농특세분담금이 주식의 취득가액에 포함되지 아니한다고 보고 경정청구 거부한 처분은 위법함

사 건 2009누7189 법인세등 경정거부처분취소 원고, 항소인

○○주식회사 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 울산지방법원 2009.11.18. 선고 2009구합892 판결 변 론 종 결 2010.10.6. 판 결 선 고 2010.12.15.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2007. 10. 1. 원고에 대하여 한 2004 내지 2006사업연도 법인세 및 농어촌 특별세 경정청구에 대한 각 거부처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 합병절차 진행 1)3자간 합병합의

○○금융 주식회사(이하 ’○○종금’이라고 한다), 주식회사 △△은행(이하 ’△△은행’이라고 한다), 주식회사 □□은행(이하 ’□□은행’이라고 한다)은 외환위기가 계속되던 1998. 12. 17. 3개의 금융기관이 합병하되 그 합병 방식은 1차로 △△은행이 ○○종금을 합병하고, 2차로 □□은행이 △△은행을 합병하여 □□은행이 존속법인이 되는 방식으로 하며, 주식교환비율은 각 금융기관의 1998. 12. 31. 기준 순자산가액과 기준주가를 적절히 감안하여 산출하기로 하였다.

2. 제1차 합병 △△은행은 위 합의에 따라 1998. 12. 31. ○○종금과의 사이에, △△은행이 ○○종금을 흡수합병하고, ○○종금의 주주에 대하여 ○○종금의 기명식 보통주식 1주(액면 5,000원)당 △△은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 5.38839주씩을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 2. 9.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였고, △△은행과 ○○종금은 각 주주총회 결의를 거쳐 1999. 2. 11.을 합병기일로 하여 합병절차를 마치고(이하 ’제1차 합병’이라 한다) 1999. 2. 26. 이를 등기하였다.

3. 제2차 합병

□□은행은 1999. 5. 10. △△은행과의 사이에, □□은행이 △△은행을 흡수합병 하 고, △△은행의 주주에 대하여 △△은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 9.587주당 □□은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 1주씩을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 7. 16.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였고, □□은행과 △△은행은 각 주주총회의 결의를 거쳐 1999. 9. 14. 을 합병기일로 하여 합병절차를 마치고 (이하 ’제2차 합병’이라 한다), 1999. 9. 15. 이를 등기하였다. 나. 원고의 합병주식 취득 원고는 ○○종금 주식 21,446,770주(장부가액 112,211,334,080원)를 보유하고 있던 주주였는데, 제1차 합병에 따라 △△은행 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800,000원)와 합병교부금 2,220원을 교부받았고, 다시 제2차 합병에 따라 △△은행 보유주식에 대한 합병대가로 □□은행 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190,000원, 이하 ‘이 사건 □□은행 주식’이라 한다)와 합병교부금 10,662원을 교부받았다. 다. 제2차 합병과정 중 농특세 문제의 부각과 원고의 농특세분담금 지급 1) △△은행의 농특세 납부의무 승계

○○종금이 제1차 합병으로 △△은행에 흡수합병 되면서 ○○종금에게 청산소득이 발생하였는데, 이에 대한 법인세는 개정된 조세특례제한법에 따라 비과세되었으나 법인세를 과세표준으로 하여 부과되는 농어촌특별세(이하 ’농특세’라고 한다)는 비과세되지 않았던 관계로 ○○종금은 농특세 납부의무를 부담한 상태로 소멸하게 되었고, ○○종금을 흡수합병 한 △△은행에게 ○○종금의 농특세 납부의무가 승계되었다.

