시설사업인 ‘OOOO건설민간투자사업(이하 ‘이 사건 도시계획시설사업’이라고 한다)’을 실시하기로 하고， 국토의 계획 빛 이용에 관한 법률 제88조에 의한 실시계획인가를 받고， 2008. 3. 26.과 2008. 5. 7. 이를 각 고시하였다.
• 다. 부산광역시는 2008년 7월경 이 사건 도시계획시설사업에 편입되는 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 원고 등과 협의하였으나 협의가 성립되지 아니하자 중앙토지수용위원회에 재결신청을 하였고，중앙토지수용위원회는 2009.4.9. 수용개시일을 2009. 6. 2.로 하여 이 사건 부동산에 관한 수용재결을 하였다. 한편， 원고 등은 이에 불복하여 이의신청을 하였고，중앙토지수용위원회는 2009. 7. 16. 이 사건 부동산에 관한 보상금을 증액하는 이의재결을 하였다.
• 라. 원고 등은 2009. 4. 29. 부산광역시가 위 각 수용재결에 따른 손실보상금으로 지급한 아래 표 기재 돈을 이의 유보하고 각 수령하였는데， 그 중 이 사건 건물에 대한 손실보상금 합계 OOOO원(이하 ‘이 사건 손실보상금’이라고 한다)에 관한 부가가치세는 신고·납부하지 않았다. 구 분 BBB 원 고 합 계 토지 OOOO원 OOOO원 OOOO원 건물 OOOO원 OOOO원 OOOO원 영업손실 OOOO원 OOOO원 OOOO원 시설이전비 OOOO원 OOOO원 OOOO원 합 계 OOOO원 OOOO원 OOOO원
• 마. 이 사건 손실보상금은 이 사건 건물을 다른 곳으로 이전하는 것이 어렵다고 보 아 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘공익사업법’이라고 한 다) 제75조 제1항 제1， 2호에 의하여 각 층별 1m'당 단가에 면적을 곱하여 산출한 감정평가가액의 합계로 책정되었고， 위 보상가액에 부가가치세 매출세액은 포함되어 있지 않았다.
• 바. 부산광역시는 2009. 5. 11. 이 사건 부동산에 관하여 원고 등의 각 공유지분에 대한 이전등기를 마친 후 2010년 9월경 이 사건 건물을 철거하였고，부산광역시 건설 본부 보상팀이 2010. 9. 6. 이 사건 건물의 일반건축물대장을 말소하였다.
• 사. 피고는 이 사건 손실보상금을 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 따른 대가 의 수령에해당한다고보고2012. 9. 6. 2009년 제1기분 부가가치세 및 가산세 OOOO원(OOOO원 + OOOO원)을 원고 등을 연대납세의무자로 하여 부과처분하였다.
• 아. 원고 등은 위 부과처분에 대한 이의신청을 거쳐 2012. 10. 8. 조세심판원에 심판 청구를 제기하였으나， 조세심판원은 2012. 12. 6. 원고 등의 청구를 기각하였다.
• 자. 피고는 제1심 계속 중이던 2012. 11. 15. 위 부과처분 중 가산세 부분을 취소한 후 가산세의 종류와 산출 근거 등을 명시하여 같은 금액을 재부과처분하였다(이하 위 2012. 9. 6.자 부가가치세 부과처분과 2012. 11. 15.자 가산세 부과처분을 통틀어 ’이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 제5호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포 함. 이하 같다)， 을 제1 내지 제8호증의 각 기재， 제1심 법원의 중앙토지수용위원회장 및 부산광역시 건설본부장에 대한 각 사실조회 결과， 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고

