세무조사 기간을 연장한 것은 정당하고, 일반과세자로 과세한 처분은 적법함

사 건 2010누5080 부가가치세등부과처분취소 원고, 항소인 유AA 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 부산지방법원 2010.9.10. 선고 2009구합2437 판결 변 론 종 결 2010.12.3. 판 결 선 고 2011.1.21.

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 2008. 6. 5. 원고에 대하여 한, 피고 ○○세무서장의 별지 목 록 기재 부가가치세 합계 67,450,760원의 부과처분, 피고 동래세무서장의 별지 목록 기 재 종합소득세 합계 124,909,540원의 부과처분을 각 취소한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 갑제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제1 내지 15호증, 을제16호증의 1, 2, 을제17 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

• 가. 원고는 1991. 9. 1. ○○ ○○구 ○○동 225-5 소재 지상 5층, 지하 1층의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 사업장으로 하여 부동산임대업 사업자등록을 하고, 그 무렵부터 이 사건 건물의 임대수입에 대한 부가가치세, 종합소득세를 납부하였다.
• 나. 피고 ○○세무서장은 2008. 3. 17.부터 원고에 대한 개인사업자 조사를 실시하였는데, 위 조사 당시 원고가 임대차계약서를 이중으로 작성하여 월 임대수입 금액을 누락한 사실이 발견되었는데도 임대차계약서를 위·변조하여 이중 또는 삼중 계약서를 제시하였다는 이유로, 2008. 3. 26. 조세범칙조사 심의위원회에 회부한 후, 2008. 4. 1. 부터 2008. 4. 30.까지 원고가 이 사건 건물을 임대하면서 임대수입을 과소 신고한 혐의에 대하여 조세범칙 조사를 실시하였다.
• 다. 피고 ○○세무서장은 세무조사 및 조세범칙 조사 결과 원고가 다음과 같이 임대수입 금액을 축소 신고하였음을 확인하였다.
• 라. 이에 따라 피고 ○○세무서장은 2008. 6. 5. 원고에게, 위와 같이 조사된 임대 수입 금액에 기초하여 원고를 2003년 제1, 2기분 및 2004년 제1기분 부가가치세 부과 처분에 대하여는 간이과세자로 보고, 2004년 제2기분 내지 2007년 제2기분 부가가치세 부과처분에 대하여는 일반과세자로 경정하여 별지 목록 기재와 같이 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
• 마. 또한, 피고 동래세무서장은 2008. 5. 27. 피고 ○○세무서장으로부터 위와 같은 조사내용을 통보받고 그에 따라 2008. 6. 5. 원고에게 별지 목록 기재와 같이 종합소득세를 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 종합소득세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 통틀어 ’이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2008. 9. 2. 조세심판원에 행정심판을 청구 하였으나, 조세심판원은 2009. 4. 15. 원고의 각 청구를 기각하였다.
• 사. 한편, 원고는 2009. 10. 7. ○○지방법원에서 이 사건 건물에 관한 이중계약서를 제출하거나 매출 세금계산서를 교부하지 않는 등 사기 기타 부정한 방법으로 2003년 제2기분 내지 2007년 제2기분 부가가치세 및 2003년 내지 2006년도 종합소득세를 포 탈하였다는 이유로 벌금 5,600만 원을 선고받고(2008고단7499), 2009. 10. 21. ○○지방법원에 항소하였으나 2010. 2. 5. 위 항소가 기각되었으며(2009노3678), 이에 원고가 2010. 2. 8. 상고하여 현재 대 법 원에 계속 중이다(2010도2839).

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 피고 ○○세무서장은 당초 세무조사기간으로 통지한 조사기간(2008. 3. 17. 부터 2008. 3. 28.까지)에 대하여 연장 통지를 하지 않은 채 임의로 조사기간을 연장하여 그 기간 동안 수집한 과세자료를 기초로 이 사건 각 처분을 하였다.