2. △△은행의 농특세 문제 처리과정

• 가) 그런데 제2차 합병에서 정해진 합병비율은 위와 같은 △△은행의 농특세 납부 의무를 고려하지 않은 것이었고, 1999. 6.경 이러한 사실을 알게 된 □□은행은 합병비율을 재조정하는 대신 ○○그룹에게 농특세를 보전해 달라고 요구하였고, 금융기관 통 합을 정책으로 하여 ○○종금, △△은행, □□은행 사이의 통합을 유도하고 촉구하던 정부의 담당공무원들도 ○○그룹 측에 농특세 납부의무를 변제해 줄 것이니 □□은행 과 농특세 보전에 관한 합의를 하라고 종용하였고, 실제로 당시 여당인 ◇◇의 장AA 의원이 위 농특세에 관한 감면청원을 하였고, 국회 재정경제위원회는 1999. 8. 9. 장AA 의원의 청원을 받아들여 이 세금은 3자간 합병을 밟지 않았더라면 발생하지 않았을 세금이므로 구조조정을 지원한다는 차원에서 위 농특세 감면안에 관한 법률 개정안을 통과시켰으며, 이에 △△은행 주식을 보유하고 있던 원고를 비롯한 ○○그룹 계열사들은 1999. 9. 14.자 합병기일을 앞둔 1999. 8. 10. □□은행 및 △△은행과 다음과 같은 ’농어촌특별세 보전합의서’를 작성하였다.
• 나) 그 후 1999. 8. 16. 원고를 비롯하여 △△은행 주식을 보유하고 있던 ○○그룹 계열사들인 ○○건설 주식회사, ○○캐피탈 주식회사, ○○자동차 주식회사, ○○산업개발주식회사는 □□은행에게 보전하여 줄 이 사건 농특세 상당액을, △△은행 발행주식 총수 375,855,640주 중 그들이 보유한 △△은행 주식 수에 따른 아래의 비율(○○그룹 계열사들 사이의 주식점유 비율이다)에 따라 분담하기로 합의하였고, 분담 내용은 다음 표와 같다.

3. 남대문세무서장의 농특세 부과와 납부 그 후 남대문세무서장은 ○○종금이 △△은행에 흡수합병 됨으로 인하여 얻은 청산 소득에 관한 법인세를 조세특례제한법 제49조 의 규정에 따라 비과세하면서, 1999. 10. 2. △△은행에 대하여 위 감면받은 법인세액을 과세표준으로 하여 결정한 1999년 귀 속 분 농특세 78,860,603,601원, 무납부가산세 7,886,060,360원 등 합계 86,746,663,960원을 부과하였고, □□은행은 제2차 합병의 존속법인으로서 1999. 11. 1. 이를 납부하였다.

4. 원고의 농특세분담금 지급 앞서 본 농특세 감면 법률개정안은 국회 본회의에서 소급입법이라는 이유로 폐기 되었고, 원고는 위와 같은 농특세 분담합의에 따라 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29.에 두 차례에 걸쳐 합계 54,276,470,263원을 □□은행에게 지급하였다

• 라. □□은행의 농특세 부과처분 취소소송 경과

□□은행은 남대문세무서장을 상대로 서울행정법원 2000구10822호로 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여, 2001. 7. 13. 위 법원으로부터 ”피고(남대문세무서장)가 1999. 10. 2. △△은행에 대하여 한 1999년 귀속분 농특세 86,746,663,960원의 부과처분 중 54,887,982,805원을 초과하는 부분을 취소한다”는 내용의 일부승소판결을 선고받았다. 그 항소심인 서울고등법원(2001누13920호)은 2002. 5. 9. 항소기각판결을 선고하였으나, 상고심인 대법원(2002두5573호)은 2004. 7. 8. 위 항소심판결 중 원고 승소부분을 원고 패소취지로 파기하여 서울고등법원에 환송하는 판결을 하였고, 이에 따라 2004. 12. 28. 서울고등법원(2004누15200호)은 위 대법원의 환송판결 취지에 따라 원고 승소부분을 취소하고 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였으며, 대법원(2005두1220호)은 2005. 4. 15. □□은행의 상고를 기각함으로써 원고패소판결이 그대로 확정되었다. 마. 완고의 □□은행 주식 매각과 이 사건 법인세 등 경정청구 1) 그 후 원고는 2004. 5. 21.과 2004. 6. 18. 이 사건 □□은행 주식 전부를 합계 38,449,692,416원에 매각하고 이를 결산에 반영하여 2004사업연도 법인세 신고를 하였다. 2) 원고는 2007. 6. 29.에 이르러 피고에게, 이 사건 □□은행 주식의 취득가액에는 ① 제1차 합병 시 △△은행 주식 취득으로 인해 발생한 의제배당금액 465,606,468,140원과 ② 원고가 □□은행에게 지급한 농특세분담금 중 30,780,019,720원이 각 포함되어 있음에도 2004사업연도 법인세 및 농특세 과세표준과 세액 신고 당시 이를 간과하여 위와 같은 각 해당금액을 처분손실로서 손금에 산업하지 않았으니, 이를 손금에 산입하여 원고의 2004 내지 2006사업연도 법인세 및 농특세의 과세표준과 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였다. 3) 이에 피고는,① 의제배당금액 465,606,468,140원 부분에 대하여는 2007. 7. 23. 원고의 청구를 받아들여 2004사업연도 귀속 손금으로 인정하여 위와 같은 해당사업연도의 과세표준과 세액을 경정하였으나, ② 이 사건 농특세분담금 부분에 대하여는 2007. 10. 1. "원고가 지급하기로 한 농특세분담금은 합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액에 포함되지 아니 한다”는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 바. 전심절차 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12. 31. 기각결정을 받았다. [인정근거] 갑 1, 3 내지 14호증의 각 기재