• 가) 이 사건 손실보상금은 다음과 같은 이유로 부가가치세 과세대상이 아니므로 이 사건 처분은 위법하다. 이 사건 손실보상금은 원고 등이 이 사건 건물의 소유권을 상실하는 것에 대한 대가 일 뿐이지 ‘재화의 공급’에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세대상이 아니다. 또한 별지 구 부가가치세법 시행령(이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제14조 제4항은 조문의 해석상 협의취득의 경우에만 적용되므로 이 사건과 같은 수용의 경우에 적용될 여지가 없다. 원고 등은 이 사건 건물을 포괄적으로 수용당하였으므로 이는 별지 구 부가가치세법 (이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제6조 제6항 제2호에서 규정하고 있는 사업의 양도에 해당하여 부가가치세의 과세대상이 아니다.
• 나) 이 사건 손실보상금이 부가가치세 과세대상이더라도 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다. 원고가 이 사건 손실보상금을 수령할 당시 부산광역시와 국세청 민원센터 등에 이 사건 손실보상금이 부가가치세 과세대상인지 여부에 관하여 문의한 결과 과세대상이 아니라는 답변을 듣고 이를 납부하지 않고 있었는데， 피고가 지금에 이르러서야 이 사 건 처분을 함으로써 원고는 부담하지 않아도 될 가산세를 부담하게 되었고， BBB가 무자력이 됨으로써 그가 부담하여야 할 부분까지 원고가 모두 부담하게 되었으므로， 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다. 이 사건 손실보상금은 합계 OOOO원인데， 피고는 합계 OOOO원이라고 보고 이 사건 처분을 하였으므로， 과세표준을 잘못 산정하였다. 원고는 이 사건 손실보상금을 수령하면서 부산광역시에 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부하려고 하였으나 이를 거부당하여 세금계산서를 발행하지 못한 것이므로， 이 사건 처분 중 세금계산서 미발행을 이유로 한 가산세 부과처분은 위법하다. 원고는 이 사건 손실보상금을 수령하면서 당시의 판례와 법령에 대한 나름대로의 해 석에 따라 부가가치세를 신고·납부하지 않은 것이고， 그와 같은 데에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다.

2. 피고 이 사건 건물의 소유권은 원고 등과 부산광역시 사이에서 이 사건 건물에 관한 수용개시일인 2009. 6. 2. 이전에 협의취득에 의하여 원고 등에서 부산광역시로 이전된 것이다. 협의취득은 매매와 같으므로 당연히 재화의 공급에 해당한다. 따라서 구 부가가치세법 시행령 제14조 제4항 은 고려할 여지가 없고， 이 사건 손실보상금은 부가가치세 과세 대상이다. 가사 부산광역시가 이 사건 건물을 원고 주장과 같이 수용으로 취득하였더라도 이 사건은 건물의 소유자인 원고 등이 이 사건 건물을 철거하는 조건으로 그 대가를 받은 경우가 아니므로 구 부가가치세법 시행령 제14조 제4항 이 적용될 여지가 없고， 이 사 건 손실보상금은 구 부가가치세법 제6조 ， 동법 시행령 제14조 제1항에 따라 과세 대상 이다. 나.관계법령 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1섬 판결 이유 부분 제2.나항과 같으므로， 행정소송법 제8조 제2항 ， 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

• 다. 판단

1. 구 부가가치세법 제6조 제1항 에 의하면， 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의 하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세의 과세원인이 되는 ‘재화의 공급’이 라고 규정한다. 구 부가가치세법 시행령 제14조 제1항 은 ‘법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다’라고 규정하면서 같은 항 제4호에 서 ’경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’이라고 규정하는 한편， 같은 조 제4항(이하， ‘이 사건 조항’이라고 한다)에서‘제1항 제4호에도 불구하고 도시 및 주거환경정비법

• 공익사업법 등에 따른 수용 절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다’라고 규정하고 있다.

