실지거래가액으로 신고 후 기준시가로 다시 계산하여 경정청구 가능여부

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2007. 1. 9. 원고에 대하여 한 2004년도 귀속분 양도소득세 181,230,050원의 부과처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증 내지 갑5호증, 갑7호증의 1, 2, 갑9호증, 갑10호증의 1, 2, 갑11호증, 갑12호증, 갑13호증, 갑14호증의 1 내지 7, 갑15호증의 1, 2, 갑17호증, 갑23호증, 을1호증의 1, 2, 을2호증, 을3호증, 을4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고 형제들 소유의 토지에 관한 조○선 및 최○식과 사이의 매매계약체결 경위

(1) 원고는 그의 형제인 김○호, 김○호의 위임을 받아 2003. 3. 22. 조○선과 사이에 원고 형제들이 공유하는 아래 표 순번 1, 2, 3, 기재 각 토지 전부와 순번 4 기재 토지 중 김○호의 지분 1520/1850(138.85㎡), 순번 5 기재 토지 중 원고 및 김○호의 지분 일부인 11310/20430(1.131㎡) 및 그 지상 건물(블록기와 창고 40㎡ 가량)을 조○선에게 6억 7,500만 원에 매도하는 매매계약을 체결하고, 계약 당일 조○선으로부터 계약금 6,750만 원을 지급받았는데, 계약 체결 당시 매매목적물인 위 토지들은 모두 개발제한구역 내에 위치하여 있었고, 그 소유관계는 아래 표와 같다(이하 아래 표 기재 각 토지를 가리킬 때에는 순번에 따라 ‘순번 1토지’와 같은 식으로 이르기로 한다).

(2) 그 후 조○선은 2003. 6. 27. 주식회사 ○○에너지(이하 ‘○○에너지’로 줄여 쓴다)의 대표이사인 최○식과 사이에 원고와 김○호, 김○호로부터 매수한 위 (1)항 기재 토지 전부를 아직 소유권이전등기를 경료받지 아니한 상태에서 최○식에게 11억 5,000만 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하면서, 특약사항으로서 매도인이 위 토지에 관하여 주유소 건축허가를 얻어 그 지상에 주요소를 신축하고 이를 매수인에게 명도하여 매수인으로 하여금 주유소를 운영할 수 있도록 하고, 매수인은 계약 당일 계약금 1억 5,000만 원, 2003. 7. 10. 중도금 1억 5,000만 원을 각 지급하며, 중도금 2억 원은 신축할 주유소의 기성고에 따라 지급하고, 잔금은 주유소의 준공 이후 그 명도와 상환으로 지급하기로 약정하였다.

• 나. 원고에 대한 김○호, 김○호 등 지분의 이전 한편 순번 1, 2, 3, 4토지 및 아래와 같이 순번 5토지로부터 분할된 같은 동 2001-1 토지 중 김○호, 김○호, 황○태랑, 정○성, 선○원의 지분이 아래에서 보는 바와 같은 경위로 모두 원고 앞으로 소유권이전등기가 경료되어 순번 1, 2, 3, 4토지와 순번 5토지로부터 분할된 2001-1 토지가 원고 단독 소유로 되었다(이하 순번 1, 2, 3, 4토지 및 순번 5토지로부터 분할된 2001-1 토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 하고, 그 중 원고가 김○호와 김○호로부터 아래 (2), (3)항 기재와 같이 넘겨받은 토지 부분을 ‘이 사건 계쟁토지’라 한다).

(1) 김○호는 2003. 12. 6.경 황○태랑으로부터 순번 5 토지 중 그 소유 지분 827/20430 전부를 매수하여 2004. 1. 28. 위 지분에 관한 소유권이전등기를 경료받았는데(다만 등기원인은 2004. 1. 27.자 증여로 기재되어 있다), 그 후 순번 5토지가 2004. 7. 14. 같은 동 2001-1 답 1,099㎡와 2001-6 답 675㎡, 2001-7 답 269㎡로 분할되었다.

(2) 원고는 2004. 7. 6.경 김○호와 사이에 순번 1, 2, 3토지 중 김○호의 지분 전부(면적 합계 36.66㎡)를 1,100만 원에 매수하는 내용의 매매계약서를 작성한 다음 2004. 8. 3. 원고 앞으로 그 소유권이전등기를 경료받았다.