• 가. 원고의 주장

1. 취득가액 산입 원고가 취득한 이 사건 □□은행 주식은 형식적으로는 모두 합병에 따라 취득한 것으로 볼 수도 있다 그러나 당초 고려되지 않은 △△은행의 농특세 부담의무를 감안할 경우 △△은행의 자산가치는 하락하고 이에 따라 □□은행과의 합병비율이 조정되었어야 함에도 이럴 경우 합병기일이 연기되는 등으로 여러 문제가 발생할 수 있어 이를 방지하고 당초 정해진 대로 합병을 추진하기 위하여 합병비율을 조정하는 대신 △△은행의 농특세 부담액을 원고를 비롯하여 △△은행의 주식을 보유하던 ○○그룹계열사들이 분담하기로 하여 합병을 그대로 추진하기로 하였고, 이에 따라 원고가 당초 정해진 합병비율대로 이 사건 □□은행 주식을 취득하고 그 대가로 농특세분담금을 □□은행에 지급하게 되었다. 그러므로, 원고가 □□은행에 지급한 농특세분담금은 이 사건 □□은행 주식의 취득대가로 지급된 것이고 정당한 합병비율에 따라 취득할 합병신주를 초과하는 부분은 실질적으로는 원고가 □□은행으로부터 매입한 자산에 해당하며, 원고가 지급한 농특세분담금은 이 사건 □□은행 주식을 취득하기 위하여 지출한 돈으로서 이 사건 □□은행 주식 취득가액에 산입되어야 한다.

