이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제3주택의 처분일(2021. 5. 10.)로 보아 이 사건 제1주택의 양도소득에 대하여 비과세요건(보유기간)을 충족하지 않는 것으로 판단한 이 사건 처분은 정당함
이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제3주택의 처분일(2021. 5. 10.)로 보아 이 사건 제1주택의 양도소득에 대하여 비과세요건(보유기간)을 충족하지 않는 것으로 판단한 이 사건 처분은 정당함
사 건 2024누10849 양도소득세경정거부처분 취소 원 고 박AA 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2025. 7. 9. 판 결 선 고
2025. 8. 20.
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 10. 20. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 185,798,872원의 경정청구 거부처분을 취소한다.
1. 제1주장(비과세요건에 대한 위법 해석으로 인한 처분사유 부존재) 원고는 이 사건 제1주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 이 사건 제2주택을 취득하였고(취득기한 요건 충족), 이 사건 제2주택을 취득한 날로부터 3년 이내 이 사건 제1주택을 양도하였으므로(처분기한 요건 충족), 구 소득세법 시행령 1) (이하 ‘구 시행령’이라고만 약칭한다) 제155조 제1항 제1호에서 정한 이른바 ‘1세대 일시적 2주택자’에 해당한다. 구 시행령 제154조 제1항에 따르면 양도일 현재 1주택 보유자가 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 주택을 양도하는 경우 비과세 대상이 되고, 이 경우 그 보유기간은 구 시행령 제154조 제5항, 소득세법(이하 ‘법’이라고만 약칭한다) 제95조 제4항에 의하여 원칙적으로 해당 주택의 취득시점부터 기산하여야 하는바, 원고는 이 사건 제1주택의 취득시점인 2018. 1. 19.로부터 2년 이상 보유하였으므로(보유기간 요건 충족), 구 시행령 제154조 제1항에 따라 이 사건 제1주택의 양도소득에 대하여 비과세요건을 충족하였다. 다만 구 시행령 제154조 제5항 단서(이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다)에서 2주택이상 다주택 보유자가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하는 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 되어 있는데, 원고가 잠시 3주택을 보유하고 있긴 했으나 이 사건 제3주택을 처분하고 그 후 이 사건 제1주택을 처분함으로써 이 사건 제1주택 양도일 기준으로 일시적 2주택자에 해당하게 되었고, 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하지도 않았으므로, 이 사건 단서 조항은 적용될 수 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 단서 조항을 잘못 해석하여 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제3주택의 처분일(2021. 5. 10.)로 보고 이 사건 제1주택의 양도소득에 대하여 비과세요건(보유기간)을 충족하지 않는다고 보아 이 사건 처분을 하였는바, 이는 조세법률주의 원칙에 따른 엄격해석에 반하는 행정편의적인 확장해석에 해당하여 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 위와 같은 위법이 있으므로 취소되어야 한다.
2. 제2주장(신뢰보호원칙 위반) 기획재정부와 국세청은 종래 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 상태에서 종전 주택을 양도하는 경우에도 그 보유기간을 종전 주택 취득일부터 기산한다는 유권해석을 일관되게 내려 왔고, 원고는 이러한 유권해석을 신뢰하여 3주택 보유자가 된 후 이 사건 제1주택을 매도하였다. 그런데 기획재정부는 2021. 11. 2. 갑자기 종래의 유권해석을 폐기하고 주택 보유기간 기산일을 종전 주택 양도일로 보는 새로운 유권해석을 공표하였으며, 피고는 새로운 유권해석에 따라 이 사건 처분을 하였는바, 이로 인하여 원고는 기존 유권해석으로 정당하게 받을 수 있었던이 사건 제1주택의 양도소득에 대한 비과세 특례를 받을 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 처분은 종래의 유권해석에 대한 원고의 신뢰를 침해하여 위법하므로, 취소되어야 한다.
1. 제1주장에 대한 판단
① 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(법 제4조 제1항 제3호) 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(법 제89조), 특히 원고가 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전 주택 처분에 대하여 양도소득세를 부과하지 않은 소득세법 등 관련 법령의 각 규정은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.