(3) 또한 원고는 2004. 7. 5.경 김○호와 사이에 순번 1 내지 4토지 및 순번 5토지로부터 분할된 위 2001-1 토지 중 김○호의 지분 전부(면적 합계 604.59㎡)를 1억 7,780만 원에 매수하는 내용의 매매계약서를 작성한 다음 2004. 8. 3.과 2004. 8. 16. 원고 앞으로 그 소유권이전등기를 경료받았다.

(4) 원고는 2004. 7. 6.경 정○성과 사이에 순번 4토지와 분할된 위 2001-1 토지 중 정○성의 지분 전부(면적 합계 122.14㎡)를 35,895,655원에 매수하여 2004. 8. 3.과 2004. 8. 16. 원고 앞으로 그 소유권이전등기를 경료받았다{다만 정○성과 사이의 매매계약서에 따르면, 원고는 순번 4토지와 함께 분할전 순번 5토지 전부에 관한 정○성의 처분을 7,880만 원에 매수한 것으로 기재되어 있는데, 순번 4토지와 분할된 위 2001-1 토지에 관한 지분(면적 합계 122.14㎡)을 전체 지분에서 안분하면 매매대금은 35,895,655원이 된다}.

(5) 원고는 2004. 8. 16. 분할된 위 2001-1 토지 중 선○원의 지분 전부에 관하여 공유물 분할을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받았다.

• 다. 주유소 건물의 신축 및 ○○에너지에 대한 토지와 건물의 이전 등

(1) 이 사건 각 토지는 2004. 9. 3. 그 지목이 모두 주유소용지로 변경됨과 아울러 부산 ○○구 ○○2동 1997 주유소용지 1,488㎡로 합필되는 한편, 그 무렵 그 지상에 원고를 건축주로 한 주유소 건물 589.14㎡가 준공되어 원고 앞으로 소유권보존등기가 경료되었다가, 2005. 3. 14. 합필된 토지와 위 주유소 건물에 관하여 ○○에너지 앞으로 소유권이전등기가 경료되었다.

(2) 그런데 원고는 조○선이 이행을 지체하고 그가 양도소득세를 부담하여야 한다는 등의 이유로 조○선과 사이에 당초의 매매대금에 양도소득세 등 명목의 돈을 더한 9억 1,950만 원을 매매대금으로 지급받기로 약정하고{앞서 본 조○선과 최○식의토지 매수 목적, 토지의 분할 및 합필 경위에 비추어 그 매매목적물도 이 사건 각 토지로 변경하는 묵시적 약정이 있었던 것으로 보인다(원고도 이 사건 각 토지의 면적 합계에 해당하는 1,488㎡를 조○선에게 매도하였다고 하여 같은 취지로 주장하고 있다. 2008. 1. 3.자 준비서면 참조)}, ○○에너지 앞으로서 합필된 토지 및 건물에 관한 소유권이전등기를 경료하기 전인 2004. 10. 7. ○○에너지를 통하여 매매대금 잔약을 모두 지급받았다.

• 라. 원고의 양도소득세 과세표준신고 및 국세청장의 심사결정에 따른 피고의 감액경정처분

(1) 원고는 2005. 4. 8. 양도소득세 과세표준예정신고를 함에 있어 이 사건 각 토지 및 주유소 건물에 관하여 ○○에너지와 사이에 작성된 매매대금 11억 5,700만 원으로 기재된 매매계약서(계약일자가 2005. 1. 5.로 기재된 계약서로서 양도소득세의 신고를 위한 목적으로 별도로 작성된 것으로 보인다)에 기하여 이 사건 각 토지 및 주유소 건물을 직접 ○○에너지에게 양도하였음을 전제로, 위 주유소 건물 및 이 사건 각 토지 중 원고가 이 사건 계쟁토지를 비롯하여 김○호, 김○호 및 정○성으로부터 취득한 위 나.의 (2), (3), (4)항 기재 각 지분(면적 합계 763.4㎡(= 36.66 + 604.59㎡ + 122.14㎡)}에 관하여는 실지거래가액으로 신고하고{주유소 건물의 양도가액 6억 2,400만 원, 취득가액 6억 원, 위 각 토지 지분의 양도가액 합계 273,449,059원, 취득가액 합계 224,695,655원(= 김○호 지분 1,100만 원 + 김○호 지분 1억 7,780만 원 + 정○성 지분 35,895,655)}, 나머지 토지 부분(면적 합계 724.6㎡)에 관하여는 2003. 9. 21.(조○선과 사이의 매매계약에서 정한 잔금지급일 및 소유권이전등기일로 보인다)을 기준으로 한 기준시가로 신고하여(양도가액 합계 68,619,868원, 취득가액 합계 21,708,433원) 양도소득금액을 80,253,586원으로 산정하고 양도소득세 24,853,000원을 납부하였다.