2. 우선 부산광역시가 이 사건 건물을 원고 등과의 협의에 의하여 취득하였는지， 수용에 의하여 취득하였는지에 관하여 살핀다. 을 제4， 7， 10호증의 각 기재에 의하면， 이 사건 건물의 부동산 등기부에 이 사건 건물의 소유권이전등기 원인이 ‘2009. 4. 24. 공공용지의 협의취득’으로 기재되어 있고， 중앙토지수용위원회가 정한 수용개시일인 2009. 6. 2.보다 앞선 2009. 5. 11. 이 사건 건물에 관하여 OO시 OO구 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 사실， 원고 등과 부산광역시가 2009. 4. 24. 이 사건 건물에 관하여 취득협의성립일 2009. 4. 24.’로 기재된 공공용지취득협의증서를 작성한 후 위 증서를 기초로 이 사건 건물에 관하여 OO시 OO구 앞으로 소유권이전등기를 마친 사실， 원고 등이 이의재결에 따라 추가로 이 사건 건물에 관한 보상금을 받으면서 작성한 서류에도 ’원고 등이 상기금액으로 협의요청에 대하여 승낙한다’는 취지의 기재가 있는 사실은 인정된다. 그러나 갑 제2，5，6호증，을 제2，7，8，9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，부산광역시가 원고 등과 협의가 성립되지 않자 중앙토지수용위원회에 재결신청 을 하였고，중앙토지수용위원회가 2009. 4. 9. 수용개시일을 2009. 6. 2.로 하여 이 사 건 부동산에 관한 수용재결을 하였고， 원고 등은 이에 불복하여 이의신청을 하였으며，중앙토지수용위원회는 2009. 7. 16. 이 사건 부동산에 관한 보상금을 증액하는 이의재결을 한 사실，원고 등은 재결에 따라 정해진 손실보상금을 이의 유보하고 수령한 상태에서 부산광역시를 상대로 부산지방법원 2009구합4327호로 보상금증액 청구소송을 제기한 사실，부산광역시 건설본부장은 이 법원의 사실조회에 대하여 이 사건 건물을 수용하였으나 등기부등본에 그 등기원인을 ‘협의취득’이라고 기재한 이유는 당시 수용재결 후 보상금을 공탁하기 전에 지급한 경우에는 관례상 일종의 재결협의로 간주하여 협의취득으로 등기이전을 하였기 때문이고 현재는 위와 같은 경우 토지수용을 원인으로 등기이전을 하고 있다고 답변한 사실이 인정되고， 위 인정사실에 의하면，OO시는 이 사건 건물을 수용으로 취득한 것으로 봄이 타당하다.

3. 제1항의 인정사실과 제2항의 다2)항의 인정사실을 종합하면， 이 사건은 OO시 공익사업법의 수용에 관한 규정을 준용하는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 이 사건 건물을 수용하고 원고 등에게 손실보상금을 지급한 후 이 사건 건물 을 철거한 것인바， 이 경우가 이 사건 조항이 재화의 공급으로 보지 아니하는 경우로 정하고 있는 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’에 해당하여 부가가치세 과세대상에서 제외되는지가 문제된다. 제1항의 인정사실과 관계규정을 종합하여 알 수 있는 아래의 사정을 종합해 볼 때， 비록 원고가 이 사건 건물에 관하여 부산광역시로부터 이 사건 손실보상금을 받았고， 부산광역시가 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 직접 이를 철거하였더라도， 이는 부가가치세법이 정한 재화의 공급을 근거로 한 대가가 아니라 이 사건 건물 의 철거에 따른 손실보상금에 불과한 것으로 보인다. 따라서 그와 달리 이 사건 손실 보상금이 재화의 공급에 따른 부가가치세 과세대상에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 위 주장은 이유 있다.

