공업지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면대상이 아님

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 2. 3. 원고에 대하여 핸 2008년 귀속 양도소득세 60,812,547원에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 4, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3, 4, 5호증의 각 1, 2, 갑제6, 7, 8호증, 갑제9호증의 1 내지 4, 갑제10호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을제2호증의 1, 2, 3, 을제3호증의 1 내지 4의 각 기재와 제1심의 양산시장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

• 가. 공업지역 지정 및 도시계획도로의 결정 등

(1) 원고는 1978. 12. 8. 농지 인 양산시 AA동 113 답 7,967㎡와 같은 동 140 답 1,289㎡에 관한 소유권을 취득하였다.

(2) 경상남도 지사는 1999. 10. 25. 구 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지되기 전의 것) 제32조 등에 따라 위 AA동 113 답 7,967㎡ 중 4,340㎡와 같은 동 140 답 1,289㎡ 중 554㎡를 공업지역으로 지정고시(경상남도 고시 제2000-237호)하였다(이하 공업지역으로 지정고시된 토지부분을 합쳐 ‘이 사건 토지’라 한다).

(3) 한편 양산시장은 2000. 1. 27. 이 사건 토지를 도시 계획 도로(중로 1-24호선, 폭20m)로 결정고시(양산시 고시 제2000-4호)하였다.

• 나. 개발제한구역의 지정 및 산업단지의 지정 등

(1) 양산시장은 2006. 6. 15. ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이 라 한다)’ 제63조, 같은 법 시행령 제60조에 따라 이 사건 토지 일대를 개발행위허가 제한구역으로 지정고시하였다.

(2) 경상남도 지사는 2007. 7. 5. ‘산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이 라 한다)’ 제7조, 같은 법 시행령 제9조에 따라 이 사건 토지 일대를 일반산업단지로 지정고시하였는데(경상남도 고시 제2007-254호), 양산시장이 사업시행자로 지정되었다가 2008. 3. 20. 양산AA산업단지 주식회사(이하 ‘양산AA산업단지’라 한다)로 변경되었다.

• 다. 이 사건 토지 등의 양도 및 세무신고

(1) 원고는 2008. 5. 14. 이 사건 토지를 포함하여 위 AA동 113 답 7,967㎡ 중 6,424㎡와 같은 동 140 답 1,289㎡ 중 1,017㎡를 ’공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘공익사업법’이라 한다)’에 따라 협의매매의 방법으로 양산AA 산업단지에게 1,548,454,320원에 매도(이하 ’이 사건 매매’라고 한다)하였는데, 양산AA산업단지는 같은 날 이 사건 매매 목적 토지를 양산시 AA동 113-1 답 6,424㎡와 같은 동 140-1 답 1,017㎡로 각 분할한 다음 같은 달 22. 그 명의로 소유권이전등기를 각 경료하였다.

(2) 그 후 원고는 2008. 7. 18. 피고에게 이 사건 매매 목적 토지 중 ① 자연녹지지 역인 위 AA동 113-1 답 2,084㎡와 같은 동 140-1 답 463㎡에 대하여는 8년 이상 직접 자경한 농지로서 조세특례제한법에서 정한 양도소득세 감면대상이라는 이유로 100,000,000원을 감면신청하고, ② 공업지역인 이 사건 토지에 대하여는 감면신청을 하지 않은 채 양도소득세과세표준 예정신고를 하여 100,000,000원이 감면된 양도소득 세 231,556,492원을 납부하였다.

• 라. 원고의 감액경정청구 및 피고의 이 사건 처분

(1) 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되어 2008년도 양도분에 대한 양도소득세 감면한도액이 100,000,000원에서 200,000,000원으로 확대되자(제133조, 부칙 제1조, 제29조), 원고는 2009. 1. 19. “8년 이상 자경한 농지인 이 사건 토지가 1999. 10. 25. 공업지역으로 지정된 후 3년이 지나도록 처분하지 못한 데에 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항, 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66 조 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙(2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제5항에서 정한 ‘기획재정부령이 정하는 부득이한 사유’, 즉 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자인 양산시장 등에게 있다고 인정되는 경우에 해당한다”고 주장하면서 피고에게 기납부한 양도소득세 231,556,492원 중 90,000,000원의 환급을 구하는 취지로 감액경정청구를 하였다.