(2) 피고는 원고의 신고내용에 대한 실지조사를 실시하여 원고가 ○○에너지에게 이 사건 각 토지와 주유소 건물을 18억 원(= 토지 11억 7,600만 원 + 건물 6억 2,400만 원)에 양도하였다고 보아 주유소 건물에 대한 신고내용은 그대로 인정하되, 실지거래가액으로 신고한 토지 부분에 대하여는 전체 토지 가액을 지분에 따라 안분비례한 603,332,000원을 실지양도가액으로 복, 기준시가로 신고한 토지 부분에 대하여는 그 취득가액은 원고의 신고내용을 그대로 인정하였으나 양도가액은 ○○에너지 앞으로 소유권이전등기가 경료된 2005. 3. 14.을 기준으로 한 기준시가를 적용한 259,406,000원으로 산정하여 2007. 1. 9. 원고에게 2005년도 귀속분 양도소득세 241,765,730원을 부과하였다.

(3) 원고는 이에 불복하여 2007. 3. 26. 부산지방국세청장에게 이의신청을 제기하였으나 2007. 4. 18. 기각결정을 받고, 다시 2007. 7. 2. 국세청장에게 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2007. 9. 20. 원고가 조○선에게 주유소 건물을 제외한 이 사건 각 토지만을 2004. 10. 7.(원고가 ○○에너지를 통하여 잔금을 모두 지급받은 날이다) 대금 9억 1,950만 원에 양도하였다고 판단하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 취지의 결정을 내렸다.

(4) 피고는 위 심사결정에 따라 2007. 10. 19. 원고에 대한 위 2005년도 귀속분 양도소득세 부과결정을 취소하는 한편으로 2007. 12. 1. 원고에게 2004년도 귀속분 양도소득세 181,230,050원을 부과하였는데(이하 당초의 부과처분 중 감액된 범위 내에서 잔존하는 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 앞서 본 원고의 신고내용과 피고의 당초 처분 및 심사결정에 따른 경정처분의 내용을 정리하면 아래 표 기재와 같다.

• 가. 피고의 주장 피고가 2007. 1. 초순경 원고에게 2005년도 귀속분 양도소득세 241,765,000원을 부과하였으나 원고가 이에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 피고는 양도시기를 달리 본 국세청장의 심사결정에 따라 2005년도 귀속분 양도소득세 부과처분을 취소한 다음 2007. 12. 1. 원고에게 2004년도 귀속분 양도소득세 181,230,050원을 새로이 부과하는 이 사건 처분을 하였는데, 원고가 이 사건 소를 제기한 2007. 11. 14. 당시에는 소송의 대상인 과세처분이 없었으므로 이 사건 소는 부적법하다.
• 나. 판단 과세관청이 과세처분을 한 후에 과세처분과 세액에 오류가 있음을 발견하여 이를 감액하는 처분을 한 경우에 이는 처음의 과세처분에서 결정된 과세처분과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 않으므로 처음의 과세처분이 감액된 범위 내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며 경정처분자체는 쟁송의 대상이 될 수 없는 것이다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두3585 판결 등 참조). 살피건대, 갑17호증, 을1호증의 1, 2, 을2호증, 을3호증의 각 기재에 의하면, 피고가 국세청장의 심사결정 이후 당초의 2007. 1. 9.자 부과처분을 취소하고 원고에게 다시 산정한 양도소득세를 부과하면서 새로이 납세고지서를 발부한 사실이 인정되나, 앞서 본 바와 같이 피고가 2007. 1. 9. 2005년도 귀속분 양도소득세 부과처분을 한 후 국세청장의 심사결정의 취지에 따라 이를 취소하고 당초의 부과처분의 과세대상의 범위와 양도가액을 축소하여 2007. 12. 1. 2004년도 귀속분 양도소득세의 부과처분을 한 것이어서, 비록 피고의 후행처분이 당초의 부과처분을 전부 취소하고 새로이 납세고지서를 발부하는 형식을 취하고 있을망정 실질적으로 보면 당초의 부과처분의 세액을 감축하는 것으로서 감액경정처분의 실질을 띠고 있다 할 것이므로, 이 사건 소송의 대상은 피고의 2007. 1. 9.자 양도소득세 부과처분 중 감액되고 남아 있는 부분이 되는 것이고, 따라서 이 사건 소 제기 당시 소송의 대상인 과세처분인 없었음을 전제로 하는 피고의 본안전항변은 받아들일 수 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

