위장매입 했다는 주장과 가공매입에 따른 인정상여 처분이 부당하다는 주장의 당부

1. 원고의 항소를 기각한다.

청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2004.11.1 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 16,009,878원의 부과처분과 2004.11.15. 원고에 대하여 소득자를 안00로 하여 한 2000년 귀속분 상여소득 203,500,000원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다(원고는 청구취지에서 위 소득금액변동통지처분의 취소를 구하지 아니하고, 그에 터잡은 2000년 귀속 근로소득세 68,032,450원의 부과처분의 취소를 구하나, 근로소득세 부과처분은 원고가 아닌 안00에 대한 처분으로서 원고에게는 그 취소를 구할 당사자 적격이 인정되지 아니하므로, 이 부분 청구는 위와 같이 선해함이 상당하다).

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑2호증, 을1호증, 을11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다

• 가. 원고는 정보통신 관련사업 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로서 2000 사업연도 법인세를 신고함에 있어, 주식회사 00000로부터 공급가액 1억 8,500만원의 세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받은 다음 이 사건 세금계산서에 터잡아 그 공급가액에 해당하는 1억 8,500만원을 장부상 전자상거래개발비로 지출한 것으로 계상한 다음 그 중 당해 연도의 감가상각비(2000 사업연도부터 5년간 정액법에 따라 균등상각하였다)에 해당하는 3,700만원을 손금으로 산입하여 법인세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아 그 공급가액인 1억 8,500만원 전부의 손금 산입을 부인하고 익금에 산입하여 2004.11.1.원고에 대하여 2000 사업연도 법인세 91,985,680원을 경정.고지하는 한편, 위 공급가액이 모두 사외 유출되어 그 귀속이 불분명하다는 이유로 위 금액에 부가가치세를 합산한 2억350만원이 원고 대표이사인 안00에게 귀속되는 것으로 인정상여처분을 한 다음, 2004.11.15.원고에 대하여 위 인정상여처분에 따른 소득금액변동통지 (이하 ‘이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였다
• 다. 그 후 피고는 이 사건 소송이 제1심판법원에 계속 중에 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 당해 연도의 감가상각비로 손금 산입된 3,700만 원만을 손금 부인하여 그 세액을 16,009,878원으로 감액경정하였다(이하 당초의 위 법인세 부과처분 중 감액되어 잔존하는 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 이 사건 부과처분 및 소득금액변동통지의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부과처분이 위법하다는 주장 원고가 비록 이 사건 세금계산서에 따라 신고한 신고내역대로 주식회사 00000에 대하여 비용을 지출한 것은 아니나, 원고는 1998.7.17. 일본국 회사인 주식회사 000(柱式會社 000, 이하 ‘000’이라고만 한다)과 사이에 경영컨설팅에 관한 기본계약을 체결한 다음 000으로부터 000의 업무나 일본국 소재 대기업들의 업무를 도급받아 오면서 000의 대표이사(代表取締役)인 000(鈴木義秬)와 000(江口英俊)에게 기술자문료로서 우리나라 통화 169,081,700원에 상당하는 일본국 통화를 실제로 지급하였으므로, 위 금액은 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 실질과세의 원칙상 이를 손금에 산입하여야 하고, 따라서 그 한도 내에서 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 이 사건 소득금액변동통지가 위법하다는 주장 (가) 원고 대표이사인 안00에 대한 인정상여처분은 이 사건 세금계산서의 공급가액이 모두 사외로 유출된 것이 분명함을 전제로 하는 것이나, 원고의 대표이사인안00가 원고 발행주식의 과반수를 보유하고 있었고, 원고의 약 6억 4,000만원에 이르는 채무에 대한 연대보증인이었으며, 2000년 원고의 당기순손실이 5억원 이상이어서. 안00로서는 이 사건 세금계산서상의 가공매입액을 사외로 유출시킬 이유가 없으므로, 위 금액이 사외로 유출되었다는 추정은 이미 깨어져 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 해당하지 아니한다. (나) 더욱이 법인세법상의 소득처분을 함에 있어 동법 시행령 제106조 제1항 제1호에 의하면, 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 피고로서는 그 귀속자가 누구인지를 선량한 관리자의 주의의무를 다하여 조사하여야 하고, 그와 같은 조사에도 불구하고 귀속자가 누구인지 불분명할 경우에 비로소 대표자에게 귀속한 것으로 의제하는 것으로 보아야 할 것인데, 피고는 이 사건 세금계산서의 공급가액이 누구에게 실제로 귀속된 것인지에 관하여 아무런 조사도 하지 아니하였고, 위 공급가액에 해당하는 금액이 원고의 회계장부상 매출원가가 아니라 고정자산계정인 개발비에 계상되어 있어 그 장부가액을 사내유보로 처분하여야 할 것임에도 이를 파악하지도 아니한 채 만연히 대표자인 안00에게 귀속되는 것으로 보아 인정상여처분을 하였으므로, 그에 터잡은 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

• 나. 관련 법령 [법인세법] 제4조(실질과세)

