개인사업자가 지방이전한 법인에게 사업을 포괄양수도한 경우 지방이전 세액감면 적용 여부

이전 진행과정 중에서 개인사업자가 동일 사업장에 법인을 설립하고 해당법인이 개인사업자의 협약내용을 승계받아 부지매입 및 공장을 준공하고 법인을 이전등기한 후 개인사업자의 사업을 포괄적으로 양도・양수하여 지방에서 사업을 개시하는 경우에는 조세특례제한법 제32조에 따른 법인전환요건을 충족하지 못하여 같은 법 제63조 및 제63조의2에 따른 세액감면을 적용받을 수 없음

○ 갑개인은 개인사업자로서 중소기업에 해당하며 다음과 같이 사업을 영위

• 소재지: 서울 구로구 구로동 212-26 (수도권과밀억제권역)

• 개업일: 1986.1.1.

• 업 종: 전자부품 제조․도매

마스크, 보호장구, 포장제등 제조업 및 무역업

○ 2007년 충청북도와 괴산군청은 지방균형발전계획 지방유치를 위한 사업의 일환으로 괴산군 소재 공장 부지구입비 일부를 국고보조로 지원하는 등 지방이전에 따른 투자를 유치하게 되었고

• 갑개인은 2007.10.19. 충북 괴산군 사리면 방축리 512번지외 11필지를 구입하는 매매계약을 체결하고

• 2007.12.13. 괴산군과 투자에 관한 양해각서를 체결하고 지방이전에 관한 구체적인 실무작업에 착수

○ 갑개인은 괴산군청 소속 경제과로부터 법인을 설립을 통한 투자에 대한 이행 및 국고보조금 수령 및 토지구입, 공장설립을 안내받아

• 2008.9.1.을 개업일로 하는 을법인을 갑개인의 사업장에 설립하고

• 기존의 토지 매매계약을 갑개인에서 을법인으로 변경계약하고

-괴산군청으로부터 국고보조금 406백만원을 수령받아 해당 토지에 대해 2010.10.4. 중도금을 지급하고 2010.12.15. 잔금을 지급

○ 을법인은 토지 구입후 공장 건물공사를 착공하여 2012.1월경 준공하였으며

• 2012.1.20. 충북 괴산으로 이전 등기 및 법인사업자 등록을 정정

○ 현재 서울 공장에 있는 시설물들이 점차 이전 되어 가고 있고

• 괴산공장시설이 정상화될 시기에 서울 공장은 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄되어 공장시설의 조업이 불가능 상태에 있을 예정

○ 을법인이 정상화가 되지 않았기 때문에 갑개인이 폐업하지는 않았으나 사업을 포괄양수도하고 개인사업자를 폐업할 예정

2. 신청내용

○ 수도권과밀억제권역에서 사업을 영위하던 중소기업이 지방이전한 법인에게 사업을 포괄양수도한 경우

• 해당 사업에서 발생된 소득에 대해 ｢조세특례제한법｣ 제63조에 따른 세액감면 적용이 가능한지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2011.12.31>

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. <신설 2011.12.31>

○조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(｢대기환경보전법｣, ｢수질 및 수생태계 보전에 관한 법률｣ 또는 ｢소음·진동관리법｣에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제63조제1항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 표에 따른 지역을 말한다. <개정 2012.2.2>

구미시, 김해시, 마산시, 아산시, 원주시, 익산시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시, 춘천시, 충주시, 포항시, 당진군, 음성군, 진천군, 홍천군(내면은 제외) 및 횡성군의 관할구역

③ 법 제63조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 공장의 이전일 이후 법 제63조제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

④ 법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우"란 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

○조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2011.12.31>

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

• 나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

• 다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ ～⑥ (생략)

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

4. 삭제 <2001.12.29>

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우

⑧ ～⑨ (생략)

⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. <신설 2011.12.31>

⑪ (생략)

○조세특례제한법 시행령 제60조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① (생략)

② 법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조제1항제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동관리법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

③ 삭제 <2002.12.30>

④ 법 제63조의2제1항제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

⑤ ～⑮ (생략)

󰊉󰊘 법 제63조의2제10항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다. <신설 2012.2.2>

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ ～⑤ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 삭제 <2002.12.30>

② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ ～⑥ (생략)