부가세 장기부과제척기간 적용 당부

사 건 부산고등법원(창원) 2024누11245 원 고 김AA 외1 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 11. 28. 판 결 선 고

2026. 2. 13.

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2022. 6. 2. 원고 김AA에게 한 별지1 표 기재 2014년 제2기 부가가치세 69,884,100원(가산세 포함), 2015년 제1기 부가가치세 433,949,726원(가산세 포함), 2015년 제2기 부가가치세 1,112,685,000원(가산세 포함), 원고 김BB에게 한 2015년 제2기 부가가치세 265,021,333원(가산세 포함)의 각 부과처분 중 각 가산세 부분을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
• 나. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 60%는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지

피고가 2022. 6. 2. 원고 김AA에게 한 별지1 표 기재 2014년 제2기 부가가치세 69,884,100원(가산세 포함), 2015년 제1기 부가가치세 433,949,726원(가산세 포함), 2015년 제2기 부가가치세 1,112,685,000원(가산세 포함), 원고 김BB에게 한 2015년 제2기 부가가치세 265,021,333원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 제1심판결의 ‘1. 처분의 경위’란 기재 이 유와 같으므로, 약어를 포함하여 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

• 가. 원고들의 주장

1. 주위적 청구원인 이 사건 매입세금계산서는, 실제 거래를 근거로 발급된 세금계산서여서 ‘필요적 기재사항(’공급하는 사업자의 명칭 등‘)이 사실과 다르게 기재되어 있는 세금계산서’라 볼 수 없으므로, 그 관련 공급가액은 부가가치법상 공제되는 매입세액에 해당하고, 이 와 달리 보더라도 전자세금계산서로 발급되어 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재 되어 있더라도 예외적으로 공제되는 매입세액에 해당한다고 보아야 하므로, 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 예비적 청구원인 국세기본법상 예외적인 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여, 납세자에게는 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있어야 하는데, 원고들은 이 사건 매입세금계산서를 발급한 관련 법인이 부가가치세를 면탈한다는 점에 대한 인식까지는 없었으므로 결국 국세기본법상 원칙적인 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 사건 각 처분은 5년의 부과제척기간이 도과된 이후 이루어졌으므로 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 피고의 주장

1. 주위적 청구원인 관련 원고들은 이 사건 공사를 위하여 관련 법인과 명의대여계약을 체결하고 그 대가로 수수료를 지급하였을 뿐이고 관련 법인이 실제로 공사를 수행하지는 않았으므로, 관련 법인이 원고들에게 발급한 이 사건 매입세금계산서는 ‘필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재되어 있는 세금계산서’에 해당하여 그 관련 공급가액은 부가가치법상 공제되는 매입세액에 해당하지 않는다.

2. 예비적 청구원인 관련 부가가치세 본세와 관련하여, 관련 법인이 이 사건 매입세금계산서 관련 매출세액을 전액 납부하였더라도 원고들이 매입세액 공제를 받는 것이 부가가치세 외에 다른 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대하여 인식한 이상 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 가산세와 관련하여, 원고들에게 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지는 없었더라도, 적어도 부정행위가 존재하는 이상 본세에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않은 경우에도 국세기본법상 가산세에 대한 장기 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

• 가. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 나. 주위적 청구원인에 관한 판단

1. 이 사건 매입세금계산서에 ‘필요적 기재사항’이 사실과 다르게 기재되어 있는지 여부(부가가치법상 공제되는 매입세액 해당 여부)

• 가) 관련 법리 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 같은 조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 참조). 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다. 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급·수취한 경우, 이때의 사업자는 거래상대방과 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 제3자가 아니라 실제로 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다. 그렇지만 그 세금계산서는 실제 거래행위자의 거래행위가 아닌 제3자의 거래행위를 나타내기 위해 제3자에 의해 발급·수취된 것일 뿐이므로, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 자에 의해 발급·수취된 것으로 볼 수 없다. 이러한 경우 제3자 명의로 된 세금계산서는, 실제 거래를 한 사업자와 세금계산서상의 명의자가 다르므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다. 따라서 실제 거래를 한 사업자로부터 재화 등을 공급받은 거래상대방이 제3자 명의로 된 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 해당 매입세액은 공제 또는 환급받을 수 없다. 이 경우에는 앞서 본 바와 같이 세금계산서를 발급·수취한 명의자는 세금계산서에 기재된 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취한 것에 해당한다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건에 제출된 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 의하면, 관련 법인이 이 사건 도급계약에 따라 원고들에게 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 원고들이 관련 법인 명의로 된 이 사건 매입세금계산서가 명의 위장된 것임을 몰랐다고 볼 만한 사정도 없는바, 결국 이 사건 매입세금계산서는 부가가치세법 제32조 제1항 제1호 의 필요적 기재사항(‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’)이 사실과 다르게 기재되어 있어 그 매입세액이 같은 법 제39조 제1항 제2호에 따라 매출세액에서 공제되지 않는다고 보아야 하므로, 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.

