행정해석 사전답변 법인세

부과제척기간이 경과한 이월결손금에 대해 정상적인 결손금으로 수정후 공제 여부

사건번호 법규법인2012-218 선고일 2012.07.19

국세기본법 제26조의2에 따른 부과제척기간의 경과로 경정하지 못하여 해당 사업연도의 결손금이 당초 신고내용대로 확정된 경우 해당 이월결손금에 대해서는 수정할 수 없음

내국법인이 손금에 대한 귀속시기를 잘못 적용하여 인식함에 따라 해당 사업연도의 결손금이 과다하게 계상되었으나 「국세기본법」 제26조의2에 따른 부과제척기간의 경과로 경정하지 못하여 해당 사업연도의 결손금이 당초 신고내용대로 확정된 경우 해당 내국법인은 부과제척기간이 경과되어 당초 신고내용대로 확정된 결손금을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 「법인세법」 제13조에 따라 공제하는 것입니다.

○ 갑법인은 2004~2008사업연도에는 세무상 결손이 발생하였고 2009사업연도부터 각 사업연도 소득이 발생하여 2004~2006사업연도 발생분 결손금을 다음과 같이 순차적으로 이월결손금으로 공제하여 법인세를 신고

(단위: 억원)

결손금 발생

이월결손금 공제

2012 이월결손금 기초잔액

사업연도

금액

2009

2010

2011

기한내

기한경과

2004

338

57

281

281

2005

180

180

2006

923

123

686

114

114

2007

189

189

189

2008

251

251

251

1,881

57

303

686

440

395

835

○ 갑법인은 2012사업연도 반기 재무제표 작성 및 중간예납 준비를 위해 세무상 이월결손금 보유현황 및 과거 사업연도분 세무신고 내역을 검토하던 중

• 2006사업연도에 발생한 세무상 결손금 923억원 중 419억원은 2004, 2005 사업연도에 발생한 매입할인 등으로 인한 것으로

• 해당 금액 중 154억원은 2004사업연도에 265억원은 2005사업연도에 각각 귀속되어야 할 손금이라는 사실을 발견

• 이 경우 당초 2006사업연도 법인세 신고시 상기 귀속시기 오류 금액 419억원을 손금불산입하고 경정청구를 통해 2004사업연도 및 2005사업연도의 결손금을 각각 154억원, 265억원 증액하였어야 하나,

• 갑법인은 착오로 2006사업연도에 이러한 조정을 누락하였으며, 그 결과 상기 귀속시기 오류금액 419억원은 전액 2006년에 발생한 결손금으로 신고되었음

○ 만일, 상기 귀속시기 오류금액의 손익 귀속시기를 위와 같이 적정하게 조정하였더라면 각 사업연도별 세무상 결손금 발생 및 공제내역과 2012사업연도의 이월결손금 기초잔액은 다음과 같이 수정됨

(단위: 억원)

결손금 발생

이월결손금 공제

2012 이월결손금 기초잔액

사업

연도

당초

금액

올바른

금액

차이

2009

2010

2011

기한내

기한

경과

2004

338

492

154

57

435

435

2005

180

445

265

303

142

142

2006

923

504

△419

504

2007

189

189

182

7

7

2008

251

251

251

251

1,881

1,881

0

57

303

686

258

577

835

2. 신청내용

○ 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대한 손익귀속시기 적용착오로 결손금이 감소되어야 하나

• 이월결손금 공제기한 내에 당초 신고된 결손금으로 과다공제된 경우

• 부과제척기간이 경과한 결손금에 대해 수정한 가액을 반영하여 부과제척기간 내에 있는 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어 이월결손금을 재계산하여야 하는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제13조【과세표준】

내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.(개정 2009.12.31. 후단신설)

2.~3. (생략)

○ 부칙(2009.12.31. 법률 제9898호) 제4조【과세표준에 관한 적용례】

제13조, 제76조의13제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다.

다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2.~4. (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)