관계회사에 사업부문을 양도하면서 종업원 승계 시 연말정산의무자

관계회사 간 특정사업부문을 양수도하면서 일부 사업장이 포괄적 사업양도에 해당하지 아니하나 종업원 및 퇴직금을 승계하는 경우로서 현실적 퇴직에 해당하지 않는 경우 양수법인이 연말정산을 할 수 있음

○ 관계회사 간 사업양수도계약(포괄적 사업양도에 해당하지 않음)에 따라 근로자 및 퇴직급여충당금을 승계하는 경우 퇴직으로 보지 아니할 수 있으므로 양수법인이 근로자에 대한 근로소득세액의 연말정산을 할 수 있는지 여부

2. 사실관계

○ 가나다 주식회사(“양수법인” 겸 신청인)는 2013.9.23.에 패션 및 케미칼 사업 등을 영위하는 제일모직 주식회사(“양도법인”)와 사업양수도 계약을 체결하고 패션사업부의 인적, 물적시설을 양수받음

• 부가가세법은 사업장별로 포괄적 사업양도 여부를 판정하기 때문에 양수받은 일부 사업장의 경우 부가가치세법시행령제23조 및 법인세법시행규칙제31조 제3항의 ‘포괄적 사업양도’에 해당하지 않음

○ 본건 사업양수에서 신청인은 사업양수도계약서에 양도법인의 근로자를 포괄적승계방식에 따라 이전받으며

• 기존에 양도법인에서 적용하던 취업규칙 등을 관련 법률에 따라 승계함을 명시하고, 근로자와 관련한 퇴직급여 지급의무 또한 승계대상에 포함하고 있음

• 또한 사업양수 과정에서 양도법인은 거래기준일 전일까지 본건 근로자를 대상으로 고용승계에 대한 동의를 구할 예정임

○ 신청인과 양도법인은 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 동일한 기업집단에 속하는 계열회사로서 법인세법 제87조에 따른 특수관계법인에 해당하며

• 양사는 계약 시점 현재 직·간접적 출자관계(관계회사)에 있으며 이러한 관계는 양수도일까지도 계속 유지될 예정임

3. 관련 법령

○ 소득세법 시행령 제43조 【퇴직판정의 특례】 (2013. 2. 15. 제목개정)

① 법 제22조 제1항 제2호를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였으나 퇴직급여를 실제로 받지 아니한 경우는 퇴직으로 보지 아니할 수 있다. (2013. 2. 15. 개정)

1. 종업원이 임원이 된 경우 (2013. 2. 15. 개정)

2. 합병ㆍ분할 등 조직변경, 사업양도 또는 직ㆍ간접으로 출자관계에 있는 법인으로의 전출이 이루어진 경우 (2013. 2. 15. 개정)

3. 법인의 상근임원이 비상근임원이 된 경우 (2013. 2. 15. 개정)

○ 법인세법 제31조 【퇴직급여충당금의 계산 등】

① 영 제60조 제2항 각 호 외의 부분에서 “퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액”이라 함은 정관 기타 퇴직급여지급에 관한 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 퇴직급여지급에 관한 규정 등이 없는 법인의 경우에는 근로자퇴직급여 보장법이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 영 제60조 제2항의 규정을 적용하는 때에는 확정기여형 퇴직연금등이 설정된 임원 또는 사용인에 대하여 그 설정 전에 계상된 퇴직급여충당금(제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다)을 퇴직급여충당금의 누적액에서 차감한다.

1. 직전 사업연도 종료일 현재 퇴직급여충당금의 누적액

2. 직전 사업연도 종료일 현재 재직한 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직한 경우에 퇴직급여로 지급되었어야 할 금액의 추계액 중 해당 사업연도에 확정기여형 퇴직연금등이 설정된 자가 직전 사업연도 종료일 현재 퇴직한 경우에 퇴직급여로 지급되었어야 할 금액의 추계액이 차지하는 비율

③ 법 제33조 제4항에서 “사업을 내국법인에게 포괄적으로 양도하는 경우”라 함은 사업장별로 당해 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 양도하는 경우로 하되, 당해 사업과 직접 관련이 없는 영 제49조 제1항 각호의 자산을 제외하고 양도하는 경우를 포함한다.

○ 법인세법 제33조 【퇴직급여충당금의 손금산입】

③ 제1항에 따라 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 합병 또는 분할한 경우 그 법인의 합병등기일이나 분할등기일 현재의 해당 퇴직급여충당금 중 합병법인ㆍ분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “합병법인등”이라 한다)에 인계한 금액은 그 합병법인등이 합병등기일이나 분할등기일에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 본다.

