보건소에서 지역주민을 위한 의료사업 등을 민간위탁하는 경우 위탁수수료의 면세여부

지역보건소가 의료법인과 위탁계약에 따라 지역의료보건사업을 수행하고 그 대가를 지급하는 경우 해당 대행사업비에 대하여는 부가가치세가 면제되나, 비의료인(비영리법인)에게 위탁하고 수수료를 지급하는 경우에는 그러지 아니함

○ 정신보건사업과 관련하여 신청인은 정신보건센터를 학교법인과 민간위탁계약을 체결하여 학교법인이 다시 학교법인 종합병원에 사업을 위임하여 해당 병원에서 파견된 의사 및 간호사에 의해 운영되고 있음(근거 법령: 정신보건법)

○ 자살예방센터 및 치매관리센터의 경우에는 수탁법인인 의료법인에 위탁하여 수탁법인에서 권한을 위임받은 의사등에 의해 운영하고 있음(근거 법령: 치매관리법, 자살예방 및 생명존중문화조성에 관한 법률 및 관련 조례)

○ 보건소 내에 설치되어 수탁운영되는 위 정신보건센터 등의 장은 의사로서 의료법에 저촉없이 진료용역을 제공하고 있음

○ 대학교 산학협력단에 위 사업을 위탁한 경우로서 사업의 실질적인 수행자인 센터장이 의사인 경우도 있음

2. 질의내용

○ 지역보건소에서 지역보건법 등 관련 법령에 따라 지역주민들을 위해 정신보건사업, 자살예방사업, 치매예방사업을 민간인에게 위탁하여 운영하는 경우로서 사업의 실질적인 운영자가 의사일 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법또는수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 의료법에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, 국민건강보험법 제41조제3항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

• 가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대ㆍ축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)

• 나. 색소모반ㆍ주근깨ㆍ흑색점ㆍ기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

15.사회복지사업법제33조의7에 따라 보호대상자에게 지급되는 사회복지서비스 이용권을 대가로 국가 및 지방자치단체 외의 자가 공급하는 용역

17.사회적기업 육성법제7조에 따라 인증받은 사회적기업이 직접 제공하는 간병․산후조리․보육 용역

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서상속세 및 증여세법 시행령제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역

○ 지역보건법 제2조 【국가와 지방자치단체의의무】

① 국가는 지역보건의료에 관한 조사ㆍ연구, 정보의 수집ㆍ정리 및 활용, 인력의 양성 및 자질향상에 노력하여야 하고, 특별시ㆍ광역시ㆍ도(이하 "시ㆍ도"라 한다) 및 시ㆍ군ㆍ구(자치구에 한한다. 이하 같다)의 보건시책의 수립ㆍ시행에 필요한 기술적ㆍ재정적 지원시책을 강구하여야 한다.

② 시ㆍ도는 당해 시ㆍ도의 보건시책의 추진을 위한 조사ㆍ연구, 인력확보, 자질향상등에 노력하여야 하고, 시ㆍ군ㆍ구의 보건시책의 수립ㆍ시행에 필요한 기술적ㆍ재정적 지원을 하여야 한다.

③ 시ㆍ군ㆍ구는 당해 시ㆍ군ㆍ구의 보건시책의 추진을 위하여 보건소등 지역보건의료기관의 설치ㆍ운영, 인력확보, 자질향상등에 노력하여야 한다.

○ 지역보건법 제9조 【보건소의 업무】

보건소는 당해 지방자치단체의 관할구역안에서 행하여지는 다음 각호의 사항을 관장한다. <개정 2008.2.29, 2009.12.29, 2010.1.18>

1. 국민건강증진ㆍ보건교육ㆍ구강건강 및 영양개선사업

2. 감염병의 예방ㆍ관리 및 진료

3. 모자보건 및 가족계획사업

4. 노인보건사업

5. 공중위생 및 식품위생

6. 의료인 및 의료기관에 대한 지도등에 관한 사항

7. 의료기사ㆍ의무기록사 및 안경사에 대한 지도등에 관한 사항

8. 응급의료에 관한 사항

9. 농어촌등보건의료를위한특별조치법에 의한 공중보건의사ㆍ보건진료원 및 보건진료소에 대한 지도등에 관한 사항

10. 약사에 관한 사항과 마약ㆍ향정신성의약품의 관리에 관한 사항

11. 정신보건에 관한 사항

12. 가정ㆍ사회복지시설등을 방문하여 행하는 보건의료사업

13. 지역주민에 대한 진료, 건강진단 및 만성퇴행성질환등의 질병관리에 관한 사항

14. 보건에 관한 실험 또는 검사에 관한 사항

15. 장애인의 재활사업 기타 보건복지부령이 정하는 사회복지사업

16. 기타 지역주민의 보건의료의 향상ㆍ증진 및 이를 위한 연구등에 관한 사업