② 이 사건과 같이 1세대가 주택을 상속, 동거봉양, 혼인 등의 사유가 아닌 신축이나 매매, 증여 등으로 취득함으로써 2주택 이상을 보유한 경우에 관한 양도소득 비과세 특례를 정하고 있는 구 시행령 제155조 제1항 제1호에 따르면, 국내에 1주택(종전 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 종전 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 시행령 제154조 제1항의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다(이른바‘1세대 일시적 2주택’). 이와 같은 구 시행령 제155조 제1항 제1호의 문언과 그 내용에 따르면, 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 대한 양도소득 비과세 특례는 1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고와 같이 3개의 주택을 보유한 1세대가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2개의 주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다(대법원2025. 2. 13. 선고 2024두55426 판결 참조). 만약 원고의 주장대로 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’이 되는 경우에 3주택자가 1개의 주택을 처분한 경우도 포함된다고 보는 것은 위 법문에 명백히 기재되어 있는 비과세 특례 대상자인 “국내에 1주택을 소유한 1세대”라는 문언을 확장하여 해석한 것이 되므로, 이러한 확장해석은 위에서 살펴본 엄격해석의 원칙에 반한다.
③ 구 시행령 제154조 제5항은 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관한 규정으로서 이를 문리적으로 해석하여 보면, 원칙적으로 보유기간의 기산일(이하 ’보유기산일‘이라 한다)을 종전 주택의 취득일로 보되, 이 사건 단서 조항에 따라 2주택 이상의 보유자가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날을 보유기산일로 보도록 규정하면서 다만 제155조에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우, 즉 위에서 본 바와 같은 1주택(종전 주택) 보유자가 신규로 1개의 주택을 더 취득하는 경우에는 예외를 두어 보유기산일을 종전 주택의 취득일로 보되, 2주택 이상의 보유자가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 2주택자가 되는 경우에는 원래대로 처분 후 1주택을 보유한 날을 보유기산일로 보도록 하고 있다. 이러한 문언 내용을 살펴볼 때 위와 같은 보유기간, 보유기산일에 관한 규정은 1주택자(원래 1주택자이거나 그 전 2주택 이상자였다가 잔여 주택을 처분하여 1주택자가 된 경우)가 신규 주택을 취득하여 2주택이 된 경우(즉 1+1 = 2)만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(즉 3-1 = 2)를 상정하고 있지는 않다.
④ 한편 이 사건 단서 조항은 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 구 시행령에서 신설된 규정으로 2021. 1. 1. 시행되었는데, 그 신설 취지는 주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화한다는 것으로서(위 시행령 개정이유문 참조) 2주택 이상 다주택 보유자에 대하여 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정된 것이다. 이러한 취지와 보유기산일에 관한 이 사건 단서 조항 문언의 문리적 해석내용을 종합할 때 처음부터 1주택만 보유하다가 신규 주택을 취득하여 2주택을 보유하게 된 경우와 3주택 이상 보유자가 일부 주택만을 처분하여 2주택만 보유하게 된 경우는 과세에 있어 다르게 취급함이 타당하고, 만일 종전 주택 처분에 따른 양도소득이 비과세되기 위한 보유기산일을 위 두 경우 모두 종전 주택의 취득일로 인정하여 양자를 동일하게 취급한다면, 이는 1세대가 보유한 주택수에 따라 양도소득세를 달리 부과하는 관련 법령의 체계와 그 취지에 반하여 다주택 보유자에게 특혜를 주게 되는 것이어서 허용될 수 없다.