• 가. 원고의 주장

(1) 원고와 김○호, 김○호는 조○선에게 이 사건 각 토지를 매도하였고, 조○선은 이를 ○○에너지의 대표이사인 최○식에게 미등기전매하면서 ○○에너지로 하여금 이 사건 각 토지에서 주유소영업을 할 수 있도록 이 사건 각 토지에 대한 주유소 건축허가를 받아주기로 약정하였다.

(2) 이에 따라 조○선은 이 사건 각 토지에 대한 주유소 건축허가를 받기 위하여 원고에게 이 사건 각 토지 중 김○호, 김○호의 지분을 원고 앞으로 이전하여 줄 것을 부탁하였고, 이에 원고가 주유소 건축허가를 위하여 김○호, 김○호의 지분을 매수한 것처럼 앞서 본 바와 같은 이 사건 계쟁토지에 관한 매매계약서를 작성하였을 뿐, 실제로 원고와 김○호, 김○호 사이에 매매계약이 체결된 것이 아니고 매매대금의 수수도 없었다.

(3) 따라서, 원고와 김○호, 김○호 사이에 이 사건 계쟁토지에 관하여 실제로 양도가 이루어진 것이 아니고, 원고가 단기차익을 얻기 위한 투기거래로서 이 사건 계쟁토지를 취득하였다고 볼 수 없으므로, 원고가 김○호, 김○호로부터 이 사건 계쟁토지를 취득하여 1년 이내에 이를 당시 양도하였다는 이유로 이 사건 계쟁토지에 관한 형식상의 매매계약에서 정하여진 매매대금을 실지거래가액으로 삼아 양도차익을 산정할 것이 아니라, 실질과세원칙에 따라 원고, 김○호, 김○호와 조○선 사이의 당초의 매매계약에 따라 이 사건 계쟁토지를 곧바로 조○선에게 양도한 것으로 파악하여 이 사건 계쟁토지의 기준시가로 과세함이 마땅하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계법령 국세기본법 제14조 (실질과세) 구 소득세법 제88조 (양도의 정의) 구 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 구 소득세법 제96조 (양도가액)
• 다. 판단

(1) 이 사건의 쟁점은 결국 원고의 형제들인 김○와 김○호가 이 사건 계쟁토지를 원고에게 이전한 것이 소득세법상의 양도에 해당하는지 여부이다. (2) 국세기본법 제14조 는 “과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다(제1항)”고 하여 귀속에 관한 실질주의와 함께 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”고 하여 거래내용에 관한 실질주의를 천명하고 있다. 그런데, 국세기본법상의 실질과세원칙은 과세물건의 귀속이나 거래내용을 단순한 명의나 형식이 아닌 법적 실질에 의하여 판단하겠다는 것으로서, 거래나 행위를 경제적으로 관찰하여 동일한 경제적 효과에 도달한 경우에 이를 조세법적으로 동일하게 평가하여 과세의 대상으로 삼겠다는 이른바 경제적 관찰방법을 규정한 것은 아니라고 할 것이다(납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것인데, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 같다고 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없다는 취지로 판시한 대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조).

(3) 살피건대, 갑19호증의 기재, 제1심 증인 김○호의 일부 증언과 제1심법원의 부산광역시 강서구청장에 대한 사실조회결과에 의하면, 원고와 조○선 사이의 매매계약체결 당시 시행되던 ‘부산광역시 강서구 개발제한구역안 자동차용 액화석유가스충전소 배치계획 및 주유소배치계획’(부산광역시 강서구 공고 제2000-355호)은, 개발제한구역안의 주유소설치허가신청이 경합할 경우의 우선순위로서 “신청부지는 자기소유 토지가 타인소유 토지보다 우선한다”(제4조 제2항 제2호)라고 규정하는 한편, 그 설치허가의 기준으로서 “지정당시 거주자가 국도ㆍ지방도 등 간선도로변에 설치하는 경우에 한한다”(제3조 제1호), “등록신청은 주유소 및 자동차용 액화석유가스충전소 각각 1세대 1건을 원칙으로 하며 위치를 달리하여 중복 신청할 수 없다”(제4조 제2항)라고 규정하고 있는 사실, 원고는 조○선의 부탁을 받고 위 주유소설치허가기준을 충족시킬 목적으로 김○호, 김○호로부터 이 사건 계쟁토지를 이전받은 사실을 인정할 수 있다.

