적격합병 후 지방이전으로 양도하는 경우 압축기장충당금의 익금산입 여부

합병평가차익에 대해 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 적용받고 있는 상황에서 지방이전을 위해 압축기장충당금이 설정된 공장 부지를 처분하는 경우 해당 압축기장충당금의 잔액은 그 처분일이 속하는 사업연도에 익금산입

○ 갑법인은 2007년 5월 계열사를 흡수합병하면서

• 피합병법인 소유 토지를 시가평가하여 승계함에 따라 합병평가차익이 발행하였으나

• 구 ｢법인세법｣(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제44조에 따라 압축기장충당금을 설정하여 401억원을 손금산입함에 따라 과세이연 적용

○압축기장충당금을 설정한 해당 토지는 현재 수도권과밀억제권역 내에서 공장용도로 사용하고 있으며

• 2011년말 인천공장 주변 도로의 일부 수용으로 인하여 현재 압축기장충당금 잔액은 374억원임

○갑법인은 압축기장충당금이 설정되어 있는 수도권 내 공장을 처분하고

• 2014년 12월 31일까지 충남 홍성산업단지로 공장을 이전할 예정

2. 신청내용

○2007년 합병 당시 발생한 합병평가차익에 대해 구 ｢법인세법｣(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제44조에 따라 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 적용받고 있는 상황에서

• 피합병법인으로부터 승계한 수도권과밀억제권역 내에 있는 공장을 지방 이전함에 따라 압축기장충당금이 설정된 공장 부지를 처분하는 경우

• ｢조세특례제한법｣ 제60조제2항에 따라 공장의 대도시 밖 이전에 대한 양도차익에 과세특례를 적용함에 있어서

• 합병으로 발생된 압축기장충당금에 대해서도 과세이연을 적용받을 수 있는지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제60조 【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

① 삭제 <2001.12.29>

② 대통령령으로 정하는 대도시(이하 "대도시"라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국법인이 대도시에 있는 공장을 대도시 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전(수도권 밖에 있는 공장을 수도권으로 이전하는 경우는 제외한다)하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2014년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 법인세법 제13조제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

③ 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

④ 제2항을 적용받는 내국법인이 해당 익금불산입액 전액을 익금에 산입하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하거나 사업을 폐업 또는 해산하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 금액 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입한 금액(합병 또는 분할 및 분할합병에 의하여 사업을 폐업하거나 해산함으로써 익금에 산입한 금액은 제외한다)에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑤ ～⑥ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제56조 【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

① 법 제60조제2항의 규정이 적용되는 대도시공장의 지방이전은 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. 다만, 대도시공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제60조제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하는 경우

2. 대도시공장을 양도한 날부터 1년 이내에 지방에서 기존공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

3. 대도시공장을 양도한 날부터 3년 이내에 지방공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우

② 법 제60조제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 대도시"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

1. 수도권과밀억제권역

2.부산광역시(기장군을 제외한다)·대구광역시(달성군을 제외한다)·광주광역시·대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지를 제외한다.

③ 법 제60조제2항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 대도시공장의 양도가액에서 당해공장의 장부가액을 차감한 금액

2. 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1호의 규정에 의한 이월결손금

3. 대도시공장의 양도가액에서 공장시설의 이전비용과 이전한 공장건물 및 그 부속토지와 기계장치의 취득·개체·증축 및 증설에 소요된 금액의 합계액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 각각 제1항제2호 또는 제3호의 규정에 의한 공장의 사업개시일까지는 이전계획서상의 예정가액에 의한다.

⑤ 법 제60조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 지방 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하거나 사업을 폐업 또는 해산하는 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제1항 각호에서 정하는 바에 따라 사업을 개시하지 아니한 경우

2. 사업을 폐지 또는 해산한 경우

⑥ 법 제60조제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제60조제2항의 규정에 의하여 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 제1항제2호 또는 제3호의 규정에 적합하게 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 익금에 산입하지 아니한 금액

2. 제4항의 규정에 의한 예정가액에 의하여 익금에 산입하지 아니한 금액이 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 초과하는 때에는 그 초과금액

3. 법 제60조제2항의 규정에 의하여 익금에 산입하지 아니한 금액을 전액 익금에 산입하기 전에 사업을 폐지 또는 해산한 때에는 사업의 폐지 또는 해산당시 익금에 산입하지 아니한 금액

⑦ (생략)

○ 법인세법 제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】

• 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것 -

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업년도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업년도의 다음 사업년도 개시일부터 3년이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.

③ ～④ (생략)

○ 법인세법 시행령 제80조 【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 법 제44조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이란 사업용 유형고정자산을 말한다. <개정 2006.2.9, 2009.2.4>

② 법 제44조제1항 각 호 외의 부분에 따라 손금에 산입하는 금액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 합병평가차익은 사업용 유형고정자산의 시가를 초과하는 가액을 제외한 금액으로 한다.

사업용 유형고정자산의

합병평가차익

=

합병평가치익 ×

평가증된 사업용유형고정자산의

총평가증액

평가증된 전체자산의 총평가증액

③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제1항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업"이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한정하여 제2항을 적용한다.

④ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 유형고정자산별로 감가상각자산의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 이 경우 개별 유형고정자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 유형고정자산의 합병평가차익에 개별 유형고정자산의 평가증액이 평가증된 유형고정자산의 총평가증액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

⑤ 제64조제4항 및 제5항의 규정은 제4항의 규정에 의하여 계상한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금산입에 관하여 이를 준용한다.

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에는 제5항에도 불구하고 법 제44조제2항에 따라 해당 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우

⑦ 법 제44조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 합병평가차익조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제64조 【국고보조금 등의 손금산입】

① ～② (생략)

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 감가상각비(취득가액중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용자산의 가액중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다.

⑥ ～⑧ (생략)