지분제계약에 따라 당초 공급가액에 차감되는 금액이 발생하는 경우 수정세금계산서 발급 가능함

시공사가 시행사와 지분제계약을 체결하고 건설용역을 제공한 경우로써 시공사가 시행사의 분양수입금액을 기준으로 공사도급금액을 산정하였으나, 상호 정산합의를 통하여 당초 공사도급금액의 일부가 차감되는 경우 시공사는 공사도급금액이 최종 확정된 날을 기준으로 그 차감되는 금액에 대하여 수정전자세금계산서를 발급할 수 있는 것임

○ 질의법인은 건설업을 수행하는 회사로 A법인과 함께 공동도급(이하 “시공사”)으로 인천 소재 재건축정비조합(“조합”)과 다음과 같이 지분제계약 형태로 공사도급계약을 체결

☞ 일정 도급금액을 수령하는 단순도급계약과 달리 지분제 도급계약의 경우, 일반분양대금이 감소하면 건설사의 수입금액도 감소

【공사도급계약 주요내용】

1. 계약일: 20××.××.12.

2. 공사기간: 실착공일부타 ××개월 (실제 수행기간: 20××.1.∼20××.9.)

3. 사업방식: 조합의 소유토지상에 시공사가 아파트 및 부대복리시설등을 제공하는 사업으로써 추가분담금이 없는 확정지분제로 함

* 시공사의 공사도급금액 = [조합원분담금 + 일반분양대금 - 조합의 사업경비]

4. 공사금액: ×××,×××백만원(VAT별도) → 당사 지분: ×××,×××백만원(40%)

5. 계약조건:

(1) 사업시행의 방법(제4조제3항)

시공사는 조합이 제공한 대지에 관할 지방자치단체장이 인가한 설계도서, 계약조건 등의 내용에 따라 건축시설을 시공하며, 조합은 각 조합원에게 계약에서 정한 무상지분율에 따라 신축된 아파트 및 부대복리시설을 공급하며 잔여 건축시설은 일반분양하여 공사비 및 사업경비(“건설사업비”)로 충당한다.

(2) 사업경비의 대여(제13조)

시공사는 다음 각호의 사업경비를 조합에게 무이자로 실비대여 하거나 또는 금융기관을 알선하여 조합이 금융기관으로부터 직접 차입할 수 있도록 지급보증 등의 업무에 협조하며, 조합이 시공사 또는 금융기관으로부터 차입한 사업경비는 입주지정기간 만료일까지 제4조제3항에 의해 충당 및 전액 정산토록 하여야 한다.

단, 금융기관차입에 대한 금융비용은 시공사가 부담한다.

1. 조합운영비

2. 안전진단용역비

3. 정비계획수립(정비, 교통평가, 환경평가)

16.학교용지부담금, 교육환경개선부담금

17. 기타 사업추진 필수경비

(3) (건설사업비의 충당 및 정산)(제35조제2항)

시공사의 건설사업비를 충당하는 방법은 제19조 및 제20조에 의거 계약금, 중도금 및 잔금을 납부하기로 한 약정일자, 약정비율에 의거 시공사가 조합에게 청구하며 조합은 분양수입금 등의 입금 즉시 집금관리 후 시공사 명의의 예금계좌에 자동이체하여 정산하기로 하며, 공사비, 대여금, 금융비용 순으로 상환한다.

○ 위와 같이 도급공사를 진행하면서 20××.5월부터 분양을 시작하여 20××.2월말 분양을 완료하고 최종 분양분에 대해 잔금을 수령

• 20××.9. 준공시에는 당초 산정한 일반분양가를 기준으로 공사도급액을 1차 정산하였으나,

• 이후 미분양분에 대해 부동산 경기침체로 인하여 할인분양하게 되어 당초 지분제계약에 따라 시공사는 할인분양가액만큼 공사비를 회수할 수 없게 됨

2. 신청내용

○ 시공사가 시행사에게 건설용역을 제공하고 세금계산서를 발급한 후 지분제계약*에 따라 정산합의를 함으로써 당초의 건설용역의 공급대가에 차감되는 금액이 발생하는 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부

* 지분제계약: 조합은 분양가 변동에 관계없이 확정된 분담금만을 부담하며 사업에 따른 위험이나 초과 이익은 건설사에 귀속되어 분야에 따른 책임도 건설사가 부담하는 계약

3. 관련법령

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.30, 2012.2.2, 2013.2.15>

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급