④ 사업자가 그 사업을 내국법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 관하여는 제3항을 준용한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 퇴직급여충당금에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】

법 제10조제8항제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】

① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세를 원천징수한다.

1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조 제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제 및 근로소득세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

② 제1항 제3호에서 해당 과세기간에 제134조 제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제 및 근로소득세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.

③ 원천징수의무자가 제140조에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항을 적용하여 소득세를 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준공제만을 적용한다.

○ 법인세법 시행규칙 제22조 【현실적인 퇴직의 범위 등】

① 영 제44조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 사용인이 당해 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인에 전출한 경우에는 이를 현실적인 퇴직으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 당해 사용인이 전출한 법인 및 전입한 법인의 손비로 계상할 퇴직급여는 당해 사용인이 퇴직할 때에 그 사용인에게 지급할 퇴직급여 전액을 각 법인이 지급할 퇴직급여의 금액(당해 전출 또는 전입을 각각 퇴직 및 신규채용으로 보아 계산한 금액을 말한다)에 따라 각각 안분계산한 금액으로 하되, 해당 퇴직급여에 대한 소득세법에 의한 원천징수 및 지급조서의 제출은 당해 사용인이 최종 근무한 법인이 일괄하여 이행할 수 있다.

② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다. (2006. 3. 14. 개정)

③ 영 제44조 제2항 제5호에서 “정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 중간정산일 현재 1년 이상 주택을 소유하지 아니한 세대의 세대주인 임원이 주택을 구입하려는 경우(중간정산일부터 3개월 내에 해당 주택을 취득하는 경우만 해당한다)

2. 임원(임원의 배우자 및 소득세법 제50조 제1항 제3호에 따른 생계를 같이 하는 부양가족을 포함한다)이 3개월 이상의 질병 치료 또는 요양을 필요로 하는 경우

3. 천재ㆍ지변, 그 밖에 이에 준하는 재해를 입은 경우

④ 영 제44조 제3항에 따라 법인이 임원 또는 사용인에게 해당 법인(임원 또는 사용인이 전입하는 때에 퇴직급여 상당액을 인수하지 아니한 법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)과 영 제87조에 따른 특수관계인인 법인에 근무한 기간을 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우에는 퇴직급여 전액 중 해당 법인이 지급할 퇴직급여의 금액(각 법인으로부터의 전출 또는 각 법인으로의 전입을 각각 퇴직 및 신규채용으로 보아 계산한 금액을 말한다)을 임원 또는 사용인이 해당 법인에서 퇴직하는 때에 각 법인의 손금에 산입한다.

⑤ 영 제44조 제4항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수”란 역년에 의하여 계산한 근속연수를 말한다. 이 경우 1년 미만의 기간은 월수로 계산하되, 1개월 미만의 기간은 이를 산입하지 아니한다.

○ 소득세법 집행기준 137-02-2 【특수한 경우의 연말정산】

① 원천징수의무자가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 해당 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 해야 한다.

② 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 해당 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 해야 한다.

③ 개인기업이 법인기업으로 기업형태를 변경하고 해당 개인기업의 종업원을 계속 고용하며 퇴직급여충당금을 승계하는 때에는 그 종업원에 대한 근로소득의 연말정산은 해당 법인이 할 수 있다.

④ 원천징수의무자가 퇴직근로자의 퇴직하는 달의 급여를 분할하여 지급하는 때에는 그 급여를 처음 지급하는 때에 퇴직자의 근로소득을 연말정산하고,근로소득원천징수영수증은 근로자가 퇴직하는 달의 급여를 처음 지급하는 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 교부한다.

⑤ 사업양수법인이 사용인과 해당 사용인의 퇴직급여충당금을 승계한 경우 해당 사업양수법인에서 그 사용인에 대한 연말정산을 할 수 있다.

⑥ 사용인이 현실적인 퇴직을 하지 아니하고 해당 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인으로 전출한 경우 전입법인에서 해당연도의 근로소득을 통산하여 연말정산을 한다.

⑦ 법인이 분할시 분할법인의 임직원이 분할신설법인에 계속 취업하고 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우 해당 임직원에 대한 연말정산은 분할신설법인에서 하는 것이며, 지급명세서는 연말정산하는 분할신설법인에서 제출한다.

⑧ 근로자가 원천징수의무자에 대한 근로의 제공으로 인하여 원천징수의무자 외의 자로부터 지급받는 소득(단체환급부보장성보험의 환급금을 포함한다)에 대해서는 해당 원천징수의무자가 해당 금액을 근로소득에 포함하여 연말정산해야 한다.