(4) 그러나 한편으로 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하여 보면, 위 인정사실에도 불구하고 원고가 김○호와 김○호로부터 이 사건 계쟁토지를 취득한 것은 소득세법상의 양도에 해당한다고 보아야 한다.

① 원고는 양도소득세 과세표준신고를 함에 있어 스스로 원고와 김○호, 김○호 사이의 이 사건 계쟁토지에 관한 매매계약서에 기하여 김○호, 김○호로부터 이 사건 계쟁토지를 양도받았음을 전제로 하여 그 취득가액을 실지거래가액에 의하여 위 매매계약서에 기재된 매매대금으로 신고하였다.

② 위①항의 사정에 더하여, 조○선과 ○○에너지는 원고가 이 사건 계쟁토지를 이전받은 직후인 2004. 9. 6. 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세를 책임지기로 약정하는 내용의 각서를 원고에게 작성ㆍ교부하고, 원고는 이에 따라 2004. 10. 26.경과 2006. 11. 29.경 조○선에게 이 사건 계쟁토지의 취득에 따른 양도소득세를 납부할 것을 통지하는 한편으로, 2005. 4.경에는 원고가 양도소득세를 대납하였다는 이유로 조○선에 대하여 채권가압류신청을 하였음에 비추어 보면, 거래당사자인 원고나 조○선, ○광에너지 모두 원고에 대한 이 사건 계쟁토지의 이전에 따른 경제적 효과를 최종적으로 ○광에너지에게 귀속시키려고 하였을 뿐 그 법률상의 효과는 원고에게 귀속될 것임을 전제로 행동하였다.

③ 김○호와 김○호 역시 이 사건 계쟁토지를 원고에게 양도하였음을 이유로 각 양도소득세 과세표준신고를 하고 양도소득세를 납부하였다.

④ 김○호는 원고의 부탁으로 이 사건 계쟁토지를 원고에게 이전하기 위한 인감도장 및 인감증명서 등 제반서류를 원고에게 교부하였고, 이 사건 계쟁토지를 원고에게 이전한 이후인 2004. 9. 하순 및 2004. 10. 초순경 ○광에너지를 통하여 원고로부터 합계 1억 3,000만 원을 지급받았는바, 위 금원에 이 사건 계쟁토지를 원고에게 양도한 대가가 포함되어 있는 것으로 보지 못할 바 아니고, 김○호의 증언에 따르더라도 김○호나 김○호가 원고에게 이 사건 계쟁토지를 증여한 것은 아니고 원고가 김○호의 몫으로 위 금원을 지급하고 김○호의 몫은 원고가 보관하고 있다는 것이어서 소득세법상 양도의 표지로서의 유상(有償)성을 부인하기 어렵다.

⑤ 원고의 주장은 결국 이 사건 계쟁토지를 실제로 취득한 바 없어 이 사건 계쟁토지가 취득 후 1년 이내의 부동산에 해당하지 않으므로 기준시가에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 한다는 취지인데, 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 는 납세의무자가 과세표준 확정신고기한가지 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는바, 납세의무자인 원고가 이 사건 계쟁토지의 양도로 인한 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부함에 있어 임의로 소득계산의 방법으로서 실지거래가액에 의한 방법을 선택한 이상 신고한 양도가액이나 취득가액에 오류ㆍ탈루가 있다면 이에 대한 경정청구(국세기본법 제45조의2)를 할 수는 있을지언정 소득계산의 방법 자체를 잘못 선택하였음을 이유로 경정청구를 하거나 과세처분을 다툴 수는 없다고 봄이 상당하다(소득계산의 방법에 대하여 납세의무자의 선택이 인정되는 경우에 있어서 그 선택의 오류를 이유로 하는 경정청구를 인정하는 것은 납세자의 의사에 따라 조세채무의 확정이 좌우될 수 있는 결과가 되어 부당하다).

