매입자발행세금계산서로 매입세액공제시 가산세 적용 여부

재화 또는 용역을 공급받는 자가 관할 세무서장의 거래사실 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발급하여 매입세액공제를 받는 경우 당해 매입자발행세금계산서는 공급시기 이후 발급받은 매입세금계산서에 해당하지 아니함

○ 공급자가 공급시기에 세금계산서를 발급하지 아니하여 공급받는 자가 거래사실에 대하여 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발급함

○ 공급받는 자는 매입자발행세금계산서를 반영하여 부가가치세 경정청구를 하면서 부가가치세법 제22조제5항제1호 및 같은 법 시행령 제70조의 3제6항에 따른 공급시기 이후 발급받은 세금계산서에 대한 가산세를 적용하지 않음

2. 신청내용

○ 공급받는 자가 공급시기 이후 관할 세무서장의 확인을 거쳐 매입자발행세금계산서를 발급하여 매입세액공제를 받는 경우

• 당해 매입자발행세금계산서를 공급시기 이후 발급받은 세금계산서로 보아 부가가치세법 제22조제5항제1호 및 같은 법 시행령 제70조의 3제6항에 따른 가산세를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제126조의 4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】

① 부가가치세법 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 부가가치세법 제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제121조의 4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

① 법 제126조의 4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업자”란 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(부가가치세법 제25조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 부가가치세법 시행령 제79조의 2 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의 4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 “공급자”라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 부가가치세법 제18조에 따른 예정신고 및 동법 제19조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의 2 제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 부가가치세법 제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

○ 부가가치세법 제22조【가산세】

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조제2항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항에 따른 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등 수령명세서"라 한다)를 국세기본법 시행령 제25조제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우

1의2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우

1의3. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우

1의4. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

2. 법 제21조에 따른 경정에 있어서 사업자가 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제32조의2제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제70조의 3 【가산세】

⑥ 법 제22조 제5항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우를 말한다.

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.