⑤ 소득세법이 일시적 1세대 2주택의 경우에도 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 것은, 상속·부양·혼인 등의 다양한 사유로 1세대 2주택이 될 수밖에 없는 상황이 발생할 수 있고, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것으로, 원래는 발생한 양도소득에 관하여 과세가 이루어져야 함이 원칙임에도 예외적으로 비과세를 하는 경우에 해당하여 명백한 특례 규정이라고 볼 수 있다. 이러한 규정의 입법 목적이나 제도의 취지, 위에서 살펴본 조세법률주의에 따른 해석 원칙에 비추어 보면, 그 적용 여부를 따질 때 엄격하게 해석하는 것이 타당하므로, 원고의 경우처럼 3주택을 보유하다가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로서 1세대 2주택이 된 경우는 법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 만일 이 부분에 있어 원고의 주장처럼 3주택 중 하나가 처분되어 2주택자가 된 후 종전 주택이 처분되었다고 하여 여기에 1세대 일시적 2주택자 비과세 특례를 적용하게 되면, 종전에 과세대상이 되었던 다주택 소유관계를 무시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 초래되는데, 이는 부동산과 같은 재산을 많이 소유한 자일수록 더 많은 세금을 부담하게 되는 응능과세의 원칙에도 반하게 되는것이어서 허용될 수 없다. [나아가 원고와 같이 3주택 보유자가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택이 된 상태에서 추가로 1주택을 처분한 경우 법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에 따라 구 시행령 제154조 제1항을 적용한다고 하더라도, 위에서 살펴본 바와 같은 이 사건 단서 조항의 문언과 취지에 비추어 볼 때, 2년 이상 보유기간의 기산점은 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택자가 된 시점(남아 있는 ’일시적 2주택‘을 제외한 나머지 주택을 처분한 시점), 즉 이 사건 제1주택의 취득일이 아니라 이 사건 제3주택의 양도(처분)일로 봄이 체계적 해석에 부합하는 반면 원고 주장과 같이 이 사건 사안에 이 사건 단서 조항이 적용되지 않는다고 보는 것은 관련 법령의 체계와 취지에 어긋나고, 조세평등 내지 형평의 관점에도 반한다.]
2. 제2주장에 대한 판단
① 원고가 주장하는 종전 기획재정부 예규(2020. 2. 18. 기획재정부 재산세제과-194) 내용은 3주택 보유 세대가 이 사건 단서 조항 시행일(2021. 1. 1.) 이전인 2020. 12.경 1주택을 양도한 후 2021년 이후에 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일을 묻는 질의에 대하여 이를 ‘해당 주택 취득일’로 봄이 타당하다는 취지로 답변한 질의회신 내용에 해당하는데, 이는 3주택 보유자가 이 사건 단서 조항 시행 ‘이전’에 1주택(직전 주택)을 양도하여 일시적 2주택자가 된 상태에서 당해 주택을 처분한 경우에 관한 것이어서, 이 사건 단서 조항 시행 ‘이후’에 직전 주택인 이 사건 제3주택을 양도한 원고의 경우와는 사안이 다르다(원고는 이 사건 단서 조항 시행 ‘이후’에 이 사건 제1주택을 양도한 것을 근거로 자신의 사안과 종전 기획재정부 예규의 사안이 동일하다는 취지로 주장하나, 그 질의내용은 전부 2주택 이상 보유세대가 이 사건 단서 조항 시행 이전에 직전 주택을 처분하였다가 이 사건 단서 조항 시행 이후에 당해 주택을 처분하여 일시적 2주택자가 된 경우 보유기산일을 언제로 보는지에 관한 것이므로, 원고에게 당해 주택인 이 사건 제1주택의 처분 시가 이 사건 단서 조항 시행 이후라는 것만으로 원고의 사안과 위 예규 사안이 동일하다고 보기는 어렵다).