2. 손금성과 손금의 귀속시기

□□은행은 제2차 합병이 진행 중이던 1999. 6.경 △△은행에게 거액의 농특세납부의무가 승계된다는 사실을 발견한 후 합병비율을 조정하는 대신 원고를 포함한 △△은행의 법인주주인 구 ○○그룹 계열사들에게 위 농특세를 보전해 달라고 요구하였고 나아가 금융기관의 신속한 구조조정을 위해 위 3자 합병을 강력하게 추진하던 정부 역시 ○○그룹 계열사들에게 □□은행과 농특세 보전에 관한 합의를 하라고 종용하였다. 이에 원고는 1999. 8. 경 농특세분담에 관한 약정을 체결하고, 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29 위 분담약정에 따라 □□은행에게 이 사건 지급금을 지급하였는바, 이러한 경위에 비추어 볼 때, 이 사건 지급금은 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 □□은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업환경을 조성하기 위한 비용으로서, ‘원고의 사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’로서 손금성을 갖는다. 그런데, □□은행은 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, □□은행이 소송에 승소할 경우 원고가 농특세분담금을 돌려받을 수 있었는데, 위 소송에서 □□은행의 청구를 기각하는 취지의 대법원의 파기환송 판결(2002두5573호)이 선고된 2004. 4. 8. 또는 원고의 청구를 전부 기각한 파기환송심 판결에 대한 대법원의 상고기각 판결(2005두1220호)이 선고된 2005. 4. 15. 무렵에 비로소 원고가 □□은행으로부터 농특세분담금을 반환받을 수 없는 것으로 확정되었다고 할 것이다. 따라서, 원고가 지급한 농특세분담금은 권리의무 확정주의에 따라 2004 내지 2005 사업연도 귀속 손금으로 산입되어야 한다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 취득가액 산입 가) 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항, 제2항, 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제4호에 의하면, 합병으로 취득한 주식의 경우에는 종전의 장부가액에 의제배당액을 가산한 금액이 합병주식의 취득가액이 된다. 그리고 법인세법 제16조 제1항 제5호, 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 가.목에 의하면, 의제배당금은 합병으로 취득하는 주식의 액면가액과 금전 기타 합계액이 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액이다. 이에 의하면, 원고는 제1차 합병으로 ○○종금 주식(장부가액 112,211,334,080원)에 대한 대가로 △△은행 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800,000원)와 합병교부 금 2,220원을 교부받았으니, 의제배당금은 △△은행 주식 액면가액 577,817,800,000 원과 합병교부금 2,220원을 더한 금액에서 ○○종금 주식의 장부가액 112,211,334,080원을 공제한 465,606,468,140원이고, △△은행 주식의 취득가액은 ○○종금 주식의 종전의 장부가액인 112,211,334,080원에 의제배당금 465,606,468,140원을 더한 577,817,802,220원이라고 할 것이다. 원고는 취득가액이 577,817,802,220원인 △△은행 주식을 보유하다가 제2차 합병에 따라 형식적으로는 위 △△은행 주식의 대가로 □□은행 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190,000원, 이하 ’이 사건 □□은행 주식’이라 한다)와 합병교부금 10,662원 을 교부받았는바, 합병으로 취득한 □□은행의 주식 액면과 합병교부금의 합계가 피합 병법인인 △△은행 주식의 종전 장부가액이라 할 수 있는 위 취득가액 577,817,802,220원에 훨씬 미치지 못하므로 의제배당금은 발생하지 않았고, □□은행 주식의 취득가액은 △△은행의 장부가액인 577,817,802,220원이 된다고 할 것이다. 나) 그런데, 앞서 처분의 경위에서 본 것처럼, 제2차 합병과정에서 당초 고려되지 않은 △△은행의 농특세 부담의무 문제가 불거졌고, 이를 감안할 경우 △△은행의 자산가치는 하락하고 이에 따라 □□은행과의 합병비울이 조정되었어야 함에도 이렇게 할 경우 합병기일이 연기되는 등으로 여러 문제가 발생할 수 있는 관계로 이를 방지하고 당초 정해진 대로 합병을 추진하기 위하여 합병비율을 조정하는 대신 △△은행의 농특세 상당액을 원고를 비롯하여 △△은행의 대주주들이던 ○○그룹계열사들이 분담하기로 하여 합병을 예정대로 추진하기로 하였고, 이에 따라 원고가 당초 정해진 합병 비율대로 이 사건 □□은행 주식을 취득하고 그 대가로 농특세분담금을 □□은행에 지급한 것이므로, 원고가 □□은행에 지급한 농특세분담금은 이 사건 □□은행 주식의 취득대가로 지급된 것이고 이 사건 □□은행 주식 가운데 농특세 부담의무가 반영된 합병비율을 초과하는 부분은 실질적으로는 원고가 □□은행으로부터 매입한 자산에 해당한다. 즉, 원고는 이 사건 □□은행 주식을 취득하기 위하여 피합병법인인 △△은행 주식(장부가액 577,817,802,220원)을 제공하고 이와 함께 이 사건 농특세분담금까지 지급 하였던 것이다. 그러므로 원고가 지급한 농특세분담금은 실질적으로 이 사건 □□은행 주식을 취득하기 위하여 지출한 돈으로서 □□은행 주식의 취득가액에 해당한다고 봄이 마땅하다. 2) 손금성과 손금의 귀속시기 가) 법인세법 제19조 는 손금을 ”당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액”으로서, 원칙적으로 ”사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또 는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것”으로 규정하고 있다. 그리고 법인세법 제40조 는 ”익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도”라고 규정하여, 익금과 손금의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리의무 확정주의를 선언하고 있다. 