항만시설공사 완료 후 조성한 토지가 「항만공사법」에 따라 공사에 귀속되는 경우 매입세액 공제여부

항만배후단지 조성을 위한 공유수면 매립공사를 실시하여 해당 매립지를 취득하는 경우, 용역의 공급에 해당하여 과세되는 것이며, 관련 매입세액은 매출세액에서 공제됨

○ **항만공사(이하 “신청인” 또는 “항만공사”이라 함)는 정부가 100% 출자하여 2007.05.05. 설립운영되고 있는 국토해양부 산하 정부투자기관(기타공공기관)으로서

• 항만공사법 제22조, 제41조 및 같은 법 시행령 제29조 2에 의거하여 울산지방해양항만청으로부터 실시계획승인을 받아

• ** 신항 항만배후단지 조성공사(호안 1,574ｍ, 부지 304천㎡, 포장공 59,739㎡, 전기 및 기타 부대공 1식)을 시행하고 있음

○ 2010년 9월 10일 **지방해양항만청에서 사업 준공 후 부지의 소유권 주체에 대하여 회신을 요청한바

• 항만공사는 항만공사법 제25조제1항에 의거 항만시설을 국가에 기부채납하지 않고 항만공사가 원시취득하기로 결정(2010.10.27.)

○ 그 동안 신항 배후단지 조성공사 관련 매입세액은 사업 준공 후 부지의 소유권 주체를 결정하지 않은 상태에서

• 舊 항만공사법 제25조와 舊 항만공사법 시행령 제11조 및 관련예규를 참조하여 국가에 대한 건설용역을 제공하고 그 대가로 매립지를 취득하는 것으로 보아 매입세액을 공제함

2. 신청내용

○ 항만공사법에 의하여 관리청의 허가를 받아 항만공사(울산 신항 배후단지 조성공사)를 시행하고 준공 후 같은 법에 따라 공사에 귀속하는 경우

• 국가에 건설용역을 제공하고 그 대가로 매립지를 취득하는 것으로 보아 매립공사와 관련된 매입세액을 공제 받을 수 있는지

• 아니면 매립지의 소유권을 원시 취득하는 것으로 보아 토지관련 매입세액으로 불공제 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음각 호의 세액(이하 매입세액 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조제2항제6호에서 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액