② 원고가 주장하는 종전 국세청 예규 내용은 원고의 경우와 같이 3주택 보유자가 이 사건 단서 조항 시행 ‘이후’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것으로서 이에 대하여 국세청이 종전 기획재정부 예규를 참고하라는 취지로 답변한 내용인데, 이는 원고의 경우와는 사안을 달리하는 종전 기획재정부 질의회신을 단순히 인용한 것에 불과하고, 특히 ‘이 사건 단서 조항의 시행’이라는 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것으로 볼 여지가 있다. 여기에다가 앞서 본 바와 같이 △ 관련 법령의 문언해석상 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우는 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 대한 양도소득 비과세 특례 적용대상으로 볼 수 없는 점, 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용요건을 강화하는 방향으로 소득세법 시행령이 개정되어 이 사건 단서 조항이 신설되었고, 그 단서 조항의 효력이 발생한 이후에 원고가 이 사건 제1주택을 양도한 점, 만일 관련 법령을 원고주장과 같이 해석하여 이 사건 단서 조항이 적용되지 않는다고 볼 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 ‘1세대 일시적 2주택’ 비과세 특례를 악용하는 것이 가능하였고, 이는 비교적 쉽게 예상되었던 점 2) 등에 비추어 보면, 종전 국세청 질의회신에 의하여 원고에게 그가 비과세 혜택을 받을 수 있다는 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여되었다고 보기 어렵거나, 원고가 종전 국세청 질의회신이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수 없다.
③ 설령 원고가 1세대 일시적 2주택의 양도소득세 비과세 적용을 위한 보유기간계산 방식에 관하여 종전 기획재정부, 국세청 예규 내용을 기초로 하여 법 제95조 제4항의 적용을 계속 받을 수 있다고 신뢰하였다고 하더라도, △ 소득세법 등과 같은 부동산 관련 법령은 부동산 정책의 방향, 경제적 상황의 변천 등에 따라 개편 및 조정 등이 이루어지는 것이 일반적인 점, 조세감면 또는 우대에 있어서 한 번 혜택을 보았다고 하여 그것이 지속되어야 하는 것은 아니고(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌가87 전원재판부 결정 참조), 이러한 조세 우대조치의 범위를 축소하기 위해서 반드시 경과규정을 두어야 하는 것도 아닌 점 등에 비추어 보면, 기존의 소득세법 등이 변함 없이 유지되어 1세대 1주택이나 그에 준하는 일시적 1세대 2주택에 대한 양도소득세 비과세 적용을 위한 보유기간 계산에 관한 종래의 규정을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰가 헌법상 보호받을 만한 가치가 높다거나 그 필요성이 크다고 보기 어렵다. 또한 합법성의 원칙을 희생하여서라도 원고의 그와 같은 신뢰를 보호하는 것이 정의관념이나 조세형평에 부합한다고 보이지도 않는다.
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1)
2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되어 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것을 의미하며, 이하 같다. 2) 실제로 이 사건 단서 조항의 신설 및 효력 발생 시기 전후로 부동산 거래계에서 종전 기획재정부 예규 내용을 믿고 위와 같은 방식의 탈법행위가 횡행했었던 것으로 보여진다(참고자료인 2021. 7. 12.자 조선일보 기사 참조). 이에 대하여 원고는 이 사건 제2주택, 제3주택을 이 사건 단서 조항 시행 전에 취득하였음을 근거로 자신에게 그와 같은 의도가 없었다고 주장하나, 이 사건 단서 조항은 2019. 2.경 마련되었고 단지 시장의 급격한 혼란을 방지하기 위하여 시행 시기를 2년 후인 2021년로 정한 것으로, 원고를 비롯한 부동산시장 참여자들은 이 사건 단서 조항의 내용을 당시 인지하고 이에 대한 대응책을 마련하고 있었다고 보는 것이 합리적이다. 설령 원고에게 그와 같은 의도가 없었다고 하더라도, 경제적 상황의 변화에 대응하고 부동산 투기수요를 잠재우기 위하여 정책당국이 종래의 예규나 질의회신 내용을 변경할 수 있음도 예상 가능하고, 설령 종래 예규나 질의회신 내용이 일정 기간 관행으로 작용하였다고 하더라도, 정책변경으로 얻을 공익 및 합목적성 등을 감안할 때 그것의 보호가치나 필요성이 높다고 보기 어렵다. 따라서 그와 같은 종래 예규나 질의회신을 무조건 믿는 것이 정당한 신뢰 부여에 해당한다거나 여기에 귀책사유가 없다고 단정하기는 어렵다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.