의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제 여부

의약품 품질관리 개선시설에 해당하는 제조공장에 대해 기존공장을 리모델링하고 추가로 증축한 경우 의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제를 적용하는 투자의 범위에는 리모델링에 대한 투자는 제외되지만 증가된 공장의 연면적에 대한 투자는 포함됨

○ 신청법인은 의약품 제조업을 영위하는 제약업체로서 제조공장은 경기도 평택시 모곡동에 위치하고 있음

• 기존 의약품 제조공장은 1992년 연면적 13,502㎡로 준공되어 사용되다가

• 제약업 환경 및 관련 법규 변화에 따라 2011년 7월 기존공장을 전면 리모델링하고 추가로 3,519㎡을 증축하였음

2. 신청내용

○ 의약품 제조공장 건물에 대한 리모델링 및 증축 공사에 대해

[질의1] 기존공장건물에 대한 리모델링 공사 비용이 ｢조세특례제한법｣ 제25조의4에 따른 의약품 품질관리 개선시설투자 세액공제의 대상인지

[질의2] 건물 증축에 대한 공사비용이 의약품 품질관리 개선시설투자 세액공제 대상인지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제25조의4 【의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설에 2013년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다.

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제22조의4 【의약품 품질관리 개선시설의 범위 등】

① 법 제25조의4제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설"이란 품질이 우수한 의약품을 제조하거나 공급하기 위한 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.

② 법 제25조의4제1항을 적용받으려는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제13조의4 【의약품 등 품질관리 개선시설의 범위】

영 제22조의4제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 ｢약사법 시행규칙｣ 별표 2 및 별표 3에 따른 의약품 및 생물학적제제 등 제조 및 품질관리기준의 적용대상이 되는 시설(토지는 제외한다)을 말한다.

○ 조세특례제한법 제11조 【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제10조 【연구시험용시설의 범위 등】

⑤ 법 제11조제3항 및 제4항의 규정에 의한 투자금액을 계산함에 있어서는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

⑥ 법 제11조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조제3항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다. 이하 제21조제3항, 제22조제2항, 제22조의2제2항, 제22조의3제2항 및 제22조의4제2항에서 같다)의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제4조 【중소기업투자세액공제】

③ 법 제5조제2항 및 제3항의 규정에 의한 투자금액은 제1호 및 제2호의 금액중 큰 금액에서 제3호의 금액을 차감한 금액으로 한다.

1. 총투자금액에 법인세법 시행령 제69조제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액

2. 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액

3. 당해 과세연도이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액

○ 조세특례제한법 시행령 제3조 【투자세액공제 제외 대상 리스】

법 제5조제1항 각 호 외의 부분, 제11조제1항, 제24조제1항 각 호 외의 부분, 제25조제1항 각 호 외의 부분 전단, 제25조의2제1항, 제25조의3제1항 전단, 제25조의4제1항 전단, 제26조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 리스"란 내국인에게 자산을 대여하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 금융리스를 제외한 것을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제124조 【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】

① 법 제130조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 증설투자"라 함은 다음 각호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 기획재정부령이 정하는 공장인 사업장의 경우: 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장외의 사업장인 경우: 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자

○ 조세특례제한법 시행규칙 제53조 【증설투자기준 공장의 범위】

영 제124조제1항제1호에서 "기획재정부령이 정하는 공장"이라 함은 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제2조제1호에 의한 공장을 말하며, 동호에서 "당해 공장의 연면적"이라 함은 공장부지면적 또는 공장부지안에 있는 건축물 각층의 바닥면적을 말한다. 다만, 식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설의 면적과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설의 면적은 당해 공장의 연면적에 포함하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 5-0…3 【투자세액공제대상자산의 범위】

이 법의 규정에 의한 투자세액공제 적용대상이 되는 투자에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니한다. <개정 2002.04.15 >

1. (중고품에 의한 투자)<삭제 2011.02.01>

2. 기존설비에 대한 보수 <개정 2002.04.15>

3. 기존설비에 대한 자본적지출 다만, 통칙60-56…6【증설의 범위】에서 규정하는 증설은 제외한다. <개정 2011.02.01>

4. (운용리스조건으로 임차하여 설치한 시설투자(설치하기 위한 부대비용을 포함한다))<삭제 2011.02.01>

○ 조세특례제한법 기본통칙 60-56…6 【증설의 범위】

영 제56조 제3항 제3호의 규정에 의한 증설에는 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장하는 것을 포함하고 원상의 회복을 위한 부품의 개체는 제외한다. (2002.4.15. 개정)