(2) 피고들은 간이과세자인 원고에게 과세유형전환 통지 없이 일반과세자 규정을 적용하여 이 사건 각 처분을 하였다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단 (가) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 이전의 것) 제81조의 8 제1항에 의하면 세무공무원은 조사대상 세목, 업종, 규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사기간이 최소한이 되도록 노력하여야 하고, 다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사기간을 연장할 수 있다고 규정하면서 그 제1호에는 납세자가 장부, 서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우를 들고 있고, 제2항에 의하면 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 한편, 과세자료의 수집에 절차상 위법이 있는 경우의 과세처분의 효력은 그 절차위배의 내용, 정도, 대상 등에 따라 달라질 것이지만, 과세처분은 과세표준의 근거를 그 존재로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의하여 결정되어야 하는 것이어서, 세무조사절차에 위법이 있었다고 하더라도 그것이 실질적으로 전혀 조사가 없었던 경우와 같거나 선량한 풍속 기타 사회질서에 위반되는 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만 으로는 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다. (나) 갑제1호증, 갑제2, 3호증의 각 1, 2, 을제15, 21, 22, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고 ○○세무서장은 2008. 3. 17. 원고에게 2008. 3. 17.부터 2008. 3. 28.까지 세무조사를 실시한다는 사전통지를 하고 세무조사를 시작한 사실, 원고는 2008. 3. 19. 회계사 백AA에게 세무조사와 관련한 일체의 사항을 위임한 사실, 피고 ○○세무서장은 당초의 세무조사 기간 내인 2008. 3. 25.경에 계좌조회를 통하여 원고가 이 사건 건물 임대차와 관련하여 매출 세금계산서를 교부하지 않고 부가가치세 확정신고시 임대수입을 누락하였음을 밝혀내었으나, 원고가 허위의 임대차계약서를 작성하여 제시하기도 하고 이 사건 건물의 임차인들로 하여금 허위의 진술을 하도록 하는 등 ’조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위’를 함으로써 조세범칙조사 심의위원회에 회부하기로 한 사실, 피고 ○○세무서장은 2008. 3. 26. 위 심의위원회에 회부하고 조세범칙 조사 승인을 받았는데, 그 과정에 조사기간의 연장이 불가피하여 세무조사 기간을 연장하게 된 사실, 피고 ○○세무서장은 2008. 3. 28. 세무조사기간 연장통지서를 원고의 대리인인 백AA에게 팩스로 통지하였고, 백AA이 다음날 이를 원고에게 보여주어 알린 사실, 피고 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 다음 피고인으로부터 전말서를, 임차인 유BB로부터 확인서를 받은 것 외에는 특별히 다른 자료를 수집하지 아니한 사실을 인정할 수 있다. (다) 위 인정사실에 의하면 원고가 장부, 서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우에 해당한다고 할 것이므로 피고 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장한 것은 정당하다고 할 것이고, 또한 피고 ○○세무서장이 백AA을 통하여 원고에게 적법하게 세무조사기간 연장을 통지하였다 할 것이다{위임장(을제21호증)에 원고가 서명한 바가 없다고 하더라도 원고가 구두로 백AA에게 세무조사와 관련된 사항을 위임한 사실은 인정되므로 백AA에게 세무조사 기간의 연장을 통지한 것은 적법하다}. 가사 피고 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하면서 원고에게 그 사유와 기간을 문서로 통지하지 아니한 것으로 본다고 하더라도, 실제로 원고가 백AA을 통하여 세무조사기간의 연장을 전달받은 점, 피고 ○○세무서장이 세무조사 기간을 연장하여 수집한 특별한 자료가 없어 결국에는 원래의 세무조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 피고들이 과세처분을 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 피고 ○○세무서장의 절차 위반이 중대한 것이라고 보기 어렵고, 따라서 그러한 사정만으로는 이 사건 과세처분이 위법하다고 할 수 없다. (라) 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단 (가) 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 ’부가가치세법’이라 한다) 제25조 제1항 및 법 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20791호 로 개정되기 전의 것, 이하 ’시행령’이라 한다) 제74조의2 제1항, 제4항은, 직전 1역년 의 공급대가가 4,800만 원 이상이 되는 사업자에 대하여는 간이과세자에 관한 규정이 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하고, 당해 사업자가 그 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정을 적용 하여야 한다고 규정하고 있고, 한편 법 제21조 제1항 제2호, 제26조 제7항 및 시행령 제74조의3 제8항은, 관할 세무서장이 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있어 세무 조사에 의하여 과세표준 등을 경정한 경우에는, 통지 여부를 불문하고 경정된 1역년의 공급대가가 4,800만 원 이상이 되는 사업자에 대하여 경정과세기간이 속하는 해의 다 음해의 제2과세기간부터 그 다음해의 제1과세기간까지는 일반과세에 관한 제17조 규 정에 따라 납부세액을 계산하도록 하고 있다. (나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 임대수입을 과소 신고하였다는 이유로 세무조사를 실시한 결과 2003년 제1기 내지 2007년 제2기까지의 공급대가가 경정되었는데 위와 같이 경정된 l역년의 공급대가가 2003년부터 2007년까지 모두 4,800만 원을 초과하는 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 본 법령 규정에 의하면, 위와 같이 세무조사에 의하여 공급대가가 경정·고지된 경우에는 납세자에 대한 과세유형전환의 통지를 요하지 않는다 할 것이므로, 피고들이 원고에 대하여 최초 경정 과세기간이 속하는 해 의 다음해 제2과세기간인 2004년 제2기부터 2007년 제2기분까지 일반과세 규정을 적용하여 한 이 사건 각 처분은 적법하므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문 과 같이 판결한다.