① 원고들이 신축하려던 건물은 종합건설업면허를 가진 건설업자만이 시공할 수 있고, 종합건설업면허를 보유하지 않은 원고들이 종합건설업면허를 보유한 관련 법인으로부터 면허만을 빌려 건축허가를 받은 다음 실제로는 직접 건물을 신축한 것으로 보이는바, 원고들은 명의대여 과정에서 관련 법인이 해당 건물을 직접 시공한 것처럼 외관을 가장하기 위하여 관련 법인으로부터 이 사건 매입세금계산서를 수취하였다.

② 관련 사건에서 원고 김BB은 ‘관련 법인은 이 사건 공사를 실제로 수행하지 아니하였고, 6억 원을 직불합의금액으로 하여 작성한 지불각서는 종합건설면허를 빌리는 대가로서 명의위장을 위한 것에 불과하다’는 취지로 주장하였고, 관련 법인 역시 관련 사건에서 이 사건 공사를 실제로 수행할 것을 전제로 하는 공사대금 채권의 존재를 주장하지 않았던 것으로 보인다. 결국 원고들은 관련 법인으로부터의 명의 대여를 통해 종합건설업면허를 취득하기 위하여 필요한 비용 또는 그러한 면허를 보유한 건설업자를 통하여 공사를 진행할 경우 지출하여야 하는 건설업자 마진 등의 비용을 절감할 수 있었는바, 관련 법인에 대한 위 직불합의금액 6억 원은 종합건설면허 대여에 대한 대가로 보인다.

③ 원고 김BB은 위와 같은 명의대여 행위로 인한 건설산업기본법위반죄로 벌금 400만 원, 관련 법인의 대표자인 김CC은 벌금 700만 원, 관련 법인은 벌금 500만 원의 선고유예에 처하는 판결이 각 확정되었다.

④ 또한 원고 김BB의 이 사건 매입세금계산서 수취에 관한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄 형사사건에서 위 김CC은 “원고 김BB에게 관련 법인의 명의를 대여하였을 뿐, 이 사건 건물의 시공에 관여한 사실은 없고, 원고 김BB의 요청에 따라 이 사건 세금계산서를 발급하였던 것이다”, 당시 이 사건 건물의 현장소장이었던 김DD는 “원고 김BB으로부터 공사에 관한 지시나 감독을 받았고, 급여도 원고 김BB이 대부분 지급하였다”, 원고 김BB의 직원이었던 ○○○도 ”원고 김BB이 직접 자신의 계산으로 이 사건 건물을 신축하였다“는 취지로 각 진술하였던 점까지 더하여 보면, 원고들과 관련 법인 사이에는 명의대여계약이 있었을 뿐이고, 실제 거래가 있었다고 보기 어렵다.

⑤ 한편, 원고들은 각 하수급인으로부터 건설용역을 제공받고 그 대가를 직접 지불하기로 하였으므로, 각 하수급인이 수급업체인 관련 법인의 사실상의 이행보조자로서 관련 법인이 원고들에게 건설용역을 직접 제공받은 것과 다름없다는 취지의 주장을 하나, 이는 전단계세액공제법(① 매출세액 - ② 매입세액 = ③ 납부세액)을 따르며 각 상·하위업체와의 사이에 재화 또는 용역의 공급이 있는 경우 별도의 부가가치세 과세 대상으로 규정하는 부가가치세법상 체계에 반하여 받아들이기 어렵다.

2. 전자세금계산서로 발급되어 예외적으로 공제되는 매입세액에 해당하는지 여부 원고는 이 사건 매입세금계산서가 전자세금계산서로 발급되었으므로, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조 제4호(”법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우“)에 해당하여 예외적으로 매입세액을 공제할 수 있는 경우에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 조문의 형식 및 규정 취지에 비추어 볼 때 위 규정은 통상적으로 발급과 동시에 국세청장에게 전송되는 전자세금계산서가 정상적으로 발급되었음에도 불구하고 예외적으로 국세청에게 전송만 되지 않은 경우에 별도로 그 발급 사실이 확인되면 예외적으로 매입세액 공제대상에 포함된다는 것으로 이 사건과 같이 공급하는 사업자로 기재된 관련 법인이 원고들에게 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없어 애초에 정상적으로 발급되었다고 볼 수 없는 이 사건 매입세금계산서에는 위와 같은 예외 규정이 적용될 여지가 없는바, 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 소결론 결국, 이 사건 매입세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재되어 부가가치법상 공제되는 매입세액에 해당하지 않고, 이는 전자세금계산서의 형태로 발급되었다고 하여 달리 볼 것은 아니므로, 원고들은 일응 피고에게 이 사건 각 처분에 따른 부가가치세 납부의무를 부담한다.

