국내사업장을 가진 일본법인간 합병시 피합병법인 국내사업장의 이월결손금을 합병 합병법인의 국내사업장에 승계하여 공제받을 수 있는지 여부

국내사업장을 가진 일본법인간 합병시 피합병법인 국내사업장의 이월결손금은 합병 법인의 국내사업장에 승계되지 아니하는 것임

○ △△중공업주식회사(이하 "합병법인"이라 함) 서울사무소는 일본국에 본점을 두고 있는 법인으로서 199*.10.부터 한국 법원에 영업소로 등기되어 있고 한국 내에 법인세법제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 "합병법인 국내사업장"이라 함)을 가지고 납세의무를 이행함

○ 또한 일본국 내에 본점을 두고 있는 다른 회사인 □□시스템주식회사(이하 "피합병법인"이라 함)도 역시 한국 법원에 영업소로 등기되어 있고, 2006.7.27. 한국 내에 국내사업장(이하 "피합병법인 국내사업장"이라 함)을 가지고 납세의무를 이행함

○ 2010.10.1.부로 합병법인이 피합병법인을 흡수합병함에 따라 피합병법인 국내사업장이 폐지되고 합병법인 국내사업장이 피합병법인 국내사업장의 모든 자산과 권리를 승계하여 대차대조표에 장부가액으로 합산함

-피합병법인 국내사업장의 최종사업연도(2010.4.1~2010.9.30.) 법인세 과세표준을 신고․ 완료하였으며, 이때 최종사업연도의 이월결손금은 275,538,718원이 남아 있는 상태임

○ 합병법인이 피합병법인을 흡수합병하여 모든 권리의무를 합병법인이 승계함에 따라 피합병법인 국내사업장에서 진행 중인 도급공사 전부를 합병법인 국내사업장에서 수행

-이에 따라 도급공사를 합병법인 국내사업장이 수행하게 되므로 2010.10.1부터 2011.3.31.간의 기존 피합병법인 국내사업장의 국내원천소득은 합병법인 국내사업장에서 국내원천소득을 합산하여 신고납부하게 됨

2. 신청내용

○ 국내사업장을 가지고 있는 일본법인간의 합병시 합병법인의 국내사업장이 피합병법인의 국내사업장에서 발생한 이월결손금을 승계하여법인세법제45조제2항의 규정에 따라 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 제44조의3제1항에 따른 합병의 경우 합병법인은 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 피합병법인으로부터 양도받은 자산의 처분손실을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 피합병법인으로부터 승계한 결손금으로 보아 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】

① 법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다. <개정 2009.2.4 부칙>

② 법 제45조제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.

④ 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금산입 및 법인세 가산에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

○ 법인세법 제91조 【과세표준】

① 국내사업장을 가진 외국법인과 제93조제3호에 따른 소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조제1항, 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 국내 원천소득 금액은 제외한다)에서 다음 각 호에 따른 금액이나 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1.각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금(국내에서 발생한 결손금만 해당한다)으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제97조제1항 전단에 따라 준용되는 제60조 또는 제66조에 따라 신고하거나 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2.이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3.선박이나 항공기의 외국 항행(航行)으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 해당 국가가 우리나라의 법인이 운용하는 선박이나 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우만 해당한다.

② 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인의 경우에는 제93조 각 호의 구분에 따른 각 국내원천소득의 금액을 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준으로 한다.

③ 제1항에 해당하는 외국법인의 국내원천소득으로서 제98조제1항, 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 소득에 대한 법인세의 과세표준은 제93조 각 호의 구분에 따른 각 국내원천소득의 금액으로 한다.

④ 제1항제3호는 국내사업장을 가지고 있지 아니하는 외국법인에 대하여도 적용한다.

○ 법인세법 제92조 【국내원천소득 금액의 계산】

① 제91조제1항에 해당하는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제14조부터 제18조까지, 제18조의2, 제18조의3, 제19조, 제19조의2, 제20조부터 제30조까지, 제33조부터 제38조까지, 제40조부터 제44조까지, 제44조의2, 제44조의3, 제45조, 제46조, 제46조의2부터 제46조의5까지, 제47조, 제47조의2, 제50조, 제51조, 제51조의2, 제52조, 제53조, 제53조의2, 제53조의3 및 제54조와 조세특례제한법제138조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○ 한․일 조세조약 제24조

1.일방체약국의 국민은 타방체약국에서 특히 거주와 관련하여 동일한 상황에 있는 동 타방체약국 국민이 부담하거나 부담할 수 있는 조세 또는 이와 관련된 요건과 다르거나 그보다 더 과중한 조세 또는 이와 관련된 요건을 부담하지 아니한다. 이 규정은 제1조의 규정에 불구하고 일방 또는 양 체약국의 거주자가 아닌 인에게도 적용한다.

2.일방체약국의 기업이 타방체약국안에 가지고 있는 고정사업장에 대한 조세는 동일한 활동을 수행하는 동 타방체약국의 기업에 부과되는 조세보다 불리하게 부과되지 아니한다. 이 규정은 일방체약국이 시민으로서의 지위 또는 가족부양 책임으로 인하여 자국의 거주자에게 부여하는 조세목적상의 인적공제ㆍ감면 및 경감을 타방체약국의 거주자에게 부여하여야 할 의무를 동 일방체약국에 대하여 부과하는 것으로 해석되지 아니한다.