(5) 따라서, 원고가 이 사건 계쟁토지를 취득하여 이를 다시 양도하였음을 전제로 하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 볼 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. [부산지방법원2007구합4767 (2008.07.02)]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2007. 1. 9. 원고에 대하여 한 2004년도 양도소득세 181,230,050원의 부과처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1 내지 5호증, 갑7호증의 1, 2, 갑9호증 내지 갑15호증의 2, 갑17호증, 을1호증의 1 내지 을4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

• 가. 2003. 3. 22. 당시 ○○○ 대 23㎡(이하 ‘이 사건 1토지’라고 한다), 같은 동○○○ 대 114㎡(이하 ‘이 사건 2토지’라고 한다), 같은 동 ○○○ 전 83㎡(이하 ‘이 사건 3토지’라고 한다), 같은 동 ○○○ 전 169㎡(이하 ‘이 사건 4토지’라고 한다), 같은 동 ○○○ 답 2043㎡(이하 ‘이 사건 5토지’라고 한다)에 대한 소유자는 아래 표와 같다. 토 지 소유자(공유지분) 이 사건 1토지 원고 4/24, ○○○ 16/24, ○○○ 4/24 이 사건 2토지 원고 4/24, ○○○ 16/24, ○○○ 4/24 이 사건 3토지 원고 6/24, ○○○ 14/24, ○○○ 4/24 이 사건 4토지

○○○ 1520/1850, ○○○ 330/1850 이 사건 5토지 원고 6810/20430, ○○○ 7801/20430, ○○○ 827/20430,