• 다. 예비적 청구원인에 관한 판단

1. 부가가치세 본세의 장기 부과제척기간(10년) 해당 여부

• 가) 관련 법리 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위’로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 ‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다. 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 과세대상의 미신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 아니한 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니한 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결 등 참조). 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두32825 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건에 제출된 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 의하면, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고들은 관련 법인으로부터 실제로는 공사용역을 제공받지 아니하였음에도 종합건설면허를 보유한 관련 법인으로부터 명의만을 대여하여 건축허가를 받고 마치 면허를 가진 관련 법인이 실제 건물을 시공한 것처럼 가장하기 위해 이 사건 매입세금계산서를 수취하였다고 보아야 한다. 또한 이는 단순히 소극적으로 허위의 신고를 함에 그친 것이 아니라 조세포탈의 목적을 가지고 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 ‘부정한 행위’가 있었다고 인정된다. 다만, 피고가 제출한 증거만으로는 관련 법인이 이 사건 도급계약에 따른 공사대금 전부를 매출세액으로 신고·납부하지 않았다거나 경정청구를 하여 환급받는 등의 행위를 하였다는 점 및 원고들에게 관련 법인이 위와 같이 부가가치세 납부의무를 면탈할 것이라는 점에 대한 인식이 있었다는 점이 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거도 없다[관련 법인은 이 사건 매입세금계산서와 관련한 부가가치세를 모두 신고·납부하였고 달리 경정청구를 통해 환급받았음을 인정할 자료는 없으며, 다만 AA세무서장이 2023. 4. 3. 직권으로 관련 법인에게 이 사건 매입세금계산서와 관련하여 부가가치세 경정결의 및 환급결정을 한 바는 있으나 이는 원고들이 매입세액을 공제한 부가가치세를 납부한 시기로부터 약 7~8년이 경과한 시점에 과세관청의 직권으로 이루어진 것이어서 달리 보기 어렵다(한편, 세목별 독립 판단의 원칙에 따라 이 사건 매입세금계산서 수취 과정에서 소득세 및 법인세 등의 국가 조세수입이 감소하였더라도 달리 볼 것은 아니다)]. 결국, 이 사건 각 처분 중 부가가치세 본세 부분은 구 국세기본법상 장기 부과제척기간(10년)이 적용되지 않고, 일반 부과제척기간(5년)이 적용된다고 보아야 할 것인바, 피고는 원고들의 마지막 과세기간인 2015년 2기 부가가치세의 납부기한 다음 날인 2016. 1. 26.로부터 5년이 경과하였음이 명백한 2022. 6. 2. 이 사건 각 처분을 하였으므로 이 사건 각 처분 중 부가가치세 본세 부분은 부과제척기간 5년이 도과하여 부적법하므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

2. 가산세의 장기 부과제척기간(10년) 해당 여부

• 가) 관련 법리 가산세는 세법상 의무위반에 대한 행정상 제재로서 가산세 부과처분은 본세의 부과처분뿐만 아니라 개별 가산세 부과처분 상호간에도 서로 별개의 독립된 과세처분에 해당하므로(대법원 2016. 4. 28. 선고 2015다7411 판결 참조), 특별한 규정이 없는 한 본세의 산출세액이 없더라도 가산세만 독립하여 부과･징수할 수 있다(대법원 2007. 3. 15. 선고 2005두12725 판결 참조). 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되어 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2는 가산세에 대한 장기부과제척기간에 관하여 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 정하고 있을 뿐이고, 본세에 대한 조세포탈을 위 장기부과제척기간의 적용 요건으로 정하고 있지 아니하다. 그 개정이유는 '사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되도록 한다.'라는 것이다. 이러한 규정의 문언과 입법취지, 관련 규정의 체계 등을 종합하면, 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 위 제1호의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 살피건대, 원고들은 앞서 살펴 본 바와 같이 조세포탈의 목적을 가지고 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정한 행위로 명의를 위장하여 사실과 다른 허위세금계산서를 수취함으로써 매입세액의 공제받은 사실이 인정되는바, 위 법리에 비추어 보면 이 사건 각 처분 중 가산세 부분 합계 1,041,540,159원[= 2022. 6. 2. 원고 김AA에게 한 2014년 제2기 부가가치세 가산세 39,884,100원(= 69,884,100원 –부가가치세 본세 30,000,000원) + 2015년 제1기 부가가치세 가산세 243,040,635원(= 433,949,726원 - 부가가치세 본세 190,909,091원) + 2015년 제2기 부가가치세 가산세 612,685,000원(= 1,112,685,000원 - 부가가치세 본세 500,000,000원) + 원고 김BB에게 한 2015년 제2기 부가가치세 가산세 145,930,424원(= 265,021,333원 –부가가치세 본세 119,090,909원)]은 앞선 부가가치세 본세 부분의 부과제척기간 5년 도과 여부와 무관하게 10년의 장기부과제척기간이 적용되므로, 이 사건 각 처분 당시 부과제척지간이 도과하지 않아 적법하므로 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.

3. 소결론 결국 이 사건 각 처분 중 부가가치세 본세 부분은 5년의 부과제척기간이 도과하여 부적법하나, 가산세 부분은 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 것이어서 적법하므로 이 사건 각 처분 중 가산세 부분을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고들의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.