(2) 피고는 “공업지역으로 편입된 날부터 3년 이내에 이 사건 토지를 매도하지 못한 것이 사업시행자의 귀책사유로 인한 것이라는 점이 인정되지 않는다”는 이유로 이 사 건 토지에 대한 양도소득세 감면신청을 받아들이지 않는 대신 자연녹지 부분에 대하여 는 개정된 조세특례제한법에 따라 감면한도를 확대하고, 공업지역인 이 사건 토지 등 에 대한 양도소득세 감면규정을 추가로 적용하여 이 사건 매매와 관련한 양도소득세 감면세액을 132,430,504원으로 계산하여 원고가 납부할 양도소득세를 202,369,039원으로 감액경정한 다음, 2009. 2. 3. 원고에게 기납부한 양도소득세와 감액경정된 세액과의 차액 29,187,453원을 환급하는 대신 나머지 60,812,547원에 대한 감액경정청구는 거부하였다(이하 감액경정청구를 거부한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 마. 조세심판의 청구 원고는 2009. 4. 15. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나 같은 해 6. 19. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 경상남도 지사가 1999. 10. 25. 이 사건 토지를 공업지역으로 지정하고, 다시 양산시장이 2000. 1. 27. 이를 도시계획도로로 결정하는 바람에 이 사건 토지의 용도가 도로로 제한될 수밖에 없었는데, 여기에다 양산시장이 2006. 6. 15. 이 사건 토지를 개발행위허가 제한구역으로 지정하는 바람에 이 사건 토지를 도시계획도로로 지정한 사업시행자인 양산시장이 매수하거나 수용하는 것 외에는 달리 원고가 이를 매도할 방법이 없었다. 그 뒤 경상남도 지사가 2007. 7. 5. 이 사건 토지 일대를 일반산업단지로 지정고시하고 양산시장이 사업시행자가 됨으로써 원고는 부득이하게 이 사건 토지가 공업지역으로 편입된 1999. 10. 25.로부터 3년이 지난 2008. 5. 22. 사업시행자인 양산시장의 지위를 승계한 양산AA산업단지에게 이 사건 토지를 양도하였다. 그렇다면 조세특례제한법 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제5항에서 정한 ’부득이한 사유’로 인하여 공업지역으로 편입된 날로부터 3년이 지나 이 사건 토지를 양도한 경우에 해당하므로 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 먼저 조세특례제한법 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제4항, 제5항에 의하면, 농지를 취득한 때로부터 양도 할 때까지 사이에 8년 이상 경작한 자경농지에 대하여는 양도소득세를 감면하나, 8년 이상 경작한 자경농지라도 양도일 현재 특별시ㆍ광역시 또는 시(도ㆍ농복합형태의 시는 읍ㆍ면지역 제외)에 있는 농지 중 ‘국토계획법’에 따른 공업지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상에서 제외하고, 다만 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기간, 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업, 지방공사, 지방공단인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토계획법에 따른 공업지역 등에 편입된 농지로서, 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 있는 경우에는 양도소득세의 감면대상이 되는 것으로 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 이 사건 토지가 1999. 10. 25. ‘국토계획법’에 따라 당초 공업지역에 편입된{당초 구 도시계획법에 따라 공업지역으로 지정되었지만, ‘국토계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 제정된 것)’ 부칙 제10조에 따라 같은 법에 따라 지정된 것으로 본 다} 양산시 AA동에 있으면서 편입된 날로부터 3년이 지난 2008. 5. 22. 양도된 사실 은 앞서 본 바와 같으므로, 특별한 사정이 없는 이상 조세특례제한법 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문에 따른 양소소득세 감면대상 농지에 해당하지 않는다. 다만, 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법 제69조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제4항, 제5항에 의하면, 공업지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지라고 하더라도, 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관, 지방공기업법에 따라 설립된 지방 직영기업, 지방공사, 지방공단인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 언하여 국토계획법에 따른 공업지역 등에 편입된 농지로서, 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 있는 경우에는 양도소득세의 감면대상이 된다고 할 것이나, 이 사건 토지가 경상남도지사의 도시계획결정으로 인하여 공업지역에 편입되었음은 앞서 본 바와 같고, 달리 사업인정고시 등이 필요한 개발사업의 시행으로 인하여 공업지역에 편입되었고, 나아가 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 볼 아무런 자료가 없으므로, 조세특례제한법 제69조 제l항 단서, 같은 법 시행령 제4항 제1호 나목의 양도소득세 감면 대상에 해당하지 아니한다고 할 것이며, 이 사건 토지가 공업지역으로 편입된 다음 그 일부가 도시계획도로예정지로 결정됨에 따라 사실상 처분에 제한을 받게 되었다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.

(3) 따라서 피고가 이 사건 토지가 조세제한특례법령이 정한 양도소득세 감면요건에 해당하지 않는다고 보고 한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 그런데 제1심 판결 은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하 여 주문과 같이 판결한다.