과세기간 경과 후 작성된 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 여부

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2006. 3. 14. 원고에 대하여 2005년 1기분 부가가치세 61,666,670원을 부과한 처분을 취소한다.

주문과 같다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증의 1,2,3,4, 갑3호증, 갑4호증, 갑6호증의 1,2,갑7호증, 을1호증, 을4호증, 을5호증, 을6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2005년 6월경 ○○종합건설 주식회사로부터 ○○시 ○○동 소재 건물 ○○호(이하 ‘위 부동산’이라고 한다)를 690,381,000원에 분양받아, 2005. 6. 21. 위 부동산에 관하여 원고 앞으로 2005. 6. 8.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다(다만, 원고가 제출한 매매계약서(갑1호증)에는 매매대금 중 건물부분의 공급가액은 488,719,000원이고, 2005. 6. 21. 계약금 310,000.000원을 지급한 것으로 기재되어 있고, 원고 주장에 따르면 2005. 6.30. 잔금 380,381,000원을 지급하였다는 것인데, 원고와 ○○종합건설 주식회사가 작성하여 ○○시장의 검인을 받은 검인계약서(을6호증)에는 매매대금 중 건물부분의 공급가액은 517,583,000원이고, 계약일자는 2005. 6. 8. 이며, 계약금(207,114,300원), 중도금(207,114,300원) 및 잔금(276,152,400원)을 계약 당일, 2005. 6. 13., 2005. 6. 20. 각 지급하는 것으로 기재되어 있어, 두 계약서의 일부 내용에 차이가 있기는 하나, 뒤에서 보는 바와 같이 원고가 위 부동산에 관하여 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 이후에 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 신청한 이상, 어느 계약서에 의하든지 매입세액의 공제가 허용될 수 없다는 결론을 달리하지는 아니한다.
• 나. 원고는 2005. 7. 9. 위 부동산을 사업장으로 하여 부동산임대업 사업자등록을 신청하여 같은 날 사업자등록증을 받았고, 그 이후 ○○종합건설 주식회사로부터 거래일자가 2005. 6. 21.로 된 건물분 세금계산서 1장(공급가액 219,448,000원, 부가가치세 21,945,000원)과 토지분 세금계산서 1장(공급가액 219,448,000원, 부가가치세 21,945,000원)과 토지분 세금계산서 1장(공급가액 68,607,000원, 토지대금은 부가가치세법 제12조 제1항 제12호 에 의하여 면세거래임)을, 거래일자가 2005. 6. 30로 된 건물분 세금계산서 1장(공급가액 269,271,000원, 부가가치세 26,927,000원)과 토지분 세금계산서 1장(공급가액 84,183,000원)을 각 교부받았다(이하, 위 건물분 세금계산서 2장을 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다).
• 다. 원고는 2005. 7. 25. 2005년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 세금계산서에 기재된 부가가치세 합계 48,872,000원(21,945,000원 + 26,927,000원)을 공제되는 매입세액으로 신고함으로써 위 금액 상당의 환급세액이 발생하여 2005년 8월경 위 금액을 환급받았다.
• 라. 피고는 2005년 정기종합감사에서 이 사건 세금계산서는 그 과세기간(2005. 1. 1.부터 2005. 6. 30.까지)이 경과한 후인 2005. 7. 9. 이후에 작성일자를 소급하여 작성된 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 본문의 ‘필요적 기재사실의 일부가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니하여야 함에도 환급결정을 한 것은 잘못이라는 지적을 당하자, 피고는 그 취지에 따라 매입세액 공제를 부인하면서 2006. 3. 14. 원고에게 기왕에 공제받은 부가가치세 48,872,000원에 가산세 12,794,679원을 더한 61,666,679원을 부과하는 처분(’이 사건 처분‘이라고 한다)을 하였다.

가, 원고의 주장 (1) 부가가치세법 시행령 제54조 제3호 에 의하면, 관계증빙서류 등에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우에는 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있는 것으로 규정되어 있고, 위 교부 특례조항에 따라 세금계산서를 수수하고 부가가치세를 성실히 신고하여 공급자나 공급받는 자에게 부당한 이득을 주지 아니하고, 납세자 간의 상호검증기능이라는 부가가치세제의 효율적 집행에 장애를 가져오지 아니한다면, 위 교부 특례조항은 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 경우에도 적용된다고 보아야 한다.

(2) 그 뿐만 아니라, 원고는 2005. 7. 9. 사업자등록을 신청함으로써 신규로 사업을 개시하여 부가가치세법 제3조 제2항 에 따라 그 과세기간은 사업개시일인 2005. 7. 9. 이후부터 2005. 12. 31. 까지 이고, 한편 세금계산서를 교부한 때를 재화의 공급시기로 규정하고 있는 부가가치세법 제9조 제3항 에 따라 위 부동산의 공급시기는 이 사건 세금계산서가 교부된 때인 2005. 7. 9. 이후이므로, 결국 원고는 이 사건 세금계산서를 위 부동산의 공급시기에 속하는 과세기간 내에 교부받은 것이지 그 과세기간 이후에 교부받은 것이라고도 할 수 없다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서가 과세기간이 경과하여 작성일자를 소급하여 작성된 것으로 작성연월일이 실제 공급시기와 다르다는 이유로 그 매입세액의 공제를 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 판단

(1) 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 세금계산서에 의한 매입세액도 공제되어야 한다는 주장에 대하여 법 제17조 제2항 제1호의 2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 “세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 ‘작성연월일’이 사실과 다르게 기재된 경우”라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서상의 ‘작성연월일’이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행・교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 (前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아나라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이다. 따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다. 하더라도 법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다 할 것이다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결등 참조). 위와 같은 법리를 기초로 이 사건을 보건대, 위 부동산의 공급시기는 그 소유권 이전등기가 경료된 2005. 6. 21.이고, 원고는 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 2005. 7. 9. 이후에야 작성일자를 2005. 6.21.과 2005. 6.30로 소급하여 적성한 이 사건 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 신청하였음은 앞서 본 바와 같은바, 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 안 되고, 원고가 시행령 제54조에서 정한 세금계산서의 교부 특례에 따라 이 사건 세금계산서를 교부받았다 하더라도 달리 볼 수 없다 할 것이다.

(2) 공급시기가 속한 과세기간 내에 세금계산서를 교부받았다는 주장에 대하여 법 제9조 제3항은 재화의 공급시기가 도래하기 전에 재화에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우 그 교부하는 때를 당해 재화의 공급시기로 보는 것으로 규정하고 있는데, 원고 주장에 따르더라도 원고는 위 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료받고 난 다음에 잔금을 지급하고, 다시 그 이후에 비로소 작성일자를 계약금 및 잔금의 지급일자로 소급하여 기재한 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 것이므로, 위 조항이 규정하는 바와 같이 재화의 공급시기 이전에 세금계산서를 교부받은 경우에 해당하지 아니한데다가 재화에 대한 대가를 지급함과 동시에 그에 대한 세금계산서를 교부받은 경우에 해당한다고 볼 수도 없고, 나아가 앞서 본 바와 같이 이 사건 공급시기는 그 소유권이전등기가 경료된 2005. 6. 21.이다.

(3) 따라서, 원고의 주장은 받아들일 수 없고 위 부동산의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없이 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.