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득.수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조(결정 및 경정)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여.배당.기타 사외유출.사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. [구 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의것, 이하같다)] 제106조(소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당,이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 자배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하여, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다, 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(각목 생략)

• 다. 판단

(1) 이 사건 부과처분의 적법 여부 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2005.6.10.선고 2004두14168 판결 등 참조). 돌이켜 이 사건에서 납세의무자인 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 원고가 이 사건 세금계산서에 따른 신고내역과는 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상, 원고로서는 그 주장과 같은 비용의 존재와 액수를 입증하여야 할 것인데, 갑3호증의 1,2, 갑4호증의 1내지6, 갑5호증의 1내지28, 갑6호증, 갑7호증의1내지19, 갑14호증의1내지12의 각 기재에 의하면, 원고가 1998.7.17. 000과 사이에 원고가 000으로부터 컴퓨터 프로그램의 설계 등의 업무를 의뢰받아 수행하기로 하는 내용의 ‘소프트웨어 개발에 관한 계약’과 ‘기본청부계약’을 체결한 다음 그 무렵부터 2000.8.무렵까지 개별적인 업무위탁에 관하여 개별계약을 체결하여 오면서 000과 거래한 사실, 원고는 2002년 무렵부터는 또다른 일본국 회사인 000(00000 Software Development Laboratory)와 외국환거래를 하여 온 사실을 인정할 수 있으나, 한편 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의1,2, 을4호증, 을5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 대표이사 안00는 주식회사 00000로부터 이 사건 세금계산서 이외에도 공급가액 합계 190,909,000원의 가공매입세금계산서 3매를 교부받은 바 있는 점, ② 원고의 국세청장에 대한 심판청구에 따른 국세청장의 일본국 국세청에 대한 과세자료의 수집요청에 대하여 일본국 국세청은, 원고가 위 심판청구를 제기하면서 000에 대한 기술자문료의 지급사실을 증빙하는 자료로 제출한 영수증 20매에 기재된 000 대표이사 2인의 필적이 실제와 다르고, 000이 원고로부터 그 주장과 같은 금액을 지급받았음을 인정할 증거가 없다는 취지로 회신한 점, ③ 원고는 위 심판청구 당시는 원고의 일본국 자회사로 송금한 후 이를 인출하여 000의 대표이사들에게 기술자문료로 지급하였다고 주장하다가, 이 사건 소를 제기하면서 기술자문료 중 일부는 직접 인편으로, 일부는 송금하여 지급한 것으로 주장을 변경하고, 다시 2006.9.21자 준비서면을 통하여 원고가 000으로부터 개별계약에 따른 용역비를 지급받음에 있어 000의 수수료를 공제한 나머지를 지급받는 방법으로 수수료를 지급하였다는 취지로 주장을 변경하였으며, 그 각 주장에 있어 지급시기도 차이가 적지 않은점 등을 함께 고려하여 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 000에게 기술자문료로서 그 주장과 같은 비용을 지급하였다고 단정하기에 부족하다. 따라서, 이 사건 부과처분은 적법하고, 여기에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수는 없다.

(2) 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부 법인세법령에서 규정하고 있는 소득처분에 따른 대표자에 대한 인정상여제도는, 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것인바(대법원 1992.7.14. 선고 92누3120 판결 참조), 법인이 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있고(대법원 2001.4.13, 선고 2001두434 판결, 1999.12.24, 선고 98두16347 판결 등 참조), 가공매입액이 사외 유출되어 그 귀속이 불분명한 이상 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 의하여 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분하는 것은 적법하다고 할 것이다. 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고가 가공의 이 사건 세금계산서에 터잡아 장부에 그 가공매입액을 가공경비로 계상한 이 사건에서, 갑8호증, 갑9호증, 갑10호증의 각 기제와 제1심법원의 00은행 000지점장, 00은행 00기업금융지점장, 00은행 000지행장, 00은행 000기업금융지점장에 대한 각 사실조회결과만으로는 원고가 가공경비로 계상한 가공매입액이 원고 회사에 유보되었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 객관적이고 뚜렷한 증거가 없으므로, 위 가공경비 전액은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 결국 그 귀속이 불분명한 이상 원고 대표이사인 안00가 인정상여의 대상이 되어야 할 것인즉, 그에 따른 이 사건 소득금액변동통지는 적법하다 할 것이다(그밖에 원고는, 법인세법 기본통칙 67-106...12 3호에 의하면, 가공계상된 고정자산의 장부가액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 세금계산서가 가공매입에 의한 것이라 하더라도 그 장부가액인 1억4,800만원은 사내 유보된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 위 규정은 그 내용 자체에 의하더라도, 가공계상된 고정자산에 관한 세무회계와 기업회계의 차이를 해소하기 위한 세무조정을 규정하고 있는 것일뿐, 사외로 유출된 것으로 추정되는 귀속이 불분명한 가공비용에 관하여 대표자 인정상여로 소득처분하는 것을 배제하는 규정으로 볼 수는 없으므로, 위 주장은 이유 없다), 따라서, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면, 이 사건 부과처분 및 소득금액변동통지의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.