○○○ 2380/20430, ○○○ 2612/20430

• 나. 원고, ○○○, ○○○는 형제로서 2003. 3. 22. ○○○에게 이 사건 1, 2, 3토지 및 이 사건 4토지 중 지분 1520/1850(138.85㎡), 이 사건 5토지 중 지분 11310/20430(1131㎡)와 이 사건 5토지 지상의 건축물(블록기와 창고 40㎡ 가량)을 대금 675,000,000원에 매도하고, 같은 날 계약금 67,500,000월을 수령하였다.
• 다. ○○○은 2003. 6. 27. 원고, ○○○, ○○○부터 매수한 나.항 기재 토지 전부를 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’라고 한다) 대표이사 ○○○에게 대금 1,150,000,000월에 미등기 전매하였다.
• 라. ○○○는 ○○○으로부터 이 사건 5토지 중 지분 827/20430을 매수하여 2004. 1. 28. 소유권이전등기를 넘겨받았다.
• 마. 한편, 이 사건 5토지는 2004. 7. 14. ○○○ 답 1099㎡(이하 ‘이 사건 5-1토지’라고 한다), 같은 동 ○○○ 답 675㎡와 같은 동 ○○○ 답 269㎡로 분할되었다.
• 바. ⑴ 원고는 ○○○와 사이에 이 사건 1, 2, 3토지 중 ○○○의 지분(면적 합계36.66㎡) 전부를 대금 11,000,000원에 매수하는 내용의 매매계약서를 작성한 후 2004. 8. 3. 소유권이전등기를 넘겨받았다. ⑵ 원고는 ○○○와 사이에 이 사건 1, 2, 3, 4, 5-1토지 중 ○○○의 지분(면적 합계 604.59㎡) 전부를 대금 177,800,000원에 매수하는 내용의 매매계약서를 작쇼성한 후 2004. 8. 3.과 2004. 8. 16. 소유권이전등기를 넘겨받았다. ⑶ 원고는 ○○○와 사이에 이 사건 4, 5-1토지 중 ○○○의 지분(면적 합계 122.14㎡) 전부를 대금 35,895,655원에 매수하여 2004. 8. 3.과 2004. 8. 16. 소유권이 전등기를 넘겨받았다. ⑷ 원고는 2004. 8. 16. 이 사건 5-1토지 중 ○○○의 지분 전부에 관하여 공유물 분할을 원인으로 한 소유권이전등기를 넘겨받았다.
• 사. 2004. 8. 26. 이 사건 1, 2, 3, 4, 5-1토지(면전 합계 1,488㎡)(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다) 지상에 주유소건물(면적 589.14㎡)(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)이 신축되었고, 2004. 9. 3. 이 사건 각 토지가 ○○○ 주유소용지 1,488㎡로 합필되었으며, 2005. 3. 14. 그 합필된 토지와 이사건 건물에 관하여 ○○○ 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.
• 아. 한편, 원고, ○○○, ○○○는 ○○○으로부터 당초 매매대금 675,000,000원에 양도소득세 등을 합한 919,500,000원을 매매대금으로 지급받기로 하였고, 2004. 10. 7. 이를 모두 지급받았다.
• 자. 원고는 2005. 4. 8. 이 사건 각 토지 및 건물에 관하여 매매대금을 1,157,000,000원으로 기재한 매매계약서의 의하여 이 사건 및 이 사건 각 토지 중 바. ⑴, ⑵, ⑶ 기재 토지[면적 합계 763.4㎡(=36.66㎡ + 604.59㎡ + 122.14㎡)]는 실지거래가액으로 신고하고, 나머지 토지(면적 합계 724.6㎡)는 기준시가로 신고하여 양도소득금액을 80,253,586원으로 하여 양도소득세 24,853,000원을 신고, 납부하였다.
• 차. 그러나 피고는 양도소득세 실지조사를 실시하여 이 사건 각 토지와 건물에 대한 원고의 실제 양도가액을 1,800,000,000원(= 토지 1,176,000,000원 + 건물 624,000,000원)으로 확인하고, 이 사건 건물에 대한 신고내용은 그대로 두고, 실지거래가액으로 신고한 토지의 양도가액은 603,332,000원으로, 기준시가로 신고한 토지에 대하여는 기준시가 적용기준을 2004. 9. 7.로 하여 양도가액을 259,406,000원으로 조사하여, 2007. 1. 9. 원고에게 2005년도 양도소득세 241,765,730원을 경정·부과하였다.
• 카. 원고는 이에 불복하여 2007. 3. 26. 부산지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2007. 4. 18. 기각결정을 받았고, 이에 2007. 7. 2. 국세청장에게 다시 심사청구를 하자, 국세청장은 2007. 9. 20. 양도소득세 241,765,730원의 부과처분에 관하여 원고가 2004. 10. 7. ○○○에게 이 사건 각 토지만을 대금 919,500,000원에 매도한 것으로 하여 과세표준과 세액을 결정하고 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였다.
• 타. 피고는 국세청장의 심사결정문에 따라 2005년 양도소득세에 대하여 결정취소를 한 후 2007. 12. 1. 원고에게 2004년 양도소득세 181,230,050원의 부과처분(이하 당초의 양도소득세 부과처분 중 감액되고 남은 양도소득세 181,230,050원의 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다.
• 파. 원고의 당초 신고내용 및 피고의 1차 및 2차 경정내용은 다음 표와 같다. 구분 신고구분 면적 양도가액 취득가액 당초신고 조사경정(1차) 심사결정 전 최종경정(2차) 심사결정 후 토지 기준시가 724.6㎡ 68,619,868원 259,406,800원 259,406,800원 21,708,433원 실지거래가액 763.4㎡ 273,449,059원 603,332,258원 ⑴ 471,738,104원 ⑵ 224,695,655원 건물 실지거래가액 589.14㎡ 624,000,000원 624,000,000원 0 0 합계 966,068,927원 1,486,739,058원 731,144,904원 246,404,088원 ⑴ 471,738,104원 = 919,500,000원 X (763.4㎡ / 1,488㎡) ⑵ 224,695,655원 = 11,000,000원[바.⑴] + 177,800,000원[바.⑵항] + 35,895,655원[바.⑶항]