• 가) 이 사건 조항에서는 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’를 재화의 공급으로 보지 아니하는 경우로 규정하고 있지만， ① 2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 신설된 이 사건 조항은 공익사업 등의 시행으로 해당 건물이 철거될 것이 예정되어 있어 매매대금 중 건물 가치에 상당하는 부분은 재화의 공급에 따른 대가가 아니라 건물 철거에 따른 손실보상금의 성격을 가진 경우에는 부가가치세법에서 규정하는 재화의 공급으로 볼 수 없다는 종래 대법원 판례를 반영하여 공익사업법 등의 수용 절차와 관련하여 재화의 공급에 해당하는지 여부가 논란이 되었던 사안에 대하여 사업시행자가 재화의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 재화를 철거할 경우에는 재화의 공급에 해당하지 않음을 분명히 함으로써 납세의무자를 보호하기 위한 입법 목적을 가진 것으로 보이는 점，② 공익사업과 같은 통상의 대규모 개발사업에서는 사업시행자가 전문 철거업체에 사업대상 지역의 철거작업을 일괄하여 위임하는 경우가 보통이므로，이 사건 조항을 공익사업 등에 따른 수용 대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 반드시 직접 철거하는 주체가 되는 경우만을 규정한 것으로 한정하여 볼 경우 납세의무자를 보호하기 위하여 신설된 이 사건 조항이 유명무실해질 가능성이 큰 점，③ 이 사건과 같이 도시계획사업 시행자가 토지수용위원회의 수용재결 등에 따른 손실보상금을 지급하거나 공탁하는 경우 자진하여 손실보상금에 대한 부가가치세를 가산하여 지급·공탁하지 아니 하고, ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 정수하여야 한다’라는 취지로 규정한 부가가치세법 제15조 규정은 사업자로부터 징수하고 있는 부가가치세 상당액을 공급을 받는 자에게 차례로 전가함으로써 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키겠다는 취지에 불과하여 위 규정만으로는 공급을 받는 자가 거래의 상대방이나 국가에 대하여 부가가치세를 지급하거나 납부할 의무가 있다고 볼 수 없는 것으로 해석되는 이상(대법원 1997. 4. 25. 선고 96다40677， 40684 판결， 대법원 2004. 2. 13. 선고 2003다49153 판결 등 참조)，토지 소유자가 공익사업법이 정한 협의 절차가 아닌 수용재결 절차를 거치는 경우에는 도시계획사업 시행자로부터 건물의 손실보상금에 대한 부가가치세 상당액을 받을 수 있는 법률적 수단은 존재하지 않는 것으로 보이는 점 등을 모두 고려해 볼 때，이 사건 조항이 정한‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’라 함은，사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나(공익사업법 제75조 제1항 제2호)， 경제적으로 불가능한 경우(같은 항 제2호) 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급하는 경우도 포함되고， 반드시 해당 건물의 소유자가 직접 철거 비용을 부담하였는지 여부나 건물 철거를 직접 수행하였는지 여부만을 기준으로 이 사건 조항의 적용 여부를 판단할 것은 아니라고 해석함이 타당하다(더군다나 이 사건 조항은 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 부가가치세법 시행령이 개정되면서 ‘해당 재화를 철거하는 조건으로’라는 문구가 삭제되어 현재는 ’수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다’라고 규정하고 있다).
• 나) 이 사건 도시계획사업은 교량건설을 목적으로 하는 것이어서 이 사건 건물은 철거될 것이 예정되어 있었고，실제로 OO시가 이 사건 건물을 철거하였으며，2010. 9. 6. 이 사건 건물의 일반건축물대장이 건설본부 보상팀에 의하여 말소 처리 된 점，중앙토지수용위원회는 이 사건 건물의 이전이 불가능하다고 보아 이 사건 건물의 감정가액 상당으로 이 사건 수용보상금을 책정하였고，위 금액에는 부가가치세 매출세액은 포함되어 있는 않는 점 등에 비추어 보면，이 사건 수용보상금은 사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나，경제적으로 불가능한 경우 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급한 경우에 해당한다.

4. 따라서 피고가 이 사건 수용보상금이 부가가치세 과세대상에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다. [이 사건 건물의 수용이 부가가치세 부과 제외대상인 사업의 양도에 해당한다는 원고의 주장에 대하여는，구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 본문 및 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항 에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’라 함은 사업장 별로 사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 통일성을 유지하면서 경영주체만을 교체하는 것을 말하는바(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두17895 판결 등 참조)，이 사건의 경우 사업의 동일성을 유지하면서 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도한 경우로 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 이 사건 수용보상금이 부가가치세의 과세대상이 아니라는 이유로 이 사건 처분을 취소하는 이상 과세대상이라는 전제에 선 원고의 나머지 주장은 더 나아가 살펴보지 아니 한다].

그렇다면， 원고의 청구는 이유 있으므로 인용할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 기각한다.