권리의무 확정주의란, 익금과 손금의 원인이 되는 권리의무의 확정시기와 그 실현시기 사이에 시간적 간극이 있는 경우 익금과 손금이 실현된 때가 아닌 권리의무가 발생한 때 익금과 손금이 있는 것으로 보고 당해 연도의 익금과 손금을 산정하는 방식을 말하는 것으로, 실질적으로는 불확실한 익금과 손금에 대하여 장래 실현될 것을 전제로 하여 미리 익금과 손금에 산입하는 것을 허용하는 원 칙이기는 하나, 법이 선언하고 있는 법적 기준으로서의 권리의무 확정주의의 ”확정”의 개념을 수입이나 지출의 귀속시기에 대한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적 사안에 있어 익금과 손금에 대한 관리, 지배와 익금과 손금의 객관화 정 도 등까지도 함께 고려하여 익금과 손금이 현실적으로 실현될 것까지는 필요 없다고 하더라도 실현가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙 확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 합리적으로 판단함이 상당하다(대법원 1993. 6. 22. 선고 91누8180 판결 등 참조). 나) 이 사건에 관하여 보건대 생고가 보유하던 이 사건 □□은행 주식 전량이 어디 까지나 합병절차에 따라 취득된 것일 뿐이어서 원고가 지급한 이 사건 농특세분담금을 이 사건 □□은행의 취득가액에 산입할 수 없다고 하더라도, 앞서 본 사실관계와 갑 2, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 농특세분담금은 원고의 2004년 귀속 손금으로 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 농특세분담금을 2004사업연도 귀속 손금으로 산입될 수 없음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. ① 앞서 본 것처럼 원고는 △△은행의 대주주로서 △△은행의 농특세 부담의무 문제 가 발견되어 별다른 조치가 없는 한 △△은행과 □□은행 사이에 당초 정해진 합병비율이 그대로 유지되기 어렵고 합병비울이 조정될 경우 합병이 지체되는 등의 여러 문제가 발생될 상황에서 □□은행의 요청과 정부 시책에 부응하여 □□은행이 납부하게 될 농특세를 부담하기로 하였고, 이에 따라 당초 정해진 합병비율대로 제2차 합병이 완료되었는바, 이러한 경위에 비추어 볼 때, 이 사건 농특세분담금은 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 □□은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라 는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업 환경을 조성하기 위한 비용으로서, ‘원고의 사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’로서 손금성을 갖는다. ② 원고가 다른 ○○그룹계열사들과 함께 □□은행과 농특세 보전에 관하여 합의할 당시 국회 재정경제위원회에서 위 농특세 감면안이 가결되는 등으로 위 농특세 부담의 무가 소멸될 가능성이 상당히 있었다. ③ 그 후 위와 같은 농특세 감면안이 국회 본회의에서 부결되기는 하였지만, □□은 행은 서울행정법원 2000구10822호로 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여, 2001. 7. 13. 위 법원으로부터 ”농특세 86,746,663,960원의 부과처분 중 54,887,982,805원을 초과하는 부분을 취소한다”라는 내용의 일부승소판결을 선고받았고, 그 항소심인 서울고등법원(2001누13920호)은 2002. 5. 9. 항소기각판결을 선고하였다. 그런데 상고심인 대법원(2002두5573호)은 2004. 7. 8. 위 항소심판결 중 원고 승소 부분을 원고 패소취지로 파기하여 서울고등법원에 환송하는 판결을 하였고, 이에 따라 2004. 12. 28 서울고등법원(2004누15200호)은 위 대법원의 환송판결 취지에 따라 원고 승소부분을 취소하고 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였으며, 대법원(2005두1220호)은 2005. 4. 15. 위 항소심 판결을 상고기각으로 확정 시켰는바, 대법원에서 원고 패소 취지의 판결이 선고된 2004. 7. 8.경 내지 이러한 대법원의 판결취지에 따라 서울고등법원에서 원고 패소판결이 선고 된 2004.12.28. 경에는 □□은행이 제기한 농특세 부과처분 취소소송은 사실상 패소한 것으로 볼 수 있다. ④ 원고는 이 사건 농특세분담금을 □□은행에게 지급하면서 이를 되돌려 받을 수 있는 가능성 때문에 그 지급시기인 2000, 2001 사업연도 귀속 손금으로 처리하지 않고 미수금채권으로 기장하여 회계처리 하였다. ⑤ 한편, 원고의 2000년과 2001년 법인세 신고액은 각각 430억 원, 316억 원 정도로 서 과세표준이 마이너스 금액이 아니었기 때문에 손금의 귀속시기를 조작할 만한 상황 도 아니었다. ⑥ 이처럼 원고는 이 사건 □□은행 주식의 취득과 관련하여 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 □□은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업 환경을 조성하기 위한 비용으로서, 이 사건 농특세분담금을 지급한 것이므로 이는 ‘사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’에 해당하는 점, 정부의 법률안 개정이나 소송절차를 통하여 △△은행이 부담한 농특세 납부의무가 소멸될 가능성이 있어 이에 따라 원고가 □□은행에게 지급한 농특세분담금도 환급될 수 있었던 점, □□은행의 농특세부과처분 취소소송은 그 경위나 내용 등에 비추어 명백히 부당한 것이라고 볼 수 없는 것인 점, 원고의 회계처리 역시 이를 전제로 농특세분담금으로 지급한 돈을 미수금채권으로 기장하였던 점, 원고가 농특세 분담금을 지급한 시기에 과세표준이 마이너스로서 손금의 귀속시기를 조작할 상황이 아니었던 점 등을 고려하면, 원고가 지급한 농특세분담금은 대법원에서 원고청구 기각 취지의 판결이 선고되고 파기환송심에서 원고 패소판결이 선고된 2004사업연도에 귀속될 손금으로 볼 수 있다. 3) 소결 따라서 이 사건 농특세분담금 상당액이 원고의 2004사업연도 귀속 손금으로 볼 수 없음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 피고의 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.