학교급식사업관련 공급・납품업체로부터 징수하는 수수료의 부가가치세 면제 여부

oo시농수산물공사가 oo시의 학교급식사업과 관련하여 “oo 친환경유통센터”를 개설한 후 식재료 공급업체와 납품업체에게 검사・검수 용역 등을 제공하는 것은 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항【별표10】제21호에 규정된 면세사업에 해당되지 않아 동 용역을 제공하고 받는 수수료는 부가가치세가 면제되지 아니함

○ oo시농수산물공사(이하 “신청인”이라 함)는 ｢지방공기업법｣ 및 ｢oo시농수산물공사설립및운영에 관한 조례｣에 의해 설립된 지방공사로서 농수산물도매시장관리사업 및 그 부대사업을 수행하는 법인이며

• ｢학교급식법｣ 및 ｢서oo시학교급식등지원에관한조례｣에 의해 2010년부터 oo시에서 실시하는 학교급식지원사업의 수행을 위해 **농산물도매시장에 학교급식센터를 건립하여 2010년부터 oo시 200개 초등학교에 농산물 및 축산물을 공급하고 있음

• ｢oo특별시농수산물공사 설립 및 운영에 관한 조례｣의 주요 내용

․ 제1조(목적): 이 조례는 농수산물 유통의 원할을 기하고 적정한 가격을 유지하게 함으로써 국민생활의 안정에 기영하기 위하여 ｢지방공기업법｣ 제49조의 규정에 의하여 oo시농수산물공사를 설립하고, 그 업무 및 운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 함

․ 제2조(법인격): oo시농수산물공사는 법인으로 한다.

․ 제15조(사업):

① oo시가 건립하는 농수산물도매시장의 관리 및 운영

② 도매시장의 거래질서 유지

③ 도매시장의 지정도매인, 중매인 기타 유통업무종사자에 대한 지도감독

⑤ 도매시장의 사용료 및 부수 시설 사용료의 징수

⑥ 농수산물 유통구조 근대화사업

⑦ 정관이 정하는 사업

․ 제16조(대행사업)

① 공사는 국가, 지방자치단체 또는 기타 위탁자의 사업을 시장의 승인을 얻어 대행할 수 있으며, 이 경우 위탁계약에 의한다.

② 공사는 제1항의 규정에 의한 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 시장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 비용의 부담에 관하여는 제21조의2의 규정에 의하고, 그 이외의 필요한 사항은 위탁자와 수탁자가 상호 협의하여 정하되 시장의 승인을 얻어야 한다.

․ 제21조의2(대행사업의 비용 부담)

① 법제71조제2항의 규정에 의하여 공사가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체에서 부담하여야 하는 경비는 다음 각 호와 같다.

1. ｢지방공기업법 시행령｣ 제63조의 규정에 의한 경비

2. 국가 또는 지방자치단체의 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한 평균공급가격과 실제공급가격의 차액

3. 그 밖에 성질상 공사에서 부담할 수 없는 경비

② 제1항제2호 및 제3호의 비용부담에 관하여는 사장은 해당 중앙행정기관 및 지방자치단체와 협의하여야 한다.

• oo시농수사물공사 정관의 주요 내용

․ 제1조(목적): oo시농수산물공사는 ｢지방공기업법｣과 ｢농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률｣ 및 ｢oo시농수산물공사 설립 및 운영에 관한 조례｣의 정한 바에 따라 농수산물 유통의 원활을 기하고 적정한 가격을 유지 공급하게 함으로써 국민생활의 안정에 기여함을 목적으로 함

․ 제26조(사업의 범위)

1. oo시가 건립 또는 관할하는 농수산물도매시장의 관리 및 운영

2. 도매시장내 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 기타 시장 관계자에 대한 지도 감독

3. 농수산물 유통구조의 근대화 사업

4. 친환경 농산물 유통 및 단체급식을 위한 물류센터 설치․운영 및 판매사업

9. 도매시장 사용료 및 수수료, 임대료 등의 산정 및 징수

11. 국가 또는 지방자치단체의 업무 대행

13. 상기 각 호의 부대사업

․ 제29조(대행사업): 조례 제16조와 같음

․ 제29조의2(대행사업의 비용부담): 조례 제21조의2와 같음

○ “신청인”은 유통비용이 절감된 농산물을 학교에 공급하기 위하여 생산자단체를 선정하고, 학교급식 수발주 및 배송을 위해 학교급식납품업체를 모집하여, 학교에 농산물 및 축산물을 공급하고 있음

• 학교급식납품업체는 학교로부터 식재료를 수주받아 “신청인”이 지정한 생산자단체에 주문을 하게 되며

• 생산자단체는 학교급식납품업체가 주문한 농산물을 “신청인”의 학교급식센터로 납품하고, 집하된 농산물은 학교급식센터 물류시설을 통해 검수 및 검품과정을 거친 후

• 학교급식납품업체에 의해 학교로 납품이 이루어지게 되며

• “신청인”은 학교급식 식재료 매출액을 기준으로 학교급식납품업체로부터 수수료를 징수할 계획임

* 공급업체로부터 수수료 징수(친환경 농축산물 80%): 농산물 7%, 가공품 7%, 양곡부류 3%, 축산물(소․돼지) 5%

* 납품업체로부터 수수료 징수(일반농축산물 20%): 농산물 7%, 가공품 7%, 양곡부류 3%, 축산물(소․돼지) 5%

2. 신청내용

○ 지방공사인 oo시농수산물공사가 oo시의 학교급식사업 관련하여 강서지사에 “oo 친환경유통센터”를 설치하고 학교급식사업을 지원하면서 학교급식 식재료 공급업체와 납품업체로부터 수수료를 징수하는 경우

• 해당 학교급식사업이 ｢조세특례제한법｣에 따른 면세사업에 해당하는지 및 동 수수료가 부가가치세 면제 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지 및 제9호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의 2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

20. ｢농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률｣에 의하여 농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받은 도매시장법인 또는 시장도매인

21. ｢지방공기업법｣에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사

23. ｢농수산물유통공사법｣에 의한 농수산물유통공사

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제37조 제1호의 규정에 불구하고 적용한다.

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

2. 부가가치세법 시행령 제2조 제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지ㆍ테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제 등】

① 영 제106조 제8항 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

【별표 10】

정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련)

단 체 명

면 세 사 업

20. ｢농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률｣에 의하여 농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받은 도매시장법인 또는 시장도매인

｢농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률｣에 의한 수탁판매업 및 그 부수업무(중개업무를 제외한다)

21. ｢지방공기업법｣에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사 및 지방공단

｢지방공기업법｣에 의한 도매시장관리사업 및 그 부대사업

23. ｢농수산물유통공사법｣에 따른 농수산물유통공사

｢농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률｣에 따라 농림수산식품부장관의 위탁을 받아 수행하는 농수산물비축사업․유통조성사업 및 화훼류 수탁판매사업