조세특례제한법 시행령 제2조제1항제3호가 2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정됨에 따라 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업 적용이 배제되는 경우에는 같은 조 제5항 및 같은 시행령 부칙 제3조제1항에 따라 2009.1.1.이후 최초로 종료하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지는 중소기업으로 보는 것임
조세특례제한법 시행령 제2조제1항제3호가 2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정됨에 따라 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업 적용이 배제되는 경우에는 같은 조 제5항 및 같은 시행령 부칙 제3조제1항에 따라 2009.1.1.이후 최초로 종료하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지는 중소기업으로 보는 것임
○ 갑법인은 3월말 법인으로서 싱가포르에 소재한 AAA(모회사)가 100%를 소유하고 있는 회사임
• 2009.3.31. 현재 갑법인을 직접 지배하고 있는 모회사의 총 자산은 5,000억원 미만이나 모회사를 100% 소유하고 있는 일본 소재 BBB(조모회사)의 총 자산이 5,000억원을 초과
○ 모회사의 연도별 총자산의 내역
일자
총자산(외화)
환율
원화환산액
2006.3.31.
US＄271,616,788
975.90
265,070,823,409
2007.3.31.
US＄324,187,146
940.30
304,833,173,383
2008.3.31.
US＄189,869,304
991.70
188,293,388,776
2009.3.31.
US＄224,873,056
1,377.10
309,672,685,417
○ 갑법인은 2009.3.31.로 종료되는 사업연도부터 중소기업에 해당되지 않는 것으로 판단하여
• 중소기업특별세액감면을 신청하지 아니하고 임시투자세액공제를 신청하였으며
• 연구인력개발비 세액공제율도 일반법인으로 적용하여 법인세를 신고
2. 신청내용
○자산총액이 5000억원을 초과하는 외국법인이 100% 간접소유하고 있는 내국법인에 대해 2008.3.22. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적 독립성 기준이 개정됨에 따라 중소기업에서 배제되는 경우
• ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제2항에 따른 유예기간의 적용가능 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】- 2010.2.18 개정
① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업,…(중략)… 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 (2000.12.29)
3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 제3조제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.
② 〜④ (생략)
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제2호가목ㆍ나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (개정 2010.2.18 부칙)
○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】- 2008.2.22 개정
① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), …(중략)… 제6조제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다
3. 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.(2009년1월1일 이후 종료하는 과세연도 분부터 적용-부칙)
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표1과 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.(개정 2008.2.22)
[ 관 련 사 례 ]
○ 재조특-972, 2011.10.26.
[질의]
2008.2.22. 시행령 개정에 따라 중소기업 독립성요건 판단기준의 변경(직접소유 → 직접･간접소유)으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우, 2009.1.1.이후 종료하는 사업연도의 해당 법인에 대한 중소기업 유예기간 적용여부
｢조세특례제한법 시행령｣ (2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제2조제1항제3호의 요건을 갖추지 아니하여 중소기업 적용이 배제되는 경우 같은 조 제5항 및 같은 시행령 부칙 제3조제1항에 따라 2009사업연도(2009.1.1.～2009.12.31.)와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 보는 것임
○ 재조특-325, 2009.3.31.
｢중소기업기본법 시행령｣ (2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것을 말하며, 이하 “개정령”이라 함) 시행일 현재 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업은 개정령 시행일부터 2008년 12월 31일까지 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항에 해당됩니다.
○ 법인세과-1172, 2009.10.20.
｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항제3호의 실질적인 독립성 기준을 판단함에 있어 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1호나목에서 규정하는 법인에는 외국법인을 포함하는 것이며, 이 경우 외국법인의 자산총액은 ‘외국법인의 직전사업연도 말일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 원화로 환산한 금액’으로 판단하는 것임
○ 법인세과-3170, 2008.10.31.
｢중소기업기본법 시행령｣(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것을 말하며, 이하 “개정령”이라 함) 시행일 현재 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업은 개정령 시행일부터 3년간 조세특례제한법 시행령제2조 제1항에 해당하는 것이나, 개정령 시행일 이후 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에는 그러하지 아니함
○ 법인46012-3477, 1996.12.13.
｢조세감면규제법 시행령｣ 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 내국법인이 같은조 같은항 제3호의 규정에 의한 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준에 적합하지 못하여 중소기업의 범위를 벗어 나게된 경우에는 같은법 시행령 같은조 제2항 본문에 의한 2년간은 계속 중소기업으로 본다는 중소기업유예 규정을 적용할 수 없는 것임