2. 피고의 본안전항변에 대한 판단 피고는 2007년 1월 초순경 원고에게 2005년도 양도소득세 241,765,000원을 부과하였으나, 원고가 이에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 피고는 양도시기를 달리 본 2007. 9. 20.자 국세청장의 심사결정문에 따라 2005년도 양도소득세에 대하여 결정취소를 한 후 2007년 12월 초순경 원고에게 2004년도 양도소득세 181,230,050원의 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 원고가 이 사건 소를 제기한 2007. 11. 14. 당시에는 소송의 대상인 부과처분이 없었으므로 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다. 살피건대, 관세관청이 과세처분을 한 후에 과세처분과 세액에 오류가 있음을 발견하여 이를 감액하는 처분을 한 경우에 이는 처음의 과세처분에서 결정된 과세처분과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 않으므로 처음의 과세처분이 감액된 범위 내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며 경정처분자체는 쟁송의 대상이 될 수 없는바(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누724 판결 참조), 앞에서 본 바와 같이 피고는 2007. 1. 9. 2005년도 양도소득세 241,765,000원의 부과처분을 한 후 국세청장의 심사결정문에 따라 2005년도 양도소득세에 대하여 결정취소를 한 후 양도소득세를 감액하여 2007. 12. 1. 2004년도 양도소득세 181,230,050원의 부과처분을 한 것이어서, 이 사건 소송의 대상은 2007. 1. 9.자 양도소득세 부과처분 중 감액되고 남아 있는 부분이므로, 이사건 소제기 당시 소송의 대상인 부과처분이 없었다는 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 ⑴ 원고, ○○○, ○○○는 ○○○에게 이 사건 각 토지 중 일부를 매도하였고, ○○○은 ○○○ 대표이사 ○○○에게 주유소허가를 얻어 주는 조건으로 이를 다시 미등기 전매하였는데, ○○○은 원고에게 이 사건 각 토지를 주유소용지로 만들기 위해 ○○○와 ○○○의 지분을 원고 명의로 이전하여 주유소허가를 얻어 줄 것을 부탁하였고, 이에 원고는 1의 바.항과 같이 ○○○와 ○○○의 지분을 매수한 것처럼 형식상의 매매계약서를 작성하여 소유권이전등기를 넘겨받고 이에 맞추어 양도소득세를 신고하였으나, 원고와 ○○○, ○○○ 사이에 실제로 매매계약은 없었고 매매대금이 오고간 사실도 없다. ⑵ 그러므로, 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 토지(면적 합계 763.4㎡)중 원고가 ○○○, ○○○로부터 매수한 토지[면적 합계 641.25㎡(=36.66㎡ + 604.59㎡)](이하 ‘이 사건 쟁점토지’라고 한다)에 대해서는 비록 등기이전은 되었으나 원고가 실제로 취득한 사실이 없으므로, 실질과세원칙에 따라 원고가 이 사건 쟁점토지를 취득한 후 이를 다시 양도하였음을 이유로 양도소득세를 부과하여서는 아니되고, 당초 원고, ○○○, ○○○와 ○○○ 사이의 매매계약에 따라 양도소득세를 부과하여야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

○○○와 ○○○가 원고에게 이 사건 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 해 준것이 소득법상의 양도에 해당하는지에 관하여 살피건대, 구 소득세법 (2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 88조 1항에 의하면, 양도라고 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑19호증의 기재, 증인 ○○○의 증언 및 이 법원의 부산광역시 강서구청 지역경제과에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 부산광역시강서구개발제한구역안 자동차용액화석유가스충전소 배치계획 및 주유소배치계획변경공고(부산광역시 강서구 공고 2000-355) 4조 4항 2호에는 주유소허가 신청 경합시 우선순위는 ‘신청부지는 자기소유 토지가 타인소유 토지보다 우선한다’고 규정되어 있고, 3조 1호에 의하면 주유소 허가기준은 ‘지정당시 거주자가 국도·지방도 등 간선도로변에 설치하는 경우에 한한다’고 규정하고 있으며, 4조2항에 의하면 ‘등록신청은 주유소 및 자동차용 액화석유가스 충전소 각각 1세대 1건을 원칙으로 하며 위치를 달리하여 중복 신청할 수 없다’고 규정되어 있어, 원고는 이러한 요건을 충족하여 주유소 허가를 보다 용이하게 받기 위해 ○○○, ○○○로부터 이 사건 쟁점토지의 소유권이전등기를 넘겨받은 것인 점, ○○○와 ○○○가 원고에게 이 사건 쟁점토지를 증여한 것은 아니고, ○○○가 이 사건 쟁점토지 중 자신의 지분에 관하여 지급받은 130,000,000원(○○○의 지분에 대한 것은 원고가 관리하고 있다) 중에는 원고에게 이 사건 쟁점토지를 양도한 부분에 대한 대금도 포함되어 있다고 볼 수 있는 점, ○○○와 ○○○는 원고에게 이 사건 쟁점토지의 양도하였음을 이유로 양도소득세를 각각 신고·납부한 점 등에 비추어 보면, 비록 주유소 허가를 보다 용이하게 받기 위한 목적이 있었더라도 ○○○와 ○○○가 원고에게 이 사건 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 해 준것은 매매로 인하여 그 자산이 유상으로 이전되고 등기까지 된 것으로 소득세법상의 양도에 해당하고, 원고가 이 사건 쟁점토지를 취득한 후 이를 다시 양도하였음을 이유로 양도소득세를 부과한 것이 실질과세원칙에 위배된다고 볼 수도 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.