교회가 출연받은 재산을 공익목적에 사용하던 중 그 재산이 수용되는 경우 과세문제

사전답변신청의 신청기한은 법정신고기한까지이므로 그 신청기한을 경과하여 신청한 건은 반려대상에 해당되나, 교회가 출연받은 재산이 공익사업으로 수용되는 경우 과세문제와 관련한 본건 질의에 대해서는 기존해석사례를 참조

• 가. 쟁점부동산

-충북 청주시 종교용지 1,707㎡과 위 지상 3층 집회시설 건물 690.01㎡

○ 쟁점부동산 취득․양도 경위

-2003.10.28. 충북 청주시 소재 OO교회는 쟁점부동산을 출연 받고(고유번호 33-00*로 등기), 증여세 무신고

* OO교회는 2010.2.2 법인으로 보는 단체로 사업자등록

-관할세무서는 공익법인이 출연 받은 재산으로 판단하여 증여세 과세가액 불산입 결정

-2009.5.25. OO공사에 공공용지 협의취득으로 000백만원에 수용됨

-2012.10.2. 양도소득세 기한후 신고를 하면서 2003년 쟁점부동산 수증시 증여재산가액을 2개 감정평가법인에 소급감정 의뢰하여 평가한 평가액 000백만원을 취득가액 적용함

나.교회가 출연받은 부동산을 선교 등 종교목적으로 사용하는 경우 증여세 과세대상인지 여부

○출연받은 후 그 재산의 평가액이 증가되는 경우 평가증액에 대하여 증여세를 추가로 납부하여야 하는지 여부

2. 관련 법령

○상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우는 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

• 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

• 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

(이하 생략)

○상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조제1항제1호가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】

법 제16조제1항에서 "공익법인 등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업

3. 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

4. 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업

5. 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업

7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업

8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

9. 법인세법 시행령 제36조제1항제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 소득세법 시행령 제80조제1항제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

10. 법인세법 시행령 제36조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

11. 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

⑦ 법 제48조제2항제4호의2에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령 이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"라 함은 매각대금중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. <개정 2000.12.29>

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙 등】

① 법 제60조제2항에서 "수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것"이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다)이내의 기간중 매매·감정·수용·경매(민사소송법에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다)또는 공매가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다.<개정 1998.12.31, 1999.12.31, 2000.12.29, 2002.12.30>

1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.

2. 당해 재산(법 제63조제1항제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조·법 제62조·법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

• 가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

• 나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

3. 당해 재산에 대하여 수용·경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액·경매가액 또는 공매가액

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑨ 상속 또는 증여(상속세 및 증여세법 제33조 내지 제42조의 규정에 의한 증여를 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 다음 각호의 규정에 의한 금액에 의한다.

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 상속 또는 증여받은 토지의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조 제4항의 규정에 의한 가액중 많은 금액

2. 상속세 및 증여세법 제61조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 건물의 기준시가가 고시되기전에 상속 또는 증여받은 건물의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조제5항 내지 제7항의 규정에 의한 가액중 많은 금액

○ 서면5팀-2223, 2007.08.02

상속 및 증여 받은 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 실지 취득가액은소득세법제97조 및같은법 시행령제163조 제9항의 규정에 의거 상속개시일 및 증여일 현재상속세 및 증여세법제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 보는 것이며, 양도가액에서 공제되는 필요경비는 당해 자산의 취득에 직접 소요된 가액으로서소득세법제97조 제1항에 열거된 항목에 한하는 것입니다.

○ 재산세과-476, 2011.10.13.

공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금 중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30％, 2년 이내에 60％에 미달하는 경우 그 미달 사용한 금액의 10％에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90％에 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액에 대하여는 증여세가 부과되는 것임

○ 재산세과-612, 2011.12.26

상속세 및 증여세법제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조에 따라 평가기준일 후 6월(증여재산인 경우 3월)을 경과하여 2이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액이 있는 경우 그 가액은 “시가”의 범위에 포함되지 않는 것임.