매출세액을 초과하는 매입세액의 공제 가능 여부

판매 전략상의 이유로 매입가격보다 낮은 가격으로 의료장비를 판매함에 따라 의료장비 공급에 따른 매출세액이 매입세액에 미달하는 경우에도 매출세액에서 공제되는 것임

○ 주식회사 AA코리아(이하 “신청법인”이라 한다)는 고가의 의료장비(MRI, CT 등)를 수입하여 국내 병원에 판매하는 사업을 영위하고 있음

○ 신청법인이 국내병원에 판매하는 의료장비(세트)는 다양한 물품으로 구성되어 있으며

• 대부분의 물품은 신청법인의 홍콩지점이 국외제조법인으로부터 구입(이하 “해외조달물품”이라 한다)하여 공급하며

• 일부 품목에 대해서는 신청법인(본점)이 국내에서 조달(이하 “국내조달물품”이라 한다)하여 공급하기도 함

○ 공급계약은 신청법인(본점)과 국내병원이 체결하며, 의료장비세트의 공급가액은 구성 품목별로 구분되지 아니하고 일괄하여 정해짐

• 의료장비 공급가격에는 의료장비의 가격뿐만 아니라 설치용역 및 보증(유지보수)용역의 대가가 포함된 것이며, 보증기간 이후에는 별도의 계약에 따라 유지보수용역을 제공하게 됨

○ 계약의 유형은 통상 다음과 같은 세 가지 경우로 나뉘어 짐

유형① 병원이 100% 은행 L/C를 개설하여 외화로 구매를 하는 경우로서 이 경우는 모든 구매물품이 해외조달물품으로 구성되며, 병원이 직접 수입․통관함

유형② 100% 원화자금으로 구매하는 경우로서 이 경우는 신청법인이 해외조달물품을 직접 수입․통관하여 국내병원에 공급

유형③ 상기 유형①과 유형②가 혼합된 경우

○ 계약의 유형별로 세금계산서는 다음과 같이 발급되었음

유형① 수입시 국내병원은 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받고(수입신고 금액에는 설치용역과 유지보수용역의 대가가 포함), 국내본점은 병원에 별도의 세금계산서를 발급하지 아니함

유형② 신청법인(본점)이 해외조달물품 수입시 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받고, 국내병원에 공급가액 전체에 대하여 세금계산서를 발급

유형③ 유형①과 유형②가 혼합된 경우

○ 대금지급은 유형①의 경우 국내병원이 L/C 개설하여 외화로 신청법인 홍콩지점에 송금하고, 유형②의 경우는 신청법인에 원화로 지급

○ 신청법인(본점)은 의료장비 공급에 따른 설치용역과 유지보수용역을 제공(보증기간)

• MRI(자기공명영상)장비를 설치(Install)하는 경우의 예

① 여러 덩어리로 분해되어 수입된 주요 장비를 병원 내에 설치(케이블연결, 마그넷에 자장을 걸어주는 작업, 시스템안정화 작업)

② 장비가 설치될 공간에 대한 차폐장치 설치(MRI의 경우 자기장내에서 고주파를 사용하므로 고주파차폐와 자장차폐시설 필요)

③ MRI의 마그넷 냉각과 영상을 만들기 위한 경사자장장치에서 발생하는 열을 식혀주기 위한 수냉각시설의 설치

④ 기타 설치공간 내부의 일정 온도와 습도유지를 위한 에어컨 시스템 설치 등이 포함됨

【질의1】관련내용

○ 신청법인이 공급하는 의료장비는 가격이 높고 업체간 경쟁이 심하여 때로는 시장 확보를 위하여 의료장비 매입가격보다 낮은 가격으로 판매가격을 책정하는 경우가 있는데

• 이 경우는 의료장비의 보증기간이 지난 후에 유지보수계약을 통하여 손실을 보전할 수 있기 때문에 전체적으로는 신청법인의 수익이 발생하는 구조임

【질의2】관련내용

○ 신청법인은 병원이 모든 물품(MRI세트 50개 품목)을 해외조달물품으로 수입하기를 원하여 그와 같은 계약을 체결(유형①)한 경우라도

• 수입하기로 한 물품 중 일부 구성품목(10개 품목)이 국외보다 국내에서 저렴한 비용으로 조달 가능하면 그 품목을 수입품목에서 제외하여 신청법인이 국내에서 조달한 물품으로 대체(이하 “국내대체물품”이라 한다)하여 공급하는 경우가 있음

• MRI(자기공명영상)장비의 경우 국내대체물품의 예를 들면

① Infusion pump: 촬영중에 조영제가 아닌 치료에 필요한 약물을 지속적으로 투입하기 위한 장치

② Auto injector: 촬영에 필요한 조영제를 투입하는 장치

③ Patient monitor: 환자의 상태를 감시하기 위한 장치

④ Workstation: 컴퓨터 장치로 필름의 이미지만 보는 것이 아니라 S/W program을 사용하여 다양한 정보를 보기 위한 장치

⑤ 항온항습기(Precision air conditioner): 설치공간 내부의 온도와 습도를 유지하는 에어컨

⑥ 냉각기(Chiller): 주요 장비의 발열을 식혀주는 냉각 장치

⑦ Metal detector: 금속탐지기

⑧ Non-magnetic stretcher cart: 비자성 환자운반 카트

⑨ 기타 비자성 의료장비 소모품 등

• 이 경우 신청법인은 대체 공급하는 물품의 대가가 이미 수입가액에 포함되어 있으므로 국내대체물품의 공급에 대하여 별도의 세금계산서는 발급하지 아니함(신청법인 본점의 매출로 신고를 하지 않음)

• 국내대체물품의 매입세액은 불공제로 신고하였음

○ 국내병원은 계약상 공급받기로 한 물품이 모두 제공되었기 때문에 신청법인이 수입물품의 일부를 국내조달물품으로 대체한 것에 대하여 지금까지 문제 삼지 않았음

• 또한, 수입신고 과정에서도 병원이 수입하기로 한 해외조달물품이 모두 실제 수입되었는지 또는 일부 제외된 것이 있는지 여부는 세관에서 확인하지 아니함

2. 질의내용

○ 의료장비 판매업을 하는 신청법인(본점:국내, 지점:홍콩)이 국내외에서 의료장비를 구입(수입)하여 국내병원에 공급하는 경우로서

【질의1】국내병원에 공급하는 의료장비의 공급가액을 매입가격보다 낮게 책정함에 따라 매입세액이 매출세액을 초과하는 경우 매출세액을 초과하는 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

【질의2】국내병원이 의료장비 세트(여러 가지 품목으로 구성됨)를 신청법인의 홍콩지점으로부터 수입(설치용역 포함)하기로 하였으나

• 일부 구성품목을 국내 본점이 동일한 국내조달 물품으로 대체하여 공급하는 경우 대체하여 공급하는 물품의 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제19조 【용역의 자가공급】

① 법 제7조제2항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가공급되어 다른 동업자와의 과세형평이 침해되는 경우의 기획재정부령이 정하는 용역에 한한다.

② 제1항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 개별소비세법 제1조제2항제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액

5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

⑦ 제2항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조제2항제3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다.

④ 법 제17조제2항제4호에서 "운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종"이란 운수업, 자동차판매업, 자동차임대업, 운전학원업 및 이와 유사한 업종을 말한다.

⑤ 법 제17조제2항제5호에 규정하는 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출은 소득세법 제35조 및 법인세법 제25조에 규정하는 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출로 한다.

⑥ 법 제17조제2항제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.