연결납세를 최초 적용하는 자법인이 다른 연결자법인에 흡수합병되는 경우 연결납세 적용방법

연결납세방식을 적용하던 연결집단에 연결자법인이 추가된 경우로서, 해당 연결자법인이 연결납세방식을 최초로 적용하는 연결사업연도 중에 다른 연결자법인에 흡수합병되어 해산하는 경우, 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용함

○ 연결납세방식을 최초로 적용하는 자법인이 다른 연결자법인에 흡수합병되어 해산하는 경우, 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있는지?

2. 사실관계

○ 2010. 甲법인은 완전모회사로서 연결납세방식의 적용 승인을 받아 완전자회사들과 연결납세방식을 적용

○ 2011. 甲법인은 물적분할을 통해 乙법인을 설립하고 해당사업연도에 乙법인을 포함하여 연결납세방식을 적용

○ 2012. 乙법인이 丙법인의 지분 100%를 취득함에 따라 甲법인은 2013사업연도부터 丙법인을 연결자법인으로 추가하는 변경신청을 함

○ 2013.6. 乙법인이 丙법인을 흡수합병함에 따라 甲법인은 연결자법인 간 합병(乙과 丙)을 사유로 하여 丙법인의 연결배제신청을 함

3. 관련 법령

○ 법인세법 제1조【정의】

6. “연결납세방식”이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고·납부하는 방식을 말한다.

7. “연결법인”이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

8. “연결집단”이란 연결법인 전체를 말한다.

9. “연결모법인”이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말하고, “연결자법인”이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.

10. “연결사업연도”란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 제2조【납세의무】

④ 연결법인은 제76조14제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세(각 연결법인의 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다)를 연대하여 납부할 의무가 있다.

○ 법인세법 제8조【사업년도의 의제】

① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병·분할 또는 분할합병에 따른 해산은 제외한다)한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간과 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간을 각각 1사업연도로 보며, 청산 중에 있는 내국법인의 잔여재산의 가액이 사업연도 중에 확정된 경우에는 그 사업연도 개시일부터 잔여재산의 가액이 확정된 날까지의 기간을 1사업연도로 본다.

② 내국법인이 사업연도 중에 합병이나 분할(분할합병을 포함한다. 이하 같다)에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.

○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다. (개정 2013.1.1)

⑤ 제1조제9호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부 (｢근로복지기본법｣ 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다.

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. (개정 2013.1.1)

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

① 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. (2011.12.31. 단서신설)

② 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제2항부터 제5항까지의 규정을 준용한다.

③ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다.