비영리법인의 부동산양도소득에 대한 과세소득 해당 여부

고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용 여부 판단시 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하여 판단

○00교회는 대한예수교장로회총회 산하의 교회로서 1991.10.21. 설립되어 납세번호를 부여받았고 고유목적사업인 종교의 보급 및 선교사업을 수행하였고 별도의 수익사업은 영위하지 아니함

○ 교회의 부지로 사용할 목적으로 2000.10.28. 경기도 부천시 00구 00동 토지를 취득하여 담임목사 명의로 소유권 등기하였고

• 2001.4.12. 교회를 신축하였고, 2009.1.9. 2층을 증축하였음

○ 납세번호를 부여받은 거주자인 00교회를 법인으로 보는 단체로 변경하기 위해 관할세무서장에게 신청하였고

• 2010.4.7. 승인을 얻어 법인으로 보는 단체로 변경

○법인으로 보는 단체로 변경한 후 담임목사 명의의 교회 부지를 2010.4.16. 증여형식으로 교회가 환원받아 법인명의로 소유권등기

○교회의 소재지가 보금자리주택지구로 지정되어 2012년 하반기 한국토지주택공사로 수용될 예정이며

• 교회의 토지와 건축물의 보상금은 새로운 교회의 부지 및 건축에 사용될 예정

2. 신청내용

○ 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 교회가 해당 교회의 부지와 건축물이 수용되는 경우

• ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 과세소득에서 제외하는 “고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용된 고정자산”에 대해 판정함에 있어서

• 고유목적사업에 직접사용한 기간을 법인으로 보는 단체 이전의 기간까지 포함하여 계산하는지

3. 관련법령

○법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

② (생략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④ (생략)

○법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

① (생략)

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

③ 법 제3조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 ｢소득세법｣ 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제2조제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.