제주첨단과학기술단지에 일부 사업장만 입주한 경우 감면소득의 계산

제주첨단과학기술단지에 입주한 내국법인이 영위하는 감면대상사업(정보통신서비스 사업)에서 발생한 소득에 대한 조세특례제한법 제121조의 8에 따른 법인세 감면은 해당 단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용

○ 갑법인은 인터넷 이용자가 원하는 정보를 얻을 수 있도록

• 분야별 최신 뉴스나 연결 주소, 다양한 주제들의 정보를 인터넷 사이트 (이하 “당사 포털사이트”라 함)를 통하여 제공하고 있는 인터넷 포털업체임

○ 갑법인은 2012년 4월 본사를 제주첨단과학기술 단지 내에 위치한 사옥(이하 “과기단지 내 사업장”이라 함)으로 이전하였으며,

• 현재 갑법인의 과기단지와 그 외의 사업장에는 총 1,374명의 임직원이 근무하고 있음

* 2012년 8월 말 현재 근무지별 인원 현황

(단위: 명)

구 분

과기단지 내

그 외

합계

본사 등 공통업무

92

412

504

검색 광고

89

106

195

디스플레이 광고

11

83

94

쇼핑정보 서비스

5

41

46

기타 서비스

93

442

535

합 계

290

1,084

1,374

○ 갑법인은 해당 포털사이트를 통하여 다수의 인터넷 이용자들에게 검색, 이메일, 커뮤니티 등 다양한 인터넷 기반의 서비스를 제공하고 이를 기반으로 광고주들에게 광고상품을 판매함으로써 수익을 창출하고 있으며,

• 갑법인이 수익을 창출하는 사업영역은 다음과 같음

(1) 검색광고

‣ 검색광고는 특정한 키워드에 대한 검색결과로 노출되는 광고로서 인터넷 사이트의 고유한 정보가 많을수록 당사가 제공하는 검색서비스의 이용자가 증가하고,

‣ 그에 비례하여 당사의 검색광고상품을 이용하고자 하는 검색광고주 및 광고단가가 증가하는 특성이 있음

‣ 이와 같은 이유로 당사는 검색광고수입의 증대를 위하여 검색개발 및 기획팀을 두고 자체 개발한 검색엔진을 토대로 검색의 편의성과 품질을 향상시키는데 주력하고 있음

(2) 디스플레이광고

‣ 디스플레이광고는 포털의 첫 화면이나 뉴스서비스 화면 등 트래픽이 몰리는 서비스 섹션에 광고 노출을 보장하는 상품으로서 검색광고 대비 규모가 큰 광고주들이 주로 구매하고 있음

(3) 쇼핑정보 서비스 수입

‣ 갑법인이 운영하고 있는 쇼핑정보 서비스인 ‘쇼핑하우’는 쇼핑하우에 입점된 쇼핑몰에서 판매가 성사된 건에 대해 수수료를 부과하거나,

‣ 소비자가 상품에 수행한 클릭당 수수료를 부과하거나, 또는 상품에 관한 정보 등이 당사 포털사이트에 노출된 기간에 따라 수수료를 부과함으로써 수익을 창출하는 서비스

(4) 기타 서비스 수입

‣ 기타 서비스에는 사용자가 음악이나 영화와 같은 유료 온라인 컨텐츠를 구매하거나 게임 등과 같이 서비스 이용시 과금되는 형태의 유료서비스 등이 있음

○ 2012년 3월 제주 첨단과학기술 단지 내에 건설 중이던 사옥이 준공됨에 따라 갑법인은 당초 이전계획에 따라 검색광고 사업에 관련된 부서 임직원의 대부분을 과기단지 내 사업장으로 이전하고자 하였으나,

• 검색광고 사업에 관련된 부서 임직원의 대부분이 과기단지 내 사업장으로 이전하는 경우 영업 및 업무관계 상 사업에 비효율이 발생할 것으로 예상되는 등의 사정으로 인하여

• 검색광고 사업부를 이전하고자 하였던 당초의 계획과 달리 제주로 이전할 경우 당사 사업에 미치는 영향을 고려하여 사업부를 막론하고 부서별로 이전 가능한 부서를 과기단지 내 사업장으로 이전하였음

• 그 결과 갑법인이 영위하는 모든 사업을 과기단지 내 사업장과 그 외의 사업장의 사업 활동을 통하여 영위하게 되었음

2. 신청내용

○제주첨단과학기술단지에 본사와 일부 부서가 입주하여 사업을 영위하는 내국법인에 대해 ｢조세특례제한법｣ 제121조의8에 따른 감면을 적용함에 있어서

• 단지내 사업장에서 발생한 감면소득을 법인전체의 소득금액에서 사업장별 인원비율로 안분하여 계산할 수 있는 지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의8 【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】

① 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제216조에 따라 지정된 제주첨단과학기술단지(이하 이 장에서 “제주첨단과학기술단지”라 한다)에 2012년 12월 31일까지 입주한 기업이 생물산업, 정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하는 경우 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 사업개시일 이후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

• 가. 해당 과세연도의 제주첨단과학기술단지 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원

• 나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

③ 제1항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제2항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

④ 제2항 제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤ 제2항 및 제4항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의 14 【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세등의 감면】

① 법 제121조의 8 제1항에서 “생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

1. 생명공학육성법 제2조의 규정에 의한 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 종묘생산업을 포함한다)

2. 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업

3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

4. 산업발전법 제5조 제1항의 규정에 의하여 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

② 법 제121조의 8 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 투자누계액”이란 법 제121조의 8 제1항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.

③ 법 제121조의 8 제4항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

해당 기업의 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제121조의 8 제2항 제2호에 따라 감면받은 세액의 합계액 - (상시근로자 수가 감소된 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원)

④ 법 제121조의 8 제5항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제7항부터 제9항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 법 제121조의 8 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 【연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 적용 시 사업용자산의 범위】

영 제11조의3제2항, 제116조의14제2항, 제116조의15제4항, 제116조의21제4항, 제116조의25제2항 및 제116조의27제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

2. 건설 중인 자산

3. 법인세법 시행규칙 별표 3에 따른 무형고정자산